양도소득세 면제대상이 되는 8년 이상 자경농지에 해당되는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1989. 5. 4. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 답 605㎡(이하이 사건 농지라 한다)를 취득하여 2001. 10. 17. (주) ㅇㅇㅇㅇ에 공공용지로 협의 매각하고도 양도소득세를 신고납부하지 아니한데 대하여 2002. 4. 29. 이 사건 농지를 8년 이상 계속하여 직접 경작한 자경농지로 보아 양도소득세를 면제하는 것으로 결정하였다. 그 후 2003. 4. 14. 위 청구인이 자경한 사실이 없으므로 양도소득세를 추가 징수결정하도록 하는 감사원의 시정요구를 받고 청구인에게 양도소득세 9,594,940원을 2003. 5. 17.자로 부과․고지(이하이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 이 사건 농지의 취득시점(1989. 5. 4.)부터 양도시점(2001. 10. 17.)까지 이 사건 농지와 인접한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 ㅇㅇ동 ○○번지(구 ㅇㅇ동 ○○번지)에 살면서 직접 경작하였고, 농지원부에도 자경한 것으로 되어있으므로 이 사건 농지에 대한 양도소득세를 면제하여야 하는데도 이를 부과하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼 청구인이 양도한 농지를 8년 이상 자경한 농지로 보아 양도소득세를 면제할 수 있는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 농지의 등기부에 따르면 1989. 5. 4. 자 매매를 원인으로 청구인 명의로 소유권 이전등기가 되었다가 2001. 10. 17. 자로 공공용지의 협의 취득을 원인으로 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ의 명의로 소유권이전등기가 되었다.

(2) 청구인은 1986. 10. 18. 취득하여 2001. 6. 11. 양도한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 전 1,552㎡에 대하여는 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세 면제대상으로 하여 2001. 6. 11. 양도소득세예정신고를 하였으나 이 사건 농지에 대하여는 2001. 10. 17. 매각하고도 양도소득세를 신고납부하지 아니하였다.

(3) 처분청은 청구인이 이 사건 농지를 양도하고도 양도소득과세표준의 예정 및 확정신고를 하지 아니한데 대하여 2002. 4. 29. 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세를 면제하는 것으로 결정하였다.

(4) 청구외 ㅇㅇㅇ은 이 사건 농지에서 벼를 경작한 데 대하여 2002. 2. 19. 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ에 실농보상금 1,591,150원을 청구하여 같은 해 2. 28. 이를 수령하였다

(5) 2002. 4. 13. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동장이 발행한 이 사건 농지의 농지원부에 따르면 최초작성일자는 1991. 10. 15., 소유자 성명은 ㅇㅇㅇ이며 경작구분에는 자경으로 되어 있고, ㅇㅇ동사무소 직원 ㅇ급ㅇㅇㅇ가 2003. 10. 7. 작성하여 감사원에 제출한 자료인농지 자경여부 검토에 따르면 농지원부 작성 이후 이 사건 농지 소재지 관할 동사무소(ㅇㅇ동)에 자경여부를 조회한 사실을 확인하지 못하여 위 농지원부에 의하여 이 사건 농지가 양도될 때까지 청구인의 자경여부는 알 수 없는 것으로 되어 있다.

(6) 감사원은 2003. 1. 20.부터 같은 해 2. 21.까지 ㅇㅇ지방국세청에 대하여 감사를 실시하면서 ㅇㅇ지방국세청 직원ㅇ급 ㅇㅇㅇ, ㅇ급 ㅇㅇㅇ, 8급 ㅇㅇㅇ의 현지확인 검토서 및 그 첨부서류인 청구외 ㅇㅇㅇ과의 문답서내용(주요내용: 청구인이 이 사건 농지를 취득하기 전인 ‘80년대부터 실농보상금을 받을 때까지 ㅇㅇㅇ 본인이 대리경작하였음)과 위 ㅇㅇㅇ이 (주) ㅇㅇㅇㅇ로부터 경작자로서 실농보상금 1,591,150원을 수령한 사실 및 그 실농보상금청구서에 청구인이 토지소유자로서 확인하여 주었던 사실 등을 확인한 후 이 사건 농지의 양도가 양도소득세 면제사유에 해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 추가 징수결정하도록 2003. 4. 14. 재정경제부장관에게 시정요구하였다.

