건설자금에 충당한 차입금의 이자 범위를 사업용 고정자산의 매입 등에 소요된 차입금 이자 등에 한정한 규정은 그대로 적용되고 있으며, 개발이익배분액의 경우 시행사업 이익금의 40%를 추진사업지역에 지급하도록 명시한 점, 지구개발사업의 경우 개발이익의 산정이 가능한 점 등을 고려할 때 개발단이 청구인으로 전환되기 전 이미 시에 지급한 채무는 확정되어진 것으로 볼 수 있어 당초처분은 정당 함.
건설자금에 충당한 차입금의 이자 범위를 사업용 고정자산의 매입 등에 소요된 차입금 이자 등에 한정한 규정은 그대로 적용되고 있으며, 개발이익배분액의 경우 시행사업 이익금의 40%를 추진사업지역에 지급하도록 명시한 점, 지구개발사업의 경우 개발이익의 산정이 가능한 점 등을 고려할 때 개발단이 청구인으로 전환되기 전 이미 시에 지급한 채무는 확정되어진 것으로 볼 수 있어 당초처분은 정당 함.
심사청구를 기각한다.
청구인은 1999사업연도부터 2001사업연도까지의 법인세를 신고ㆍ납부하면서 ㅇㅇㅇㅇ지구 택지개발사업에 충당한 건설자금이자 565,550,432원(1999사업연도 41,880,532원, 2000사업연도 393,644,838원, 2001사업연도 130,025,062원)을 분양토지의 취득원가에 포함시켜 특별부가세를 산정하였으며 또한 2000사업연도 법인세 신고의 경우 같은 해 1. 31. 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ지구 택지개발사업(이하 ｢ㅇㅇ지구 개발사업｣이라 한다)과 관련하여 ㅇㅇ시장에게 지급한 개발이익배분액 15,240,000,000원(이하 ｢이 사건 개발이익배분액｣이라 한다) 중 11,695,058,000원(장부가액 4,445,549,816원인 토지 12,068.7㎡의 평가액)을 토지로 제공함에 따라 발생한 재고자산처분이익 7,249,508,184원은 자본거래에 따른 익금이라는 이유로 같은 금액만큼 개발이익배분손실액을 손금으로 계상하여 법인소득이 발생하지 않도록 한 뒤 법인세를 산정하였다. 이에 대하여 처분청은 재고자산인 분양용 토지의 취득원가에는 건설자금이자를 포함시킬 수 없다고 보아 이를 취득원가에서 제외하였고, 청구인의 전신인 ㅇㅇ개발사업단(이하 ｢ㅇㅇ개발단｣이라 한다)과 청구인이 ㅇㅇ지구 개발사업에서 각각 실현한 개발이익의 비율에 따라 이 사건 개발이익배분액을 안분하면 청구인의 귀속분(23.1%)은 3,520,600,492원인데도 7,249,508,184원을 손금으로 계상하였다고 보아 그 차액 3,728,907,692원을 손금부인한 과세표준에 따라 2004. 11. 4. 청구인에게 1999사업연도 법인세 12,184,090원, 2000사업연도 법인세 2,040,760,520원, 2001사업연도 법인세 30,698,910원 계 2,083,643,520원을 부과․고지(이하 ｢이 사건 부과처분｣이라 한다)하였다.
(1) 기업회계기준에 따르면 재고자산의 경우에도 건설자금이자를 취득원가에 가산하도록 되어 있으며, 건설자금이자를 재고자산의 취득원가에 가산할 수 없게 한 ｢구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제174547호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)｣ 제140조의 규정은 시행기간이 3년에 불과하여 납세자의 예측가능성을 현저하게 결여한 것이고, 특별부가세의 과세표준을 계산할 때에 인지대, 분양대행수수료 등도 매매용 부동산의 취득원가에 포함시키면서 건설자금이자를 포함시키지 아니하는 것은 부당하다.
