대여금의 지급처가 불확실하여 대표자에 대한 업무무관가지급금으로 부당행위계산부인 대상이 되어 가지급금 인정이자를 익금산입, 대표자 상여처분, 관련 지급이자를 손금불산입함이 타당하며 국내 사업장이 없는 외국법인에 지급한 항공료 및 고문료는 조세조약에 의해 국내원천 소득으로 과세 할 수 없는 것임.
대여금의 지급처가 불확실하여 대표자에 대한 업무무관가지급금으로 부당행위계산부인 대상이 되어 가지급금 인정이자를 익금산입, 대표자 상여처분, 관련 지급이자를 손금불산입함이 타당하며 국내 사업장이 없는 외국법인에 지급한 항공료 및 고문료는 조세조약에 의해 국내원천 소득으로 과세 할 수 없는 것임.
1. 처분청은 2004. 6. 5.자로 청구인에 대하여 한
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 청구인은 청구외 ㅇㅇ기계(대표자 ㅇㅇㅇ, 사업장: ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, 이하 ｢ㅇㅇ기계｣라 한다), 청구외 ㅇㅇ전기(대표자 ㅇㅇㅇ, 사업장: ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, 이하 ｢ㅇㅇ전기｣라 한다)에 각각 850,000,000원과 670,000,000원을 자재선급금 명목으로 대여해 주는 금전소비대차계약(만기: 2003. 1. 19., 이자율: 0%)을 2000. 1. 19. 체결하고 같은 날 위 금원을 각각 지급한 후 이를 2002년 하반기부터 2003년 상반기까지 수차례에 걸쳐 현금 회수한 것으로 회계처리하였다. 그러나 위 선급금을 지급할 때 인출된 자기앞수표 2매(계 1,520,000,000원)의 수취인이 모두 위 ㅇㅇ기계 대표자인 ㅇㅇㅇ로 되어있고 위 ㅇㅇㅇ는 청구인으로부터 사업과 관련없이 개인 목적으로 위 금원을 차입하였다고 하면서 차입경위, 상환자금의 출처를 밝히지 아니하였다. 따라서, 위 무이자 대여금은 지급처가 불분명하여 특수관계자인 대표자에게 귀속되는 대여금으로서 부당행위계산부인의 대상이므로 인정이자 959,584,361원(2000년도 392,784,408원, 2001년도 403,617,234원, 2002년도 163,182,719원)을 익금산입하고 대표자에게 상여처분하여야 하며, 특수관계자에 대한 업무와 관련 없는 자금의 대여액이므로 관련 지급이자 455,789,409원(2000년도 190,301,103원, 2001년도 186,605,762원, 2002년 78,882,544원)을 손금 부인하여야 한다.
(2) 청구인은 1999. 2. 12. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동에 소재하는 청구인이 소유하고 있던 ㅇㅇㅇ프레임 사업부의 사업권 일체와 생산설비를 청구외 ㅇㅇ산업(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 사업장: ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지, 사업자등록번호 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇ, 이하 ｢ㅇㅇ산업｣이라 한다)에 양도하면서 위 사업부에 있던 재고자산의 처분금액을 실비원가로 약정하고도 실비원가액 1,675,053,823원의 38% 정도인 650,809,803원에 양도한 것으로 처리하고 그 차액 1,024,244,020원을 재고자산처분손실로 비용처리하였다. 그러나 위 거래는 정당한 이유없이 낮은 가격으로 이루어졌으므로 위 재고자산처분손실금액을 손금 부인하여야 한다.
(3) 청구인은 2000. 5. 19. 청구외 ㅇㅇㅇㅇ차(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 사업장: ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, 이하 ｢ㅇㅇㅇㅇ차｣라 한다)에 프레스(PRESS) 4대〔1,000톤 프레스(제품명: ○○, 공급가액 1,189,000,000원) 1대, 600톤 프레스(제품명: ○○, 공급가액 777,000,000원) 1대, 500톤 프레스(제품명: ○○, 공급가액 712,000,000) 2대, 합계 4대를 이하 ｢이 사건 프레스｣라 한다〕를 3,390,000,000원(부가가치세는 별도)에 납품하는 계약을 체결하고 이 사건 프레스의 계약금 및 중도금 계 1,695,000,000원을 받고 세금계산서를 교부하였으나, 같은 해 10월경 이 사건 프레스 중 600톤 1대와 500톤 2대(이하 ｢프레스 3대｣라 한다)를 위 ㅇㅇㅇㅇ차에 인도하면서 [별표 2] ｢프레스 매출누락 현황｣과 같이 매매잔금 525,818,900원(공급가액, 점유비율에 따른 정확한 매매잔금은 525,902,700원임)에 대한 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세를 신고하지 아니하였으므로 부가가치세 100,510,280원(가산세 47,928,390원 포함)을 추징하여야 한다.
(4) 청구인은 1999년도부터 2001년도까지 소속 근로자의 소득공제신고서 및 연말정산과 관련된 증빙자료를 제출하지 않았으므로 신고된 개개 근로자의 위 연도 귀속 근로소득에 대한 특별공제금액을 부인하고 일괄적으로 1인당 표준공제 600,000원씩만 인정하여 원천징수세액(근로소득세) 계 99,745,111원(1999년도 11,094,246원, 2000년도 41,655,188원, 2001년도 46,995,677원)을 추징하여야 한다.
(5) 청구인이 청구외 일본인 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇㅇ, 이하 ｢ㅇㅇㅇ｣라 한다)에게 2000년 1월부터 2001년 12월까지 [별표 3] ｢고문료 지급명세｣와 같이 지급한 고문료 합계 257,109,275원을 기타소득으로 보아 위 지급액의 20%를 원천징수하고, 위 같은 기간에 지급한 항공료 합계 12,360,600원을 접대비로 비용처리하였으나, 위 고문료와 항공료 지급액은 위 ㅇㅇㅇ의 근로소득에 해당하므로 근로소득세를 재계산하여 원천징수세액을 추징하여야 하고, 위 항공료를 지급하고도 이에 대한 지급조서를 제출하지 아니하였으므로 위 지급액의 2%에 해당하는 지급조서제출 불성실 가산세 계 247,210원(2000년도 204,210원, 2001년도 43,000원)을 추징하여야 한다.
