출자전환된 주식을 상속세및증여세법에 따라 평가하여 대손변제액을 산정한 것이 정당한지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 회사정리절차 중에 있던 청구인이 2000. 12. 29. ㅇㅇ지방법원으로부터 회사정리변경계획을 인가 받아 같은 해 12. 30. 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ 등 15개 업체의 정리채권 2,775,621,000원을 출자전환(1주당 가격을 150,000원으로 평가)받은 뒤 위 출자전환주식(이하이 사건 주식이라 한다)가액과 현금으로 변제한 80,000,000원 계 2,855,621,000원을 변제대손액으로 보고 이에 대한 대손세액 259,601,909원을 매입세액에 가산하여 2001. 1. 24. 2000년도 제2기 확정분 부가가치세를 신고한 것에 대하여 이 사건 주식에 의한 청구인의 변제대손액은 주식발행가액이 아니라 발행주식의 시가로 보아야 한다는 사유로구 상속세 및 증여세법(2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 가목 및 제2항 제3호의 규정에 따라 1주당 가격을 25,334원으로 평가(증자일 다음 날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지 기간의 종가 평균액)한 이 사건 주식의 시가 468,783,883원과 청구인이 당초 1주당 150,000원으로 평가한 이 사건 주식가액 2,775,621,000원과의 차액 2,306,837,117원을 변제대손액으로 인정하지 아니하고 2003. 7. 15. 이에 대한 부가가치세 209,712,465원(2,306,837,117원×10/110)을 부과․고지(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유

(1) 이 사건 주식은 회계법인에서 1주당 150,000원으로 평가받은 것이므로 출자전환가액을 변제대손액으로 보는 것이 정당하다.

(2) 재정경제부 예규(재법인46012-191, 1999. 12. 6.)에 의하면 회사정리계획으로 정리채무를 출자전환한 경우 주식의 액면가액을 초과하는 금액은 채무면제이익이 아닌 주식발행초과금으로 처리하도록 되어 있었으나, 2003. 3. 5. 재정경제부에서 주식발행가액 중 시가를 초과하는 금액은 채무면제이익에 해당하고 주식 액면가액과 시가와의 차액은 주식발행초과금(또는 주식할인발행차금)으로 처리하도록 위 예규(재법인46012-37)를 변경하면서 변경된 예규는 시행일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 하였다. 그러므로 처분청이 청구인의 출자전환에 대하여 위 변경된 예규를 적용하여 주식발행가액과 시가와의 차액을 채무면제이익으로 보고 부가가치세를 추징하는 것은 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에도 위배된다.

• 가. 다툼

(1) 이 사건 주식의 시가를구 상속세법 및 증여세법 제63조 제2항 제3호 의 규정에 따라 평가하여 변제대손액을 산정한 것이 적정한지 여부

(2) 재정경제부 예규(재법인 46012-37, 2003. 3. 5.)에 따라 이 사건 부과처분이 국세기본법 제18조 에 정한 소급과세금지의 원칙에 위배되는 지 여부

• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 구 ㅇㅇㅇㅇ(주)로서 1997. 3. 21. 부도가 나자 회사정리절차 개시신청을 하여 1998. 6. 24. 법원으로부터 회사정리계획인가를 받고 상호를 ㅇㅇㅇㅇ(주)로 변경하였으나 2000. 12. 19. 또다시 ㅇㅇㅇㅇㅇ(주)에 인수ㆍ합병(M&A)되면서 같은 해 12. 29. 정리채권의 출자전환 등 회사정리계획변경안이 확정되고 2001. 2. 8. 회사정리절차가 종료되었다.

(2) 위 회사정리계획변경 확정안에 따르면 정리채권 2,280억 원을 총 인수가액 100억 원으로 출자전환(액면가 5,000원)하되 담보가 있는 채권은 1주당 30,000원, 담보가 없는 채권은 1주당 150,000원으로 전환하였다.