(2) 처분청이 이 사건 개발이익분배금에 관한 손금을 개발이익 실현비율에 따라 ㅇㅇ개발단과 청구인에게 각각 안분하였으나 (가) 1998. 12. 31. 청구인이 공사로 전환될 시점에는 ㅇㅇ지구 개발사업의 토지분양이 완료되지 아니하였고, 1999. 9. 30. ㅇㅇ지구 개발사업의 개발이익배분에 관한 협약이 체결되었으므로 권리의무 확정주의에 따라 개발이익배분에 관한 손금은 모두 위 협약이 체결한 날이 속하는 사업연도에 귀속시켜야 하며, (나) 위 개발이익배분의 실질은 과세소득에 영향을 미치는 손익거래가 아니라 자본거래로서 익금이나 손금이 발생할 수 없기 때문에 이 사건 개발이익배분금 중 일부를 토지로 제공함에 따라 발생한 재고자산처분이익(익금)을 상계처리 하기 위하여 같은 금액만큼 개발이익배분손실을 계상한 뒤 이를 손금에 삽입한 것은 정당하며, (다) 이 사건 개발이익배분액은 배당금 또는 기부금의 성격을 가지고 있으므로 배당금 또는 기부금을 지급하기로 결정한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하여야 하는데도 위와 같이 개발이익의 실현비율에 따라 손금을 안분하여 법인세를 부과한 이 사건 부과처분은 부당하다.
(1) 재고자산의 취득원가에 건설자금이자를 포함시킬 수 있는지 여부
(2) 이 사건 개발이익배분액에 따른 손금의 귀속을 개발이익의 실현기간에 따라 안분하여 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한지 여부
(1) 청구인은 ㅇㅇ도가 ｢구 지방공기업법(1991. 5. 31. 법률 제04371호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)｣ 제49조 제1항과 ｢ㅇㅇ개발공사 설치조례(1998. 5. 1. ㅇㅇ도 조례 2590호)｣에 따라 주택단지와 산업단지 개발 등 지역개발사업을 추진하기 위하여 1998. 12. 31. 설립한 법인이다.
(2) 청구인은 위 조례 부칙 제3조의 규정에 따라 ㅇㅇ개발단에 관한 권리의무를 포괄적으로 승계하였으며, ㅇㅇ도는 ㅇㅇ개발단의 1998. 12. 31. 현재 자산 147,587,098,902원에서 부채 55,969,898,902원을 뺀 91,617,200,000원을 자본금으로 출자하였다.
(3) 위 ㅇㅇ개발단은 1990. 8. 27.부터 1994. 11. 1.까지 ㅇㅇ지구 개발사업(시행자 ㅇㅇ도지사)을 추진하였으며, ｢구 ㅇㅇ도 공영개발사업설치 조례(1998. 12. 31.폐지)｣ 제14조의 규정에 따르면 도지사가 직접 시행자 지정을 받아 시행하거나 시․군으로부터 위탁을 받아 시행하는 공영개발사업 중 이익금이 5억 원 이상 발생된 사업은 그 이익금의 100분의 40을 추진사업지역의 시ㆍ군에 배분함을 원칙으로 하되 이익배분방법은 도와 당해 시ㆍ군이 협의 결정하고, 이익금은 총 사업수익금액에서 보상비, 공사비, 이자 등 투자비를 제외한 금액으로 한다고 되어 있다.
(4) ㅇㅇ시는 1990. 11. 1. ㅇㅇ지구 개발사업의 개발이익배분의 대가로 ㅇㅇ교 가설비의 3분의1, ㅇㅇ교 가설비의 2분의1, ㅇㅇ우회도로 가설비의 2분의1의 합계액인 9,100,000,000원의 지원을 요청하는 등 여러 차례에 걸쳐 개발이익배분과 관련하여 ㅇㅇ개발단과 협의를 하였으나 합의에 이루지 못한 상태에서 1998. 12. 31. ㅇㅇ개발단은 ㅇㅇ개발공사(청구인)로 전환되었고, 이 당시 ㅇㅇ지구 개발사업은 완료되었으며 토지의 분양률은 95.66%였다.
