부동산 임대업을 하던 상가 건물을 매각시 양도소득세와 부가가치세 부담 여부

심사청구를 기각한다.

청구인(ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지에 사는 ㅇㅇㅇ과 같은 군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지에 사는 ㅇㅇㅇ를 총괄하여 이하 “청구인”이라 한다)은 1989. 8. 25. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 대지 884.4㎡를 취득하여 1990. 12. 29. 그 위에 지하1층 지상 5층 상가건물 연면적 1,920.96㎡(대지 및 상가건물을 “쟁점부동산”이라 한다. 이하 같다)」을 신축하여 1/2지분씩 공유하면서 부동산임대업을 영위하다가 2004. 6. 30. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 양도하고도 양도소득세예정신고나 부가가치세확정신고를 하지 아니하였다. 이에 대하여 납세지 관할 처분청(청구인의 주소지를 관할하는 ㅇㅇ세무서장을 말함, 이하 같다)은 취득시와 양도시의 기준시가를 산정ㆍ비교하여 생긴 양도차액에 대해 2005. 4. 4. 청구인 각자에게 2004과세연도 양도소득세 34,040,540원씩을 결정ㆍ고지(이하양도소득세 부과처분이라 한다)하였고, 사업장 관할 처분청(이 건 쟁점부동산의 소재지를 관할하는 ㅇㅇ세무서장을 말함. 이하 같다)은 쟁점부동산이 청구인의 임대사업용 상가이므로 건물부분에 대한 양도가액을 부가가치세 공급가액으로 보아 2005. 4. 1. 부가가치세 181,277,388원을 결정ㆍ고지하였다가 2006. 3. 3. 114,134,439원으로 경정(이하부가가치세 부과처분이라한다) 하였다.

• 가. 청구 취지 양도소득세 부과처분과 부가가치세 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 쟁점부동산에 대한 경매가 진행되던 중에 경매를 연기하여 청구외 ㅇㅇㅇ에게 일괄 매도하였으며 쟁점부동산에 대한 금융기관 대출금이 과다하여 매수인이 직접 변제하고 청구인은 영수증만 받았을 뿐 소득도 없이 부채만 2억 원 정도 남았는데도 양도소득세와 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 부동산 임대업을 하던 상가 건물을 매각하여 은행부채를 변제하였을 뿐 소득이 없는데도 양도소득세와 부가가치세를 신고ㆍ납부해야 하는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 쟁점부동산의 대지 884.4㎡를 1989. 8. 25. 취득하여 1990. 12. 29. 상가건물 연면적 1920.96㎡(건물 총연면적 2,823.76㎡ 중 상가전용건물 면적임)을 신축ㆍ취득하여 청구인이 공동 소유하면서 부동산임대업(개업일 1990. 6. 30.)을 영위하다가 2004. 2. 13. 위 ㅇㅇㅇ에게 대지와 건물의 전 지분을 2,150,000,000원에 매각하기로 계약하고 같은 날 계약금 10,000,000원을, 같은 해 2. 25. 중도금 30,000,000원을 수령하고 나머지 잔금은 같은 해 6. 30.까지 쟁점부동산에 관련된 채무를 변제하기로 하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 예정 및 확정신고를 하지 아니하였고 납세지 관할 처분청은 2005. 3. 10. 고지전통지에서 기준시가로 양도소득세를 결정할 예정이라고 안내하였다.

(3) 납세지 관할 처분청은 청구인이 양도소득세신고를 하지 않았고, 양도계약서만 제시하였을 뿐 취득가액을 알 수 있는 증빙을 제시하지 않으므로 기준시가로 과세하였다.

(4) 청구인이 사업용부동산(상가)인 쟁점부동산을 매각하고도 부가가치세확정신고(신고 기한 2005. 1. 25.)를 하지 아니하자 사업장 관할 처분청은 2005. 4. 1. 리모델링 후 분양된 가액을 위 부동산의 매각액으로 보고 그 중 건물 부분에 해당하는 가액을 부가가치세 공급가액으로 하여 부가가치세 181,277,388원을 결정ㆍ고지하였다.