(6) 청구인은 청구인의 특수관계자인 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(이하 ｢ㅇㅇㅇㅇ｣라 한다)가 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ금고와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ금고(이하 ｢ㅇㅇㅇㅇ금고｣라 한다)에 예치한 예금을 담보로 위 ㅇㅇㅇㅇ금고에서 약 27억 원을 차입(어음할인)한 후, 위 ㅇㅇㅇㅇ금고가 위 ㅇㅇㅇㅇ에 지급해야 할 1999년도 예금이자 361,664,478원과 2000년도 예금이자 277,885,461원을 청구인이 직접 위 ㅇㅇㅇㅇ에 지급하면서 이자소득에 대한 원천징수를 하지 아니하고 지급조서도 제출하지 아니하였으므로 원천징수납부불성실가산세 15,988,747원과 지급조서미제출가산세 12,790,998원을 추징하여야 한다.
(7) 한편 위 (1)의 대여행위와 관련하여 대표이사 ㅇㅇㅇ에게 2000사업연도 392,784,408원, 2001사업연도 260,645,114원, 대표이사 ㅇㅇㅇ에게 2001사업연도 142,972,120원, 2002사업연도 163,182,719원을 각각 상여금으로 지급한 것으로 소득처분하여 소득금액변경통지(이하 이 사건 소득금액변동 통지이라 한다)를 하여야 한다.
(1) 위 ㅇㅇ기계와 위 ㅇㅇ전기는 청구인의 하청업체로서 청구인과 관계에서 특수관계자가 아닌데도 위 ㅇㅇ기계와 ㅇㅇ전기에 대여한 금액을 부당행위계산부인 및 관련 지급이자 손금부인의 대상으로 본 것은 부당하다.
(2) 사업양수도 과정에서 발생한 존재가치가 없는 재고자산을 상거래상 정상적인 가액으로 처분함에 따라 발생한 재고자산처분손실을 부인하는 것은 부당하다.
(3) ㅇㅇㅇㅇ차와 이 사건 프레스 4대의 매매계약은 검수조건부 계약으로서 프레스 3대는 부분설치가 완료되었으나 공사마무리가 안된 상태에서 매출처인 ㅇㅇㅇㅇ차의 파산으로 계약이 파기되었고, 설치가 진행 중이던 프레스 3대를 회수하는 것이 현실적으로 불가능하여 재매입하는 방법으로 회수한 것으로서 위 프레스 공급계약은 검수조건이 성취되지 않아 공급시기가 도래하지 아니한 거래인데도 잔금부분의 부가가치세를 추징하는 것은 부당하다.
(4) 1999년도부터 2001년도까지의 연말정산 관련 증빙자료가 화재로 소실되었으나 증빙자료가 있는 2002년과 2003년의 총 임직원의 근로소득 대비 기타공제액의 비율이 24%와 27%로 일정하며 증빙이 없는 1999년도부터 2001년도의 연말정산 신고서상의 비율도 14.5%에서 16.6%까지로 일정하므로 증빙이 없다 하더라도 합리적으로 인정할 수 있는 범위내의 공제액으로 보아 신고한 특별공제액 전부를 인정해야 한다.
(5) 청구인이 ㅇㅇ법인과의 계약에 따라 고문료를 지급한 것은 법인의 사용료 소득이거나, 독립된 인적용역의 공급에 따른 대가로 국내근로소득이 아니다.
(6) 청구인이 위 ㅇㅇㅇㅇ에 이자를 송금한 것과 관련하여 위 ㅇㅇㅇㅇ금고에서 원천징수세액을 처분청에 납부하였고, 국가가 청구법인의 원천징수 불이행에 따른 어떠한 불이익을 받지 아니하였는데도 관련 가산세를 추징하는 것은 부당하다.
(1) 청구인의 무이자 금전대여가 특수관계자인 대표자와의 거래로서 부당행위계산부인의 대상인지 여부 및 특수관계자인 대표자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부
(2) 재고자산의 처분금액이 적정한지 여부
(3) 프레스 3대의 공급계약이 완료되었는지 여부
(4) 소득공제의 증빙자료가 없는데도 추정에 의하여 특별공제를 인정할 수 있는지 여부
(5) 이 사건 고문료ㆍ항공료가 근로소득인지 여부
(6) 특수관계자의 예금을 담보로 대출받은 후 그 예금이자를 금융기관 대신 지급하였으나 그 원천징수세액은 금융기관이 납부한 경우 원천징수납부불성실 가산세 부과대상인지 여부
(1) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 사업장을 두고 1973. 8. 9. 설립된 법인(법인번호: ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ, 사업자등록번호: ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇ)으로서 상호를 (주) ㅇㅇㅇㅇ로 하였다가 2001. 10. 19.부터 (주) ㅇㅇ(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ)으로 변경하였고, 기계, 금형, 자동차부품 등의 제조업을 영위하고 있다.
(2) 청구인이 ㅇㅇ기계 등에 자금을 대여한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 2000. 1. 19. ㅇㅇ기계, ㅇㅇ전기와 각각 무담보 금전소비대차계약(ㅇㅇ기계: 850,000,000원, ㅇㅇ전기: 670,000,000원, 만기: 2003. 1. 19., 이자율: 0%)을 체결한 후 같은 날 자재 선급금으로 1,520,000,000원을 지급하였다고 하면서 그 증빙자료로 금전소비대차계약서, 입금표, 입출금결의서, 기안서를 제출하였다. 또한 2004년 1월경 작성된 ㅇㅇ기계 대표자 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇ전기 대표자 ㅇㅇㅇ와 청구인의 이사인 ㅇㅇㅇ의 각 확인서를 제출하였는데 그 내용은 모두 차입회사의 부채를 상환하기 위해 자금을 차입한 것으로 되어있다. 그러나 청구인이 위 대여금을 지급할 때 ㅇㅇ은행 예금통장에서 인출한 자기앞수표 2매〔수표번호 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(지급일자 2000. 1. 20., 금액 850,000,000원), 수표번호 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(지급일자 2000. 1. 20., 금액 670,000,000원)〕의 수취인은 위 ㅇㅇㅇ 1인으로 확인되었다. (나) ㅇㅇㅇㅇ청장은 2004. 1. 30. 위 ㅇㅇㅇ에게 위 대여금의 차입경위, 사용처 등을 확인하였으나 위 ㅇㅇㅇ는 청구인으로부터 사업과 관련없이 개인적인 필요로 위 1,520,000,000원을 차입하였다고 주장할 뿐 위 자금의 차입경위, 자금사용처와 상환자금의 출처를 밝히지 아니하였다. 한편 계정ㆍ거래처별 전표에 따르면 위 ㅇㅇ기계와 ㅇㅇ전기는 2001. 8. 28.부터 2003. 7. 21.까지 위 대여금을 일부씩 상환한 것으로 되어 있다. (다) 한편 위 ㅇㅇㅇ가 심사청구 이후에 제출한 확인서에 따르면 위 자금을 회사의 차입금 상환에 사용하였다고 확인하고 있고, 위 ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ금고 간의 종합거래현황과 위 금고의 2000. 1. 19.자 수입지출기록에 의하면, 위 ㅇㅇㅇ가 위 금고로부터의 대출금을 상환하기 위하여 청구인이 지급한 수표를 위 금고에 입금한 사실을, 위 ㅇㅇㅇ가 위 금고로부터 대출을 받을 당시의 1999. 12. 20.자 어음할인신청서에 의하면, 청구인이 연대보증계약을 체결한 사실을 확인할 수 있고, 위 ㅇㅇㅇ는 위 대출금의 사용처에 대하여는 밝히지 아니하고 있다.
