3. 우리 원의 판단
- 가. 다툼 이 사건 지입차량의 공급받은 시기를 지입회사가 지입차주를 대신하여 차량제조회사로부터 공급받은 시기로 보아야 하는지 여부
- 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
(1) 청구인은 2003. 6. 13. 청구인의 남편인 ○○○로 하여금 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 있는 ○○○○○○○(주)(차량제조회사)와 ○○22.5t카고트럭 1대(이 사건 지입차량)를 부가가치세 7,218,181원이 포함된 대금 79,400,000원에 구입하는 내용의 자동차매매계약을 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 있는 청구외 ○○○○(주)(지입회사) 명의로 체결하게 하고 다음날 위 차량을 인도받았다.
(2) 청구인은 2003. 7. 3. 지입회사에서 17,924,850원을 차용하여 차량제조회사에 이 사건 지입차량 대금 중 차량 인수시 지급하였어야 할 미납금을 납부한 후 차량등록에 필요한 서류를 받은 다음, 같은 해 7. 5. 청구인이 이 사건 지입차량을 계약체결일로부터 5년간 지입회사에 현물출자하는 대신 그 운영권 일체를 포괄적으로 위임받아 독립된 사업자로서 이를 운행하면서 제세공과금, 보험료 등 차량관리운영에 드는 일체의 비용을 부담하고 매월 지입관리료 200,000원을 지입회사에 납부하는 내용 등을 약정한 “지입관리 위수탁 계약”을 체결하였고, 같은 날 이 사건 지입차량을 지입회사 명의로 차량등록하였다.
(3) 청구인은 2003. 7. 11. 처분청에 2003. 6. 15. 개업한 것으로 화물운송업 사업자등록신청서(개인사업자용)를 제출하여 다음날 사업자등록증(등록번호 000-00-00000호)을 발급받았다.
(4) 청구인은 이 사건 지입차량의 구입대금에 포함된 부가가치세 매입세액 7,218,181원을 환급받기 위하여 2003. 7. 25. 작성년월일이 ｢2003. 6. 15.｣로, 공급자가 지입회사로, 공급받는자가 청구인으로 각 기재된 세금계산서를 신고서에 첨부하여 2003년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였고, 그 후 2003. 8. 13. 다시 위 세금계산서의 기재사항 중 작성년월일만 ｢2003. 6. 30.｣로 바뀐 것을 신고서에 첨부하여 2003년 제1기 부가가치세 기한후신고를 하였다.
(5) 처분청은 2003. 8. 26. 청구인의 2003년도 제1기분 부가가치세 신고사항을 조사하고 위 (4)항과 같이 부가가치세를 확정신고한 청구인은 기한후 신고를 할 수 있는 자가 아니고, 이 때(기한후신고 시) 제출한 세금계산서에는 이 사건 지입차량의 공급시기(작성년월일)가 2003. 6. 30.인 것으로 되어 있으나 청구인의 주민등록번호가 아닌 2003. 7. 11. 등록신청하였던 사업자등록번호가 기재되어 있는 점으로 보아 위 세금계산서는 교부시기가 속한 과세기간 이후에 작성ㆍ교부된 사실과 다른 세금계산서로서 그 공급시기로 기재한 2003. 6. 30.을 이 사건 지입차량의 공급시기로 인정할 수 없고 확정신고시 제출한 세금계산서에 공급시기로 기재되어 있고, 사업자등록신청서에 개업일자로 기재되어 있는 2003. 6. 15.을 이 사건 지입차량의 공급시기로 보는 등으로 같은 해 9. 1. 이 사건 매입세액을 공제ㆍ환급하지 아니하고 신고불성실가산세 721,810원을 납부고지하였다.
