세금계산서가 매입세액 공제대상인지 여부, 경정처분이 과세전적부심사 대상인지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 2004. 11. 2. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ리 ○○번지 ㅇㅇ빌딩 6층에 있는 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하 “매입처”라 한다)로부터 원적외선광물질파우더 27톤 (공급가액 810,000,000원, 이하 “이 사건 재화”라 한다)을 매입하였으므로 그 매입세액 81,000,000원을 공제하고 2004년 제2기 부가가치세는 84,895,902원이 환급되어야 하는 것으로 신고 하였다. 처분청은 이 사건 재화가 청구인에게 인도되지 않고 생산업체인 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 사업장소재지 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지, 이하 “생산업체”라 한다)의 ㅇㅇ공장에 보관되어 있으며, 생산업체가 보유한 특허권을 청구인에게 무상으로 2004. 10. 21. 양도한 점 등에 비추어 보아 이 사건 재화의 세금계산서(공급가액 810,000,000원 이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)를 공급자가 실제와 다른 세금계산서라고 하여 위 매입세액의 공제를 인정하지 아니하고 3,542,766원만 환급하는 것으로 2005. 2. 25. 경정(이하 “이 사건 부가가치세 경정처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부가가치세 경정처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유

(1) 청구인은 매입처가 ○○기금으로부터 873,000,000원을 대출받을 때 연대보증인이 되었으나, 그 채무를 상환하지 못하게 되어 2004. 11. 1. 지연이자를 포함한 채무 계 888,138,808원을 위 신용보증기금에 대위변제하면서 매입처로부터 이 사건 재화를 인수하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것이며, 생산업체에서도 청구인이 이 사건 재화의 소유자라는 사실을 확인하고 있고 2004. 10. 21. 생산업체가 청구인에게 무상 양도한 특허권은 이 사건 재화의 거래와는 관련이 없는데도 처분청이 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제해 주지 아니한 것은 부당하다.

(2) 또한 처분청은 청구인에게 과세전적부심사청구의 기회를 주지 아니하였으므로 이 사건 부가가치세 경정처분은 국세기본법 제81조의10 의 규정을 위반한 부당한 처분이다.

• 가. 다툼 이 사건 세금계산서가 매입세액 공제대상인지 여부와 이 사건 경정처분이 과세전적부심사 대상인지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ ○동 ○호에서 ㅇㅇㅇㅇ라는 상호로 제조(합성수지), 도소매(섬유), 도매업(무역)을 하는 것으로 2004. 12. 10. ㅇㅇ세무서에 사업자등록(개업일은 2004. 10. 30.)을 하였다.

(2) 위 매입처가 2000. 5. 1. 위 생산업체와 체결한 것으로 제시된 계약서에는 매입처가 보유하고 있는 특허권으로 ｢천연광물질을 원료로 한 섬유제품 및 기타 제품｣을 생산하기 위하여 위 생산업체의 제품을 독점공급 받기로 하고 그 대금은 제품이 출고된 당일 현금결제를 원칙으로 하며 쌍방합의가 있을 때 협의된 결정에 따르도록 약정 되어있다.

(3) 청구인은 2004. 11. 1. 매입처의 ○○기금에 대한 채무와 지연이자 계 888,138,808원을 대신 갚고 매입처는 위 금액만큼의 제품(파우더, 화이버, 원사)을 같은 해 11월 중에 청구인에게 주기로 약정하고, 그에 따라 같은 해 11. 2. 매입처의 위 채무를 대위변제하였다고 하면서 그 증거로 구상채권 상환각서(청구인 작성), 대위변제 승낙신청서(청구인과 매입처작성), 예금통장사본(ㅇㅇ은행 입금)과 영수증(○○기금 ㅇㅇ지점 작성)을 제시하였다.

(4) 청구인은 2004. 11. 2. 매입처로부터 이 사건 재화를 생산업체가 보관한 상태대로 인수하고 이 사건 세금계산서를 교부받아 2005. 1. 26. 2004년 2기분 부가가치세를 신고하면서 위 세금계산서의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하여 84,895,902원이 환급되어야 하는 것으로 신고하였다.

(5) 처분청은 이 사건 부가가치세 환급을 위한 현장조사(조사기간 2005. 2. 17. ~ 2. 21.)를 할 때 이 사건 재화가 생산업체의 창고에 보관되어 있음을 확인하였다.

(6) 매입처는 2004. 10. 25. 2004년도 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 생산업체로부터 받은 세금계산서 5매(공급가액 648,150,000원)와 청구인에게 매출한 세금계산서 2매(공급가액 843,600,000원)가 있음을 신고하였다.

