임차인에게 부담시킨 임대용 건물의 건축비 상당액은 청구인이 임차인에게 신축건물의 임대용역을 제공하고 그에 따른 대가를 미리 받아 임대 건물을 신축하였다고 보는 것이 실질에 부합하므로 선수임대료 수입으로 보아야 함.
임차인에게 부담시킨 임대용 건물의 건축비 상당액은 청구인이 임차인에게 신축건물의 임대용역을 제공하고 그에 따른 대가를 미리 받아 임대 건물을 신축하였다고 보는 것이 실질에 부합하므로 선수임대료 수입으로 보아야 함.
1. 처분청은 2003. 6. 10.자로 청구인에 대하여 한 1999사업연도부터 2002사업연도까지 법인세 계 1억 2,126만 원의 부과처분에 관하여, 1999사업연도 유형자산제각손실 949,846,793원을 자본적지출로 보아 손금불산입한 것과 2000, 2001, 2002 각 사업연도마다 위 자본적지출에 대한 감가상각비 각각 23,746,169원을 손금산입한 것을 취소하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 이 사건 부가가치세 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
(2) 이 사건 법인세부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
(1) 이 사건 신축비용은 부동산임대차계약서에 손해배상금으로 구체적으로 표시하지는 않았으나 이 사건 기존건물이 철거될 당시 장부가액 9억 5,000만 원, 시가 11억원 상당의 경제적 가치가 남아 있었고, 청구인은 이를 기존의 공장 및 제조시설 용도로 사용될 수 있도록 제조업체에 임대하려고 하였으나 임차인의 필요에 의하여 부득이 이를 철거하고 새로운 건물을 신축함에 따라 임차인으로부터 받게 된 손해배상금이지 이 사건 신축건물의 임대용역을 제공하는 데 대한 대가로 수령한 선수임대료 수입이 아니므로 이는 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없는 것이고 이에 해당하는 부가가치세 과세처분은 잘못이다.
(2) 임차인으로부터 수령한 이 사건 신축비용을 자산수증이익으로, 새로운 건물을 신축하기 위하여 철거한 기존건물의 장부가액은 새로운 건물에 대한 자본적지출로 처리하도록 한 구 ｢법인세법 기본통칙｣ 2-10-1…16의 규정이 2001. 11. 1. 삭제되었으며 기업회계기준 및 관행을 존중하여 이 사건 기존건물의 장부가액을 유형자산제각손실로 각 사업연도 소득금액에 익금 또는 손금으로 산입하여 법인세를 신고한 것은 적법한 것이다.
(1) 이 사건 신축비용을 기존건물의 파손에 따라 가해자로부터 받은 손해배상금으로 볼 것인지 또는 신축건물의 임대용역을 제공한 대가로 미리 받은 선수임대료로 볼 것인지 여부
(2) 새로운 건물 신축을 위하여 철거한 기존건물의 장부가액을 신축 건물의 취득가액에 가산되는 자본적지출로 볼 것인지 또는 당기 손금으로 볼 것인지 여부
(1) 청구인은 임차인과 1999. 10. 1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 등에 있는 공장용지(약 11,217㎡)와 이 사건 신축건물을 1999. 10. 1.부터 2005. 12. 31.까지 임대보증금 7억 원 월임대료 3,000만 원 등에 임차인에게 임대하기로 하는 부동산임대차계약을 체결하였다.
(2) 청구인은 청구인의 명의로 건축허가를 받아 1999. 10. 27. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ)과 건축공사도급계약(계약금액 1,210,000,000원)을 체결한 후 청구인 책임하에 이 사건 신축건물을 건축하면서 임차인으로부터 1999사업연도에 877,800,000원, 2000사업연도에 313,698,010원 계 1,191,498,010원을 이 사건 신축건물의 건축비로 수령하였고, 2000. 1. 12. 이 사건 신축건물을 준공하여 같은 날 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에서 관리하는 일반건축물대장에 청구인을 소유자로 등록되게 하였다.