(3) 프레임 사업 양수도계약 내용 및 재고자산 평가 결과는 다음과 같다. (가) 청구인은 1999. 2. 12. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동에 있는 ㅇㅇㅇ프레임 사업부의 사업권 일체와 생산설비 등을 양도하기 위해 ㅇㅇ산업과 양수도계약을 체결하였다. (나) 위 계약내용에 따르면 원자재와 부품은 취득원가로, 재공품은 양자가 합의한 실비원가로 하며, 매매 대상 재고자산은 1999. 4. 30. 실사 후 금액을 결정하여 정산하도록 되어 있다. (다) 위 계약내용에 따라 1999. 4. 29. 재고자산을 실사한 결과 재공품의 실비원가는1,312,854,783원으로, 부분품의 취득원가는 362,199,040원으로 결정되었다. 그런데도 청구인은 재공품의 양도가액을 292,512,713원으로 함에 따라 양도차손 1,020,342,070원이 발생하고, 또 부분품의 양도가액을 358,297,090원으로 함에 따라 양도차손 3,901,950원이 발생하자 양도차손 합계 1,024,244,020원을 재고자산처분손실로 비용처리하였다.
(4) 이 사건 프레스 공급의 계약이행 상황은 다음과 같다. (가) 청구인은 2000. 5. 19.(수정계약일, 최초계약서 작성일 2000. 3. 22.) ㅇㅇㅇㅇ차와 프레스 4대의 공급계약을 체결하면서 계약금은 885,000,000원, 중도금은 1,695,000,000원, 잔금은 810,000,000원 합계 3,390,000,000원(부가가치세는 별도임, 이하 같다)으로 하고 설치ㆍ시운전 완료조건(검수도 조건부 계약)으로 같은 해 12. 31. 인도하는 것으로 하였다. 계약금은 계약서 체결 후 계약이행 무기일어음 및 선급금지급 무기일어음 제출 후 계약일로부터 30일 이내 지불하고, 중도금은 계약목적물의 기성고를 기준으로 3차에 걸쳐 지급하며 잔금은 계약목적물의 설치/시운전완료 후 기술부서의 시운전완료보고서 및 무기일어음 입수 후 30일 이내 지불하는 것으로 하였다. (나) 위 계약내용에 따라 청구인은 2000. 3. 30.자로 계약금 885,000,000원(부가가치세 88,500,000원 별도)에 대한 세금계산서를 발행한 다음 같은 해 5. 30.(어음만기일)에 현금으로 회수하였고, 같은 해 8. 31.자로 2차 중도금 220,000,000원(부가가치세 22,000,000원 별도)에 대한 세금계산서를 발행한 다음 같은 해 10. 30.(어음만기일)에 현금으로 회수하였다. 또한 같은 해 9. 27.자로 1차 중도금 590,000,000원(부가가치세 59,000,000원 별도)에 대한 세금계산서를 발행한 다음 같은 해 10. 20.(어음만기일)에 현금으로 회수(2차 중도금보다 늦게 청구된 이유는 계약목적물의 기성고가 60%이상 일 때 지급하도록 약정하였기 때문임)하였다. 한편 청구인은 같은 해 10. 30.자로 3차 중도금 885,000,000원에 대한 세금계산서를 발행하였으나 위 대금을 지급받지 아니하였다. (다) 청구인은 2000. 10. 26. 위 600톤 프레스 1대와 500톤 프레스 2대, 즉 프레스 3대를 제작 완료하였고 다음날부터 출고를 시작하여 설치하였고, 나머지 1000톤 1대의 출고를 준비하고 있던 중 같은 해 12. 13. ㅇㅇㅇㅇ차가 ㅇㅇ지방법원으로부터 파산선고를 받아 파산절차가 진행됨에 따라 이 사건 프레스의 설치는 중단되었으며 매매 잔금 810,000,000원(부가가치세 81,000,000원 별도)은 지급받지 못하고 세금계산서도 발행하지 않았다. 또한 이 사건 프레스 중 1000톤 프레스 공급부분은 ㅇㅇㅇㅇ차의 파산으로 해제되었다. (라) 청구인의 내부서류인 “ㅇㅇㅇㅇ차 대책보고”에 따르면 청구인은 잔금부분의 세금계산서를 발행하면 관련 채권이 파산채권에 포함되어 파산정리 후 큰 손실이 예상되므로 이를 발행하지 아니하는 것으로 기재되어 있다. (마) 2002. 2. 20. 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ차의 파산관재인 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ와 이미 설치된 프레스 3대를 665,000,000원〔ㅇㅇㅇㅇ차의 내부문서인 ｢프레스 설비 매각 검토｣에 따르면 매각금액은 청구인이 재매입할 경우 소요될 것으로 예상되는 재고부담에 따른 금융비용과 회수 후 재설치비 등을 감안하여 이미 입고된 프레스 3대의 공급가액 2,201,000,000원의 약 43%에 해당하는 946,430,000원으로 하되 위 공급가액 중 2차 중도금까지 지급받은 1,695,000,000원(계약 취소된 1,000톤 프레스에 지급된 2차 중도금까지의 합계 594,500,000원 포함)을 제외한 미지급금액 506,000,000원을 차감하고, 이미 반영된 시운전비 등 75,000,000원을 더하는 등으로 최종매각금액을 500,000,000원으로 검토하였으나 최종적으로 협의된 매매대금은 665,000,000원으로 결정됨〕에 재매입하는 것으로 계약을 체결하여 제품을 회수한 다음, 같은 해 3. 14. 청구외 (주) ○○에 이 사건 프레스를 2,200,000,000원에 매각하였다. 한편 위 프레스 3대의 매출을 2000사업연도 법인의 수입금액(2,201,000,000원)으로 인식하고, 위 재매입을 상품매입으로 회계처리를 하였다. (바) 한편, 2000사업연도 제무제표에 대한 감사보고서에“회사는 제품이 인도되어 설치 및 시운전후 검수가 완료되는 시점에 수익을 인식하고 있습니다.”라고 기재되어 있다. (사) 청구인이 제출한 다른 매매계약서에 의하면, 이 사건 프레스 4대와 동일한 규격의 프레스가 각각 별개로 매매된 사례가 있고, 제품소개서에는 각 규격에 대한 설명이 구분되어 있다.
