토지의 수용에 따른 매각 시 양도시기와 양도소득세 과세대상이 되는지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인 ㅇㅇㅇ는 본인 소유의 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 등 5필지 토지(12,691㎡, 이하 ｢이 사건 토지들｣이라 한다)가 ㅇㅇㅇㅇ시교육청에 수용되자 2005. 6. 23. 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 735,206,700원을 이 사건 토지들의 양도에 따른 양도소득세로 신고ㆍ납부한 뒤, 이 사건 토지들의 매매계약일이 2005. 5. 30.이므로 2004년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 금액으로 양도소득세를 신고ㆍ납부하였어야 함에도 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 금액으로 잘못 신고ㆍ납부하였다는 사유로 같은 해 7. 20. 이미 신고ㆍ납부한 양도소득세를 112,591,072원으로 낮춰달라고 경정청구하였다. 이에 대하여 처분청은 부동산에 대한 양도시기는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 적용)에 따라 판단하는 것으로 청구인 ㅇㅇㅇ의 당초 양도소득세 신고 내용이 정당하다는 사유로 2005. 9. 14. 경정청구에 대한 거부처분(이하 ｢이 사건 처분｣이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 소득세법 제88조 에서 규정한 양도에는 토지수용은 포함되지 않는다고 해석하여야 하고, 설령 양도에 토지수용이 포함된다 하더라도 매매계약 당시에 모든 실질적인 절차는 종료되고 소유권 이전등기나 대금 청산은 형식적인 절차에 불과하므로 이 사건 토지들의 매매계약일인 2005. 5. 30.에 결정․공시되어 있었던 2004년도 개별공시지가에 의하여 산출한 금액으로 양도소득세를 납부하는 것이 마땅한 바, 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건 토지들의 수용에 따른 매각이 양도소득세 과세대상이 되는 양도에 포함되는지 여부 및 자산의 양도시기를 언제로 볼 것인지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인과 ㅇㅇㅇㅇ시교육감은 2005. 5. 30. ㅇㅇㅇㅇ시교육청의 도시계획시설 사업(가칭 ㅇㅇㅇ고등학교ㆍㅇㅇ중학교 신설) 추진과 관련하여 학교용지로 편입된 이 사건 토지들에 대한 매매계약(손실보상금: 5,034,663,650원)을 체결하였다.

(2) 이 사건 토지들의 등기부에 소유권이전(청구인 → ㅇㅇㅇㅇ시교육청) 등기접수일이 2005. 6. 3.로 기재되어 있다.

(3) 이 사건 토지들에 대한 매매대금(손실보상금, 5,034,663,650원)은 2005. 6. 9. 청구인에게 전액 지급되었다.

(4) 청구인은 2005. 6. 23. 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 735,206,700원을 이 사건 토지들의 양도에 따른 양도 소득세로 처분청에 신고ㆍ납부하였다.

(5) 청구인은 이 사건 토지들의 매매계약일이 2005. 5. 30.이므로 2004년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 금액으로 양도소득세를 신고ㆍ납부하였어야 함에도 2005. 5. 31.에 결정ㆍ공시된 2005년도 개별공시지가를 적용하여 산출한 금액으로 잘못 신고ㆍ납부하였다는 사유로 같은 해 7. 20. 이미 신고ㆍ납부한 양도소득세를 112,591,072원으로 낮춰달라고 처분청에 경정청구하였다.

(6) 처분청은 부동산에 대한 양도시기는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 적용)에 따라 판단하는 것으로 청구인의 당초 양도소득세 신고 내용이 정당하다는 사유로 2005. 9. 14. 이 사건 처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) ｢소득세법｣ 제88조 제1항 에 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있다. (2) ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제1호 에 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있다. (3) ｢소득세법｣ 제98조 와 ｢같은 법 시행령｣ 제162조 제1항에 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다. (4) ｢소득세법｣ 제99조 제1항 제1호 에 토지의 양도당시의 기준시가는 ｢부동산공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가에 의한다고 규정하고 있다.

(5) ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률 시행령｣ 제20조 제1항 에 시장ㆍ군수 또는 구청장은 매년 5월 31일까지 개별공시지가를 결정ㆍ공시하여야 한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 소득세법 제88조 에서 규정한 양도에는 토지수용은 포함되지 않고, 설령 양도에 토지수용이 포함된다 하더라도 매매계약 당시에 모든 실질적인 절차는 종료되고 소유권 이전등기나 대금 청산은 형식적인 절차에 불과하여, 이 사건 토지들의 매매계약일인 2005. 5. 30.에 결정ㆍ공시되어 있었던 2004년도 개별공시지가에 의하여 산출한 금액으로 양도소득세를 납부하는 것이 마땅한 바, 이 사건 처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ｢소득세법｣ 제88조 제1항 에 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있는 바, 위 규정의 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자는 자산의 유상이전에 관한 예시이므로 토지수용법 등에 기한 수용도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다. 한편 ｢소득세법｣ 제98조 및 ｢같은 법 시행령｣ 제162조 제1항에 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있는 바, 위 각 규정은 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 된다 할 것이다. 따라서 이 건 수용에 의한 토지의 매각은 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당되고, 양도시기는 등기접수일인 2005. 6. 3.로서 양도당시의 기준시가는 양도일 이전인 2005. 5. 31.에 결정ㆍ공시된 2005년도 개별공시지가를 적용하여야 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.