(3) 청구인은 위 “(1)”항과 같이 체결한 부동산임대차계약에 따라 이 사건 신축건물을 임차인에게 임대하면서 1999. 10. 1.부터 2003. 3. 31.까지 이 사건 신축건물의 임대사업에 대하여 별도의 사업자등록을 아니하고 임대보증금 7억 원, 월임대료 3,000만 원을 수령한 것에 대하여는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 본점의 각 과세기간의 임대용역 공급에 따른 수입으로 처리하여 부가가치세를 신고납부하였으며, 이 사건 신축비용은 이를 수령한 1999 및 2000사업연도의 소득금액에 자산수증이익으로 익금산입하고, 철거된 기존건물의 장부가액 949,846,793원에 대하여는 이를 철거한 1999사업연도에 유형자산제각손실로 손금산입하여 각 사업연도 소득금액을 가감 조정한 후 법인세 등을 신고하였다.
(4) 이에 대하여 ㅇㅇ지방국세청은 청구인의 법인세 과세표준 및 세액신고서 등을 서면분석한 결과 이 사건 신축비용을 수령한 부분에 대한 부가가치세 신고가 누락된 것으로 보고 이를 이 사건 신축건물의 임대기간인 2000. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지 6년간 각 과세기간별로 안분하여 이 사건 신축건물의 월임대료 등 수입과 합산하여 수익금액을 산정하고, 이 사건 기존건물의 장부가액은 이를 자본적지출로 보아 이 사건 신축건물의 취득가액에 합산하고 이 사건 신축건물의 사용 개시연도인 2000년부터 40년간 정액법으로 감가상각(매년 23,746,169원)하는 등으로 각 과세기간의 부가가치세 과세표준과 각 사업연도 법인소득을 조정하여 부가가치세 및 법인세를 경정하도록 2003. 5. 15. 법인세 서면분석 검토결과를 청구인과 청구인의 사업장을 관할하는 처분청(ㅇㅇㅇ세무서)에 통보하였다.
(5) 처분청은 이를 근거로 1999년 제1기부터 2003년 제1기 예정분까지 부가가치세(가산세 포함) 계 205,902,260원(2000년 제1기분 39,319,010원, 제2기분 36,734,200원, 2001년 제1기분 33,155,450원, 제2기분 30,848,700원, 2002년 제1기분 28,313,340원, 제2기분 25,761,280원, 2003년 제1기 예정분 11,770,280원)과 1999사업연도부터 2002사업연도까지 법인세 계 121,259,020원(1999사업연도 33,809,850원, 2000사업연도 △38,831,340원(환급), 2001사업연도 69,076,780원, 2002사업연도 57,203,730원)을 청구인에게 각각 2003. 6. 14.과 같은 달 10일 납부고지하였다.
(1) 관계 법령의 규정 (가) 부가가치세법 제13조 제1항 은 ｢재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니 한다｣라고 규정하면서 그 제1호에는 ｢금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가｣를 들고 있다. (나) 부가가치세법시행령 제48조 는 ｢법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함 한다｣라고 규정하고 있다.
