부가가치세법상 미등록 임대사업자가 수령한 임대보증금 및 월임대료 산정이 적정한지 여부

처분청은 청구인에 대하여 한 2003. 7. 1.자 2000년도 제1기분 부가가치세 573,420원, 2001년도 제1기분 부가가치세 458,820원, 2001년도 제2기분 부가가치세 603,760원, 2002년도 제1기분 부가가치세 611,910원, 2002년도 제2기분 부가가치세 573,210원 및 2003. 8. 1.자 1999년도 귀속 종합소득세 371,830원, 2000년도 귀속 종합소득세 2,000,660원, 2001년도 귀속 종합소득세 3,609,000원, 2002년도 귀속 종합소득세 3,406,570원의 각 부과처분에 관하여 청구인의 임대사업과 관련된 각 과세기간별 임대보증금 및 월 임대료를 재조사하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 각 경정하여야 한다.

처분청은, 청구인이 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 건물 중 점포1동(○호) 84.66㎡(이하이 사건 점포라 한다)를 청구외 김ㅁㅁ 등 6인에게 임대하면서도 그에 따른 부가가치세 및 종합소득세를 신고, 납부하지 아니하자 청구인에게 2003. 7. 1.자로 부가가치세 2000년도 제1기분 573,420원, 2001년도 제1기분 458,820원, 2001년도 제2기분 603,760원, 2002년도 제1기분 611,910원, 2002년도 제2기분 573,210원을 각 부과 고지(이하 이 사건 부가가치세 부과처분이라 한다)하였고, 2003. 8. 1.자로 종합소득세 1999년도 귀속 371,830원, 2000년도귀속 2,000,660원, 2001년도 귀속 3,609,000원, 2002년도 귀속 3,406,570원을 각 부과 고지(이하이 사건 종합소득세 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 각 취소(경정)하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유

(1) 처분청이 산정한 임대보증금 및 월 임대료는 조사 당시(2003년 6월)의 인상된 임대보증금 등을 기준으로 산정한 것으로서 그 이전분까지 같은 금액에 임대한 것으로 추정한 것은 국세기본법 제16조 근거과세의 규정을 위반한 것이므로 이를 근거로 한 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 부당하고,

(2) 임대수입금액과 관련하여 1999년도 제1, 2기분 부가가치세의 부과처분이 없음에도 1999년도 귀속 종합소득세를 부과하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼

(1) 부가가치세법상 미등록 임대사업자가 수령한 임대보증금 및 월 임대료의 산정이 적정한지 여부

(2) 그 수입금액에 대한 부가가치세 부과처분이 없음에도 소득세 부과는 가능한지 여부

• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1983. 10. 31. 이 사건 점포(5개로 구분되어 임대되고 있음)에 관한 소유권이전등기를 경료하여 이를 취득한 후 임대사업에 제공하고 있고 2003. 6. 20. 현재 김ㅇㅇ(ㅇㅇㅇㅇ 가구 운영), 김ㅁㅁ(ㅇㅇ난방 운영), 박ㅇㅇ(ㅇㅇㅇ패션 운영), 임ㅇㅇ(ㅇㅇ 열쇠 운영), 은ㅇㅇ(ㅇㅇ부동산중개사무소 운영)에게 각 임대하고 있다.

(2) 그러나 청구인은 이 사건 점포를 임대하여 임대료 등을 수령하였음에도 불구하고 사업자등록을 하지 아니한 채 부가가치세 및 종합소득세를 각 신고, 납부하지 아니하였다.

(3) 처분청은 2003. 6. 20. 직권으로 업종을 부동산임대로 하여 청구인을 간이과세사업자로 사업자등록(사업자등록번호 00-0-000)을 한 후 각 점포의 임대보증금과 월 임대료를 조사하여 아래와 같이 청구인이 이 사건 점포를 5명의 임차인들에게 임대한 것으로 추정하였다. 구 분 과세기간별 임대보증금 및 월 임대료 내역(금액단위:천원) 99.1기 99.2기 00.1기 00.2기 01.1기 01.2기 02.1기 02.2기 김ㅇㅇ 임대보증금 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 월 임대료 400 400 400 400 400 400 400 400 은ㅇㅇ 임대보증금 17,000 17,000 17,000 17,000 17,000 17,000 월 임대료 700 700 700 700 700 700 박ㅇㅇ 임대보증금 5,000 5,000 5,000 월 임대료 400 400 400 임ㅇㅇ 임대보증금 8,000 8,000 8,000 월 임대료 330 330 330 김ㅇㅇ 임대보증금 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 월 임대료 750 750 750 750 750

(4) 처분청은 위 (3)항과 같이 조사된 임대보증금과 월 임대료를 기초로 하여 청구인의 각 과세기간별 임대용역의 공급대가 또는 임대수입금액(임대보증금에 대한 정기예금이자 상당의 간주임대료 + 월 임대료)을 산정한 다음 청구인에게 2003. 7. 1.자로 부가가치세 2000년도 제1기분 573,420원, 2001년도 제1기분 458,820원, 2001년도 제2기분 603,760원, 2002년도 제1기분 611,910원, 2002년도 제2기분 573,210원을 각 부과 고지(2000년도 제2기분 부가가치세는 공급대가가 1,200만 원 미만에 해당하여 부과되지 아니함)하였고, 2003. 8. 1.자로 종합소득세 1999년도 귀속 371,830원, 2000년도 귀속 2,000,660원, 2001년도 귀속 3,609,000원, 2002년도 귀속 3,406,570원을 각 부과 고지하였다.

