외국인투자신고시 감면규정개정으로 조세감면대상기술에서 제외된 경우 개정전 증자분의 감면결정의 적정 여부

심사청구를 기각한다

청구인은 외국인(프랑스) 투자기업으로서 2001. 12. 18. 처분청에 외국인 투자 신고를 한 후 같은 해 12. 26. ○○시와 하수종말처리시설의 건설 및 운영에 관한 민간투자사업 실시협약을 체결하고, 2002. 2. 6. 초기 도입분 50,000,000원과 같은 해 10. 15. 증자 분 3,859,220,000원에 대해 처분청으로부터 조세특례제한법 제121조의2 제8항 의 규정에 의하여 각각 조세감면 결정을 받았다. 청구인은 2004. 10. 20. 5,983,490,000원(미화 5,120,000 달러 상당)의 증액 투자에 대하여 처분청에 같은 법에 의한 조세감면을 신청(이하 '이 사건 감면신청' 이라 한다)하였으나 처분청은 2004. 11. 9. 조세특례제한법시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 조세감면 기준을 충족하지 않는다는 이유로 조세감면불가 결정 통보(이하 '이 사건 거부처분' 이라 한다)를 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 거부 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 프랑스에 사업기반을 두고 있는 외국기업 ○○○○ ○○○(○○○○○○.)가 외국인투자신고를 마치고 2001. 12. 20.자로 설립한 외국인 투자기업으로서 폐하수의 질소 인 제거 기술을 포함한 수질오염물질 처리장치 및 기술을 이용하여 ○○시의 ○○ 및 ○○ 지역에 하수종말처리장을 건설하여 운영 중에 있는 바 위 사업이 조세특례제한법 제121조의2 의 규정에 따라 고도 기술을 수반하는 사업으로 결정되어 최초 투자분과 1차 증자분에 대하여 조세감면 결정을 받았으며, 당해 사업의 특성상 건설공정에 따라 외국인투자신고 및 증자신고를 하고 이에 따라 순차적으로 조세감면 신청을 할 수 밖에 없었고 또한 외국인투자등에대한조세감면 규정(2003. 7. 10. 재정경제부 고시 제2003-14호) 부칙 제2조 제2항의 규정에는 개정 규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정되어 있는데도 2003. 7. 10. 위 조세감면규정의 개정으로 위 기술이 고도 기술에서 제외되어 조세감면 기준을 충족하지 않는다는 이유로 2004. 10. 20. 5,983,490,000원(미화 5,120,000 달러 상당)의 증자분 감면신청을 거부한 처분은 외국인 투자자의 신뢰보호 이익을 침해한 것으로 부당하다.

• 가. 다툼 최초 외국인 투자 신고 시 조세감면대상 기술이었다가 감면 규정 개정으로 조세 감면 대상 기술에서 제외된 경우 개정 전 증자분의 감면결정의 적정 여부
• 나. 인정사실 이 사건 관련 일건 기록에 따르면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 외국인투자기업으로 외국인투자촉진법에 따라 2001. 12. 18. 외국인투자신고(80.1%)를 하였고 2001. 12. 26. 체결한 ○○시와의 민간투자사업 실시협약에 따라 하수종말처리장을 건설한 후 그 시설의 소유권은 준공과 동시에 ○○시에 귀속시키고 동 시설의 관리운영권을 취득하여 무상사용기간(20년) 동안 ○○시로부터 사용료를 받기로 하였다.

(2) 청구인은 처분청으로부터 2000. 12. 28. 위 하수종말처리시설의 시공 및 운전에 사용할 폐하수의 질소ㆍ인 제거 기술을 포함한 수질오염물질처리장치 및 기술이 조세특례제한법 제121조의2 의 규정에 의하여 조세 감면대상 기술에 해당한다는 확인을 받고 2002. 1. 31. 및 2002. 10. 10. 최초 투자 분 50,000,000원과 증자 1차분 3,859,220,000원에 대하여 조세감면 신청을 한 결과 2002. 2. 6. 및 같은 해 10. 15. 각 조세감면결정 통보를 받았다.

