토지에 대한 적정임대수입의 산정

처분청이 2005. 4. 4. 청구인에게 한 별표 기재 각 종합소득세 및 각 부가가치세의 부과처분은, 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 것 등으로 그 대상 토지와 유사한 토지에 대한 임대실례가액을 재조사하여 적정한 토지임대수입을 산정하고, 만약 그러한 임대차 사례가 존재하지 아니하는 경우에는 법인세법 시행령제89조의 관련 조항에 따라 산출한 금액에 따라 적정한 토지임대수입을 산정한 후, 이를 기초로 그 과세표준과 세액을 각 경정하여야 한다.

청구인은, 동인이 대표이사로서 그 발행주식의 50%를 소유하고 있는 (주)ㅇㅇㅇㅇ시장(이하 ‘청구외법인’이라 한다)에게 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 882.6㎡와 같은 동 ○○번지 대지 1,225.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 보증금 1,420,000,000원, 월 임료 12,000,000원에 임대(1970년도부터 임대하여 왔고, 위 보증금 및 월 임료는 1997년도부터 적용된 금액임)하였고, 청구외법인은 이 사건 토지 위에 건물{ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 1필지 지상 철근콘크리트조 3층 점포 950.18㎡(1971. 7. 20. 소유자등록) 및 같은 지상 평브럭조 1층 1,610.72㎡(1971. 5. 1. 소유자등록), 이하 “이 사건 건물”이라 한다}을 신축하여 이를 제3자에게 임대하였다. 이에 처분청은 청구외법인이 이 사건 건물을 임대하여 얻은 수입금액에 이 사건 토지와 이 사건 건물 전체의 기준시가에서 이 사건 토지의 기준시가가 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액{청구외법인의 건물임대수입×토지의 기준시가/(토지의 기준시가+건물의 기준시가), 이하 “이 사건 산출액”이라 한다}을 이 사건 토지에 대한 적정임대수입으로 간주한 후, 청구인이 청구외법인에게 이 사건 토지를 임대하고 얻은 수입금액이 이에 미치지 못한다는 이유로 특수관계자에 대한 자산의 저가임대로서 부당행위계산부인의 대상이라고 판단하여 2005. 4. 4. 청구인에게 1999년부터 2004년까지의 종합소득세 계 543,858,890원, 부가가치세 계 107,138,740원을 별표와 같이 각 경정고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 이 사건 산출액은 이 사건 토지에 대한 적정 임대수입으로 볼 수 없고, 유사임대실례가 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제4항 의 규정을 적용하여 적정 토지임대료를 산정하여야 하고, 이 사건과 같이 토지의 임차인이 건물을 신축하여 임대한 경우 법인세법 시행령 제89조 제4항 의 규정을 적용하는 것이 과세관청의 관례이다.

• 가. 다툼 이 사건 산출액을 이 사건 토지에 대한 적정 임대수입으로 보고 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 청구외법인의 대표이사로서 그 발행주식의 50%를 소유하고 있어 특수관계에 있다.

(2) 청구인은 청구외법인에게 이 사건 토지를 보증금 1,420,000,000원, 월 임료 12,000,000원에 임대하였고, 청구외법인은 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 신축하여{ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지외 1필지 지상 철근콘크리트조 3층 점포 950.18㎡(1971. 7. 20. 소유자등록) 및 같은 지상 평브럭조 1층 1,610.72㎡(1971. 5. 1. 소유자등록)} 이를 제3자에게 임대하였다.

(3) 처분청은 청구외법인이 이 사건 건물을 임대하여 얻은 수입금액에 이 사건 토지와 이 사건 건물 전체의 기준시가에서 이 사건 토지의 기준시가가 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액(토지에 대하여는 개별공시지가를, 건물에 대하여는 지방세 시가표준액을 적용함)을 이 사건 토지에 대한 적정임대료로 간주한 후, 청구인이 청구외법인에게 이 사건 토지를 임대하고 얻은 수입이 이에 미치지 못한다는 이유로 부당행위계산부인의 대상이라고 판단하여 2005. 4. 4. 청구인에게 종합소득세 543,858,890원, 부가가치세 107,138,740원 계 650,997,630원을 별표와 같이 경정고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) ｢소득세법｣ 제41조 제1항 에서는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령제98조 제2항 제2호에서는 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서는 제2항 제2호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다고 규정하고 있다. (2) ｢법인세법｣ 제52조 제1항 에서는 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 하고 제2항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 하는 것으로 규정하고 있다. (3) 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 부당행위계산의 부인규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다고 규정하고 있고, 제2항은 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다고 하면서, 제1호에부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을, 제2호에 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 한다고 규정하고 있다.

