특수관계인간 부동산무상사용에 대한 과세처분의 당부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 청구인 소유의 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 1,046.28㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 그 지상에 있는 건물 1,147.11㎡(지상 4층, 지하 1층, 이하 “제1호 건물”이라 한다) 및 건물 1,510.8㎡(지상 4층, 지하 1층, 이하 “제2호 건물”이라 하고, 제1호 건물과 제2호 건물을 합하여 “이 사건 건물”이라 한다) 중 2분의 1을 청구인의 아들 ㅇㅇㅇ에게 병원용도로 무상사용 하도록 제공하였다는 사유로 부당행위계산을 부인하고, 1998년부터 2001년까지 4개년도 귀속 소득세 47,849,420원(1998년 귀속 17,439,370원, 1999년 귀속 13,053,200원, 2000년 귀속 10,800,690원, 2001년 귀속 6,556,160원)을 2003. 7. 21.자로 청구인에게 부과․고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 청구인 소유의 이 사건 토지와 건물을 청구인의 아들에게 무상으로 제공한 사실이 없고 병원 경영악화로 1996년부터 병실이 모두 비어 있으며, 청구인의 아들은 제2호 건물중 본인의 지분에 해당하는 부분의 1층만을 병원용도로 사용하였는데도 청구인 소유의 건물 전체를 청구인의 아들이 병원용도로 사용한다고 본 것은 처분청이 사실을 잘못 알고 있는 것이며, 또한 소득을 추계하면서도 필요경비 등도 공제하지 아니하고 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 임대료를 산정한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 청구인 소유의 토지와 건물을 청구인의 아들에게 무상으로 제공하였는지 여부와 소득금액 계산을 위한 부동산 임대료 산정방법이 적정한지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 이 사건 토지를 1963. 10. 21. 취득하여 2003. 8. 28. 현재까지 보유하고, 같은 곳 제1호 건물을 1971. 12. 23. 취득하여 2003. 8. 28. 현재까지 보유하고, 같은 곳 제2호 건물을 1984. 12. 11. 청구인과 청구인의 아들이 공동(각각 1/2지분 보유)으로 취득하여 2003. 8. 28. 현재까지 보유하고 있으며, 제1호 건물과 제2호 건물은 서로 연결되어 사실상 단일건물로 이루어져 있다.

(2) 이 사건 건물의 층별 건축물용도를 보면, 1층(605.42㎡)은 진료실, 물리치료실 등(제1호 건물 267.77㎡: 물리치료실, 제2호 건물 337.65㎡: 진료실, 원장실, X-ray실, 대기실, 수술실, 처치실, 주사실, 소독실, 골다공증 검사실, 접수대 등)으로, 2층(615.92㎡)은 물리치료실, 검사실 등(제1호 건물 267.77㎡: 물리치료실, 제2호 건물 348.15㎡: X-ray실, 수술준비실, 제1수술실, 회복실, 소독실, 일반외과 등)으로, 3층(515.72㎡)과 4층(515.72㎡)은 병실(3층 병실 소계 17실, 제1호 건물 267.77㎡: 병실 9실, 제2호 건물 247.95㎡: 병실 8실, 간호사 대기실 1실, 4층 병실 소계 15실, 제1호 건물 267.77㎡: 병실 6실, 기숙사 3실, 제2호 건물 247.95㎡: 병실 9실, 숙직실 1실, 3․4층 병실 총계 32실)로, 지하 1층은 영안실(405.13㎡)로 되어있다.

(3) ㅇㅇ시 ㅇㅇ구보건소가 보관하고 있는 의료기관대장에 따르면, 청구인의 아들 ㅇㅇㅇ이 이 사건 건물(건물 연면적 2,657.91㎡)에 1993. 5. 4. ㅇㅇ병원(25개 병실, 57개 병상, 영업장 면적 2,358.19㎡)이라는 상호로 병원개설허가를 받은 뒤 1994. 4. 22. 병실을 무단증설(32개 병실, 78개 병상)한 것이 적발되어 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구보건소장으로부터 1995. 9. 1. 경고를 받고 1996. 10. 18. 시설변경 허가(28개 병실, 63개 병상)를 받아 2002. 6. 21. 동 병원을 폐업할 때까지 직접 운영하였고, 2002. 8. 9. 제2호 건물에 ㅇㅇ의원(영업장 면적 1층 등 584.55㎡)이라는 상호로 다시 개업하여 2003. 8. 28. 현재까지 직접 운영하고 있는 것으로 되어있다.

(4) 처분청은 청구인이 청구인의 아들에게 무상으로 제공한 토지와 건물의 임대소득을 추계함에 있어, 1998년도분은 이 사건 토지와 건물의 시가(토지는 공시지가, 건물은 시가표준액)에 국유재산법에 의한 사용료율 5%를 곱하여 적정임대료를 산정하고 동 임대료를 수입금액으로 하였으며, 동 수입금액의 66.5～70%(1999년 70%, 2000, 2001년 66.5%)를 소득금액으로 결정하였다. 1999년도 이후분은 이 사건 토지와 건물의 시가(토지는 공시지가, 건물은 시가표준액)의 1/2 금액에 정기예금이자율(7.5%)을 곱하여 적정임대료를 산정하고 동 임대료를 수입금액으로 하였으며, 동 수입금액의 66.5～70%(1999년 70%, 2000, 2001년 66.5%)를 소득금액으로 결정하였다.