(5) 근로소득금액의 특별공제와 관련하여 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. (가) ㅇㅇ지방ㅇㅇ청장은 1999년도부터 2001년도까지 근로소득공제신고서와 연말정산과 관련된 증빙서류를 제출하도록 청구인에게 요구하였으나 청구인은 2003. 1. 9. 문서창고에 화재가 발생하여 위 관련증빙서류가 멸실되었다는 이유로 이를 제출하지 아니하였다. 한편 화재증명원에 따르면 피해내역은 페인트집기류 소실, 유리창 일부 파손 및 공장 건물 1층 내부 그을림 등으로 보관서류의 소실에 대한 내용은 없고, 위 화재현장조사를 담당하였던 청구외 ㅇㅇㅇ(현재 ㅇㅇ북부소방서 ㅇㅇ파출소 소방장)의 확인서에 따르면 화재피해는 페인트 집기류와 폐자재 및 유리창일부가 파손되었을 뿐 종이 및 서류 등이 소실된 것은 없었다고 확인하고 있다. (나) 청구인은 1999년도(총 근로자수 217명) 252,161천 원, 2000년도(총 근로자수 206명) 357,082천 원, 2001년도(총 근로자 수 152명) 372,240천 원을 특별공제로 신고하여 근로소득금액(근로소득공제 후, 1999년도 1,730,185천 원, 2000년도 2,428,103천 원, 2001년도 2,241,645천 원) 대비 특별공제금액 비율은 1999년도 14.5%, 2000년도 14.7%, 2001년도 16.6%에 해당하나 처분청은 특별공제에 대한 증빙자료가 없다는 이유로 근로자 개개인에게 600,000원씩 표준공제를 적용하여 1999년도 130,200천 원, 2000년도 123,600천 원, 2001년도 90,600천 원을 인정(근로소득금액 대비 특별공제금액 4% ~ 7.5%)하였다. (다) 청구인은 연말정산에 관한 증빙자료가 있는 2002년도(총 근로자 수 179명)와 2003년도(총 근로자 수 158명)의 특별공제금액을 각각 556,719천 원, 722,087천 원으로 신고하여 근로소득금액(근로소득공제 후 2002년도 2,356,372천 원, 2003년도 2,691,316천 원) 대비 특별공제금액 비율은 24%, 27%에 해당한다고 주장한다. (라) 이 건 심사청구를 할 때 제출한 청구외 ㅇㅇㅇ 외 3명의 소득공제용 보험료 납입증명서에 따르면 70만 원(보장성보험료의 경우 위 연도에 인정되는 한도가 70만 원)을 초과(ㅇㅇㅇ: 2000년 3,094,000원, 2001년 3,971,700원, ㅇㅇㅇ: 2000년 702,180원, ㅇㅇㅇ: 2000년 1,234,720원, 2001년 3,598,520원, ㅇㅇㅇ: 2000년 1,014,960원, 2001년 1,014,960원)하여 처분청이 인정한 60만 원보다 10만 원을 초과하고 있다.
(6) 청구인은 ㅇㅇ국에 있는 (유) ㅇㅇㅇ 엔지니어링(이하 ｢ㅇㅇ회사｣라 한다)과 기술자문계약을 체결하여 고문료 등을 지급하였는바, 그 계약내용과 지급현황 등은 다음과 같다. (가) 청구인은 1994. 5. 12. 각종 프레스를 제조하는데 필요한 기술 지도와 조언을 받기 위해 위 ㅇㅇ회사와 2년간 기술공여계약을 체결하였고 위 계약기간이 종료하기 전에 계약기간을 2년씩 연장하여 이 사건 심사청구 제기 당시에도 기술공여계약은 유지되고 있다. 위 계약내용에 따라 위 ㅇㅇ회사의 대표이사인 ㅇㅇㅇ는 1994. 6. 1.부터 이 사건 심사청구 제기 당시까지 계속 기술자문을 하고 있다. (나) 2000년 5월경에 작성된 기술공여계약서에는 위 ㅇㅇ회사의 직원이 청구인의 공장에 매월 2회 10일간 출장하여 기술 지도와 조언을 하는 대가로 청구인은 2년간 20,000,000엔(매월 834,000엔)을 지불하되, 근무회수와 일수는 상호합의에 따라 50% 범위내에서 가감할 수 있으며 또 위 금액과는 별도로 왕복 항공 여비와 숙소를 제공하는 것으로 되어 있다. (다) 청구인은 2000년도부터 2001년도까지 [별표 3] ｢고문료 지급명세｣와 같이 고문료 합계 257,109,275원(2000년도 138,337,506원, 2001년도 118,771,769원)을 위 ㅇㅇ회사에 지급하였고 이를 기타소득의 지급으로 보아 위 지급액의 20%를 원천징수하여 처분청에 납부하였다. 또한 위 기술공여계약에 따라 위 같은 기간에 직접 청구외 (주) ㅇㅇ항공에 지급한 항공료 합계 12,360,600원(2000년도 10,210,600원, 2001년도 2,150,000원)을 접대비로 비용처리하였다. (라) ㅇㅇㅇ는 위와 같이 기술자문을 하면서 2000. 3. 17.부터 2001. 3. 23.까지 1년간 청구인의 등기이사로 등록되었고, 국내에 거주한 기간은 월별 10일 정도로 2000년도 126일, 2001년도 120일이다.
