기 납부한 토지초과이득세를 양도소득세에서 공제할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 2002. 10. 25. 청구외 조○○과 공유지분으로 소유하고 있던 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 ○○번지 대지 1,121.5㎡ 및 건물 600㎡ 중 청구인의 지분 50%(이하「이 사건 부동산｣이라 한다)를 ○○건설(주)에게 양도한 후 같은 해 11. 26. 이 사건 부동산의 양도소득세를 자진 신고ㆍ납부하면서 위 토지에 대한 기 납부한 토지초과이득세 130,303,060원을 양도소득세에서 공제하고 위 토지초과이득세의 분납가산금 19,231,840원을 양도소득의 필요경비에 산입하여 납부세액을 187,744,700원으로 산정한데 대하여 2003. 11. 24. 양도소득세에서 공제한 기 납부 토지초과이득세 130,303,060원과 필요경비에 산입한 분납가산금 19,231,840원을 각각 부인하고 기 납부한 토지초과이득세를 필요경비로 산입하여 양도소득세를 299,419,360원으로 경정하고 기 신고ㆍ납부한 양도소득세 187,744,700원을 제외한 111,674,660원을 추가로 고지(이하「이 사건 처분｣이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유

1994. 7. 29. 헌법재판소에서 토지초과이득세액 전액을 양도소득세에서 공제하지 않도록 한구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것)제26조 제1항과 제4항의 규정은 조세법률주의상의 실질과세 원칙에 반한다는 사유 등으로 위 법률 전체에 대하여 헌법불합치 결정을 하였는데도 같은 해 12. 22. 토지초과이득세를 일부만 공제하거나 필요경비로 처리하도록 개정된구 토지초과이득세법(1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것)제26조의 규정은 무효인 법률이므로 위 법률의 규정에 따라 기 납부한 토지초과이득세를 전액 공제하지 아니하고 필요경비에 산입한 것과 분납가산금을 양도소득의 필요경비로 인정하지 않은 이 사건 처분은 부당하다.

• 가. 다툼 기 납부한 토지초과이득세를 양도소득세에서 공제하지 아니하고 이를 양도소득의 필요경비에 산입하거나 토지초과이득세 분납가산금을 필요경비로 인정하지 않은 것이 정당한지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 1991. 11. 1. ○○세무서장은 청구인에게 이 사건 부동산 중 토지에 대하여 토지초과이득세 70,559,910원을 예정고지 하였고, 1993. 11. 1. 130,303,060원으로 확정고지 하였다. 이에 대하여 청구인은 1991. 11. 22. 및 1993. 11. 22. 각각 분납허가를 받아 1991. 11. 30부터 1996. 10. 31.까지 14회에 걸쳐 위 토지초과이득세 130,303,060원과 분납가산금 19,231,840원을 납부하였다.

(2) 1994. 7. 29. 헌법재판소는 “토지초과이득세는 양도소득세와 같은 수득세의 일종으로서 그 과세대상 또한 양도소득세 과세대상의 일부와 완전히 중복되고 조세목적 또한 유사하여 토지초과이득세가 양도소득세의 예납적 성격을 가지고 있는데도구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항에 규정한 토지초과이득세 전액을 양도소득세에서 공제하지 않도록 한 규정과 제4항에 규정한 토지소유자가 토지초과이득세를 필요경비에 산입하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입한다는 규정은 조세법률주의상의 실질과세 원칙에 위배된다.”는 사유 등으로 토지초과이득세법 전체에 대하여 입법자가 토지초과이득세법을 새로이 개정하거나 폐지할 때까지 법원, 기타 국가기관은 현행법을 더 이상 적용ㆍ시행할 수 없도록 중지하되 그 형식적 존속만을 잠정적으로 유지하기 위하여 위헌ㆍ무효결정을 선고하지 아니하고 효력상실을 제한적으로 적용하는 헌법불합치 결정을 하였다.

(3) 헌법재판소의 헌법불합치 결정에 따라 국회는 1994. 12. 22.구 토지초과이득세법제26조 제1항에 토지초과이득세의 결정일로부터 1년 이내 유휴토지 등을 양도하는 경우 토지초과이득세의 80%를, 3년 이내에 양도하는 경우 60%를, 6년 이내에 양도하는 경우 40%를 양도소득세에서 공제하도록 되어 있던 규정을 개정하여 3년 이내에 양도하면 100%를 공제하고, 6년 이내에 양도하면 60%를 공제하도록 하였다. 또한 토지소유자가 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도하면서 토지초과이득세를 양도소득의 필요경비에 산입하는 경우에는 양도소득세에서 공제하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 양도소득의 필요경비에 산입하도록 되어있던 같은 법 제26조 제4항의 규정은 개정하지 아니하고 그대로 두었다.

(4) 구 토지초과이득세법은 1998. 12. 28. 법률 제5586호에 의하여 폐지되었고 위 법률 부칙 제2조의 규정에 의하면 종전의 법률에 따라 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 하였다.