(3) 청구인이 부도가 났을 때 ㅇㅇ공사비(ㅇㅇ철강공업(주) ㅇㅇ공장 건설공사 하도급계약 등으로 발생된 채무) 관련 채권을 갖고 있던 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ) 등 15개 업체(이하ㅇㅇ공사비 채권자라 한다)는 국세청에서 확정한 공급대가 4,862,265,810원에 대한 대손세액공제신청을 하였으며 청구인은 대손세액공제만큼 부가가치세를 추징당한 사실이 있다.

(4) 청구인은 2000. 12. 30. 정리채권이 출자전환되자 2001. 1. 24. 2000년도 제2기 확정분 부가가치세를 신고하면서 ㅇㅇ공사비 채권자의 출자전환가액 2,775,621,000원(무담보채권으로 1주당 150,000원으로 평가하여 전환)과 현금으로 변제한 80,000,000원 계 2,855,621,000원을 변제대손액으로 보고 이에 대한 대손세액 259,601,909원을 매입세액에 가산하였다.

(5) 처분청인 ㅇㅇㅇ세무서장은 2001. 4. 5. ㅇㅇ공사비 채권자를 관할하는 세무서장에게 청구인의 대손세액 변제자료를 통보하였으며 통보를 받은 ㅇㅇ세무서장이 2001. 7. 15. 이를 근거로 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)의 2000년도 제2기분 부가가치세를 재경정하여 고지하였다.

(6) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)는 청구인의 회사정리계획에 따라 정리채권을 1주당 150,000원으로 출자전환하였으나 이 사건 주식은 2001. 3. 14.부터 같은 해 9. 21.까지 시장가격이 최고 24,400원에서 최저 7,220원에 불과한데도 출자전환금액을 변제대손금액으로 보고 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 것은국세기본법제14조에 규정한 실질과세원칙에 어긋난 것이라며 같은 해 9. 29. 국세심판원에 심판을 청구하였다. 같은 해 12. 27. 국세심판원은 정리채권을 출자전환하는 것은 주식교부와 동시에 정리채권을 전액회수하는 것으로 볼 수 없으므로구 상속세법 및 증여세법제63조 제2항 제3호에 주식(상장회사의 증자로 취득한 주식 중 평가기준일 현재 상장되지 않은 주식)의 평가방법으로 평가한 금액을 대손회수액으로 하고 나머지는 채무면제로 보는 것이 타당하므로 이에 따라 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였다.

(7) 재정경제부는 2003. 3. 5. 회사정리계획에 따라 정리채권을 출자전환하는 경우 세무처리에 대한 질의에 대하여 “액면가액을 초과하는 금액은 채무면제이익이 아닌 주식발행초과금으로 처리한다.”라고 되어 있던 예규(재법인46012-191, 1999. 12. 6.)를 “주식의 발행가액 중 시가를 초과하는 금액은 ‘채무면제이익’으로, 액면가액과 시가와의 차액은 주식발행초과액(또는 주식할인발행차금)으로 처리한다”라고 변경(재법인46012-37, 2003. 3. 5.)하고 변경된 내용은 본문서 시행일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 회시하였다.