(7) 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ에 예금이자를 송금한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ로부터 위 ㅇㅇㅇㅇ금고의 예금을 담보로 제공받아 1999년도부터 2000년도까지 약 27억 원을 위 ㅇㅇㅇㅇ금고에서 차입(어음할인)하는 방법으로 자금거래를 하였다. (나) 청구인은 위 차입과 관련하여 위 ㅇㅇㅇㅇ금고가 ㅇㅇㅇㅇ에 지급해야 할 1999년도 예금이자 223,935,941원(1999년도)과 203,640,724원(2000년도)을 직접 위 ㅇㅇㅇㅇ에 송금하였다. 청구인은 대출이자액에서 ㅇㅇㅇㅇ에 송금한 위 예금이자액을 공제한 금액을 ㅇㅇㅇㅇ금고에 지급하였으며, ㅇㅇㅇㅇ금고는 청구인으로부터 지급받은 위 금액 중에서 예금이자에 대한 원천징수세액 상당을 세무서에 납부하였다. 한편, 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ에 송금한 예금이자액에는 위 원천징수세액 상당은 포함되어 있지 않고, ㅇㅇㅇㅇ와 청구인 간에는 금전소비대차계약이 존재하지 아니한다. (다) 한편 원천납부세액 명세서와 원천징수영수증에 따르면 위 ㅇㅇㅇㅇ금고가 직접 ㅇㅇㅇㅇ에 예금이자를 지급하고 그 원천징수세액 상당액 합계 136,297,140원(1999년 79,566,110원, 2000년 56,731,030원)을 관할 세무서에 납부한 것으로 되어 있다.
(8) 처분청은 2004. 2. 4. ㅇㅇ지방ㅇㅇ청장으로부터 2003. 12. 22.부터 2004. 1. 20.까지 청구인의 1999사업연도부터 2002사업연도까지 법인세 등에 대한 세무조사결과를 통보받고 같은 해 6. 5. 청구인에게 이 사건 이월결손금 감액조정, 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동 통지를 하였다.
(1) 부당행위계산부인 및 지급이자 손금불산입에 관한 규정 (가) ｢법인세법｣ 제28조 제1항 제4호 나목에는 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, ｢법인세법 시행령｣ 제53조 에는 “대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액을 말한다고 규정하고 있다. (나) ｢법인세법｣ 제52조 제1항 에는 납세지관할세무서장 또는 관할지방ㅇㅇ청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 제4항에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있다. (다) ｢법인세법｣ 제67조 에는 제60조 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하는 것으로 규정하고 있다. (라) ｢법인세법 시행령｣ 제87조 제1항 에는 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1에 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말하는 것으로 규정하면서 그 제3호에 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께하는 친족을 규정하고 있다. (마) ｢법인세법 시행령｣ 제88조 제1항 에는 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말하는 것으로 규정하면서 그 제6호에 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우를 규정하고 있다. (바) ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제3항 에는 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 "당좌대월이자율"이라 한다)을 시가로 하되, 다만 당해 법인에게 당좌대출이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다고 규정하고 있고, 제5항에는 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하는 것으로 규정하고 있다. (사) ｢법인세법 시행령｣ 제106조 제1항 에는 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분하는 것으로 규정하면서 그 제1호에 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것을 규정하면서 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있다. (아) ｢소득세법｣ 제20조 제1항 에는 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다고 규정하고, 그 제1호에 갑종을 규정하면서 다목에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액을 규정하고 있고, 제2항에는 근로소득금액은 제1항 각호의 소득의 금액(비과세소득을 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조의 규정에 의한 근로소득공제를 한 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(2) 재고자산 처분손실에 관한 규정 (가) ｢법인세법｣ 제19조 제2항 에는 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 또는 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 하도록 규정하고 있고, ｢같은 법 시행령｣ 제19조 제2호에는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비로 규정하고 있다. (나) ｢법인세법｣ 제42조 제1항 에는 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 제3항 제1호에는 재고자산으로 파손ㆍ부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것에 해당하는 자산은 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있는 것으로 규정하고 있으며 ｢같은 법 시행령｣ 제77조 제3항에는 법 제42조 제3항 본문에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 동항 각호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 다음 각호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말하는 것으로 규정하면서 그 제1호에 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액을 열거하고 있다.
(3) 프레스 공급시기에 관한 규정 (가) ｢부가가치세법｣ 제6조 제1항 에는 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 하도록 규정하고 있다. (나) ｢부가가치세법｣ 제9조 제1항 에는 재화의 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 하도록 규정하면서 그 제1호에 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때를, 그 제2호에 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때를, 그 제3호에 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때를 각각 열거하고 있고, 제3항에는 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것으로 규정하고 있다. (다) ｢부가가치세법 시행령｣ 제21조 제1항 에는 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의하는 것으로 규정하면서 그 제1호에 현금판매, 외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때를, 그 제3호에 반환조건부판매ㆍ동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때를, 그 제4호에 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 각각 열거하고 있고, ｢같은 법 시행규칙｣ 제9조 제1항 제1호에는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 재화가 인도되기 전 또는 재화의 이용가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 말하는 것으로 규정하고 있다.
(4) 근로소득금액의 특별공제에 관한 규정 (가) ｢소득세법｣ 제52조 제10항 에는 제1항 내지 제9항의 규정에 의한 공제는 당해 거주자가 대통령령이 정하는 바에 따라 신청한 경우에 적용되며, 공제액이 당해 거주자의 당해연도의 합산과세되는 종합소득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 한다고 규정하고 있고, 제11항에는 근로소득이 있는 거주자로서 제10항의 규정에 의한 신청을 하지 아니한 자나 근로소득이 없는 거주자로서 종합소득이 있는 자에 대하여는 연 60만 원을 공제(이하 “표준공제”라 한다)하는 것으로 규정하고 있다. (나) ｢소득세법｣ 제80조 제3항 에는 납세지관할세무서장 또는 지방ㅇㅇ청장은 제1항 및 제2항 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있는 것으로 규정하고 있다. (다) ｢소득세법 시행령｣ 제143조 제2항 제2호 에는 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준 확정신고 후에 장부 등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준 확정신고 전에 장부 등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정하도록 규정하고 있다.