(4) 부가가치세법제13조 제1항 제3호에서는 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가를 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령제50조에서는 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 위 시가로 하되, 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격으로 한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계 법령에 의하면, 거주자 또는 사업자가 특수관계자에게 토지를 저가로 임대함으로써 당해 소득에 대한 조세를 부당하게 감소시켰다는 것을 이유로 부당행위계산부인의 대상으로 인정하기 위해서는 그가 특수관계에 있지 아니한 자에게 당해 토지를 정상적으로 임대하였을 경우의 임대수입 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 임대수입을 기준으로 하여 해당 임대수입이 저가인지 여부를 판단하도록 되어 있고, 위와 같이 기준으로 삼을 만한 임대수입이 확인되지 아니하는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 의 규정에 따라 계산하여 산출하고 이를 적용할 수 없으면 같은 조 제4항 제1호의 규정에 따라 해당 토지 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 전세금 등을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 기준으로 하도록 되어 있다. 살피건대, 처분청은 건물을 임대하여 얻은 수입금액에 토지와 건물 전체의 기준시가에서 토지의 기준시가가 차지하는 비율을 곱하여 구한 이 사건 산출액을 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 임대수입으로 간주한 후, 청구인이 청구외법인에게 이 사건 토지를 임대하고 얻은 수입금액이 이 사건 산출액보다 낮다는 이유로 부당행위계산부인의 대상이라고 결론지었으나, 첫째, 이 사건 산출액 산식은 법령에 근거를 둔 것이 아니고, 둘째, 위 산식에 따르면 토지의 적정임대수입이 건물의 임대수입의 증감요인(건물면적, 공실률 등)에 따라 변동하게 되는 문제가 있고, 셋째, 처분청은 토지의 기준시가는부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가를, 건물의 기준시가는 지방세법에 의한 시가표준액에 의한 가액을 각 적용하였는바, 현실적으로 토지의 개별공시지가는 시가에 근접한 반면 건물의 시가표준액은 시가에 훨씬 미달하는 점을 감안해 볼 때 이와 같이 토지와 건물의 기준시가로 안분 계산할 경우에는 실제보다 토지부분의 가액이 커지는 문제가 있어 합리적 산식이라 할 수 없으므로, 처분청의 이 사건 산출액은 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 임대수입 등 적정임대수입으로 볼 수 없다 할 것이다. 나아가 위에서 본 바와 같이 처분청은 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 임대수입 등 적정임대수입을 산정함에 있어 이 사건 토지의 인접 및 유사지역 내의 토지에 대한 정상적인 임대차 사례에 대하여 조사하였어야 함에도 불구하고 이에 대하여 아무런 조사를 하지 아니하고 이 사건 처분을 한 잘못이 있다. 따라서, 처분청은 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 것 등으로 이 사건 토지의 인접 및 유사지역 내의 토지에 대한 정상임대차 사례를 재조사하여 적정한 토지임대수입을 산정하고, 만약 그러한 임대차 사례가 존재하지 아니하는 경우에는 법인세법 시행령제89조의 관련 조항에 따라 산출한 금액에 따라 적정한 토지임대수입을 산정한 후, 이를 기초로 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이다.

그렇다면 이 사건 처분은 조사를 제대로 다하지 아니한 잘못이 있다 할 것이므로, 처분청은 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 형성되는 것 등으로 이 사건 토지의 인접 및 유사지역 내의 토지에 대한 정상임대차 사례를 재조사하여 적정한 토지임대수입을 산정하고, 만약 그러한 임대차 사례가 존재하지 아니하는 경우에는 법인세법 시행령제89조의 관련 조항에 따라 산출한 금액에 따라 적정한 토지임대수입을 산정한 후, 이를 기초로 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이므로, ｢감사원법｣ 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. [별표] 이 사건 처분 내역 (단위: 원) 과세기간 종합소득세 부가가치세 1999 171,354,940

• 2000 147,767,820 1기 19,974,440 2기 17,543,650 2001 114,786,580 1기 15,419,180 2기 14,015,690 2002 50,054,910 1기 7,740,450 2기 8,079,790 2003 59,894,640 1기 9,843,080 2기 6,971,610 2004

• 1기 4,804,430 2기 2,746,420 합계 543,858,890 107,138,740