(5) 청구인과 ㅇㅇ시는 1999. 9. 30. 개발이익금의 배분에 관한 협약을 체결하였는바 그 주요 내용은 다음과 같다. (가) 개발이익금의 배분대상은 ㅇㅇ지구사업을 제외하고 ㅇㅇ지구사업에 한정한다. (나) ㅇㅇ지구 개발사업의 개발이익금은 31,600,000,000원으로 하며, 변동이 있는 경우 확정이익금으로 정산한다. (다) 개발이익배분금은 개발이익금의 40% 상단인 12,640,000,000원으로 하고, 이미 지원한 950,000,000원을 뺀 11,690,000,000원을 지급한다. (라) 위 외에 청구인은 ㅇㅇ교 및 ㅇㅇ교 가설사업비 2,600,000,000원을 추가 부담한다. (마) 개발이익배분금 지급방법은 총 지급할 금액 14,290,000,000원(950,000,000원은 기 지급) 중 2,600,000,000원은 현금으로 2000. 1. 31.까지 지급하고, 나머지는 청구인이 보유하는 토지를 1999. 10. 1. 기준으로 평가하여 1999. 12. 31.까지 ㅇㅇ시에 소유권 이전등기를 한다.
(6) 위 협약에 따라 청구인은 2000. 1. 6. ㅇㅇ2지구 개발사업의 미분양 토지 12필지 12,068.7㎡를 11,695,058,000원으로 평가(장부가액 4,445,549,816원)하여 ㅇㅇ시에 소유권이전 등기하였으며, 같은 해 1. 31. 현금 2,594,942,000원을 지급하였다.
(7) 청구인은 이 사건 개발이익배분액 지급과 관련하여 회계처리를 [별첨] ｢개발이익배분액 지급에 관한 회계처리 내역｣과 같이 ㅇㅇ시에 제공하기로 한 현금과 토지의 장부가액의 합계 상당액인 7,040,490,000원을 자본에서 차감(감자)하기로 하고 1999. 12. 31. 차변에 미등기감자액(자본 차감항목) 7,040,490,000원, 대변에 미지급금 7,040,490,000원을 계상하였고, 2000. 1. 31. 토지를 현물로 제공하고 현금 2,594,942,000원을 지급한 것에 관하여는 같은 날 대변에 완성토지(장부가액) 4,445,549,816원, 보통예금 2,594,942,000원, 재고자산처분이익 7,249,508,184원을, 차변에는 미지급금 7,040,490,000원, 기타 영업외비용 1,816원, 개발이익배분손실 7,249,508,184원을 계상하여 익금인 재고자산처분이익과 손금인 개발이익배분손실액을 일치시켜 손익이 발생하지 않도록 하였다.
(8) 청구인은 1999. 12. 18. 자본 7,040,490,000원을 감자(감소 주식수 1,408,098주)하는 것으로 이사회의 의결을 거친 뒤 2000. 1. 21. 이를 공고하였다.
(9) 청구인은 1999사업연도부터 2001사업연도까지의 법인세를 신고ㆍ납부하면서 ㅇㅇㅇㅇ지구 택지개발사업 분양토지의 양도차익을 산정할 때에 건설자금이자 565,550,432원(1999사업연도 41,880,532원, 2000사업연도 393,644,838원, 2001사업연도 130,025,062원)을 취득원가에 포함시켜 특별부가세를 산정하였다.
(10) 처분청은 2004. 11. 4. 재고자산에 대한 건설자금이자는 취득원가에 포함시킬 수 없다는 사유로 이를 토지의 양도차익에 가산하고, ㅇㅇ지구 개발사업의 개발이익배분액에 관한 손금은 청구인과 ㅇㅇ개발단에서 실현한 개발이익의 비율에 따라 이 사건 개발이익배분액 15,240,000,000원을 안분하여 청구인의 귀속분인 3,520,600,492원을 손금으로 인정(ㅇㅇ개발단은 법인세 비과세 법인임)한 뒤 이 사건 부과처분을 하였다.
(1) ｢구 지방공기업법｣ 제49조 제1항 에 인구 50만이상의 시는 토지개발사업 등을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사를 설립할 수 있다고 규정하고 있다.