(7) 이 사건 심리과정에서 관련기관 자료로부터 확인한 사항은 다음과 같다. (가) 생산업체의 대표이사 청구외 ㅇㅇㅇ는 ｢청구인이 원적외선항균섬유가공을 매입처를 대신하여 계속할 것임을 설명하고 생산업체가 생산하는 타 제품도 매입하는 것으로 하여 생산업체가 보유하고 있는 특허권(중공구형상의 입자를 함유하는 합성섬유) 1건과 실용신안권 2건의 양도를 요구하였고 생산업체는 청구인의 영업활성화가 자신의 제품판매와 직결된다는 점을 고려하여 2004. 10. 19. 위 특허와 실용신안의 실시권은 자신이 보유한 상태에서 청구인에게 무상 양도하였다.｣고 진술하였다. (나) 위 매입처에서는 이 사건 재화를 이용한 기능성 섬유를 독점생산 하였던 특허권(제0000000호, 광물분말이 첨가된 섬유의 제조방법 및 이로부터 제조된 섬유)을 2004. 10. 22. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ에게 양도하였다. (다) 매입처 관할 ㅇㅇ세무서에서는 2005. 7. 27.과 같은 해 8. 22.매입처가 체납하고 있던 부가가치세 등 14건의 세금 450,745,550원을 무재산을 이유로 결손 처분하였다. (라) 생산업체의 기장내용(선수금계정, 합계잔액시산표)에 따르면 2003년도에 위 매입처로부터 받은 선수금 743,805,480원 중 158,912,500원을 사용하고 연말 잔액은 584,892,980원인 반면 위 매입처의 합계잔액시산표에는 2003년도에 위 생산업체 대한 선급금 1,143,002,040원 중 449,226,160원을 사용하고 연말잔액은 693,775,880원인 것으로 되어 있다. (마) 2004년도에 매입처에서 이 사건 재화의 생산자금으로 생산업체에 선지급하였다고 주장하는 약속어음(8매)은 205,000,000원이나 생산업체에서 선수금조로 받은 어음은 6건 150,000,000원이다. (바) 청구인은 2005. 7. 19. ㅇㅇ세무서에 폐업신고를 하고 같은 해 8. 26. 미국 미시간주로 연수하러 출국한 후 같은 해 10. 11. 현재까지 미입국 상태이나 처분청에서는 그 때까지 이 사건 재화에 대해 부가가치세법 제6조 제4항 의 규정에 따른 부가가치세 과세(폐업시 잔존 재화에 대한 과세)를 하지 않고 있다.

(8) 처분청은 이 사건 재화가 매입처의 소유이었던 사실을 확인할 수 있는 객관적 자료가 불분명하고 매입처의 부도일(2004. 11. 3.), 이 사건 재화의 거래일(같은 해 11. 2.)특허권 양도일(같은 해 10. 21.), 청구인의 사업자등록신청일(같은 해 10. 26.) 등에 비추어 위 거래는 특허권양도를 포함하여 청구인과 생산업체간에 이루어진 것임에도 매입처가 공급한 것처럼 세금계산서가 작성되었으므로 세금계산서 상의 공급자와 실제공급자가 다른 세금계산서라는 이유로 이 사건 세금계산서의 매입세액 공제를 거부하는 경정처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 에는 ｢다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.｣라고 규정되어 있고, 그 제1의2호에는 ｢제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액 (단서 생략)｣이라고 규정되어 있다. (2) 국세기본법 제81조의10 제1항 에는 ｢다음 각호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다(단서 생략)｣라고 규정되어 있고, 그 제1호에는 ｢제81조의7의 규정에 의한 세무조사결과에 대한 서면통지｣를 그 제2호에는 ｢기타 대통령령이 정하는 과세예고 통지｣를 규정하고 있다. (3) 국세기본법 제81조의7 에는 ｢세무공무원은 범칙사건의 조사, 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사를 마친 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. (단서 생략)｣라고 규정되어 있고 같은 법시행령 제63조의3에는 ｢법 제81조의4 및 법 제81조의7에서 “대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 조사를 말한다.｣라고 규정되어 있으며 그 제1호에 ｢범칙사건의 조사｣를, 그 제2호에 ｢소득세ㆍ법인세ㆍ부가가치세의 결정 또는 경정조사｣를, 그 제3호에 ｢상속세 및 증여세의 조사｣를 규정하고 있다. (4) 국세기본법시행령 제63조의2 제2호 에 따르면 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우에는 중복조사 금지대상에서 제외하도록 규정하고 있다.
• 라. 판단

