실지거래가액으로 양도소득세를 결정하는 경우 타인 명의로 납부한 농지전용비와 중개수수료를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

1. 처분청은 2005. 1. 3.자로 청구인에게 한 양도소득세 부과처분에 관하여 실지 중개수수료 부분은 실지 지급된 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

2. 나머지 청구를 기각한다.

청구인은 2002. 10. 21. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지외 2필지에 있는 공장용지 계 8,928㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ에게 675,000,000원에 양도하고 그 중 같은 리 ○○번지 전 5,196㎡에 대해서만 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였다. 이에 대해 처분청은 2005. 1. 3. 청구인이 이 사건 토지의 필요경비라고 주장하는 중개수수료 등 66,318,156원을 부인하여 위 예정신고한 토지와 같은 리 ○○번지의 130㎡(등기된 토지)에 관하여는 양도소득세 23,751,880원을 추가 징수결정하고, 나머지인 같은 리 ○○번지의 3,602㎡는 미등기 자산의 양도로 보아 양도소득세 66,613,220원을 징수결정하여 2002년 귀속 양도소득세 계 90,365,100원을 부과․고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 청구인이 신고한 농지조성비 등을 필요경비로 인정하여 이 사건 부과처분을 경정해 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 이 사건 토지를 거래하면서 중개수수료 29,000,000원(지○○ 19,000,000원, 엄○○ 10,000,000원)을 실제로 지불하였고 또 청구외 ㅇㅇㅇ(청구인의 출가한 딸) 명의로 납부한 농지조성비 등 37,318,156원(농지조성비 37,100,600원, 면허세 42,000원, 지역개발공채 매입비용 175,556원, 이하 계 37,318,156원을 “농지전용비”라 한다)은 실제로 청구인이 부담한 비용인데도 이를 처분청이 필요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 실지거래가액으로 양도소득세를 결정하는 경우 타인 명의로 납부한 농지전용비와 이 사건 중개수수료를 필요경비로 인정할 수 있는 지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2002. 3. 17. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에 있는 전 3,732㎡를 같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 165,000,000원에 매입하였고, 같은 해 5. 30. 같은 시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지외 5필지(전과 대지) 토지 면적 계 6,124㎡와 목장건축물(철근콘크리트 슬라브조) 약 82.5㎡를 같은 시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 290,000,000원에 매입하였다.

(2) 청구인은 2002. 8. 8. 위 ㅇㅇㅇ로부터 매입한 위 (1)항의 6필지(○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지)의 토지 면적 계 6,124㎡ 중 ○○번지(945㎡), ○○번지(3,247㎡)와 ○○번지(1,004㎡)를 합병(○○번지 5,196㎡가 되었다, 이하 “제1토지”라 한다.)하였다.

(3) 청구인은 2002. 4. 18. 제1토지에 ㅇㅇ 공장(상호: ㅇㅇㅇㅇ사)의 도로로 사용하기 위해 위 ㅇㅇㅇ으로부터 매입한 전 3,732㎡에서 130㎡만큼 분할(이하 분할 후 나머지 3,602㎡를 “제2토지”라 한다.)하여 지번을 ○○번지(이하 “도로부지”라 한다)로 하였다.

(4) 청구인은 제2토지 매입계약(계약일 2002. 2. 4.)을 체결한 후 잔금지급전인 2002. 2. 8. 매도인인 위 ㅇㅇㅇ으로부터 위 ㅇㅇㅇ가 토지를 사용하는 것으로 토지사용승락을 받아 ㅇㅇ시장으로부터 같은 해 3. 13. 농지조성비 37,100,600원을 부담하는 조건(같은 해 3. 18. 자진 납부함)으로 사무용 가구제조공장 설립승인을 받았다.

(5) 이 사건 토지의 지적관리를 담당하는 ㅇㅇ시에서는 공장설립이 승인된 제2토지의 ㎡당 개별공시지가를 17,200원(2002. 1. 1. 기준)에서 86,700원(2002. 7. 1. 기준)으로 상향 조정하였다.

(6) 제1토지(5,196㎡)와 도로부지(130㎡)에는 청구인의 명의로 ㅇㅇ산업이라는 가구공장을, 제2토지에는 위 ㅇㅇ자 명의로 ㅇㅇ산업이라는 가구공장을 설립하는 것으로 ㅇㅇ시로부터 2002. 3. 20.과 3. 13.에 각각 승인받음과 동시(같은 해 4. 18.)에 건축허가를 받았으나 건축공사를 착공하지 아니한 상태에서 같은 해 10. 21.이 사건 토지를 위 ㅇㅇㅇ에게 675,000,000원에 매각하였다.

(7) 청구인은 2002. 11. 15. 위 제1토지의 양도에 따른 양도소득세 13,677,640원을 실지거래가액에 의해 예정신고(양도가액 392,842,742원, 취득가액 246,054,866원, 필요경비 102,072,925원 양도차익 44,714,951원)하고 같은 해 12. 31. 위 세액을 납부하였다.