(2) ｢구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제06558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)｣ 제99조 제1항에 특별부가세의 과세표준은 토지 및 건물 등의 자산의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있고, 제3항에 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (3) ｢법인세법｣ 제99조 가 삭제(2001. 12. 31. 법률 06558호에 따라 삭제)되어 특별부가세가 폐지되었고, 제55조의2 제1항의 규정에 따르면 토지 등을 양도한 경우 양도소득에 대한 법인세를 부과하도록 규정하고 있다.
(4) ｢구 법인세법 시행령｣ 제52조 제1항 에 건설자금에 충당한 차입금의 이자라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요 된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 규정하고 있고, 제72조 제2항에 취득가액은 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 포함한다고 규정하고 있으며, 제140조 제2항에는 취득가액이라 함은 제72조 제1항 내지 제3항 등의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(5) ｢구 법인세법｣ 제19조 제1항 에 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제40조 제1항에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다.
(1) 청구인은 기업회계기준에 따르면 재고자산에 충당하기 위해 차입한 건설자금의 이자도 취득원가에 포함시키도록 되어있으며, 재고자산의 취득원가에 위 건설자금이자를 포함시킬 수 없도록 한 ｢구 법인세법 시행령｣ 제140조 규정의 시행기간이 3년에 불과하여 납세자의 예측가능성을 현저하게 결여하였을 뿐 아니라 특별부가세의 과세표준을 계산할 때에 인지대, 분양대행수수료 등도 매매용 부동산의 취득원가에 포함시키면서 건설자금이자를 포함시키지 아니하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ｢구 법인세법 시행령｣ 제52조 제1항, 제72조 제2항 제2호와 제140조 제2항 제1호의 규정 등에 따르면 취득가액에 포함하는 건설자금의 차입금의 이자는 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요되는 차입금의 이자를 말한다고 규정되어 있다. 또한 2001. 12. 31. ｢법인세법(법률 제06558호로 개정된 것)｣ 개정으로 법인의 토지 등 양도소득에 대해 부과하던 특별부가세를 폐지하고, 이를 대신하여 ｢같은 법｣ 제55조의2 제1항의 규정에 따라 양도소득에 대한 법인세를 부과하고 있을 뿐, 건설자금에 충당한 차입금의 이자 범위를 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설에 소요된 차입금 이자 등에 한정한 ｢구 법인세법 시행령｣ 제52조 제1항 의 규정은 개정되지 아니하고 그대로 적용되고 있다. 따라서 처분청이 건설자금이자를 분양토지의 취득원가에서 공제한 양도차익을 과세표준으로 특별부가세를 부과한 것은 정당하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.
(2) 처분청이 이 사건 개발이익배분액의 손금을 ㅇㅇ개발단과 청구인의 개발이익 실현비율에 따라 안분하여 귀속시킨 것이 부당하다는 청구인의 주장을 살펴본다. (가) 청구인은 1999. 1. 1. ㅇㅇ개발단이 공사로 전환될 시점에는 ㅇㅇ지구 개발사업의 토지분양이 완료되지 아니하였고, 공사로 전환된 이후인 같은 해 9. 30. 개발이익배분에 관한 협약이 체결되었으므로 권리의무 확정주의에 따라 이 사건 개발이익배분액에 관한 손금은 위 협약이 체결된 사업연도에 귀속시켜야 한다고 주장한다. 