실제 중기용역을 제공받고 세금계산서를 교부받은 것인지 여부

처분청은 2005. 1. 15. 청구인에게 한 법인세 계 513,827,690원(1998사업연도 분 24,783,590원, 1999사업연도 분 241,752,880원, 2000사업연도 분 197,063,990원, 2001사업연도 분 46,276,350원 그리고 2002사업연도 분 3,950,880원)의 부과처분과 같은 해 1. 27. 청구인의 대표자에게 계 1,039,178,800원(1998사업연도 분 53,873,600원, 1999사업연도 분 457,893,700원, 2000사업연도 분 409,436,500원, 2001사업연도 분 106,425,000원 그리고 2002사업연도 분 11,550,000원)을 상여처분하여 청구인에게 소득금액변동통지한 것과 관련하여 944,708,000원이 실제 공사원가인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액을 각각 경정하고 그 공사원가 인정분을 대표자에게 한 상여처분에서 제외하여야 한다.

• 가. 청구인은 토목건축 및 전기ㆍ소방설비업 등을 영위하는 사업자로서 1998. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지의 기간 중 [별표1] ｢이 사건 관련 공사 명세｣와 같이 ㅇㅇ도 건설안전관리본부로부터 ㅇㅇ우회도로개설공사를 수주하여 시공하는 등 16개의 공사를 시공하면서 그 공사들과 관련하여 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ) 등으로부터 중기용역을 제공받은 것으로 하여 공급원가 3,828,023,000원의 세금계산서 629매를 교부받아 1998사업연도(사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지임)에 297,778,000원, 1999사업연도에 2,332,030,000원, 2000사업연도에 710,075,000원, 2001사업연도에 477,640,000원, 2002사업연도에 10,500,000원을 각각 해당 사업연도의 공사원가로서 손금에 산입하였다.
• 나. 처분청은 2002. 4. 9. ㅇㅇㅇ세무서장 등으로부터 위 629매의 세금계산서가 자료상으로부터 발급받은 것이라는 통보를 받고 그 중 공급원가 2,883,315,000원의 세금계산서 468매는 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 실제 중기 용역을 제공받았으나 기재된 공급자만 사실과 다른 것으로 보아 공사원가 산입을 인정하고, 나머지 공급원가 944,708,000원의 세금계산서 161매([별표2] ｢이 사건 세금계산서 및 결제방법 명세｣ 참조, 이하 ｢이 사건 세금계산서｣라 한다)는 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 것으로 보아 이를 해당 사업연도의 소득금액에서 손금불산입하여 2005. 1. 17. 청구인에게 법인세 1998사업연도 분 24,783,590원, 1999사업연도 분 241,752,880원, 2000사업연도 분 197,063,990원, 2001사업연도 분 46,276,350원, 2002사업연도 분 3,950,880원 계 513,827,690원을 부과ㆍ고지하고 대표자 ㅇㅇㅇ에게 1998사업연도 분 53,873,600원, 1999사업연도 분 457,893,700원, 2000사업연도 분 409,436,500원, 2001사업연도 분 106,425,000원, 2002사업연도 분 11,550,000원, 계 1,039,178,800원을 상여처분한 다음 같은 해 1. 27. 청구인에게 소득금액변동통지를 하였다(위 법인세부과와 소득금액변동통지를 이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 시행한 위 공사들은 짧은 기간에 덤프트럭, 불도저 등 많은 중기가 동원되어야 하고 청구인은 이러한 중기를 보유하고 있지 아니하므로 이러한 중기들을 보유한 사업자들의 중기를 제공받아 공사를 수행하였으며 청구인이 수취한 이 사건 세금계산서는 기재된 공급자만 사실과 다르고 그 공급가액은 모두 사실에 부합하는 것이므로 손금산입하여야 한다.

• 가. 다툼 청구인이 실제 중기용역을 제공받고 이 사건 세금계산서를 교부받은 것인지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1968. 3. 1.부터 토목ㆍ건축 및 전기ㆍ소방설비업 등을 영위하고 있다

(2) 청구인은 [별표1]의 공사들을 수행하면서 그 공사들과 관련하여 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ) 등으로부터 위 629매의 세금계산서를 교부받아 1998사업연도에 297,778,000원, 1999사업연도에 2,332,030,000원, 2000사업연도에 710,075,000원, 2001사업연도에 477,640,000원, 2002사업연도에 10,500,000원을 각각 해당 사업연도의 공사원가로서 손금에 산입하였다.