(2) 판단 청구인은 부동산임대차계약서 제12조 제3항과 제16조 제2항에 기존건물의 철거에 대하여 임차인이 배상한다는 취지로 약정하고 있는 점, 이 사건 기존건물 등의 내용연수가 많이 남아 있고 보전상태가 양호한 점, 이 사건 토지(면적: 11,217㎡)만의 임대료가 이 사건 토지와 인접되고 임차인에게 동일시기에 임대한 청구인의 대표이사 ㅇㅇㅇ의 개인토지의 단위면적당 임대료의 1.5배가 되어 이를 저가로 임대된 것이 아니라는 점 등으로 미루어 보더라도 임차인이 부담한 신축비용은 임대료를 미리 받은 것이 아니라 임대당시에 제조시설로 충분히 사용가능하고 11억 원 이상의 경제적 가치가 있던 이 사건 기존건물을 임차인의 사용목적에 따라 철거함에 따른 보상을 요구하여 받게 된 손해배상금이고 ｢부가가치세법 기본통칙 1-0-2｣에는 소유재화의 파손ㆍ훼손ㆍ도난 등으로 인하여 가해자로부터 받는 손해배상금은 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 규정하고 있으므로 이는 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장한다. 살피건데, 청구인이 임차인으로부터 받은 이 사건 신축비용을 손해배상금으로 보아야 할 것인지 또는 선수임대료로 보아야 할 것인지에 대하여는 이 사건 기존건물의 잔존가치, 이 사건 신축건물의 신축 동기나 배경, 계약서에 손해배상금으로 명시하였는지 여부, 기존건물의 내용연수나 보존상태, 인접토지의 임대료보다 높게 또는 낮게 책정하였는지 여부 등에 따라 판단할 것이 아니고 임차인이 이 사건 신축비용을 부담한 이유와 이 사건 신축건물의 소유자 및 그 사용목적 등의 실질관계에 따라 판단하여야 할 것이다. 그리고 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 1999. 10. 1. 체결한 부동산임대차계약서에 임차인에게 임대할 목적으로 이 사건 신축건물을 건축하는 것으로 약정하고 이 사건 신축비용을 임차인이 부담한 것인데도 청구인의 명의로 이 사건 신축건물에 대한 건축허가를 받아 청구인의 책임으로 이를 건축ㆍ준공한 뒤 청구인을 소유자로 하여 건축물관리대장에 등재하고, 이를 임차인에게 임대ㆍ사용하고 있음을 알 수 있다. 또한 임차인이 이 사건 신축비용을 부담한 것은 이 사건 기존건물이 아닌 이 사건 신축건물을 임차하여 사용하기 위한 것이었고, 또한 청구인은 이 사건 기존건물을 굳이 철거할 필요가 없는데도 임대용 건물을 신축하기 위하여 이 사건 기존건물을 철거하고 이 사건 신축건물을 건축, 소유자가 되어 이 건 심사청구일 현재 임차인에게 임대하는 부동산임대사업을 영위하고 있으며, 이 사건 신축건물은 내용연수가 40년이나 되는 건물로서 임차인과 체결한 부동산임대차계약의 기간만료 후에도 계속 임대차기간을 연장하거나 그에 대한 경제적 효용을 청구인이 계속 향유하는 점으로 볼 때 청구인이 이 사건 신축비용을 수령한 것은 이 사건 신축건물의 임대용역을 임차인에게 제공하기로 하여 그에 대한 대가를 미리 받은 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 이 사건 신축비용을 선수임대료로 보아 그 금액을 부동산임대차계약 기간동안 각 과세기간에 안분하여 부가가치세를 신고납부 하였어야 할 것이다. 그러므로 기존건물의 파손에 대한 손해배상금을 수령한 것이므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 위 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.