(8) 처분청은 2004. 11. 3. 이 사건 토지의 양도에 대하여 세무조사한 결과 양도가액 675,000,000원에서 취득가액 381,899,330원과 기타 필요경비 89,528,670원을 공제하면 양도차익이 203,572,000원으로 산출되어 2002년 귀속 양도소득세로 100,204,250원이 과세될 것임을 통지하였다.

(9) 청구인은 2004. 11. 29. 건축설계비 15,000,000원, 부동산중개수수료 21,800,000원(청구외 ㅇㅇㅇ 2,800,000, 청구외 ㅇㅇㅇ 19,000,000원), 도로분할측량비 370,000원, ㅇㅇㅇ명의의 농지전용비 37,318,156원, 잔금지불 지연이자 11,000,000원 등 계 85,488,156원을 필요경비로 추가 공제하여 양도소득세를 경정결정 해 달라고 처분청에 과세전적부심사청구를 하였다.

(10) 처분청은 위 (9)항의 청구내용 중 위 건축설계비 15,000,000원, 도로분할측량비 370,000원과 위 ㅇㅇㅇ에게 지급한 중개수수료(2,800,000원) 중 이 사건 토지에 해당하는 2,094,629원 등 계 17,464, 629원은 필요경비로 인정하고 나머지는 필요경비로 인정할 수 없는 것으로 같은 해 12. 28. 결정하여 청구인에게 통보한 후 이 사건 부과처분을 하였다. 그리고 위 필요경비 부인사유는 다음과 같다. (가) ㅇㅇㅇ 명의로 납부한 제2토지의 농지전용비 37,318,156원은 미등기 양도물건으로써 본인명의로 납부한 것이 아니다. (나) 위 ㅇㅇㅇ에게 지급한 중개수수료 19,000,000원은 취득당시 실거래가액에 대한 법정한도수수료(취득가액에 0.9%의 요율을 적용할 경우 1,944,000원)를 초과한 부동산컨설팅 등의 비용으로 이 경우 사례금에 해당되므로 필요경비가 아니다.(한편 이 사건 부과처분의 조사담당과에서는 청구인이 제출한 영수증이 백지에 사후인 2004. 12. 1.에 작성한 것으로 신뢰할 수 없어 필요경비로 인정하지 아니하였다고 조사하였으나 위 심리과정에서 의견을 다르게 제시하였음) (다) ㅇㅇㅇ에게 지급한 중개수수료 10,000,000원(당초 청구 내용에는 없었으나 심리과정에서 추가됨)은 아무런 입증서류가 없고 잔금지급 지연 연체이자 11,000,000원은 필요경비 불산입 대상이다(이 부분은 심사청구하지 않았다).

(11) 이 사건 심사청구를 심리하는 과정에서 2005. 4. 25 ㅇㅇ측량설계사무소 청구외 ㅇㅇㅇ에게 공장설립허가 신청경위를, 같은 해 5. 4. 위 ㅇㅇㅇ에게 중개수수료 수수관계를, 같은 해 5. 12. 위 ㅇㅇㅇ에게 공장설립신청 관계를 질의를 하였던바 다음과 같이 답변하였다. (가) 위 ㅇㅇㅇ은 ｢이 사건 토지가 8,928㎡로서 2002년 3월 공장설립허가를 신청할 당시에는 농지인 경우 그 면적이 6,000㎡이상인 때에는 ㅇㅇ도와 협의를 거쳐야만 허가되기 때문에 시간이 많이 지연되고 협의에 따른 번거로움이 많으므로 이를 줄이기 위하여 허가면적을 6,000㎡이하로 작업하여 위 ㅇㅇㅇ(5,326㎡)과 위 ㅇㅇㅇ(3,602㎡) 두 사람 명의로 신청하였다.｣고 확인 하였다. (나) 위 ㅇㅇㅇ는 청구인이 중개수수료로 주었다는 19,000,000원 중

① 10,000,000원은 차용한 금액이고

② 5,000,000원은 토지매매와 관련하여 청구인을 대신하여 청구외 ㅇㅇㅇ에게 지급한 보상비이며

③ 4,000,000원은 수고비인 중개수수료로 받았다. (다) 위 ㅇㅇㅇ는 영문도 모른 채 어머니인 위 ㅇㅇㅇ의 요구로 주민등록등본과 도장을 갖다 준 사실은 있으나 토지구입비나 농지전용비를 납부한 사실이 없다고 확인하였다.