(3) 처분청은 2002. 4. 9. ㅇㅇㅇ세무서장으로부터 청구법인이 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ)로부터 1999. 7월에 발급받은 7,560,000원의 세금계산서 등 계 50,900,000원의 세금계산서 7매가 사실과 다른 세금계산서라는 통보를 받는 등 다른 세무서장들로부터 위 629매의 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 통보를 받고 2004. 12월 위 629매의 세금계산서가 실제 거래를 하고 교부받은 세금계산서인지 여부를 조사하였다.

(4) 처분청은 위 (3)항의 조사결과 청구외 ㅇㅇㅇ은 이 사건 공사와 관련된 실거래자로 인정된다는 이유로 청구법인이 위 ㅇㅇㅇ에게 약속어음 또는 당좌수표로 대금을 지급하고 교부받았다고 주장하는 공급원가 2,883,315,000원의 세금계산서 468매는 공사원가 산입을 인정하고, 현금으로 지급하였다고 하는 공급원가 345,148,000원의 세금계산서 51매는 공사원가 산입을 부인하는 한편, 청구법인이 또 다른 실거래자라고 주장하는 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(대표자 ㅇㅇㅇ) 등 12개업체(업체명단은 별표2 참조)에게 지급하였다고 하는 나머지 공급원가 599,560,000원의 세금계산서 110매는 청구법인과 용역업체 간에 체결한 계약서와 중기사용일지 등이 없다는 이유로 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 것으로 보아 이를 해당 사업연도의 소득금액에서 손금불산입하여 이 사건 부과처분을 하였다.

(5) 청구인은 이 사건 세금계산서에 기재된 중기용역 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것은 인정하면서도 청구인이 중기들을 보유하고 있지 아니하여 청구인의 현장소장들이 지역 중기업자들을 잘 아는 위 ㅇㅇㅇ 등에게 중기용역 공급을 주선하도록 의뢰하고 기성고에 따라 현장소장이 대금을 청구하면 본사에서 위 ㅇㅇㅇ 등에게 약속어음이나 당좌수표로 지급하였으며 그 중 일부는 현장에 전도자금으로 지급된 자금으로 현장소장들이 위 ㅇㅇㅇ 등에게 현금으로 지급하였다고 주장하면서 청구인이 발행한 당좌수표 45매와 약속어음 28매의 발행금융기관 발행번호 발행금액 발행일자 등을 구체적으로 제시하였다.

(6) 청구인은 위 ㅇㅇㅇ과 ㅇㅇ중기 등 12개업체의 대표자들로부터 이 사건 공사와 관련하여 자신들이 실제 중기용역을 제공하였으나 세금계산서는 자신들이 아닌 다른 업체명의로 발급하였으며 이 사건 세금계산서의 해당금액은 실제 자신들이 중기용역을 제공하고 그 대금을 약속어음․현금 등으로 지급받았다는 거래사실확인서를 받아 제출하였다.

(7) 청구인이 제출한 위 (5)항의 당좌수표 중 2매{2000. 12. 29. 발행, ㅇㅇ은행 07804543, 금액 72,063,700원과 2000. 6. 15.발행, ㅇㅇㅇㅇ은행 08481223, 금액 65,000,000원(이 중 이 사건 관련금액은 6,325,000원임)}는 청구인이 실거래자라고 주장하는 위 ㅇㅇㅇㅇ의 대표자 ㅇㅇㅇ가 배서하고 수령한 것이 확인된다.

(8) 청구인은 위 (5)항의 당좌수표 중 일부는 다수의 거래업체에 지급하여야 할 대금을 모아서 1매의 당좌수표로 발행하고 그 당좌수표의 지급액을 청구인의 직원이 배서하여 수령한 다음 이를 다시 각각의 거래업체에 나누어 지급하였다고 주장하면서 2000. 12. 26. 발행한 당좌수표 1매(ㅇㅇ은행 07804427, 금액 400,604,050원)의 사본과 60개의 거래업체명을 제출한 바, 그 수표는 청구인의 직원 ㅇㅇㅇ이 배서하고 수령한 것으로 확인된다.