(5) 청구인의 아들이 처분청에 신고한 연도별 수입금액을 보면 1997년 909,912,022원, 1998년 700,703,671원, 1999년 981,040,716원, 2000년 849,604,589원, 2001년 614,196,776원, 2002년 334,675,810원이다.

(6) 청구인의 아들이 처분청에 제출한 ㅇㅇㅇㅇ병원의 1998년부터 2001년까지의 과세자료용 연도별 사업장현황보고서에 따르면 입원실은 19개 병실, 57개 병상이며, 종업원은 최소 17명 최대 22명이고, 종업원 구성은 소폭의 인원변동은 있었으나 의사 1-2명, 간호사 8-10명(2교대), 방사선사 1명, 임상병리사 1명, 물리치료사 2명, 원무과 직원 4명 등으로 되어 있었고, 2002. 8. 9. ㅇㅇ의원으로 바뀐 이후부터는 6명(의사 1명, 간호사 2명, 방사선사 1명, 물리치료사 2명)이 2003. 10. 28.현재까지 근무하고 있다.

(7) 청구인의 이건 심사청구가 있은 후 감사원 직원과 ㅇㅇ세무서 직원이 2003. 10. 28. 현장확인을 하였던바, ㅇㅇ의원은 청구인 단독 소유의 제1호 건물 중 1층 전부(267.77㎡)를 물리치료실로, 청구인의 아들과 공동소유인 제2호 건물 중 1층 전부(337.65㎡)를 진료실, 원장실, 방사선실, 대기실, 주사실 등의 용도로 사용하고 있으며, 이 사건 건물의 2층은 물리치료실, 방사선실, 임상병리실 용도로 되어 있으나 사용하지 아니하고 있었으며, 3층은 병실용도로 되어 있으나 사용하지 아니하고 있었고, 4층은 병실용도이나 청구인 ㅇㅇㅇ이 주거 및 개인 사무실 용도로 사용하고 있다.

• 다. 관계 법령 등의 규정 (1) 소득세법 제41조 제1항 에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산 임대소득, 사업소득 등이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다라고 규정하고 있고, 제2항에는제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있다. (2) 소득세법 제80조 제1항 에는납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다라고 규정하고, 제3항에는납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다라고 규정하고 있다. (3) 소득세법시행령 제98조 제1항 에는 법 제41조에서 정한 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다라고 규정하면서 그 제1호에 당해 거주자의 친족, 제2호에 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족을 열거하고 있으며, 제2항에는 법 제41조에서 정한 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다라고 규정하면서 그 제2호에 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때를 열거하고 있고, 제4항에는 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다라고 규정하고 있다.

(4) 구 소득세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제143조 제1항에는 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다라고 규정하면서, 그 제1호에 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우를 열거하고 있으며, 제3항에는 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 의한다라고 규정하면서, 그 제1호에 수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 그 소득금액으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법을 열거하고 있다.

(5) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되고 2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제89조 제4항에는제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산 등의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다라고 규정하고, 그 제1호에 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각 목의 금액 중 큰 금액을 규정하고, 그 (가)목에 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을, 그 (나)목에 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다) 및 공과금수선비 등 그 자산을 유지관리함으로써 발생하는 비용의 합계액을 규정하고 있다. (6) 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 에는부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 1에서 정한 방법에 의한다라고 규정하고 있고, 그 제1호에 토지는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가, 그 제2호에 건물은 건물의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액에 의하는 것으로 규정하고 있다.

(7) 국세청 감사담당관실에서 2001년 6월 작성한 토지무상사용 등에 대한 세원관리 요령에는 특수관계자에게 부동산을 무상임대하는 경우 소득세 과세를 위한 시가(임대료) 확인을 위하여 1)실거래 가액, 2)감정평가법인의 감정가액, 3) 법인세법시행령 제89조 제4항 에서 정한 시가산정방법에 의한 시가(1999년 이후분), 4) 상속세 및 증여세법 제61조 에서 정한 재산가액에 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 산정한 시가(1998년 이전분)를 순차적으로 적용하도록 하고 있다.

