금융기관 등에 대금결제내역을 조회하는 등의 사실관계를 조사하여 실제 중기용역의 대가로 지급한 것이 확인되는 금액은 손금산입하여야 하나 세금계산서에 기재된 중기용역공급자와 실제공급자가 다르다하여 이러한 조사없이 세금계산서의 매입가액과 부가가치세를 합한 금액 전부를 손금불산입한 처분은 타당하지 아니한 것임.
금융기관 등에 대금결제내역을 조회하는 등의 사실관계를 조사하여 실제 중기용역의 대가로 지급한 것이 확인되는 금액은 손금산입하여야 하나 세금계산서에 기재된 중기용역공급자와 실제공급자가 다르다하여 이러한 조사없이 세금계산서의 매입가액과 부가가치세를 합한 금액 전부를 손금불산입한 처분은 타당하지 아니한 것임.
1. 처분청은 2005. 7. 1. 청구인에게 한 법인세 계 204,228,540원(1999사업연도 분 100,318,670원, 2000사업연도 분 71,645,250원, 그리고 2001사업연도 분 32,264,620원)의 부과처분과 청구인의 대표자에게 계 390,016,000원(1999사업연도 분 182,644,000원, 2000사업연도 분 136,631,000원, 그리고 2001사업연도 분 70,741,000원)을 상여처분하여 청구인에게 소득금액변동통지한 것과 관련하여 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지의 근거가 되는 손금부인금액 354,560,000원이 실제 공사원가인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액을 각각 경정하고 그 공사원가 인정분을 대표자에게 한 상여처분에서 제외하여야 한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 청구인은 1968. 3. 1.부터 토목ㆍ건축 및 전기ㆍ소방설비업 등을 영위하고 있다
(2) 청구인은 ‘별표1’의 공사들을 수행하면서 그 공사들과 관련하여 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(대표자 ㅇㅇㅇ) 등으로부터 위 74매의 세금계산서를 교부받아 1999사업연도에 320,210,000원, 2000사업연도에 153,910,000원, 2001사업연도에 64,310,000원을 각각 해당 사업연도의 공사원가로서 손금에 산입하였다.
(3) ㅇㅇ세무서장은 2005. 2. 위 74매의 세금계산서를 조사한 다음 청구법인이 위 신ㅇㅇ에게 약속어음 또는 당좌수표로 대금을 지급하고 교부받았다고 주장한 공급원가 183,870,000원의 세금계산서 24매는 공사원가 산입을 인정하고, 청구법인이 또 다른 실거래자라고 주장하는 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(대표자 ㅇㅇㅇ) 등에 지급하였다고 주장한 나머지 공급원가 354,560,000원의 세금계산서 50매는 청구법인과 용역업체간에 체결한 계약서와 중기사용일지 등이 없다는 이유로 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 것으로 본 다음 이 같은 내용을 2005. 3. 1. 처분청에 통보하였으며 처분청은 이에 따라 이 사건 부과처분을 하였다.
(4) 청구인은 이 사건 세금계산서에 기재된 중기용역 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것은 인정하면서도 청구인이 중기들을 보유하고 있지 아니하여 청구인의 현장소장들이 지역 중기업자들을 잘 아는 위 ㅇㅇㅇㅇ 대표자 ㅇㅇㅇ 등에게 중기용역 공급을 주선하도록 의뢰하고 기성고에 따라 현장소장이 대금을 청구하면 본사에서 위 ㅇㅇㅇ 등에게 약속어음이나 당좌수표 또는 현금으로 지급하였다고 주장하면서, 청구인이 발행한 당좌수표 17매와 약속어음 11매의 발행금융기관, 발행번호, 발행금액, 발행일자 등을 구체적으로 제시하였다.
(5) 청구인은 위 ㅇㅇㅇ 등 11개업체의 대표자들로부터 이 사건 공사와 관련하여 자신들이 실제 중기용역을 제공하였으나 세금계산서는 자신들이 아닌 다른 업체명의로 발급하였다는 거래사실확인서를 받아 제출하였다.