• 다. 관계 법령 등의 규정 (1)법인세법제66조 제2항에 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 신고한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 하고 그 제1호에신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때라고 규정하면서 그 제3항에서는 위 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 규정하고 있다. (2)법인세법제67조는 납세의무자가 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 관할세무서장 또는 지방국세청장이 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다고 규정하고 있다.
• 라. 판단 살피건대 법인소득액을 산출할 때 손금에 산입할 비용에 관하여 납세의무자가 신고한 비용 중 일부가 허위임이 밝혀지거나 스스로 허위임을 인정하면서 다른 비용으로 소요되었다고 주장하는 경우 그 다른 비용의 존재를 납세의무자가 입증하면 이는 손금으로 산입될 수 있다 할 것이다. 이 사건 세금계산서와 관련하여 청구법인이 제시한 증빙에 의하면 청구법인은 이 사건 과세기간 중 [별표1]과 같이 이 사건 세금계산서와 관련된 공사를 시행하고 있었으며 그 공사의 성격이 주로 도로, 하천, 제방의 개수공사 등이었으므로 중기용역을 상당히 필요로 하는 점이 인정되고, 청구인은 이 사건 세금계산서에 기재된 중기용역 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것은 인정하지만 청구인의 현장소장들이 지역 중기업자들을 잘 아는 위 ㅇㅇㅇ 등에게 중기용역 공급을 주선하도록 의뢰한 다음 ㅇㅇㅇ에 따라 본사에서 위 ㅇㅇㅇ 등에게 약속어음이나 당좌수표로 지급하거나 현장의 전도자금으로 현장소장들이 지급하였다고 주장하면서 위 ㅇㅇㅇ과 ㅇㅇ기업 등 12개 업체 대표자들의 거래사실확인서와 함께 청구인이 발행한 당좌수표 45매와 약속어음 28매의 발행금융기관 발행번호 발행금액 발행일자 등을 구체적으로 제시하고 있을 뿐 아니라 위 인정사실 (7)항과 같이 청구인이 실거래업체라고 주장하는 위 ㅇㅇ기업의 대표자(ㅇㅇㅇ)가 당좌수표를 배서하고 수령한 사실이 확인되는 등 이 사건 세금계산서 944,708,000원 중 일부가 실제 중기용역의 대가로 지급되었을 것이라고 볼 만한 상당한 이유가 있다 할 것이다. 또한, 청구인은 인정사실 (8)항과 같이 일부 이 사건 당좌수표의 경우 다수의 거래업체에 지급하여야 할 대금을 모아서 1매의 당좌수표로 발행하고 그 당좌수표의 지급액을 청구인의 직원이 배서하여 수령한 다음 이를 다시 각각의 거래업체에 나누어 지급하였다고 주장하면서도 그 최종 수령인을 확인할 수 있는 금융거래 자료(계좌번호와 계좌명의인 등)를 제출하지 못하는 것은 청구인이 직접 그러한 정보들을 수집하기 어려운 점이 있기 때문이라고 인정된다. 따라서 처분청이 이 사건 세금계산서의 거래처가 사실과 일치하지 아니하여 부가가치세 경정결정때 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않은 것은 별론으로 하고 청구인이 제시하는 위 당좌수표와 약속어음의 발행번호 등을 토대로 금융기관 등에 대금결제 내역을 조회하는 등 사실관계를 조사하여 청구인이 실제 중기용역의 대가로 지급한 것이 확인되는 금액은 손금산입하여야 하는데도 이러한 조사를 하지 않고 청구인이 중기사용일지나 중기주선업체와의 계약서 등을 제출하지 못한다는 등의 이유로 이 사건 세금계산서의 매입가액과 그 부가가치세를 합한 금액을 손금불산입한 것은 조사 미진의 잘못이 있다고 할 것이다.

그렇다면 청구인이 제출한 금융거래 내용을 재조사하고 이 사건 공사와 관련된 중기용역의 대가로 지급되었는지 여부를 확인하여 그 결과에 따라 이 사건 부과처분의 경정여부를 결정하게 하는 것이 상당하다고 할 것이어서 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.