(5) 고문료 등의 지급에 관한 규정 (가) ｢법인세법｣ 제93조 제6호 에는 외국법인의 국내원천소득에 국내에서 대통령령이 정하는 인적용역을 제공함으로 인하여 발생하는 소득을 열거하면서 ｢같은 법 시행령｣ 제132조 제6항 제4호에 법 제93조 제6호에서 “대통령령이 정하는 인적용역”에 과학기술ㆍ경영관리 기타 분야에 관한 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 제공하는 용역을 의미하는 것으로 규정하고 있다. (나) ｢법인세법｣ 제98조 제1항 에는 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 의한 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 납세지 관할세무서 등에 납부하여야 하는 것으로 규정하면서 그 제2호에 제93조 제6호에 규정하는 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 20을 규정하고 있다. (다) ｢대한민국과 일본간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약｣(이하 ｢한ㆍ일 조세협약｣이라 한다) 제14조 제1항에는 일방체약국의 거주자가 전문직업적 용역 또는 독립적 성격의 기타 활동과 관련하여 취득하는 소득은 다음의 경우가 아니면 동 일방체약국에서만 과세한다고 하면서 그가 자신의 활동을 수행할 목적으로 타방체약국 안에 정기적으로 이용가능한 고정시설을 가지는 경우 또는 당해 역년 중 총 183일 또는 이를 초과하는 단일기간 또는 통산한 기간동안 동 타방체약국에 체류하는 경우를 규정하고 있고, 제2항에는 “전문직업적 용역”이라 함은 의사ㆍ변호사ㆍ엔지니어ㆍ건축가ㆍ치과의사 및 회계사의 독립적인 활동뿐 만 아니라 특히 독립적인 학술ㆍ문학ㆍ예술ㆍ교육과 교수활동을 포함하는 것으로 규정하고 있다. (라) ｢한ㆍ일조세협약｣ 제16조에는 일방체약국의 거주자가 타방체약국의 거주자인 법인의 이사회의 구성원 자격으로 취득하는 이사의 보수 및 기타 유사한 지급금에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있는 것으로 규정하고 있다.
(6) 원천징수불이행에 관한 규정 (가) ｢법인세법｣ 제73조 제1항 에는 ｢소득세법｣ 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액 등을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 이를 납세지관할세무서 등에 납부하여야 하는 것으로 규정하면서 그 제1호에 이자소득금액의 경우에는 100분의 15(｢소득세법｣ 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25)를 열거하고 있다. (나) ｢법인세법｣ 제76조 제2항 에는 제73조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한이 경과한 후에 납부하는 경우에는 그 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 하는 것으로 규정하고 있고, 제7항에는 납세지관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의2 또는 소득세법 제164조 ㆍ제164조의2의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한 내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다.
(1) 청구인의 무이자 금전대여가 특수관계자인 대표자와의 거래로서 부당행위계산부인의 대상인지 여부 및 대표자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부 살피건대, ｢법인세법｣ 제52조 제1항 과 ｢법인세법 시행령｣ 제87조 제1항 의 규정에 따르면 부당행위계산부인은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래로 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 법인의 행위와 관계없이 각 사업연도의 소득금액으로 계산할 수 있는 것을 말하고, 여기서 “특수관계에 있는 자”란 임원의 임명권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족, 주주(소액주주 등을 제외) 등과 그 친족, 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께하는 자 등을 열거하고 있다. 청구인으로부터 자금을 대여받은 ㅇㅇ기계, ㅇㅇ전기는 청구인의 하청업체로서 ｢법인세법｣에 규정된 특수관계자에 해당되지 아니한다고 할 것이나, 위 인정사실 (2)에서와 같이 위 ㅇㅇㅇ는 처음에는 850,000,000원을 회사의 부채해소를 위한 자금으로 차용하였다고 하였다가 1,520,000,000원 전체를 회사의 사업과 관련없이 개인용도로 차용한 것이라고 하고 다시 회사의 차입금을 상환하기 위하여 차용하였다는 등 그 진술이 일관되지 아니하고, 위 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ금고로부터의 대출금을 상환하기 위하여 청구인이 지급한 수표를 위 금고에 입금한 사실 및 위 ㅇㅇㅇ가 위 금고로부터 대출을 받을 시 청구인이 연대보증계약을 체결한 사실을 확인할 수 있고, 위 ㅇㅇㅇ는 위 대출금의 사용처에 대하여는 밝히지 아니하고 있다. 또한, 1999년 12월말 11,216,000,000원의 누적결손이 있는 청구인이 1,520,000,000원을 아무런 채권확보를 위한 조치도 없이 무이자로 장기간 대여한 것은 사회통념상 인정하기 어려운 점이 있으므로 사업상 목적으로 비특수관계자인 하청업체에 자금을 지원한 것이라는 주장은 믿기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 위 대여금이 그 지급처가 불확실한 경우로서 대표자에 대한 업무무관가지급금으로 위 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보아 위 가지급금의 인정 이자를 익금산입하고, 이에 대하여 대표자 상여처분하고, 관련 지급이자를 손금불산입한 것에 대하여 달리 이를 위법하다고 볼 만한 근거가 없다 할 것이다.
(2) 재고자산의 처분금액이 적정한지 여부 ｢법인세법｣ 제19조 제2항 과 제42조 제3항 제1호의 규정에 따르면 손금은 법인의 사업과 관련하여 발생하였거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이어야 하고, 재고자산은 파손ㆍ부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 경우에 장부가액을 감액할 수 있다. 위 인정사실(3)에서와 같이 원재료와 부품은 취득원가로, 재공품은 양자 합의하에 실비원가로 산정하기로 약정하였는데 1999. 4. 29. 실사를 한 결과 재공품은 사업양수도 이후 2개월 이내에 ㅇㅇ자동차로 정상 납품될 예정으로 불량이 없고, 상당한 재산적 가치가 있는 정상적인 재고자산으로서 그 실비원가가 1,675,053,823원으로 결정되어 파손 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 경우에 해당되지 않는데도 청구인은 위 재고자산을 정당한 이유없이 위 실비원가의 38% 정도인 650,829,803원에 양도하여 부당하게 재고자산 처분손실을 발생하게 하였으므로 처분청이 위와 같은 사유로 발생한 재고자산처분손실을 부인한 것은 정당하다고 할 것이다.