- 다. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제6조 제5항 에는 ｢위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다｣ 라고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제1항에는 ｢재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다｣ 라고 규정하면서, 그 제1호에 ｢재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때｣ 라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제16조 제1항 에는 ｢납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다｣ 라고 규정하면서, 그 제1호는 ｢공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭｣, 제2호는 ｢공급받는 자의 등록번호｣, 제3호는 ｢공급가액과 부가가치세액｣, 제4호는 ｢작성년월일｣, 제5호는 ｢제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항｣ 이라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 제17조 제2항 에는 ｢다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다｣ 라고 규정하면서, 그 제5호에 ｢제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 제5조 제1항 본문의 규정에 의하여 사업개시 후에 등록한 사업자의 등록하기 전의 매입세액으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다｣ 라고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항에는신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다라고 규정하고 있다. (4) 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 에는사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다라고 규정하면서 그 제1호에제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액이라고 규정하고 있고, 제19조 제1항에는 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것으로 규정하고 있다. (5) 부가가치세법시행령 제21조 제2항 에는 위탁판매 또는 대리인에 의한 매매의 경우에는 수탁자 또는 대리인의 공급을 기준으로 하여 재화의 공급시기를 판단하되, 법 제6조제5항 단서의 경우에는 위탁자와 수탁자 또는 본인과 대리인 사이에도 공급이 이루어진 것으로 보아 재화의 공급시기를 판단하는 것으로 규정하고 있다. (6) 부가가치세법시행령 제59조 에는 ｢법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다｣ 라고 규정하고 있고, 제60조 제7항에는 ｢법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.｣ 라고 규정하고 있으며, 같은 조 제8항에는 ｢법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다｣ 라고 규정하고 있다.
- 라. 판단 위 관계법령에서 본 바와 같이 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제60조 제9항에 의하여 사업자가 매출세액에서 공제받을 수 없는 등록전 매입세액은 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이전의 매입세액인 바, 이 사건 지입차량의 공급시기에 대해 청구인은 지입회사로부터 차량 인도와 함께 세금계산서를 교부받았던 2003. 6. 30.이라고 주장하는 데 반하여 처분청은 청구인이 2003년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 제출한 세금계산서(지입회사가 청구인을 공급받는자로 하여 교부한 세금계산서)에 기재한 2003. 6. 15.로 보아야 한다고 주장하여 상반되고 있으므로 이 건 심사청구의 다툼은 청구인이 이 사건 지입차량을 공급받은 시기를 언제로 보아야 할 것인지 여부에 있다 하겠다. 살피건대, 청구인이 이 사건 지입차량을 지입회사의 명의로 구입하여 지입회사로부터 인도받고 이에 대한 세금계산서도 지입회사를 공급자로 하여 교부받았다 하더라도 위 인정사실에서 본 바와 같이 실질적으로는 매매계약부터 시작하여 인수, 대금 지급 등에 이르기까지 청구인이 이 사건 지입차량을 차량제조회사로부터 매입한 사실이 확인되고 있으므로 이는 이 사건 지입차량을 지입회사에 형식상 위탁하여 매입한 것으로 보아야 할 것이고, 이와 같이 차량지입 형태로 지입차주가 지입회사에 위탁을 하여 지입차량을 구입하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제5항 단서의 규정에 의하여 지입회사가 차량제조회사로부터 공급받은 시기를 지입차주가 지입회사로부터 공급받은 시기로 보는 것이므로 지입회사가 이 사건 지입차량을 차량제조회사로부터 공급받은 시기로 청구인이 주장하고 있는 2003. 6. 15.을 청구인이 공급받은 시기로 보아야 할 것이며, 이로부터 20일 이내에 청구인이 사업자등록신청을 아니하였으므로 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없는 등록전 매입세액에 해당되는 것이라 할 것이다. 따라서 이 사건 지입차량의 공급시기를 청구인이 지입회사로부터 이 사건 지입차량의 인수와 함께 교부받은 세금계산서에 공급시기로 되어있는 2003. 6. 30.로 보아야 하고 이로부터 20일 이내인 같은 해 7. 11. 청구인이 사업자등록신청을 하였으므로 이 사건 매입세액이 매출세액에서 공제받을 수 없는 등록전 매입세액에 해당되지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.