(1) 청구인은 매입처의 채무를 대위변제한 대가로 매입처 소유의 이 사건 재화를 인수하고 받은 세금계산서이므로 정당한 세금계산서라고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. 인정사실(3)을 보면 청구인이 매입처의 ○○기금에 관한 채무(873,500,000원)를 대위변제(지연이자 포함 888,138,808원)하면서 그 금액에 해당하는 매입처의 재고자산을 인수하는 것으로 약정하고, 이 사건 재화를 인수한 후 세금계산서를 발급받은 것으로 되어있으나 위 자산이 생산업체의 창고에 쌓여 있으므로 위 세금계산서가 정당한 것으로 인정되려면 위 자산이 위 매입처 소유임이 확인되어야 한다. 그런데 청구인이 위 매입처로부터 위 재고자산을 구입하였다고 주장한 근거는 위 매입처의 재무제표(2003, 2004년도)에 있는 선급금잔액과 선급금 지급수단인 약속어음 발행 사실인바 이에 대한 진위를 위 생산업체의 장부와 비교해 볼 때 위 인정사실(7)의 (라), (마)와 같이 생산업체에서 받은 선수금(2003년 743,805,480원, 2004년 804,342,980원) 및 받을어음(150,000,000원)의 금액과 매입처에서 준 선급금(2003년 1,143,002,040원, 2004년 1,047,808,753원) 및 약속어음(205,000,000원)의 액면과 총금액이 일치하지 아니할 뿐 아니라 매입처가 생산업체로부터 구입한 원재료 거래명세를 보면 2004년 1기분 거래액이 5건 6,922,000원에 불과한데도 부도(발생일 ’04. 11. 3.)일이 포함된 같은 해 2기분 거래는 범용성도 없는 이 사건 재화를 20톤(거래금액 600,000,000원)이나 구입하였다가 60,000,000원만큼을 반품하는 등 보통의 거래에서 보기 드문 거래를 하였음을 알 수 있고 같은 기간 중에 생산업체로부터 4건을 구입(구입대금 797,400,000원)하고 3건을 반품(금액 177,500,000원)하였음에도 청구인은 이들 원재료의 수불상황을 알 수 있는 매입처의 아무런 증빙도 제시하지 못 하였다. 한편 매입처에서 이 사건 재화를 독점적으로 사용할 수 있는 특허권을 청구인이 아닌 타인에게 2004. 10. 22. 이전하였기 때문에 청구인은 위 원재료를 이용하여 제품을 생산할 수도 없는 실정이고, 매입처 관할 ○○세무서에서 이 사건 세금계산서 공급가액을 포함한 공급대가에 대한 부가가치세(2004년 2기 확정 분) 등 14건의 체납세금 450,745,550원을 무재산을 이유로 2005. 7. 27.과 8. 22.에 결손처분하였다. 또한 청구인은 같은 해 7. 19. 사업장 관할 ㅇㅇ세무서에 폐업신고를 하고 같은 해 8. 26. 미국으로 연수를 위해 출국한 점 등으로 보아 처분청이 매입처를 공급자로 발행된 이 사건 세금계산서가 실제 거래와 다른 것이라고 판단한 데에서 잘못을 발견할 수 없다.

(2) 이 사건 부가가치세 경정처분은 청구인에게 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않아 국세기본법 제81조의10 의 규정을 위반한 과세라고 주장하므로 이를 살펴본다. 국세기본법 제81조의7 과 같은 법 시행령 제63조의3의 규정에 따르면 부가가치세에 관한 조사의 경우 ‘부과처분을 위한 부가가치세의 결정 또는 경정조사(실지조사)’를 마친 때 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 하고 그에 대한 불복이 있는 경우 같은 법 제81조의10의 규정에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있도록 하고 있다. 그런데 같은 법 시행령 제63조의2 제2호의 규정에서와 같이 ‘부가가치세환급 현지확인’은 ‘부과처분을 위한 실지 조사’와 달리취급하고 있음을 알 수 있고 이 사건 부가가치세경정처분은 부과처분을 위한 조사결과에 따른 것이 아니므로 조사결과를 통지해야하거나 과세전적부심사를 해야할 대상이 아님을 알 수 있다. 따라서 이 사건 재화가 매입처의 소유였다고 볼만한 새로운 사실을 발견할 수 없을 뿐 아니라 이 사건 부가가치세 경정처분이 과세전적부심사 대상이라고 볼 만한 근거도 찾을 수 없으므로 당초 처분에 잘못이 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부가가치세 경정처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.