신고한 실지거래가액이 증빙서류에 의하여 확인되지 아니한다는 사유로 기준시가에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분의 정당성 여부

심사청구를 기각한다

• 가. 청구인은 2001. 11. 10. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ아파트 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇㅇ호(이하 “이 사건 아파트”라 한다)를 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 양도하고 같은 해 12. 10. 양도가액 520,000,000원, 취득가액 470,000,000원을 실지거래가액으로 하여 처분청에 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 그에 따라 산출된 양도소득세 2,911,300원을 자진납부하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 2005. 9. 29.부터 같은 해 10. 28.까지 이루어진 양도소득세 세무조사 과정에서 청구인이 위와 같이 실지거래가액으로 신고한 양도가액을 뒷받침할 수 있는 매매계약서 원본 등 증빙서류를 제시하지 못하고 양수인인 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 매매가격의 확인을 구하였으나 정확한 매매가격을 기억하지 못한다고 하자 청구인이 신고한 이 사건 아파트의 양도가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니한다는 사유로 기준시가에 의하여 양도가액을 512,000,000원, 취득가액을 375,000,000원으로 산정하여 2006. 1. 2. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 50,503,430원을 추가로 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 처분청의 세무조사 당시 청구인이 양도소득세 예정신고를 하면서 실지거래가액으로 신고하였던 양도가액(520,000,000원)을 뒷받침할 수 있는 증빙서류는 제출하지 못하였으나 그 후 청구인이 제출한 이 사건 아파트의 수정매매계약서, 양수인 작성의 부동산거래사실확인서 및 중개인 작성의 부동산중개사실확인서 등에 의하여 실지거래가액이 595,000,000원임이 확인되므로 이와 같이 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는데도 처분청이 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼 청구인이 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니한다는 사유로 실지거래가액이 아닌 기준시가에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분의 정당성 여부
• 나. 인정사실 이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 2001. 11. 10. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ아파트 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇㅇ호(이 사건 아파트)를 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 양도하고 같은 해 12. 10. 양도가액 520,000,000원, 취득가액 470,000,000원을 실지거래가액으로 하여 처분청에 양도소득과세표준 예정신고를 한 후 그에 따라 산출된 양도소득세 2,911,300원을 자진납부하였다.

(2) 이에 대하여 처분청은 2005. 9. 29.부터 같은 해 10. 28.까지 이루어진 양도소득세 세무조사를 통하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 조사하였는데, 청구인은 위 (1)항과 같이 실지거래가액으로 신고한 양도가액 520,000,000원을 뒷받침할 수 있는 매매계약서 원본 등 증빙서류를 제시하지 못하였고, 양수인인 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 매매가격을 확인하였으나 정확한 금액을 기억하지 못한다는 답변을 받았다. 이와 같은 조사결과에 따라 처분청은 청구인이 신고한 이 사건 아파트의 양도가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하는 경우로 매매사례가액이나 감정가액을 확인할 수 없고 환산가액은 산정 불가능하다는 이유로 기준시가에 의해 양도가액을 512,000,000원, 취득가액을 375,000,000원으로 산정한 후, 2005. 10. 28. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 50,503,430원을 부과한다는 내용의 과세예고통지를 하였다.

(3) 한편, 청구인은 2005. 11. 10. 처분청에게 청구인이 2001. 8. 31. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 이 사건 아파트를 520,000,000원에 양도하는 계약을 체결하였다가 아파트 시가가 상승하자 같은 해 10. 9. 양도가액을 595,000,000원으로 수정하여 다시 매매계약을 체결하였는데 양도소득세 신고시에 수정된 매매계약서를 찾지 못하여 부득이 양도가액이 520,000,000원으로 기재된 당초 매매계약서를 제출한 것이라고 주장하면서, 처분청의 세무조사 이후 양수인으로부터 받았다며 이 사건 아파트의 수정 매매계약서(양도가액 595,000,000원)를 제출하는바 이를 근거로 실지거래가액에 의한 양도가액이 595,000,000원임이 확인되므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여달라는 취지의 과세전적부심사청구를 하였으나, 처분청은 같은 해 12. 8. 불채택 결정을 하였다.

(4) 처분청은 2006. 1. 2. 위 (2)와 같이 과세예고통지한 내용대로 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 50,503,430원을 추가로 경정ㆍ고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제94조 제1항은 “양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다”라고 규정하면서, 제1호에서 “토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득”을 규정하고 있다.