그러나 ｢구 법인세법｣ 제40조 제1항 에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 이 때의 익금과 손금의 확정이란 익금과 손금이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었음을 의미하는 것으로서 이 사건 개발이익배분액의 경우 ｢구 ㅇㅇ도 공영개발사업설치 조례｣ 제14조의 규정에 ㅇㅇ개발단이 시행하는 사업에 있어서 그 이익금의 100분의 40을 추진사업지역의 시ㆍ군에 지급하도록 명시되어 있는 점, ㅇㅇ지구 개발사업은 1994. 11. 1 사업이 완료되고 토지의 분양률이 1998. 12. 31. 현재 95.66%에 이르러 개발이익의 산정이 가능한 점(ㅇㅇ개발단은 예상 개발이익을 31,600,000,000원으로 산정함), 1994. 11. 1.부터 ㅇㅇ시와 개발이익배분액에 관하여 여러 차례에 걸쳐 협의를 하여 왔던 점 등을 고려할 때 최종 지급할 금액만 정하여지지 아니하였을 뿐 ㅇㅇ개발단이 청구인으로 전환되기 전에 이미 ㅇㅇ시에 지급하여야 할 채무는 확정지어진 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 또한 청구인도 ㅇㅇ시에 지급한 이 사건 개발이익배분액을 ㅇㅇ개발단에서 지급했어야 할 미지급금으로 인정하고 이를 자본금에서 차감(감자)하는 방식으로 회계처리를 하였다. 따라서 처분청이 이 사건 개발이익배분액을 ㅇㅇ개발단과 청구인의 ㅇㅇ지구 개발사업의 토지분양이익 실현비율에 따라 안분한 뒤 청구인에게 귀속되는 금액만을 손금으로 인정하여 법인세를 부과한 것은 타당하다 할 것이다. (나) 청구인은 ㅇㅇ지구 개발사업의 이익배분을 위해 ㅇㅇ시에 제공한 현금과 토지(장부가액)가액을 자본에서 차감하였듯이 이 사건 개발이익배분액의 실질은 과세소득에 영향을 미치지 아니하는 자본거래인데도 양도차익에 대한 특별부가세를 납부하기 위하여 재고자산처분이익 7,249,508,184원은 계상하여 익금에 산입하였기 때문에 이를 상계하기 위하여 같은 금액만큼 개발이익금배분손실을 계상하여 손금에 산입한 것은 정당하다고 주장한다. 그러나 청구인이 이를 자본에서 차감한 것은 ㅇㅇ도가 ㅇㅇ개발단에서 지급할 비용을 부채로 계상하지 아니한 채 청구인에 출자하였기 때문에 이를 자본금에서 차감(감자)한 것일 뿐 이 사건 개발이익배분액은 ㅇㅇ지구 개발사업추진에 따른 비용이므로 자본거래로 볼 수 없다. 또한 ㅇㅇ시에 양도한 토지는 ㅇㅇ도로부터 현물출자 받은 재고자산을 이 사건 개발이익배분액을 변제하기 위해 시가로 양도한 것이므로 양도가액과 취득가액의 차액은 재고자산처분이익으로서 처분청이 이를 청구인의 익금에 산입한 것은 정당하다 할 것이다. (다) 청구인은 이 사건 개발이익배분액이 공영개발사업의 이익을 배당하는 성격과 공공의 이익을 위하여 지방자치단체에 지급한 기부금의 성격을 동시에 갖고 있으므로 배당금 또는 기부금을 지급하기로 협약을 체결한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나 이 사건 개발이익배분액은 ㅇㅇ개발단이 추진하는 사업단위별로 개발이익의 40%를 정도를 해당 시ㆍ군에 지급하기로 되어 있는 ｢구 ㅇㅇ도 공영개발사업설치 조례｣ 제14조의 규정에 따라 지급한 것으로서 이를 잉여금의 처분인 배당금 또는 기부금으로 보아야 한다는 청구인 주장 역시 받아들일 수 없다 할 것이다.
그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 개발이익배분금 지급에 관한 회계처리 내역
○ 1999. 12. 31. 개발이익배분금을 자본에서 차감한 회계처리 차변 대변 미등기감자액(자본 차감항목) 7,040,490,000원 미지급금 7,040,490,000원 ※ 현금으로 지급할 2,594,942,000원과 토지의 장부가액 4,445,549,816원의 합계 상당액임.
○ 2000. 1. 31. 현금 지급 및 토지 제공에 관한 회계처리 차변 대변 미지급금 7,040,490,000원 기타영업외비용 1,816원 완성토지(장부가액) 4,445,549,816원 보통예금 2,594,942,000원 개발이익금배분손실 7,249,508,184원 재고자산처분이익 7,249,508,184원 ※ 손금과 익금이 발생하지 아니하도록 재고자산처분이익만큼 개발이익금배분손실을 임의 계상한 것임.
결정 내용은 붙임과 같습니다.