(12) 청구인은 위 ㅇㅇㅇ 명의로 납부한 농지전용비 37,318,156원을 청구인이 납부하였다는 증거로 본인명의의 ㅇㅇ은행 저축예금 통장(계좌번호 000-00-000000)사본을 제시하면서 2002. 2. 8.입금된 37,500,000원이 위 비용납부준비금이라고 추가로 기재하였으나 위 비용납부 영수증의 일자인 같은 해 3. 18.에는 인출된 금액이 없어 사실과 다르다고 청구인에게 문의하였더니 청구인은 다음과 같은 소명자료를 추가로 제시하였다. (가) 위 통장의 금액 37,500,000원은 농지조성비등을 납부하기 위해 보관하고 있던 중 제1토지의 양도인인 위 ㅇㅇㅇ가 중도금을 미리 달라고 하여 그 중 31,000,000원을 2002. 2. 25.지급하였으므로 위 금액과 농지조성비 등 납부와 직접적인 관계가 없다. (나) 청구인은 소유하고 있던 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지과 ○○번지에 있는 전 2,613.6㎡를 2001. 12. 31. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 260,000.000원에 양도하고 중도금을 약정일인 2001. 1. 31.에 받지 못하고 있다가 2002. 3. 18. 53,000,000원을 받아 그 중에서 위 농지전용비를 지급한 것이다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제96조 제1항 에는 ｢제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.｣라고 규정되어 있고 그 제3호에 ｢제104조 제3항의 규정에 의한 미등기 양도자산인 경우｣를, 그 제4호에 ｢취득 후 1년 이내의 부동산인 경우｣를 규정하고 있다. (2) 소득세법시행령 제163조 제3항 제3호 의 규정에 따르면 ｢법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것"에는 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용｣이 해당되는 것으로 규정되어 있다. (3) 소득세법시행령 제89조 제1항 제1호 의 규정에 따르면 ｢법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 타인으로부터 매입한 경우 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타부대비용을 가산한 금액｣으로 하도록 규정하고 있고, 같은 시행령 제163조 제5항 제1호의 규정에 따르면 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것"에는 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용이 해당되는 것으로 규정하고 있다.
• 라. 판단

(1) 먼저 처분청이 이 사건 농지전용비를 실제 부담여부와 관계없이 부담자명의가 청구인이 아니라는 이유로 필요경비에서 제외하였는바 그 타당성을 살펴본다. 농지조성비의 경우 농지소유사실과 관계없이 농지를 전용하려는 자에게 부과하는 것으로서 청구인의 딸인 위 ㅇㅇㅇ가 이 사건 제2토지의 전용허가를 받은 후 공장설립 승인과 건축허가를 받았으므로 위 농지조성비는 ㅇㅇㅇ의 부담이라 할 것이고 설사 청구인이 부담하였다 하더라도 이는 ㅇㅇㅇ가 청구인으로부터 차용한 것으로 볼 수 있는 점, 청구인이 위 인정사실(12)와 같이 사실과 다른 예금통장을 제시하는 등 확실한 증거도 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 농지조성비를 필요경비로 인정하지 아니한 당초처분에는 잘못이 없다할 것이다.

(2) 한편 처분청은 청구인이 제시한 부동산거래중개수수료 관련 영수증을 신뢰할 수 없다는 이유로 위 영수증의 금액 전부를 필요경비에서 제외하였는바, 이에 대해 살펴본다. 중개수수료는 부동산중개업자가 중개한 부동산거래에서 부동산취득과 양도에 따른 필수적인 부대비용으로서 부동산을 취득할 때에는 소득세법시행령 제89조 제1항 제1호 의 규정에 따라 취득가액에 포함시킨 방법으로, 양도할 때에는 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호의 규정에 따른 필요경비에 해당되어 양도가액에서 공제되는 것이다. 그런데 이 사건의 경우 취득할 때의 중개수수료(2,094,620원)는 필요경비로 인정되었으나 양도할 때의 중개수수료는 필요경비로 인정된 것이 없는 점, 처분청에서 필요경비 부인 근거로 제시한 확인서에서도 위 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇ부동산에 근무하면서 이 사건부동산을 중개한 사실이 나타나 있고 위 인정사실(11)과 같이 위 ㅇㅇㅇ가 청구인이 지급하였다고 주장하는 19,000,000원 중 4,000,000원을 이 사건 부동산 거래와 관련하여 중개 보수로 받았다고 확인하고 있는 점에 비추어보면 청구인이 주장하는 중개수수료 중 4,000,000원은 위 필요경비에 해당된다고 볼 수 있는데도 처분청은 위와 같은 내용을 제대로 조사하지 아니하고 중개수수료를 필요경비로 공제하지 아니한 사실을 알 수 있다. 따라서 처분청은 위 (2)항의 중개수수료를 면밀히 조사ㆍ확인하여야 하는데도 이에 대한 조사가 미흡하고 이에 따라서 한 이 사건 부과처분은 처분결과에 영향을 미칠만한 조사미진의 잘못이 있다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인이 주장하는 이 사건 중개수수료에 따른 조사가 미진한 상태에서 한 이 사건 부과처분은 과세표준 산정에 관한 조사미진이 있다 할 것이므로 위 중개수수료 중 실제 중개수수료가 얼마인지를 재조사ㆍ확인하고 그 결과에 따라 이 사건 부과처분의 경정여부를 결정하는 것이 상당하다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.