(3) 처분청은 2003. 1. 7. 환경부장관으로부터 외국인투자 등에 대한 조세감면규정 개정 관련 검토의견을 제출받아 위 기술을 고도 기술에서 제외하는 것을 내용으로 하는 위 조세감면규정을 2003. 7. 10. 개정ㆍ고시하였다.

(4) 한편 청구인은 위 규정 개정 전인 2003. 1. 14.부터 같은 해 6. 20.까지 3회의 외국인투자 신고와 증자하고 그 합계 5,983,490,000원에 대하여 감면 규정 개정 후인 2004. 10. 20. 조세감면신청을 하였다가 위 대상사업이 조세감면기준을 충족하지 않는다는 이유로 처분청으로부터 2004. 11. 9. 감면불가 결정을 통보 받았다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1)외국인투자촉진법(이하 '외투법'이라 한다) 제9조의 규정에 의하면 "외국인투자에 대하여는 조세특례제한법이 정하는 바에 따라 법인세 ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세 등의 조세를 감면할 수 있다"고 되어 있다. (2)조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제121조의2 제1항에는 "다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다."라고 규정하고 있고 제1호에는 "국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업"이라고 정의하고 있다.

(3) 조특법 제121조의2 제1항에는 “외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. (단서생략)”라고 규정하고 있다.

(4) 조특법 제121조의2 제7항에는 “외국인(외국인투자촉진법 제2조제1항제1호 의 규정에 의한 "외국인"을 말한다)ㆍ외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조제1항 의 규정에 의한 신고를 하기 전에 그 영위하고자 하는 사업이 제1항의 규정에 의한 감면대상에 해당하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 재정경제부장관에게 신청할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

(5) 조특법 제121조의2 제8항(2005.01.05 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)에는 “재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

(6) 증자 시의 조세감면에 대하여는 조특법 제121조의4 제1항에 "외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다."라고 규정하고 있다. (7) 조세특례제한법 시행령 제116조의2 제1항 에는 "법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 재정경제부장관이 외국인투자촉진법 제27조 의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다."라고 규정하고 제2호에는 "고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업"이라고 규정하고 있다. 그리고 제2항에 "제1항의 규정에 의한 사업(제1항 제1호에 해당하는 사업으로서 한국표준산업 분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각 호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.

1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술

2. 국내에 최초로 도입된 날(외국인투자촉진법에 의하여 당해기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술

3. 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술"이라고 규정하고 있다. 그리고 제116조의6 제2항의 규정에는 "법 제121조의4제1항 단서에서 '대통령령이 정하는 기준'이라 함은 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액 투자하는 것을 말한다."라고 규정하고 있다.

(8) 외국인투자 등에 대한 조세감면규정(이하 “외투감면규정”이라 한다.) 제1조에는 “이 규정은 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제121조의2 내지 제121조의7 및 동법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제116조의2 내지 제116조의13, 동법 시행규칙(이하 "규칙"이라 한다) 제51조의2 내지 제51조의6에서 규정하고 있는 외국인투자 및 기술도입대가에 대한 조세감면 등에 관하여 필요한 사항을 정함을 그 목적으로 한다.”라고 규정하고 있다.

(9) 외투감면규정 제4조에는 “법 제121조의2 제1항 제1호 및 영 제116조의2 제1항의 규정에 의하여 재정경제부장관이 외국인투자촉진법 제27조 의 규정에 의한 외국인 투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 고도의 기술을 수반하는 사업 및 산업지원서비스업은 별표1에 게기된 제품의 생산에 직접 소요되는 기술을 제공하거나 동표에 게기된 기술을 이용한 사업에 자본을 투자하는 경우로서 영 제116조의2 제2항 각 호에 해당하는 사업을 말한다.”라고 규정하고 있다

(10) 외투감면규정(2003. 7. 10. 재정경제부 고시 제2003-14호) 별표1에는 외국인 투자에 대한 조세감면 및 기술도입대가에 대한 조세면제 대상 고도기술 수반 사업 및 산업지원 서비스사업(제4조 및 제9조 관련)으로 환경ㆍ에너지 및 자원분야의 “폐하수의 질소ㆍ인 제거 기술”을 위 고시일부터 삭제하였고, 부칙 제2조 제2항에는 "종전 별표 규정에 의하여 고도의 기술을 수반하는 사업 및 산업 지원서비스업의 대상사업이었으나 개정규정에 의하여 조세감면 대상 사업으로 하지 않는 경우에는 당해 사업의 조세감면 신청에 대해서는 별표의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다."라고 규정하고 있다.