(1) 관련 법령의 규정 (가) 법인세법 제19조 제1항 과 제2항은손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다라고 규정하고,손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다라고 규정하고 있다. (나) 같은 법 제41조와 같은 법 시행령 제72조는자산의 취득가액은 타인으로부터 매입한 자산의 경우 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액, 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산의 경우 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세 포함)ㆍ설치비ㆍ기타 부대비용과 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 가산한 금액으로 규정하고 있다. (다) 같은 법 시행령 제72조 제4항과 같은 법 시행령 제31조 제2항은법인이 보유하고 있는 자산의 취득가액은 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액으로 규정하고,자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다라고 규정하면서, 그 제1호는본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 제2호는엘리베이터 또는 냉ㆍ난방장치의 설치, 제3호는빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치, 제4호는재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해자산의 본래의 용도에 이용가치가 없는 것의 복구, 제5호는기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 위 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것을 들고 있다. (라) 같은 법 제43조는법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다라고 규정하고 있다. (마) 같은 법 시행령 제79조는같은 법 제43조의 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각호의 1에 해당하는 기업회계기준(당해 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다라고 규정하고 그 제1호에주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의하여 제정된 기업회계기준, 제4호에기타 법령에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 재정경제부장관의 승인을 얻은 것을 들고 있다. (바) 기업회계기준 제55조 제1항은대차대조표에 기재하는 자산의 가액은 당해 자산의 취득원가를 기초로 하여 계상함을 원칙으로 한다라고 규정하고, 구 기업회계기준 제62조 제1항(2001.12. 27. 기업회계기준서 제5호 "유형자산"으로 대체되기 전의 것) 은유형자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 금액으로 한다라고 규정하였다. (사) 구 기업회계기준 제45조(2001.12. 27. 기업회계기준서 제5호 "유형자산"으로 대체되기 전의 것)는고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출은 자본적지출로 하고, 당해 고정자산의 원상을 회복시키거나 능률유지를 위한 지출은 수익적지출로 한다라고 규정하였고, 1998. 11. 28. 기업회계기준 해석 (91-69)철거건물의 장부가액등에 관한 회계처리(2001.12. 27. 기업회계기준서 제5호 "유형자산" 문단 14로 대체되기 전의 것)에서신건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존건물을 철거하는 경우 당해 건물의 미상각장부가액과 철거비용은 전액 당기비용으로 처리하되, 신건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 당해 건물을 철거하는 경우 기존건물의 철거 관련 비용(철거된 기존 건물의 부산물을 판매하기 위하여 수취한 금액을 차감한다)은 토지의 취득원가에 산입 한다라고 하면서 그 이유로신건물을 신축하기 위하여 철거되는 구건물은 더 이상 자체적으로 미래의 경제적 효익을 제공하지 못하므로 자산성이 없고, 회사가 사용 중인 기존건물을 철거한다는 의사결정은 당해 구건물의 내용연수에 대한 추정의 변경에 해당하고, 이 경우 당해 자산의 내용연수는 더 이상 존재하지 않으므로 미상각장부가액을 전액 상각하고 관련 철거비용은 당기비용으로 처리하여야 한다라고 설명하고 있다.
