세금계산서의 부가가치세 매입세액공제를 인정하지 아니하고 부가가치세를 부과한 것이 정당한지 여부

처분청은 2004. 7. 5. 청구인에게 한 부가가치세 408,429,640원의 부과처분을 취소하여야 한다.

(주) ㅇㅇㅇㅇㅇ(2004. 11. 23. 법원 파산선고, 이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇ”이라 한다) 이 1998. 12. 4. 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(이하 “ㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)로부터 공급가액 2,968,723,638원, 부가가치세 296,872,362원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)를 교부받아 1999년도 제1기분 예정신고기간에 매출세액에서 위 쟁점세액(매입세액)을 공제하여 부가가치세를 신고납부한 데 대하여 처분청은 쟁점세액을 공제받는 과세기간은 1998년도 제2기인데도 1999년 제1기 매입세액으로 공제하였다하여 2004. 7. 5. 위 업체에 1999년도 제1기분 부가가치세 408,429,640원(가산세 포함)을 부과고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 ㅇㅇㅇㅇㅇ 담당직원 실수로 1998년도 제2기 귀속으로 신고하여야 할 이 사건세금계산서 매입부가가치세를 1999년도 제1기로 잘못 신고하였으나 ㅇㅇㅇㅇ에 지급한 부가가치세는 ㅇㅇㅇㅇ이 국가에 납부하였으므로 국가의 과세권이 침해되지 아니하였으며 처분청이 과세권을 늦게 행사하여 수정신고 할 기회가 상실되었는데도 이를 감안하지 않고 부가가치세를 소급 추징함은 부당하다.

• 가. 다툼 이 사건 세금계산서의 부가가치세 매입세액공제를 불인정하고 부가가치세를 부과한 것이 정당한지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 토지에 아파트형공장을 신축하기 위하여 1997. 7. 31. (주) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)을 수탁인으로 하여 신탁계약을 체결하고, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 ㅇㅇㅇㅇ과 위 건축물 공사도급계약을 체결하였다.

(2) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 1998. 12. 4. 청구인의 수탁인으로서 ㅇㅇㅇㅇ로부터 공급자를 ㅇㅇㅇㅇ, 공급받는 자를 ㅇㅇㅇㅇㅇ로 하여 공급가액 2,968,723,638원, 세액 296,872,362원으로 각 기재된 세금계산서를 교부받았다. 그 후 1999. 1. 16. ㅇㅇㅇㅇㅇ에 이 사건 세금계산서를 1998년도 제2기 부가가치세 확정신고자료로 송부하였다.

(3) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ과 ㅇㅇㅇㅇ이 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 의사와 무관하게 위 공사대금을 정하였기 때문에 위 공사대금을 인정할 수 없다 하여 이 사건 세금계산서를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ에 반송하자 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 1999. 4. 7. 이를 다시 송부하였다.

(4) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 1999. 4. 25. 1999년도 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 위 1998. 12. 4.자 이 사건 세금계산서의 부가가치세 296,872,362원을 부가가치세 매출세액에서 공제하였다.

(5) 처분청은 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 이 사건 세금계산서에 대한 부가가치세 세액공제가 부당하게 이루어졌다고 보아 2004. 7. 5. ㅇㅇㅇㅇㅇ에 대하여 1999년도 제1기분 부가가치세 408,429,640원(가산세 포함)을 부과고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 국세기본법 제15조 에 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고 있다. (2) 국세기본법 제26조의2 제1항 에 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서, 그 제1호에 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간을, 제3호에 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간을 들고 있다.

(3) 구 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하면서 그 제1호에 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때를 들고 있다. (4) 부가가치세법 제3조 제1항 의 규정에 따르면 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 제1기는 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기는 7월 1일부터 12월 31일까지로 되어 있다. (5) 부가가치세법 제17조 제1항 에 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화ㆍ용역의 공급 또는 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 규정하고 있다. (6) 부가가치세법 제18조 제1항 및 제4항의 규정에 따르면 사업자는 각 과세기간 중 예정신고기간(제1기분: 1월 1일부터 3월 31일까지, 제2기분: 7월 1일부터 9월 30일까지)의 종료 후 25일내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하며 예정신고와 함께 그 예정신고기간의 납부세액을 납부하도록 되어 있다. (7) 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 의 규정에 따르면 법 제18조제1항의 규정에 의한 부가가치세의 예정신고에 있어서는 사업자의 인적사항, 납부세액 및 그 계산근거, 공제세액 및 그 계산근거를 기재한 부가가치세 예정신고서와 함께 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함)하도록 되어 있다. (8) 부가가치세법 제19조 제1항 의 규정에 따르면 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간종료 후 25일내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하며 확정신고와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 납부하도록 되어 있다.

• 라. 판단 이 사건 부가가치세 과세기간을 잘못 신고한데 대하여 부과제척기간이 임박한 시기에 부과처분을 한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 위 인정사실에서 보는 바와 같이 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 수탁자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 아파트형공장을 신축하는 공사도급계약을 ㅇㅇㅇㅇ과 체결, ㅇㅇㅇㅇ에 부가가치세를 포함한 공사비를 지급하고 ㅇㅇㅇㅇ로부터 관련 세금계산서를 교부받았으며, ㅇㅇㅇㅇ은 그 지급받은 부가가치세액을 매출세액으로 사업장관할 세무서장에게 납부하였으므로 설령 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 쟁점세액을 정당한 과세기간이 아닌 시 기에 신고하여 매입세액의 공제를 받았다 하더라도 조세회피 목적이 없다고 보여 진다. 또한, 이 사건 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 과세기간을 달리하여 신고한 후 법적기한 내에 경정청구를 하지 아니한 잘못은 있으나 ㅇㅇㅇㅇㅇ은 쟁점세액을 1998년 제2기분 부가가치세 확정신고 시 매입세액 공제를 하지 아니하고 그 다음연도 제1기 예정신고 시 매입세액 공제를 함으로써 결과적으로 세금을 국가에 미리 납부한 결과가 될 뿐만 아니라 이로 인하여 국가의 과세권이 부당하게 침해되지도 아니하였다. 그리고 만약 처분청이 부가가치세 신고 오류사실을 ㅇㅇ건설의 경정청구권의 행사가 가능한 시점에 발견하였더라면 처분청이 직권으로 해당 부가가치세에 대하여 감액(1998년 제2기분) 및 증액(1999년 제1기분) 경정결정을 하였을 것이나 처분청에서 부가가치세 불부합 과세자료에 대하여 조사ㆍ확인을 거쳐 종결처리하기까지 통상 2년 내지 2년 6개월 정도 소요되는 점을 고려할 때 이 사건 1998년 제2기분 부과제척기간이 경과되고 1999년 제1기분 부과제척기간의 종료가 임박한 시점에 청구인이 제출한 일부 매입분 세금계산서가 과세기간이 다르다는 사실을 발견하여 부과고지한 것은 국세기본법 제15조 의 규정에 따른 성실한 직무수행으로 보기 어렵다. 따라서 이 사건 위와 같이 1998년 제2기분 부가가치세에 대한 납세자의 경정청구권이 이미 소멸되어 청구인은 경정청구를 할 수 없고, 부과제척기간이 경과되어 처분청도 직권으로 감액경정결정을 할 수 없다면 청구인이 당초 신고한 내용을 그대로 인정함이 타당하다.

그렇다면 처분청의 이 사건 부과처분이 매입세액에 대한 과세기간을 잘못 신고한데 따른 것이기는 하나 해당 부가가치세가 국가에 납부되어 과세권의 침해가 없어 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.