• 라. 판단 외투법 제9조 및 조특법 제121조의2 제1항, 같은 법 제121조의2 제1항 제6호, 같은 조 제7항, 같은 조 제8항 같은 법 제121조의4 제1항에 의하면, 외국인 투자 증자시 조세를 감면 받고자 할 때에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 하며, 감면신청을 받은 재정경제부장관은 감면대상기준에 해당하는지 여부를 검토하여 감면 여부를 결정한 다음 이를 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 조세감면 대상이 되는 외국인투자사업은 조특법 시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 규정에 따라 재정경제부장관이 ○○위원회의 심의를 거쳐 정하는 산업지원서비스업 또는 고도기술 수반사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우로서 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술이거나, 국내에 최초로 도입된 날부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술 또는 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술을 수반하는 사업이어야 하고, 이는 외투감면규정 제4조의 규정에도 그대로 명시되어 있다. 그리고 청구인은 2000. 12. 28. 처분청으로부터 청구인의 외국인 투자사업이 조세감면대상사업임을 사전 통보 받았고 청구인이 그에 따라 투자하고 2002. 1. 31. 제출한 최초 조세감면신청에 대하여 처분청은 같은 해 2. 6. 조세감면결정통보를 하였고 2차 증자 분에 대하여도 2002. 10. 15. 조세감면결정을 통보한 사실은 처분청도 인정하고 있다. 살피건대 조특법 제121조의2 제6항의 규정에 의하면 외국인투자기업이 법인세 등의 감면을 받고자 할 때에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 하며, 감면신청을 받은 재정경제부장관은 감면대상기준에 해당하는지 여부를 검토하여 감면 여부를 결정한 다음 이를 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 외투법 부칙 제4조 및 조특법 부칙 제27조에서는 법이 개정된 경우 감면신청 시를 기준으로 그 적용법령을 정하도록 규정하고 있으나 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 조특법 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용하도록 규정하고 있고 감면신청 기술이 조세감면 기준을 충족하는지 여부는 신규 도입이나 증자의 경우 동일하게 매 신청 건 별로 판단하도록 하고 있다. 따라서 조특법령 및 외투감면규정의 관계규정을 종합하면, 청구인이 이 사건 거부처분과 관련된 기술 및 사업에 대하여 조세감면규정 개정 전에 이미 감면결정을 받은 바 있고 2004. 9. 7. 조세감면규정 부칙 제2조의 경과규정에 따라 이 사건 증자할 당시의 적용 규정인 기존의 고시에 따라 고도기술수반사업에 해당한다 하더라도 곧바로 조세감면 대상으로 확정되는 것이 아니고 조특법 시행령 제116조의2 제2항 각호에 해당하는 기술로 인정되어야 하는 바, 처분청이 관계부처(환경부)와 협의 결과 “이 사건 관련 기술이 이미 국내에도 개발되어 현장에서 적용되거나 운용되고 있어 국내산업의 경쟁력 강화에 긴요한 기술이 아니므로 위 시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 조세감면기준을 충족하지 않는다”고 판단한 데에는 별다른 잘못이 없고 청구인의 신뢰보호 이익을 침해한 것으로 보기도 어렵다(2005. 12. 31. 개정된 조세특례제한법[2006. 1. 2. 법률 제7845호로 개정되기 전의 것] 제121조의4 제4항의 규정에 “외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자 신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다”고 되어 있으나 같은 법 부칙 제31조에 “제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다”고 되어 있어 이 사건은 이에 해당하지 아니함).

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 거부처분에 대한 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.