(5) 한편 처분청이 이 건 심사청구가 제기된 후인 2003. 8. 14. 조사하여 제출한 임차인별 임대차계약서와 확인서 등에 의하면 김ㅁㅁ 등 6명에게 임대한 바 있고, 임차인에 대한 각 과세기간별 임대보증금과 월 임대료는 아래와 같다. 구 분 과세기간별 임대보증금 및 월 임대료 내역(금액단위:천원) 99.1기 99.2기 00.1기 00.2기 01.1기 01.2기 02.1기 02.2기 1월 2월~6월 김ㅇㅇ 임대보증금 6,000 6,000 6,000 6,000 6,000 6,000 6,000 10,000 10,000 월 임대료 360 360 360 360 360 360 360 400 400 은ㅇㅇ 임대보증금 7,000 7,000 7,000 7,000 7,000 7,000 7,000 12,000 12,000 월 임대료 230 230 250 250 270 270 270 500 500 박ㅇㅇ 임대보증금 5,000 5,000 5,000 5,000 월 임대료 400 400 400 400 김ㅇㅇ 임대보증금 5,000 5,000 5,000 5,000 5,000 월 임대료 250 250 250 300 330 임ㅇㅇ 임대보증금 5,000 5,000 5,000 5,000 5,000 5,000 8,000 8,000 월 임대료 190 190 190 190 190 190 330 330 김ㅇㅇ 임대보증금 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 10,000 월 임대료 170 170 170 170 750 750

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제2조 제1항 에는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다 라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제5조 제1항 에는 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장관할세무서장에게 등록하여야 한다 라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 제7조 제1항 에는 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다 라고 규정하고 있다. (4) 부가가치세법 제13조 제1항 에는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함되지 아니한다 라고 규정하면서 그 제1호에 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가를, 그 제2호에 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 규정하고 있고, 제5항에는 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 라고 규정하고 있다. (5) 부가가치세법 제21조 제1항 에는 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다 라고 규정하면서 그 제1호에 확정신고를 하지 아니한 때를 규정하고 있다. (6) 부가가치세법시행령 제7조 제4항 에는 사업자가 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하지 아니하는 경우에는 관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다 라고 규정하고 있다. (7) 부가가치세법시행령 제49조의2 제1항 에는 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우에는 법 제13조 제1항 제2호에 규정하는 금전 이외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 하는 것으로 규정하면서 과세표준 = (당해 기간의 전세금 또는 임대보증금)×(과세대상기간의 일수)×〔계약기간 1년의 정기예금이자율(당해예정신고기간 또는 과세기간종료일 현재)×1/365(윤년의 경우에는 366)〕을 규정하고 있다. (8) 소득세법 제18조 제1항 에는 부동산임대소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다 라고 규정하면서 그 제1호에 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득을 규정하고 있고, 제2항에는 부동산임대소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다 라고 규정하고 있다. (9) 소득세법 제80조 제1항 에는 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다 라고 규정하고 있다.
• 라. 판단

(1) 청구인은 처분청이 각 과세기간동안 임대보증금과 월 임대료를 조사당시(2003년 6월)의 증액된 임대보증금 등을 기준으로 이전 과세기간까지 추정하여 수입금액 등을 산정한 것은 부당하다고 주장하므로 먼저 이에 대하여 살펴본다. 위 인정사실에 의하면 처분청은 청구인이 청구외 김ㅁㅁ에게 임대한 점포의 예만 보더라도 2002. 2. 1. 변경된 계약에 따라 임대보증금 1,000만 원, 월 임대료 40만 원으로 임대하였으나 그 이전(1999년도부터)에는 이보다 적은 임대보증금 600만 원, 월 임대료 36만 원에 임대한 것임(처분청의 조사에 의하여 사후 확인되었음)에도 전기간을 변경(인상)된 임대보증금 등에 의하여 임대수입금액 등을 산정한 것임을 알 수 있고, 나머지 임차인 중 박ㅇㅇ을 제외한 김ㅇㅇ, 임ㅇㅇ, 은ㅇㅇ에게 임대한 경우에도 변경(인상)된 임대료 등을 기준으로 그 수입금액 등을 잘못 산정하기는 마찬가지라 할 것이다. 따라서 처분청이 각 과세기간의 임대보증금과 월 임대료의 조사없이 조사당시의 임대보증금과 월 임대료를 임대차계약 변경 전 과세기간에도 동일하게 적용하여 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다.

(2) 다음으로 청구인은 1999년도 중 임대수입금액에 관하여 부가가치세의 부과처분이 없었는데도 1999년도 귀속 종합소득세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 부가가치세와 종합소득세는 그 세목이 다르고 부동산임대소득이 있는 이상 부가가치세 부과여부와 관계없이 종합소득세를 신고․납부하여야 하는 것인 바, 위 인정사실에 의하면 청구인이 1999년도 부동산임대소득이 있고 이를 신고ㆍ납부하지 아니하였으므로 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 중 임대용역의 공급대가 또는 임대소득금액 부분은 그 조사에 미흡함이 있고 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.