• 라. 판단

(1) 청구인 소유의 이 사건 토지와 건물을 청구인의 아들에게 무상사용 하도록 하였는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구인은 청구인 소유의 이 사건 토지와 건물을 청구인의 아들에게 무상으로 제공한 사실이 없고 병원 경영악화로 1996년 이래 병실이 모두 비어 있으며, 청구인의 아들은 제2호 건물 중 본인의 지분에 해당하는 부분만을 병원용도로 사용하였다고 주장한다. 살피건대, 청구인의 아들은 1993. 5. 4. 이 사건 건물에 ㅇㅇㅇㅇ병원이라는 상호로 병원허가(25개 병실, 57개 병상, 영업장 면적 2358.19㎡)를 받은 뒤 1996. 10. 18. 병원내부구조 변경허가를 받아 28개 병실(63병상)로 변경하여 2002. 6. 21. 동 병원을 폐업할 때까지 직접 운영한 것이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구보건소가 보관하고 있는 의료기관대장에 의하여 확인이 되고 있고, 청구인의 아들이 처분청에 제출한 위 병원의 1998년부터 2001년까지의 연도별 사업장현황보고서에 따르면 입원실은 19개 병실, 57개 병상을 운영하였으며, 종업원은 최소 17명 최대 22명이 근무하였고 종업원 구성은 소폭의 인원변동은 있었으나 의사 1-2명, 간호사 8-10명이 1일 2교대로 근무하면서 외래 및 입원환자를 돌보았으며, 그 외 방사선사 1명, 임상병리사 1명, 물리치료사 2명, 원무과 직원 4명 등이 근무한 것으로 확인되고, 입원실은 3, 4층에, 임상병리실은 2층, 물리 치료실은 1, 2층에 있어 1996년 이래 병원경영악화로 병실이 모두 비어 있었다는 청구인의 주장은 인정할 수 없다고 하겠다. 더욱이 청구인의 아들이 1993. 5. 4. 이 사건 건물에 ㅇㅇㅇㅇ병원이라는 상호로 병원허가(25개 병실, 57개 병상)를 받은 뒤, 1994. 4. 22. 32개 병실, 78개 병상으로 무단 증설한 것이 적발되어 1995. 9. 1. ㅇㅇ구보건소장으로부터 경고를 받고 1996. 10. 18. 32개 병실, 78개 병상에서 28개 병실, 63개 병상으로 축소하는 대신 물리 치료실을 확장하는 것으로 시설변경허가를 받아 2002. 6. 21. 동 병원을 폐업할 때까지 운영한 점이 위 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 보건소가 보관하고 있는 의료기관대장에 의하여 확인되고, 위 의료기관대장자료와는 다소 차이점이 있으나 1998년부터 2001년까지의 연도별 사업장현황보고서에는 19개 병실, 57개 병상을 운영하였다고 신고한 점, 청구인이 제시한 등기부 등본에 이 사건 건물의 용도가 병원으로 등재되어 있고, 위 청구인이 이 사건 건물을 다른 용도로 임대한 사실이 없는 점 등을 고려하면 1997년말 발생한 외환위기 이후 전반적인 경기침체에 따라 병원경영 또한 어려워진 점은 청구인의 아들이 처분청에 신고한 연도별 수입금이 1997년 9억 9,910만 원이었으나, 1998년 7억 70만 원, 1999년 9억 8,104만 원, 2000년 8억 4,960만 원, 2001년 6억 1,419만 원으로 1999년을 제외한 나머지 연도 모두 감소한 것을 보아 알 수 있으나 이러한 사실만으로 1996년 이래 병원경영 악화로 병실이 모두 비어 있었고 청구인의 아들은 제2호 건물 중 본인의 지분에 해당하는 부분만을 병원용도로 사용하였다는 청구인의 주장은 인정할 수 없으며 처분청이 이 사건 건물 중 청구인 소유분 모두를 청구인의 아들에게 무상으로 제공 하였다고 본 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 다음으로 처분청이 산정한 소득금액 계산방법이 적정한지 여부에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청이 소득을 추계하면서 필요경비 등도 공제하지 아니하고 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 임대료를 산정한 것은 부당하다고 주장한다. 위 관계법령과 인정사실을 종합하여 보면, 거주자가 특수관계에 있는 자에게 토지를 무상으로 대여하거나 제공한 행위를 과세관청이 부인하고 그로 인한 거주자의 임대료 상당 소득금액을 추계의 방법으로 계산함에 있어 1999년 이후분은 구 법인세법시행령 제89조 제4항 에서 정한 계산방법으로 하고, 1998년 이전분은 위 구 법인세법시행령 계산방법을 고려하여 재산가액(토지: 공시지가, 건물: 시가표준액)에 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 적정임대료를 산정한 후 부과하였다면 이는 합리성과 타당성을 갖춘 것이어서 처분청이 위 방법에 따라 이 사건 소득세를 부과하기 위한 임대료를 산정하면서 임대실례나 감정가액이 없는 상태에서 1998년 귀속분은 재산가액(토지: 공시지가, 건물: 시가표준액)에 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 계산하였고, 1999년부터 2001년 귀속분은 구 법인세법시행령 제89조 제4항 에서 정한 계산방법에 의하여 계산하였으므로 처분청의 이 사건 소득세 부과를 위한 이 사건 토지와 건물의 임대료계산 방법이 잘못되었다는 청구인의 주장은 이유없다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.