(5) 2002. 10. 25. 청구인은 이 사건 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ(주)에게 2,060,125,000원에 매각하고 같은 해 11. 26. 기 납부한 토지초과이득세 130,303,060원을 양도소득세 결정세액에서 공제하고 분납가산금 19,231,840원을 필요경비에 산입한 후 자진 납부할 양도소득세를 187,744,700원으로 산정하여 ㅇㅇㅇ세무서에 신고ㆍ납부하였다.

(6) 2003. 11. 24. 처분청은 이 사건 부동산 양도일이 토지초과이득세 결정일(1991. 11. 1. 및 1993. 11. 1.)로부터 6년이 초과되었다는 사유로 청구인이 양도소득세 결정세액에서 공제한 기 납부 토지초과이득세 130,303,060원을 부인하고구 토지초과이득세법(1998. 12. 28. 법률 5586호로 폐지되기 전의 것)제26조 제4항의 규정에 따라 이를 양도소득세의 필요경비에 산입하였으며, 분납가산금 19,231,840원은 양도소득계산의 필요경비 산입 대상이 아니라는 사유로 이를 부인한 후 양도소득세액을 299,419,360원으로 경정ㆍ결정한 후 기 납부한 양도소득세 187,744,700원을 공제한 111,674,660원을 추가로 부과ㆍ고지하자 청구인은 2004. 2. 9. 우리 원에 심사청구하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1)구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것)제26조 제1항에 토지초과이득세의 결정일로부터 1년 이내 유휴토지 등을 양도하는 경우 토지초과이득세의 80%를, 3년 이내에 양도하는 경우에는 60%를, 6년 이내에 양도하는 경우에는 40%를 각각 양도소득세에서 공제하도록 규정되어 있고, 제4항에 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도하면서 토지소유자가 토지초과이득세를 필요경비에 산입하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입한다고 규정되어 있다. (2)구 토지초과이득세법(1998 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것)제26조 제1항에 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우 토지초과이득세의 100%를, 6년 이내에 양도하는 경우에는 60%를 각각 양도소득세에서 공제하도록 규정되어 있고 제4항에는 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도하면서 토지소유자가 토지초과이득세를 필요경비에 산입할 경우 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입한다고 규정하고 있다. (3)구 토지초과이득세법(1998 12. 28. 법률 제5586호로 폐지된 것)부칙 제2조에 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있다. (4) 소득세법 제97조 에 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액, 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것, 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것으로 규정되어 있다. (5) 소득세법시행령 제163조 제3항 에 자본적 지출액은 내용연수를 연장하거나 자산의 가치를 증가시키기 위한 비용, 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용, 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등으로 규정하고 있다.
• 라. 판단 청구인은 1994. 7. 29. 헌법재판소에서 토지초과이득세액 전액을 양도소득세에서 공제하지 않도록 되어 있는구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것)제26조 제1항과 제4항의 규정은 조세법률주의상의 실질과세 원칙에 반하다는 사유 등으로 위 법률에 대하여 헌법불합치 결정을 하였는데도 토지초과이득세를 일부만 공제하거나 필요경비로 처리하도록 개정된구 토지초과이득세법(1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것)제26조의 규정은 무효인 법률이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 헌법재판소는 헌법불합치 결정문에서 “입법자가 토지초과이득세법을 이 결정에서 밝힌 위헌 이유에 맞추어 새로이 개정 혹은 폐지할 때까지 이 법의 적용 및 시행을 중지하되 단순 위헌무효결정을 선고하지 아니하고 효력상실을 제한적으로 적용하는 변형위헌결정으로서의 헌법불합치 선고를 한다.”고 하였다. 이에 따라 1994. 12. 22. 국회에서구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것)제26조의 규정을 개정하였고 위 법률은 1998. 12. 28 폐지되었으나 위 폐지된 법률 부칙 제2조에 “이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.”고 규정하고 있으므로 위 법률에 위헌적인 내용이 있다면 청구인이 소송을 통하여 법원에 위헌법률심판제청을 신청할 수는 있으나 위헌결정이 나기 전까지는 위 법률은 유효한 것이다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 부동산의 양도일이 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 초과하여구 토지초과이득세법(1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것)제26조 제4항의 규정에 따라 기 납부한 토지초과이득세를 양도소득의 필요경비에 산입한 것이므로 기 납부한 토지초과이득세 전액을 양도소득세에서 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 또한 청구인은 헌법불합치 결정의 취지에 따라 토지초과이득세의 분납가산금을 필요경비에 산입하는 것이 정당하다고 주장하나구 토지초과이득세법(1998. 12. 28. 법률 5586호로 폐지되기 전의 것)제26조 제4항에 기 납부한 토지초과이득세만 필요경비로 산입할 수 있도록 규정되어 있으며 토지초과이득세 분납에 따른 이자세액인 분납가산금(본세의 14.76%)을 양도소득의 필요경비로 인정할 경우 분납하지 아니한 자와 형평이 어긋날 뿐 아니라 소득세법 제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제3항의 규정 등에 따르면 양도소득의 필요경비는 양도자산의 취득에 든 비용 또는 그 자산의 객관적 가치를 증가시키는데 소요된 자본적 지출과 양도비용 등을 말한다고 되어 있으므로 토지초과이득세의 분납가산금을 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.