토지와 건물의 양도가액이 구분되지 않은 경우 양도당시 기준시가에 의해 안분 계산하는 것이 적정한지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 토지 518.7㎡을 1990. 12. 5. 1,720,000,000원에 취득(청구인의 지분 91/172)하고 그 지상에 건물 1,888.8㎡을 신축(공사금액 840,000,000원)하여 1992. 3. 26. 취득(청구인 지분 1/3, 이하 토지와 건물을 통틀어 “쟁점부동산”이라 한다)하여 보유하다가 2000. 6. 30. 쟁점부동산을 2,550,000,000원에 양도하였다. 그리고 청구인은 토지와 건물의 양도가액이 구분되지 아니하여 양도 당시 기준시가를 기준으로 하여 토지와 건물가액을 안분하고 청구인 지분 양도가액(토지와 건물)을 1,250,033,572원으로 정한 후, 취득가액은 토지와 건물의 총 취득가액 2,560,000,000원에 양도가액의 지분비율(1,250,033,572/2,550,000,000)을 곱하여 계산한 1,254,935,664원으로 하여 납부할 양도소득세가 없다고 신고(양도차손 △4,902,092원)하였다. 이에 대하여 처분청은 토지와 건물의 취득가액은 구분되므로 각각의 취득가액에 공동소유자별 지분비율에 의해 계산한 1,172,072,654원으로 하고 양도가액은 양도당시의 기준시가에 따라 안분 계산하여 1,252,406,593원으로 하여 2005. 4. 13. 양도소득세 11,108,086원을 결정고지 (이하 “이 사건 부과처분”이라 한다) 하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 토지와 건물을 일괄양도하고 토지와 건물의 시기를 각각 달리하여 취득한 이 건의 경우 총 양도가액 2,550,000,000원을 양도당시의 기준시가에 따라 토지와 건물의 양도가액을 정하였으니 취득가액도 총 취득가액에 양도당시 기준시가를 기준하여 안분하거나, 취득 시 토지와 건물의 가액은 구분되어 있으므로 실지 취득가액비율에 따라 양도가액을 안분해야 하는데도, 처분청이 양도가액에 대해서만 기준시가에 따라 안분한 것은 ‘취득가액이나 양도가액을 같은 기준으로 과세’하도록 하는 소득세법 제100조 제1항 의 규정에 어긋날 뿐 아니라 쟁점 부동산 전체에서는 양도차손이 발생하였는데도 청구인에게 양도소득세를 과세한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 취득가액과 달리 토지와 건물의 양도가액이 구분되지 않은 경우 양도당시 기준시가에 의해 토지와 건물의 양도가액을 안분 계산하는 것이 적정한 지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 다른 2명(청구외 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ)과 함께 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 토지 518.7㎡를 1990. 12. 5. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 ㅇㅇㅇ로부터 1,720,000,000원에 매입(청구인 지분 91/172)하였다.

(2) 청구인은 위 토지공유자 2명과 함께 1991. 1. 26. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ와 공사도급계약(공사금액 840,000,000원)을 맺고 근린생활시설 1,888.8㎡를 신축하여 1992. 3. 26. 쟁점 건물을 취득(청구인 지분 1/3)하였다.

(3) 청구인은 다른 3명(청구외 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ)과 함께 2000. 6. 30. 쟁점 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 사는 ㅇㅇㅇ씨 ㅇㅇ공파 대표 ㅇㅇㅇ에게 2,550,000,000원에 양도하였다.

(4) 청구인은 토지와 건물의 소유지분에 따라 안분하여 양도가액 1,250,033,572원, 취득가액 1,254,935,664원으로 계산하여 양도차손을 △4,902,092원으로 하여 2000. 6. 29. 예정신고 하였다.

(5) 처분청은 토지(1,720,000,000원)와 건물(840,000,000원)의 취득가액 중 청구인 지분에 해당되는 1,172,072,654원(청구인 지분 해당액 토지 910,000,000원, 건물 262,072,654원 계 1,172,072,654원)을 취득 시 실지거래가액으로 하고, 쟁점 부동산의 실지양도가액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 토지와 건물의 양도가액으로 안분 계산한 후 청구인의 소유지분에 해당되는 1,252,406,593원을 양도 시 실지거래가액으로 하여 양도소득세 11,108,086원을 결정ㆍ고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(2000.12. 29.법률 제6292호로 변경되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제1항에는양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(괄호 안 생략)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(괄호 안 생략)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.라고 규정하고 있다.

(2) 구 소득세법 제100조 제2항 에는제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다.라고 규정하고 있다.

• 라. 판단 청구인이 처분청의 토지와 건물의 양도가액 안분계산 방법이 일관성이 없어 쟁점부동산 전체로는 양도차손인데도 청구인에게 양도소득세를 과세함은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다. 구 소득세법 제100조 제2항 에 따르면취득가액을 실지거래가액으로 정하는 경우 토지와 건물을 함께 양도하면서 토지와 건물의 양도가액이 불분명하면 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다.라고 규정하고 있고, 인정사실에서 알 수 있듯이 토지와 건물의 취득 시 실지거래가액은 구분되어 있으나 양도 시 실지거래가액은 구분되지 않으므로 양도 시 토지와 건물의 실지거래가액은 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분 계산함이 마땅하다 할 것이다. 또한 처분청이 양도소득세를 과세한 것은 쟁점 부동산의 건물부분은 양도차손 (292,077,390원)이 발생되고 토지부분은 양도차익(335,859,430원)이 발생하였는데 이에 따라 청구인의 소유지분도 양도차익이 발생한 토지부분(91/172)이 양도차손이 발생한 건물부분(1/3)보다 상대적으로 커서 토지부분의 양도차익에서 건물부분의 양도차손을 공제한 결과 양도차익이 발생한 데 기인한 것이지 과세잘못은 아니다 할 것이다. 따라서 처분청이 토지와 건물의 양도가액을 양도당시 기준시가로 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하여 과세한 처분청의 당초 처분에는 잘못이 없다할 것이다.

그렇다면 처분청의 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.