(3) 프레스 3대의 공급계약이 완료되었는지 여부 ｢부가가치세법｣ 제9조 와 ｢같은 법 시행령｣ 제21조에 따르면 재화의 공급시기는 검수조건부 재화의 공급의 경우에 당해 인도조건이 성취되는 때이고, 중간지급조건부 재화의 공급의 경우에 대가의 각 부분을 받기로 한 때이지만 재화를 인도하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 재화의 공급시기로 보도록 규정하고 있다. 살피건대, 위 인정사실 (4)에서와 같이 이 사건 프레스 공급계약은 설치ㆍ시운전 완료조건(검수도 조건)의 계약이면서 동시에 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상(계약일 2000. 3. 22. 계약납기 2000. 12. 31. 계약금 1회, 중도금 3회, 잔금 지급조건부)인 중간지급조건부 계약에도 해당한다고 할 것인데 잔금의 지급시기는 위 어느 조건 계약으로 보더라도 시운전 완료시라고 할 것이다. 한편, 이 사건 프레스 4대와 동일한 규격의 프레스가 각각 별개로 매매된 사례가 있고, 제품소개서에 각 규격에 대한 설명이 구분되어 있는 점에 비추어, 이 사건 프레스 4대가 항상 라인에서 세트로서 작동되어야 하는 것은 아닌 것으로 보이고, 한편 청구인은 1000톤 프레스를 제외한 나머지 프레스 3대의 매출을 2000사업연도 수입금액으로 인식하였고, 2000사업연도 제무제표에 대한 감사보고서에“회사는 제품이 인도되어 설치 및 시운전후 검수가 완료되는 시점에 수익을 인식하고 있습니다.”라고 기재되어 있는 점에 비추어 프레스 3대에 대한 검수가 이루어졌다고 추인될 수 있으므로, 1000톤을 제외한 나머지 프레스 3대에 대한 공급시기가 도래하였다고 보아야 할 것이다. 나아가 청구인은 잔금부분에 대한 세금계산서를 발행하면 미수금 채권이 파산채권에 포함되어 파산정리 후 손실이 예상되어 이를 발행하지 아니하였으며 이 사건 프레스 중 600톤 1대와 500톤 2대의 공급계약을 해제하지 아니하면서 ㅇㅇㅇㅇ차와 계약으로 재매입 비용 등과 미수금을 감안하여 665,000,000원에 재매입한 것에 비추어 보면 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ차에 위 프레스 3대를 공급하여 그 소유권이 이전되었던 것을 다시 매입한 것이라 볼 수 있다. 따라서 이 사건 프레스 중 공급시기가 도래한 프레스 3대(600톤 1대와 500톤 2대)의 잔금부분에 대하여 부가가치세 및 가산세를 부과한 것은 적법하다 할 것이다.
(4) 소득공제의 증빙자료가 없는데도 추정에 의한 특별공제를 인정할 수 있는지 여부 살피건대, 청구인은 임직원들의 근로소득자 소득공제신고서 및 연말정산과 관련한 특별공제 관련서류 등이 화재로 소실되어 제출하지 못하였다고 주장하지만 화재증명원이나 화재조사를 담당했던 ㅇㅇ북부소방서 직원 위 ㅇㅇㅇ의 확인서에 따르면 당시 화재로 서류 등이 소실되지 않았다고 확인하고 있고, 1999년도부터 2001년도까지 신고한 근로소득금액 대비 특별공제금액의 비율이 14.5%~16.6%라고 하더라도 관련 증빙자료가 없는 한 이를 인정하기는 어렵고, 또한 ｢소득세법｣상 추계에 의한 소득금액을 인정하는 규정은 있으나 추계에 의한 소득공제를 인정하는 규정이 없으므로 청구인의 주장은 이유 없다고 할 것이다. 다만, 위 인정사실 (5)의 (라)에서와 같이 청구인이 이 건 심사청구를 할 때 제출한 특별공제 증빙자료에 따르면 ㅇㅇㅇ 외 3명의 보장성보험료 납부금액이 표준공제액인 600,000원을 초과하고 있으므로 처분청은 청구인이 제출한 증빙자료를 재조사하여 그 결과에 따라 원천징수세액을 경정하여야 할 것이다.
(5) 이 사건 기술고문료ㆍ항공료 지급액이 근로소득인지 여부 살피건대, ｢한ㆍ일 조세협약｣ 제14조에는 전문직업적 용역 또는 독립적 성격의 기타 활동과 관련하여 취득하는 소득은 당해 역년 중 총 183일 또는 이를 초과하는 단일기간 또는 통산한 기간 동안 타방체약국(대한민국을 말함, 이하 같다)에 체류하는 경우 등이 아니면 일방체약국(ㅇㅇ국을 말함, 이하 같다)에서만 과세하도록 규정하면서 “전문직업적 용역”이라 함은 의사ㆍ변호사ㆍ엔지니어 등의 독립적인 활동뿐 만 아니라 독립적인 학술ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육과 교수활동을 포함하는 것으로 규정하고 있고, ｢같은 협약｣ 제16조에는 일방체약국의 거주자가 타방체약국의 거주자인 법인의 이사회의 구성원 자격으로 취득하는 이사의 보수 등에 대하여는 타방체약국에서 과세할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, ｢한ㆍ일조세조약｣은 전문직업적 용역과 관련하여 취득하는 소득에 해당하는지, 법인의 이사회 구성원 자격으로 취득하는 소득에 해당하는지에 따라 타방체약국에서 위 소득에 대하여 과세할 수 있는지 여부를 구분하고 있다. 위 인정사실(6)에서와 같이 ㅇㅇㅇ는 각종 프레스 제조에 필요한 기술지도 등의 전문직업적 용역을 제공하면서도 2000. 3. 17.부터 2001. 3. 23.까지 1년간 청구인의 등기이사로 등록되어 있다. 그러나 이 사건 고문료와 항공료는 등기이사의 보수로서 ㅇㅇㅇ에게 지급된 것이 아니라 기술공여계약에 따라 기술자문용역의 대가 및 그 부대비용(청구인은 위 항공료를 접대비로 비용처리 하였으나 세법상 접대비는 법인의 업무를 원활히 수행하기 위하여 거래처 기타 법인이 접촉하는 상대방에게 접대, 향응, 위안 등을 위하여 지급하는 금원을 말하는 것으로서 위 항공료를 접대비로 보기는 어렵고 기술공여계약의 부대비용으로 보아 고문료와 동일하게 소득금액에 포함된다고 할 것임)으로 국내 사업장이 없는 위 ㅇㅇ회사에 지급 내지 지급된 것으로 본다고 할 것이고, 2000년도와 2001년도 ㅇㅇㅇ의 국내 체류기간이 연간 126일 이내로 183일을 초과하지 아니하므로 ｢한ㆍ일조세조약｣ 제14조의 규정에 따라 처분청은 위 고문료와 항공료를 국내원천소득으로 보아 과세할 수는 없다고 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 고문료와 항공료 지급액을 근로소득으로 보아 원천징수세액을 추가로 추징한 것(청구인이 이 사건 고문료의 20%를 원천징수하여 납부한 금액51,421,780원은 별론으로 함)과 위 항공료에 대한 지급조서제출 불성실 가산세를 부과한 것은 잘못이라 할 것이다.