(7) 처분청은 감사원 시정요구대로 청구인에게 양도소득세 9,594,940원을 2003. 5. 17. 추가 징수결정하였다.

(8) 2003. 7. 2. 감사원에 제출한 심사청구서에 첨부된 경작확인서에는 청구인이 이 사건 농지를 “취득시점부터 양도시점까지 직접 경작 하였음“을 청구인과 청구외 ㅇㅇㅇ 등 7명이 확인날인하고 있다

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제105조 제1항 에는 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다 라고 규정하면서 제1호본문에 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월이라고 열거하고 있고, 제2항에는 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다 라고 규정하고 있다. (2) 소득세법 제110조 제1항 에는 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다 라고 규정하고 있고 제3항에는 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다 라고 규정하고 있다. (3) 소득세법 제114조 제1항 에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다 라고 규정하고 있다.

(4) 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에는 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별소비세를 면제한다 라고 규정하면서 그 제1호에 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자를 열거하고 있다.

(5) 구 조세특례제한법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제1항에는 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지를 대상으로 하는 것으로 규정하고 있고, 제4항에는 법 제69조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자"라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다 라고 규정하면서 제1호에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다)안의 지역, 제2호에 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역이라고 각각 열거하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 이 사건 농지의 취득시점(1989. 5. 4.)부터 양도시점(2001. 10. 17.)까지 이 사건 농지에 연접한 구(區)안의 지역에 살면서 이 사건 농지를 직접 경작하였고, 농지원부에도 자경으로 되어있어 양도소득세 면제대상인데도 이 사건 농지에 대하여 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 위 관계법령을 보면 양도일 현재까지 8년 이상 계속하여 직접 경작한 농지를 양도하는 경우에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 이 사건 농지가 이에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 1980년대부터 이 사건 농지가 양도됨에 따라 실농보상금을 받을 때까지 이 사건 농지를 대리경작하였다는 청구외 ㅇㅇㅇ의 진술내용, 위 ㅇㅇㅇ이 (주) ㅇㅇㅇㅇ로부터 실농보상금 1,591,150원을 수령한 점, 그 실농보상금을 청구하면서 경작자를 ㅇㅇㅇ으로 한 경작사실확인서에 ㅇㅇㅇ의 주소지 통ㆍ반장과 청구인이 사실확인하고 날인한 점, 청구인이 1986. 10. 18. 취득하여 2001. 6. 11. 양도한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 전 1,552㎡에 대하여는 위 양도일자에 8년 이상 자경한 것임을 이유로 양도소득세가 면제되는 것으로 하여 2001. 6. 11. 양도소득세를 예정신고하였으나 이 사건 농지에 대하여는 양도소득세를 신고납부하지 아니한 점, 위 농지원부가 1991. 10. 15. 작성된 이후 청구인의 주소지 관할 동인 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동에서 농지 소재지관할 동인 같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에 이 사건 농지에 대한 자경여부를 조회한 사실이 없어 그 농지원부에 청구인이 자경한 것으로 기재되어 있는 것만으로 청구인이 이 사건 농지를 직접 경작하였다는 입증자료가 되기 어려운 점, 청구인이 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 작성하여 위 ㅇㅇㅇ외 5인으로부터 확인받은 경작확인서는 이 사건 부과처분이 있은 후에 작성된 것으로 사인간의 이해관계에 따라 사실과 다르게 작성될 수 있어 이를 그대로 믿기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 이 사건 농지는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 의 규정에 따른 양도소득세 면제대상이 되지 아니한다 할 것이므로 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 양도소득세 면제대상이 아니라고 본 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.