미등록 지점의 공급가액을 본점의 공급가액에 합산하여 신고한 경우 지점의 미등록가산세와 본점의 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세가 이중과세에 해당하는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 본점을 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 둔 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 같은 동 ○○번지에 있는 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 임대하면서 위 ㅇㅇ시 사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하고 1998년도 제2기분부터 2002년도 제2기분까지 위 사업장의 공급가액을 본점 공급가액에 합산하여 본점 관할세무서장인 처분청에 매출처별세금계산서합계표를 제출한 것에 대하여 위 매출처별세금계산서합계표의 내용이 사실과 다르게 기재된 것에 해당하는 것으로 보아 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세 계 3,339,390원을 2003. 12. 11. 부과ㆍ고지(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구 이유 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에 있는 미등록 사업장을 임대하면서 본점 명의로 세금계산서를 발행하고 공급가액을 본점의 공급가액에 합산하여 신고한 것에 대하여 ㅇㅇㅇ세무서장이 이미 지점에 대하여 미등록가산세를 부과하였는데도 다시 처분청이 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과하는 것은 동일사안에 대하여 이중으로 가산세를 부과하는 것으로 부당하다.

• 가. 다툼 미등록 지점의 공급가액을 본점의 공급가액에 합산하여 신고한 경우 지점의 사업자 미등록가산세와 본점의 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세가 이중과세에 해당하는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 법인명을 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ)로, 본점소재지를 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지로, 업종을 부동산임대 및 주택건설로 사업자등록(사업자등록번호: 000-00-00000)을 하였다.

(2) 청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 같은 동 ○○번지에 있는 건물에 대하여 사업자등록을 하지 아니한 채 이를 임대하였고, 위 미등록사업장의 공급가액을 본점 공급가액에 합산하여 본점 관할세무서장인 처분청에 신고한 사실은 다툼이 없다.

(3) 위 ㅇㅇ시 사업장의 관할세무서장인 ㅇㅇㅇ세무서장은 청구인이 사업자등록을 하지 아니한 것에 대하여 사업자 미등록가산세 4,899,120원(1998년도 제2기분 526,650원, 1999년도 제1기분 508,600원, 1999년 제2기분 513,970원, 2000년도 제1기분 536,000원, 2000년도 제2기분 542,750원, 2001년도 제1기분 529,200원, 2001년도 제2기분 532,990원, 2002년도 제1기분 566,300원, 2002년도 제2기분 642,660원)을 2003. 9. 1. 부과ㆍ고지하였다.

(4) 처분청은 청구인이 위 ㅇㅇ시 사업장 공급가액을 관할세무서장인 ㅇㅇㅇ세무서장에게 신고하지 아니하고 본점 관할세무서장인 처분청에 본점 공급가액에 합산하여 매출처별세금계산서합계표를 제출한 것에 대하여 위 매출처별세금계산서합계표의 내용이 사실과 다르게 기재된 것이므로 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세 3,339,390원(1998년도 제2기분 351,100원, 1999년도 제1기분 339,070원, 1999년 제2기분 415,910원, 2000년도 제1기분 357,330원, 2000년도 제2기분 361,830원, 2001년도 제1기분 352,810원, 2001년도 제2기분 355,340원, 2002년도 제1기분 377,550원, 2002년도 제2기분 428,450원)을 2003. 12. 1. 부과ㆍ고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항에는 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다.라고 규정하고 있다.

(2) 구 부가가치세법 제20조 제1항 에는 사업자는 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 거래기간, 작성일자, 거래기간 동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액 등의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 구 부가가치세법 제22조 제1항 에는 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한 내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.라고 규정하고 있고, 제3항에는 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하지만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하는 것으로 규정하면서 그 제2호에 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때를 규정하고 있고, 제7항에는 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 구 부가가치세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제70조의3 제3항에는 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말하는 것으로 규정하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 미등록 지점 사업장을 임대하면서 본점명의로 세금계산서를 발행하고 공급가액을 본점의 공급가액에 합산하여 신고한 것에 대하여 이미 지점에 사업자 미등록가산세를 부과하였는데도 다시 처분청이 본점에 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세를 고지하는 것은 동일사안에 대하여 이중으로 가산세를 부과하는 것으로 부당하다고 주장한다. 살피건대, 구 부가가치세법 제22조 제1항 및 제3항에 따르면 사업자는 사업장마다 사업개시일부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 사업자등록을 하여야 하고, 위 기한 내에 사업자등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업자 미등록 가산세가 부과되며, 사업자가 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때에는 법인의 경우 그 공급가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하도록 규정하고 있다. 또한 본점과 지점은 별개의 사업장으로 각각 사업자등록을 하여야 하고, 각 사업장 명의로 세금계산서를 교부하며 매출처별세금계산서합계표도 각각의 사업장관할세무서장에게 이를 제출하여야 하는 것이다. 청구인의 경우 지점의 임대에 관한 세금계산서를 본점 명의로 작성하여 교부한 것은 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당하고, 위 세금계산서에 따라 본점관할세무서장에게 매출처별세금계산서합계표를 제출한 것은 매출처별세금계산서합계표가 사실과 다르게 기재한 경우에 해당된다고 할 것이며 세금계산서 불성실가산세와 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세가 경합하는 경우에 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세만 적용된다고 할 것이다. 한편 구 부가가치세법 제22조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제70조의3 제3항의 규정에 따르면 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 사실과 다른 매출처별세금계산서합계표에 포함되지 아니한다고 규정하고 있으나, 지점의 임대에 관한 세금계산서가 본점 명의로 작성되어 이에 따라 본점의 매출처별세금계산서합계표가 작성된 것이므로 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 것이라 할 수 없다고 할 것이다. 따라서 본점과 지점은 별개의 사업장에 해당하고 지점에 대하여 사업자 미등록가산세가 부과되었다고 하더라도 본점에 대하여 매출처별세금계산서합계표 불성실가산세가 성립된 이상 별개의 사업장으로서 가산세가 부과되어야 할 것이므로 이중으로 가산세를 부과한 것이라는 청구인의 위 주장은 이유 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.