(6) 특수관계자의 예금을 담보로 대출받은 후 그 예금이자를 직접 특수관계자에게 송금하였으나 그 원천징수세액은 금융기관이 납부한 경우 원천징수납부불성실 가산세 부과대상인지 여부 살피건대, 위 인정사실(7)에서와 같이 청구인은 대출이자액에서 ㅇㅇㅇㅇ금고가 ㅇㅇㅇㅇ에 지급하여야 할 예금이자액을 공제한 금액을 ㅇㅇㅇㅇ금고에 지급하였고, ㅇㅇㅇㅇ금고는 청구인으로부터 지급받은 위 금액 중에서 예금이자에 대한 원천징수세액 상당을 세무서에 납부하였으며, 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ에 송금한 예금이자액에는 위 원천징수세액 상당은 포함되어 있지 않았다는 점이 인정된다. 따라서, 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ에 송금한 예금이자액은 ㅇㅇㅇㅇ금고가 ㅇㅇㅇㅇ에 지급하여야 할 금액을 편의상 청구인이 직접 전달한 것에 불과할 뿐 ㅇㅇㅇㅇ에 이자소득을 지급하는 자로서 위 예금이자액을 송금한 것이라고는 볼 수 없으므로 ㅇㅇㅇㅇ의 이자소득금액에 대한 원천징수의무자는 청구인이 아니라 ㅇㅇㅇㅇ금고라 할 것이어서, 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ금고가 ㅇㅇㅇㅇ에 지급하는 이자소득의 원천징수의무자임을 전제로 한 원천징수납부불성실가산세와 지급조서미제출가산세 부과처분은 위법하다 할 것이다.
그렇다면 처분청이 청구인에게 한 i)법인세 부과처분 중 항공료 지급조서 및 이자소득 지급조서 미제출에 따른 지급조서미제출가산세 부과는 각 위법하고, ii)소득세 부과처분 중 근로소득금액 중 ㅇㅇㅇ에 대한 고문료와 항공료를 근로소득으로 본 부분은 위법하며, 연말정산 증빙자료가 제출된 특별공제 부분은 조사의 미흡함이 있고, iii)이자소득세 부과처분은 위법하므로, 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되고, 나머지 청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. [별표 1] 추징세액 명세 (단위: 원) 연도별 계 1999 2000 2001 2002 법인세 익금산입 6,014,538,520 1,238,129,225 3,389,413,835 1,144,930,197 242,065,263 이월결손금 과다계상 6,014,538,520 1,238,129,225 3,389,413,835 1,144,930,197 242,065,263 가산세 지급조서미제출 15,637,910 7,233,280 8,361,630 43,000
• 증빙미수취 2,000,000
• 2,000,000
• - 계 17,637,910 7,233,280 10,361,630 43,000
• 부가가치세 추징관련금액 525,818,900
• 525,818,900
• - 세액 본세 52,581,890
• 52,581,890
• - 가산세 47,928,390
• 47,928,390
• - 계 100,510,280
• 100,510,280
• - 원천징수세액 이자 소득세 추징관련금액 389,449,939 361,664,478 277,885,461
• - 원천징수납부 불성실가산세 15,988,740 9,041,610 6,947,130
• - 근로소득세 추징관련금액 399,455,327
• 278,533,558 120,921,769
• 세액 본세 122,880,705 11,094,240 59,894,828 51,891,637
• 가산세 12,288,065 1,109,420 5,989,482 5,189,163
• 계 135,168,770 12,203,670 65,884,310 57,080,800
• 추징세액 합계 269,305,700 28,478,560 183,703,350 57,123,800
• [별표 2] 프레스 매출누락 현황 (단위: 원) 구분 총금액 프레스 품명 세금계산서
○○
○○
○○ 출고일 미출고 ’00.10.28. ’00.10.29. 합계 3,390,000,000 1,189,000,000 777,000,000 1,424,000,000 계약금 885,000,000 310,402,700 202,845,100 371,752,200 ’00.3.30.발행 중 도 금 1차 590,000,000 206,935,100 135,230,100 247,834,800 ’00.8.31.발행 2차 220,000,000 77,162,200 50,424,800 92,413,000 ’00.9.27.발행 3차 885,000,000 310,402,700 202,845,100 371,752,200 ’00.10.30.발행 잔금 810,000,000 284,097,300 185,654,900 340,247,800 미발행 매출누락금액 525,902,700
• 185,654,900 340,247,800 ※ ○○은 미출고되어 매출누락금액에 포함되지 아니함. [별표 3] 고문료 지급 명세 (단위: 원) 지급일 금액 지급일 금액
2000. 01. 19. 14,391,123
2001. 02. 06. 10,125,358
2000. 02. 19. 9,440,518
2001. 03. 06. 9,900,019
2000. 03. 14. 13,595,982
2001. 04. 06. 9,940,178
2000. 04. 21. 16,515,110
2001. 04. 30. 9,880,628
2000. 05. 29. 15,927,350
2001. 05. 19. 9,804,443
2000. 07. 01. 9,763,455
2001. 06. 25. 9,735,885
2000. 07. 31. 9,483,619
2001. 07. 30. 9,693,335
2000. 08. 23. 9,695,082
2001. 08. 25. 9,910,036
2000. 09. 25. 9,674,312
2001. 09. 28. 11,226,811
2000. 11. 01. 9,678,263
2001. 10. 26. 9,794,243
2000. 11. 27. 9,905,440
2001. 11. 30. 9,502,000
2001. 01. 02. 10,267,252
2001. 12. 31. 9,258,833 2000년 합계 138,337,506 2001년 합계 118,771,769 총 계 257,109,275 ※ 일본인 ㅇㅇㅇ는 2000. 3. 17.부터 2001. 3. 23. 청구법인의 등기임원(이사)이었으나 고문료는 등기임원이 되기 전ㆍ후에 차이가 없음.
결정 내용은 붙임과 같습니다.