(5) 사업장 관할 처분청은 쟁점부동산이 리모델링되기 전의 상태로 위 ㅇㅇㅇ 등에게 2,150,000,000원에 매각하였다는 청구인의 주장이 사실인 것으로 인정하고 2006. 3. 3. 위 매각금액을 토지와 건물의 기준시가로 안분한 후 건물가액에 해당하는 877,957,231원을 공급가액으로 하여 청구인이 납부해야할 부가가치세를 114,134,439원(가산세 포함)으로 경정하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 규정에 따르면양도소득은 당해 연도에 발생한 토지(괄호 안 생략) 또는 건물(괄호 안 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 되어 있다. (2) 소득세법 제96조 제1항 과 그 제6호에 따르면 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있다. (3) 소득세법 제97조 제1항 제1호 (가)목에 따르면 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로서의 취득가액은제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (단서 생략)로 한다고 규정하고 있다. (4) 소득세법 제105조 제1항 에는제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.라고 규정하고 있고, 그 제1호에는제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월.(단서 생략)이라고 규정하고 있다. 또한 그 제3항에는제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다.라고 규정하고 있다. (5) 소득세법 제114조 제1항 에는납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.라고 규정하고 있다. (6) 소득세법 제114조 제4항 에는납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. (단서 생략)라고 규정하고 있다. (7) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에 따르면 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급을 과세대상으로 한다고 규정하고 있고, 그 제2항에는제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.라고 규정하고 있다. (8) 부가가치세법 제18조 제1항 에는사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)의 종료 후 25일(괄호 안 생략)이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.(단서 생략)라고 규정하고 있고 그제1기분 예정신고기간을 1월 1일부터 3월 31일까지로 규정하고 있다. (9) 부가가치세법 제21조 제1항 제1호 에 따르면사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고를 하지 아니한 때에 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 이 사건의 부동산 임대업을 하던 상가를 매각하여 은행부채를 변제하였을 뿐 소득이 없는데도 양도소득세와 부가가치세를 신고ㆍ납부해야 하는지 여부를 살펴본다. 소득세법 제105조 제1항 과 그 제3항의 규정에 따르면 부동산을 양도한 거주자는 양도소득이 없어도 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월내에 납세지 관할세무서장에게 양도소득과세표준을 신고하여야 한다.라고 규정하고 있고, 같은 법 제114조 제1항에 따르면납세지 관할세무서장은 제105조 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자가 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.라고 규정하고 있다. 또한 부가가치세는 부가가치세법 제1조 의 규정에 따라재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물인 재화를 공급한 경우 부가가치세를 부과한다.라고 규정하고 있고, 부가가치세법 제19조 제1항 에는사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.라고 규정하고 있으며, 그 제2항에는 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 “확정신고”라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다.라고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제21조 제1항 제1호에 따르면사업장 관할세무서장은 사업자가 확정신고를 하지 아니한 때 부가가치세 과세표준과 납부세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.라고 규정하고 있다. 한편, 쟁점부동산은 토지와 건물로 구성된 부동산이므로 매각한 달의 말일부터 2월내에 양도소득예정신고를 해야 하고, 또한 청구인은 상가 임대사업을 한 사업자에 해당되며 건물부분의 매각은 재산적 가치있는 유체물인 재화의 공급에 해당된다할 것이므로 부가가치세 확정신고를 해야 한다. 그런데 청구인은 쟁점부동산을 매각하여 소득이 없었다는 이유로 아무런 과세신고를 하지 아니함에 따라 납세지 관할 처분청은 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세하였고 사업장 관할 처분청은 쟁점부동산 매각액 중 건물가액에 대해 부가가치세를 과세하였는바 이는 위 관련 규정에 적합하다 할 것이다. 따라서 납세지 관할 처분청의 양도소득세 부과와 사업장 관할 처분청의 부가가치세 부과 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청의 양도소득세 부과처분과 부가가치세 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.