(2) 구소득세법제96조 제1항은 “제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다”라고 규정하면서, 제6호에서 “양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”를 규정하고 있다.

(3) 구소득세법제97조 제1항은 “거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”라고 규정하면서, 제1호에서 “취득가액”을 들고 있고, 같은 호 가목은 “제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고 있다.

(4) 구소득세법제100조 제1항은 “양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다”라고 규정하고 있다.

(5) 구소득세법제105조 제1항의 규정에 따르면 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월의 기간 이내에 양도소득과세표준을 납세지 관할세무서장에게 예정신고하여야 하는 것으로 되어 있고, 같은 법 제110조 제1항의 규정에 따르면 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할세무서장에게 확정신고하여야 하는 것으로 되어 있다.

(6) 구소득세법제114조 제2항은 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있고, 제4항은 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 제5항은 “제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다”라고 규정하고 있다.

(7) 구 소득세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제176조의2 제1항은 “법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”라고 규정하면서, 제1호에서 “양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우”를 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제2항은 “법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다”라고 규정하면서, 제2호의 규정에 따르면 구소득세법제96조 제1항 제1호 내지 제6호의 규정에 의한 토지 및 건물의 경우에는 환산가액을 양도당시의 실지거래가액, 매매사례가액 또는 감정가액에 취득당시의 기준시가를 양도당시의 기준시가로 나눈 값을 곱하여 계산한 가액을 환산가액으로 하는 것으로 되어 있다. 또한 구 소득세법 시행령제176조의2 제3항 본문의 규정에 따르면 구소득세법제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액, 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액, 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액, 기준시가의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하는 것으로 되어 있다.

• 라. 판단 청구인이 신고한 실지거래가액이 증빙서류 등에 의하여 확인되지 아니한다는 사유로 실지거래가액이 아닌 기준시가에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분의 정당성 여부를 살펴본다. 살피건대 관계 법령의 규정을 종합하면 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익의 산정에 관하여 기준시가 과세원칙에 대한 실질과세의 예외로서 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 신고하는 경우를 규정하고 있는데 이는 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정으로 해석되므로, 일정한 자산을 양도한 경우에 양도자가 신고기한 내에 실지거래가액이라 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되면 그 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 위와 같은 신고가 있더라도 납세의무자가 신고한 양도 또는 취득당시의 실지거래가액을 뒷받침할 수 있는 믿을만한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하며, 위 신고기간이 지난 후에는 비록 실지거래가액이 달리 확인되더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수는 없다할 것이다. 청구인의 경우 위 인정사실에서 보는 바와 같이 청구인이 처분청에 이 사건 아파트의 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 하면서 실지거래가액으로서 양도가액을 520,000,000원, 취득가액을 470,000,000원으로 신고하면서 그 양도가액을 뒷받침할 수 있는 매매계약서 원본 기타 증빙서류를 제출하지 못하고 있는 점[취득가액에 대하여는 법원의 낙찰허가결정서등본(사본)을 제출함], 그런데 청구인은 그 후 담당 세무공무원의 실거래가 조사 과정에서도 그에 대한 아무런 증거자료를 제시하지 못하고 있다가 그 조사 종결 이후에 과세전적부심사청구를 하면서 이 사건 양도소득세 예정신고시와는 달리 그 실제 양도가액이 595,000,000원이라고 번복하면서 매수인 명의의 부동산거래사실확인서, 통장 사본, 중개인 명의의 부동산중개사실확인서, 그 매매 주장일자 이후에 매매일자를 소급해서 작성한 것으로 보이는 매매계약서 사본 등을 증거자료로 제시하고 있으나 위 여러 정황상 선뜻 믿기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 신고한 위 2개의 양도가액 어느 것도 실지거래가액으로 인정하기 어려운 경우라 할 것이고, 이러한 경우 양도가액은 매매사례가액, 감정가액, 기준시가의 방법(환산가액의 방법은 양도당시의 실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 이용하여 일정한 산식에 따라 취득가액을 환산하는 경우에 적용되는 것으로서 양도가액 산정에는 적용되지 아니함)을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하여야 할 것인데 이 사건 아파트에 대한 매매사례가액 및 감정가액이 존재하지 아니하는 이상 이 사건 아파트의 양도가액은 기준시가에 의하여 산정하여야 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인이 신고한 양도가액을 실지거래가액으로 보지 아니하고 동일기준적용의 원칙에 따라 취득가액 및 양도가액 전부를 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.

그렇다면 처분청의 이 사건 부과처분은 정당하고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로감사원법제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.