(6) 청구인이 제출한 위 (4)항의 당좌수표 중 2매{2000. 6. 19.발행, ㅇㅇ은행 00000000, 금액 118,951,295원(이 중 이 사건 관련금액은 5,170,000원임)과 2000. 7. 20.발행, ㅇㅇ은행 00000000, 금액 48,524,365원(이 중 이 사건 관련금액은 6,600,000원임)}는 청구인이 실거래자라고 주장하는 위 ㅇㅇㅇㅇ의 대표자 ㅇㅇㅇ가 배서하고 수령한 것이 확인된다.
(1) 먼저 이 사건 부과처분 중 법인세 부과처분과 그에 따른 대표자 상여처분이 적정한 지에 관하여 살펴본다. 법인소득액을 산출할 때 손금에 산입할 비용에 관하여 납세의무자가 신고한 비용 중 일부가 허위임이 밝혀지거나 스스로 허위임을 인정하면서 다른 비용으로 소요되었다고 주장하는 경우 그 다른 비용의 존재를 납세의무자가 입증하면 이는 손금으로 산입될 수 있다 할 것이다. 이 사건 세금계산서와 관련하여 청구법인이 제시한 증빙에 의하면 청구법인은 이 사건 과세기간 중 ‘별표1’과 같이 이 사건 세금계산서와 관련된 공사를 시행하고 있었으며 그 공사의 성격이 주로 하천, 제방의 개수공사 등이었으므로 중기용역을 상당히 필요로 하는 점이 인정되고, 청구인은 이 사건 세금계산서에 기재된 중기용역 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것은 인정하지만 청구인의 현장소장들이 지역 중기업자들을 잘 아는 위 ㅇㅇㅇ 등에게 중기용역 공급을 주선하도록 의뢰한 다음 기성고에 따라 본사에서 위 ㅇㅇㅇ 등에게 약속어음이나 당좌수표로 지급하거나 현장의 전도자금으로 현장소장들이 지급하였다고 주장하면서 위 ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇㅇ(대표자 ㅇㅇㅇ) 등 8개 업체 대표자들의 거래사실확인서와 함께 청구인이 발행한 당좌수표 17매와 약속어음 11매의 발행금융기관, 발행번호, 발행금액, 발행일자 등을 구체적으로 제시하고 있을 뿐 아니라 위 인정사실 (6)항과 같이 청구인이 실거래업체라고 주장하는 위 ㅇㅇ기업의 대표자(ㅇㅇㅇ)가 당좌수표를 배서하고 수령한 사실이 일부 확인되는 등 이 사건 세금계산서 354,560,000원 중 일부가 실제 중기용역의 대가로 지급되었을 것이라고 볼 만한 상당한 이유가 있다 할 것이다. 따라서 청구인이 제시하는 위 당좌수표와 약속어음의 발행번호 등을 토대로 금융기관 등에 대금결제 내역을 조회하는 등 사실관계를 조사하여 청구인이 실제 중기용역의 대가로 지급한 것이 확인되는 금액은 손금산입하여야 하는데도 이러한 조사를 하지 않고 청구인이 중기사용일지나 중기주선업체와의 계약서 등을 제출하지 못한다는 등의 이유로 이 사건 세금계산서의 매입가액과 그 부가가치세를 합한 금액 전부를 손금불산입한 것은 조사 미진의 잘못이 있다고 할 것이다.
(2) 다음 이 사건 부과처분 중 부가가치세 부과처분이 적정한 지에 관하여 살펴본다. 부가가치세법 제16조 제1항 및 제17조 제2항의 규정에 따르면 교부받은 세금계산서에 기재된 공급자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등이 사실과 다른 경우에는 그 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하도록 규정되어 있고, 이 사건 매입세금계산서는 청구인이 스스로 실제 공급자와 세금계산서에 기재된 공급자가 다른 세금계산서임을 인정하고 있으므로 이 사건 부가가치세 부과처분을 취소하여 달라는 주장은 이유없다 할 것이다.
그렇다면 청구인이 제출한 금융거래 내용을 재조사하고 이 사건 공사와 관련된 중기용역의 대가로 지급되었는지 여부를 확인하여 그 결과에 따라 이 사건 부과처분 중 법인세 부과처분과 대표자에게 한 인정상여 처분의 경정여부를 결정하게 하는 것이 상당하다고 할 것이어서 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.