(8) 처분청은 청구인이 신고한 대손세액 259,601,909원 중 이 사건 주식을구 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 가목의 규정에 따라 1주당 가격을 25,334원으로 평가한 가액과 현금 변제액에 대한 대손세액 49,889,444원만 인정하고 나머지 209,712,465원에 대하여는 부인한 뒤 2003. 7. 15. 이 사건 부과처분을 하자 청구인은 같은 해 10. 13. 우리 원에 심사청구를 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1)부가가치세법제17조의2 제5항에 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산하는 것으로 규정하고 있다. (2)부가가치세법제13조 제1항 제2호의 규정에는 재화 또는 용역을 공급하고 금전이외의 대가를 받은 경우 부가가치세 과세표준은 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가라고 규정하고 있으며구 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)제50조 제1항의 규정에는 같은 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계가 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각 호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각 호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다고 규정하고 있다. (3)구 상속세 및 증여세법(2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것)제63조 제2항 제3호의 규정에는 한국증권거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 당해 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식은 대통령령으로 정하는 방법에 의하여 평가한다고 규정하고 있고, 구 상속세 및 증여세법시행령(2000.12. 29. 대통령령 제17051호로 개정되기 전의 것) 제57조 제3항의 규정에는 같은 법 제63조 제1항 제1호 가목의 규정에 의하여 평가한 가액에서 재정경제부령이 정하는 배당차액을 차감한 가액에 의한다고 규정하고 있다. (4)구 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 가목의 규정에 의하면 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만 평균액 계산에 있어 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 증자ㆍ합병이 있는 날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지의 기간의 평균액에 의한다고 규정하고 있다.
• 라. 판단

(1) 청구인이 정리채권자의 출자전환으로 변제한 대손금액의 대손세액을 매입세액에 가산하여 부가가치세를 환급 받게 되면 공급자인 ㅇㅇ공사비 채권자는 해당 대손세액만큼 부가가치세를 다시 부담하여야 한다. 따라서 이 사건 판단의 초점은 정리채권의 출자전환으로 ㅇㅇ공사비 채권자가 실제 변제 받은 대손액을 얼마로 평가하는지에 있다. 청구인은 이 사건 주식은 회계법인에서 주식 1주당 가액을 150,000원으로 평가하여 출자전환한 것이므로 출자전환가액을 대손변제액으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 회사정리계획변경 확정안에 따르면 출자전환 주식을 평가할 때 ㅇㅇ공사 등이 보유하고 있던 담보 정리채권은 채권액 30,000원을 1주당 액면가 5,000원의 기명식 보통주식으로 전환한 반면, ㅇㅇ공사비와 같이 담보가 없는 정리채권은 채권액 150,000원을 1주당 액면가 5,000원의 무의결 우선주식으로 전환하였다. 담보 정리채권과 무담보 정리채권은 채권을 회수할 수 있는 권리에 있어 차이가 있으나 채권자가 실제로 받은 대손변제액을 산정하는데 있어서는 차이가 없으므로 ㅇㅇ공사비 정리채권자가 이 사건 주식 가액만큼 대손금액을 변제 받았다고 보기는 어렵다. 따라서 처분청이 실질과세 원칙에 따라구 상속세 및 증여세법제63조 제1항 가목 및 제2항 제3호에 규정한 주식의 평가방법으로 평가한 이 사건 주식의 시가를 대손변제액으로 보고 이 사건 주식의 가액을 다시 산정한 금액인 468,783,883원과 당초에 산정된 주식가액 2,775,621,000원과의 차액 2,306,837,117원에 대하여 부가가치세를 부과한 것은 정당하므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(2) 또한 청구인은 2003. 3. 5. 재정경제부에서 회사정리계획에 따라 채무를 출자로 전환할 때 주식의 발행가액 중 시가를 초과하는 금액은 채무면제이익에 해당되고 액면가액과 시가와의 차액은 주식발행초과액(또는 주식할인발행차금)에 해당된다는 예규(재법인 46012-37, 2003. 3. 5.)를 만들면서 변경된 내용은 본문서 시행일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 하였는데도 처분청이 이를 이 사건 부과처분에 적용하는 것은 국세기본법 제18조 에 규정한 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 위 예규는 법인세법 제17조 의 규정과 관련하여 법인세를 과세할 때 자본거래로 인한 주식발행초과금 등의 수익은 소득금액계산에 있어 이를 익금에 산입하지 않는다는 것으로서, 부가가치세를 과세할 때 적용하는 예규가 아닐 뿐 아니라 이 사건 부과처분도 위 예규에 따른 처분이 아니기 때문에 소급과세라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.