(2) 판단 위에서 살펴본 법인세법 제19조 제41조, 같은 법 시행령 제72조와 기업회계기준 등에서 규정한 바에 따르면, 손비로 인정되는 금액이란 자본거래(자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 등) 및 법인세법 및 다른 법률에서 달리 규정하는 것을 제외하고는 법인의 사업과 관련하여 당해 법인이 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있고, 자산이란 과거 거래나 사건의 결과로서 현재 기업실체에 의해 지배되고 있는 미래에 경제적 효익을 창출할 것으로 기대되는 자원으로서 자산의 취득가액은 당해자산의 매입가액 또는 제작원가에 그 자산을 본래의 목적대로 취득 또는 사용 가능한 상태로 만드는 과정과 직접 관련이 있는 부대비용을 가산한 금액임을 알 수 있다. 또한 같은 법 시행령 제72조 제4항과 같은 법 시행령 제32조 제2항에서 규정한 자산의 취득가액에 더해지는 자본적지출이란 법인이 소유하고 있는 기존자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출이라 할 것이고 새로이 취득하는 자산에 대하여는 자본적지출 개념이 적용되지 않는다 할 것이다. 이에 따라 신건물을 건축하기 위하여 사용 중인 기존건물을 철거하는 경우 기존건물의 미상각장부가액이 위 관계법령에서 본 바와 같이 손금에 해당하는지 또는 자산에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 첫째, 법인세법에서의 손금 개념에 부합하는지를 보면 같은 법 및 다른 법률에서 위와 관련하여 손금으로 인정하지 않는 규정을 별도로 두고 있지 아니하고 있고, 구건물의 철거행위는 순자산을 감소시키는 거래라 할 것이며, 그 철거 사유가 사업에 공하기 위한 신건물을 건축하기 위해서라면 기업의 수익창출활동과 관련이 있다 할 것이므로 법인세법 제19조 에서 규정한 손금의 개념에 부합한다 할 것이다 둘째, 법인세법 및 기업회계기준상의 자산가액에 대한 규정에 부합하는지를 보면 철거된 기존건물의 장부가액 그 자체로는 미래에 경제적 효익을 창출할 것으로 기대되는 자원으로 볼 수 없으며, 신건물을 건축하는데 드는 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금ㆍ설치비ㆍ기타 부대비용과 건설자금에 충당한 차입금의 이자 등과 같이 그 자산을 본래의 목적대로 취득 또는 사용 가능한 상태로 만드는 과정과 직접 관련이 있는 부대비용이라 볼 수 없을 뿐 아니라, 신건물의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출이 아니므로 신건물에 대한 자본적지출의 개념에도 적용되지 않으므로 신건물을 건축하기 위하여 사용 중인 기존건물을 철거하는 경우 기존건물의 미상각장부가액은 신건물의 취득원가에 가산되는 가액이라 할 수 없다 할 것이다. 그런데 구 법인세법 기본통칙 2-10-1…16 제4호에서 ｢자기소유의 토지상에 있는 기존건축물을 용도변경, 개량, 확장 및 증설을 목적으로 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 용도변경, 개량, 확장 및 증설된 건축물에 대한 자본적지출로 한다｣ 라고 규정[2001. 11. 1. 법인세법 기본통칙 23-31…1 으로 개정되면서 종전 위 기본통칙 2-10-1…16 제4호의 규정을 삭제하고 같은 법 기본통칙 23-31…2 제5호에서 위 기본통칙 23-31…1 제1호 이외의 사유로서 기존건축물을 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 수익적지출로 한다고 개정]한 것은 법인세법 제19조 와 제41조, 같은 법 시행령 제31조 제2항과 제72조에서 규정한 법리를 오해한 해석이라 할 것이다. 한편, 위 인정사실과 같이 청구인이 자가사업용 공장건물 및 제조시설이었던 이 사건 기존건물을 철거한 것은 임차인에게 임대하여 사용할 이 사건 신축건물을 건축하기 위한 것으로서 이 사건 기존건물이 더 이상 자체적으로 청구인의 임대사업에 경제적 효익을 제공하지 못한다고 판단하였기 때문이므로 이 사건 기존건물의 장부가액은 법인세법 제19조 에서 규정한 손금에 해당한다 할 것이다. 또한 이 사건 기존건물의 장부가액이 이 사건 신축건물을 취득 또는 사용 가능한 상태로 만드는 과정에 직접 관련 있는 지출이거나 이 사건 신축건물의 내용연수 연장 또는 실질적 가치를 증가시키는 거래가 아니므로 이 사건 신축건물의 자산가액에 가산되는 지출이라 볼 수 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 철거된 이 사건 기존건물의 장부가액을 위 구 법인세법 기본통칙 2-10-1…16 제4호의 규정에 따라 이 사건 신축건물에 대한 자본적지출로 보아 과세한 처분은 잘못이고, 법인세법 및 조세특례제한법 등에서는 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에서신건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존건물을 철거하는 경우 당해 건물의 미상각장부가액과 철거비용은 전액 당기비용 처리하는 것으로 되어 있는 것과 달리 명시적으로 규정한 바 없으므로 청구인이 이를 법인세법 제43조 의 규정에 의하여 기업회계기준에 따라 전액 유형자산제각손실(당기비용)로 처리한 것은 잘못이 없다 하겠다.
그렇다면 처분청이 이 사건 신축건물 건설하기 위하여 철거한 이 사건 기존건물의 장부가액을 이 사건 신축건물에 대한 자본적 지출로 보아 청구인에 대하여 한 이 사건 법인세부과처분은 위법하다 할 것이어서 이 부분에 대한 청구는 이유 있고, 나머지 부분에 대한 청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.