3. 우리 원의 판단
- 가. 다툼 사외유출된 수입금액을 회수하고 익금에 산입하여 수정신고한 경우 이를 사내유보된 것으로 보아야 하는지 여부
- 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 청구인은 1995. 3. 21. 구 농어촌발전특별조치법 제6조 (현, 농업․농촌기본법 제15조)의 규정에 따라 성립되었다.
(2) 청구인은 ○○공사로부터 화훼판매촉진비 지원을 위한 국고보조금을 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ 명의의 ○○은행 계좌(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ)로 2001. 4. 19.부터 같은 해 12. 29. 까지 6차에 걸쳐 계 733,028,093원을 받았다.
(3) 청구인은 위 국고보조금 중 69,897,821원은 영업외수익으로 계상하고 나머지 663,130,272원은 부채항목인 대표자 가수금으로 계상하여 2002. 4. 1. 2001사업연도 법인세 과세표준을 138,986,694원으로 신고하고 이에 대한 법인세 5,162,900원을 신고ㆍ납부하였다.
(4) 청구인은 2002. 12. 28. 당초 신고시 대표자 가수금으로 계상한 국고보조금 중 662,974,900원만을 전기오류수정이익으로 대체하여 세무조정으로 익금에 산입하고 2001사업연도 법인세 과세표준을 801,961,594원으로, 차감납부세액은 213,976,049원으로 수정신고하였다.
(5) 청구인은 위 (4)항의 수정신고시 법인세는 납부하지 아니하였다.
(6) 처분청은 대표자 가수금으로 계상한 위 국고보조금 663,130,272원을 익금에 산입하여 청구인의 2001사업연도 법인세 과세표준을 802,116,966원으로 경정결정하여 2003. 5. 15. 법인세 258,798,460원을 청구인에게 납부고지하고 위 익금에 산입한 금액 663,130,272원을 청구인의 대표자에게 상여처분하여 같은 해 7. 3. 이 사건 부과처분을 하였다.
(7) 처분청 등이 위 법인세 부과처분이 있기 전에 청구인에게 세무조사의 통지를 하였음을 인정할 만한 증거가 없다.
- 다. 관계 법령의 규정 (1) 법인세법 제67조 에는 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분하는 것으로 규정하고 있다. (2) 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정된 것, 이하 “ 법인세법 시행령”이라고만 한다) 제106조 제1항 제1호에는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 그 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 처분하는 것으로 규정하고 있고, 같은 항 제2호는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보된 것으로 보도록 규정하고 있다. (3) 법인세법 시행령 제106조 제4항 에는 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기간내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있다. (4) 법인세법 시행령 부칙(대통령령 제17457호) 제1조에는 이 영은 2002년 1월 1일부터 시행한다라고 규정하고 있고, 제17조에는 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다라고 규정하고 있다. (5) 국세기본법 제45조 에는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다라고 규정하고 있다. (6) 국세기본법 제81조의6 제1항 에는 세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조의 규정에 의하여 납세관리인을 정하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말하며, 이하 이 조에서 같다)에게 조사개시 7일전에 조사대상 세목 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있고, 제2항에는 제1항의 규정에 의한 통지를 받은 납세자가 천재지변 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무관서의 장에게 조사를 연기하여 줄 것을 신청할 수 있다라고 규정하고 있다. (7) 국세기본법시행령 제63조의5 에는 법 제81조의6 제1항의 규정에 의하여 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사에 관한 사전통지를 하는 경우에는 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소, 조사기간, 조사대상 세목 및 조사사유, 조사공무원의 인적사항과 기타 필요한 사항을 기재한 문서로 하여야 하는 것으로 규정하고 있다.
(8) 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호에는 “세무조사”라 함은 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 당해 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문을 하거나 장부ㆍ서류ㆍ기타 물건을 검사, 조사 또는 확인하는 행위를 말한다라고 규정하고 있다.
- 라. 판단 이 사건의 다툼은 법인이 사외유출된 수입금액을 익금산입하는 것으로 수정신고한 경우 사내유보로 보아야 하는지 여부에 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 위 관계 법령에서 보듯이 법인의 수입금액 누락 등으로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 그 귀속자에 따라 상여 등으로 소득처분하되, 내국법인이 익금산입에 따른 법인세 부과처분이 있기전에 그 사외유출된 금액을 회수하고 익금에 산입하여 수정신고하는 경우에는 그 익금산입에 따른 소득처분은 사내유보로 하도록 규정하고 있다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니한 것으로 2001. 12. 31. 개정(대통령령 제17457호)된 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서에서 규정하고 있고 그 개정규정은 2002. 1. 1. 이후 수정신고분부터 적용하는 것으로 법인세법 시행령 부칙(대통령령 제17457호) 제17조에서 규정하고 있다. 청구인의 경우 위 인정사실에서와 같이 법인의 수입금액으로 계상하여야 할 국고보조금을 대표자 가수금으로 회계처리함으로써 사외유출된 663,130,272원 중 662,974,900원에 대하여는 익금산입하는 것으로 세무조정하여 법인세 부과처분이 있기 전인 2002. 12. 28. 처분청에 수정신고한 바 있고 처분청 등은 청구인의 수정신고가 있기 전에 청구인에게 세무조사의 통지를 하였음을 인정할 만한 증거를 제시하지 못하고 있다. 살피건대 청구인이 대표자 가수금으로 회계처리함으로써 사외유출된 것으로 본 국고보조금 663,130,272원 중 662,974,900원을 익금산입하는 것으로 수정신고하였고 그 수정신고전에 처분청 등이 세무조사의 통지를 한 사실이 확인되지 아니하고 있음을 감안할 때 익금산입하는 것으로 수정신고한 국고보조금은 사내에 유보된 것으로 보아야 할 것이고, 따라서 그 부분에 대하여도 대표자 가수금으로 회계처리한 바 있다는 사유로 이를 대표자 상여로 소득처분하여 이를 근거로 청구인에게 근로소득세를 납세고지한 것은 잘못이라 할 것이다. 다만, 청구인이 수정신고하지 아니한 나머지 국고보조금 155,372원은 설사 회사자금으로 사용하였다 하더라도 이는 대표자 가수금으로 회계처리한 것으로서 사외유출된 것이라 할 것이므로 이 부분 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.