매매계약해제로 인한 법인세 특별부가세 등의 경정청구를 부과제척기간 내에 하여야 하는지 여부

처분청은 2002. 11. 18.자로 청구인에 대하여 한 법인세 특별부가세 238,275,593원, 농어촌특별세 47,655,119원 계 285,930,712원의 경정(환급)거부처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인이 2001. 11. 16. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 잡종지 4,065.7㎡와 같은 동 ○○번지 잡종지 117,157.8㎡ 중 1,171,578분의 257,948 지분(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 매매계약(계약일 1994. 11. 22.)을 해제하고 2002. 1. 8. 1995․1996․1997년 귀속 법인세(특별부가세 포함)와 농어촌특별세 및 1998․1999․2000년 귀속 법인세의 과세표준과 세액(이하 ‘이 사건 법인세 등의 과세표준과 세액’이라 한다)의 경정을 청구한데 대하여 처분청은 2002. 11. 18. 법정신고기한 경과후 2년 이내에 경정청구하지 아니하였다는 사유로 이를 거부하였다.
• 나. 청구인은 2002. 11. 28. 위 거부처분에 대하여 고충처리를 신청하였고, 이에 대하여 처분청은 같은 해 12. 30. 이 사건 경정청구를 후발적 사유로 인한 경정청구에 해당한다고 보아 1996․1997년 귀속 법인세와 농어촌특별세 및 1998년 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 법인세 162,589,057원과 농어촌특별세 2,641,404원 계 165,230,461원을 환급하고, 1995년 귀속 법인세 특별부가세 238,275,593원과 농어촌특별세 47,655,119원 계 285,930,712원은 부과제척기간내에 경정청구하지 아니하였다는 사유로 고충신청을 받아들이지 아니하였다.

• 가. 청구 취지

2002. 11. 18.자 거부처분 중 1995년 귀속 법인세 특별부가세 238,275,593원과 농어촌특별세 47,655,119원 계 285,930,712원의 경정(환급)거부처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

• 나. 청구 이유 국세부과제척기간이 지났다 하더라도 국세기본법과 법인세법상 실질과세원칙에 입각하여 법인세 과세표준 신고 후에 중도금 및 잔금 납부가 되지 아니한 상태에서 당초 매매계약이 해제되어 과세근거가 소멸되었으므로 이 사건 거부처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 매매계약해제로 인한 법인세 특별부가세 등의 경정청구를 부과제척기간내에 하여야 하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1994. 11. 22. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ (주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하 ‘청구외 법인’이라 한다)에 이 사건 토지를 7,072,071,250원(이자 1,906,204,750원 포함)에 장기할부조건(잔금을 1995년 11월부터 1999년 11월까지 5회에 걸쳐 매년 929,855,970원씩 균분하여 이자와 함께 지급)으로 양도하는 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. (가) 청구인은 이 사건 매매계약에 따라 1995. 11. 22. 청구외 법인으로부터 제1회 분납금 929,855,970원과 이자 604,406,380원 계 1,534,262,350원을 지급받았다. (나) 청구외 법인은 청구인에게 이 사건 매매계약의 이행과 관련하여 2회 분납금과 이자까지만 지급하고 3회 ~ 5회 분납금 등은 약정지급일까지 지급하지 아니하였다.

(2) 청구인은 1996. 3. 30. 1995년 귀속 법인세(특별부가세 포함)와 농어촌특별세의 과세표준신고서를 제출하였다.

(3) 청구인은 2001. 11. 16. 청구외 법인이 3회 이후의 분납금 등을 지급하지 아니한 것을 이유로 이 사건 부동산매매계약서 제6조 제1항에 약정한 해제권에 기하여 이 사건 매매계약을 해제하였다.

(4) 청구인은 2001. 12. 19. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에 있는 ㅇㅇㅇㅇ (주)(대표이사 ㅇㅇㅇ)에 이 사건 토지를 5,165,866,500원에 양도하는 계약을 체결하고, 2002. 2. 22. 잔금을 지급받았다.

(5) 청구인은 2002. 1. 8. 이 사건 매매계약이 해제되었음을 이유로 이 사건 법인세 등의 과세표준과 세액의 경정을 청구하였다.

(6) 처분청은 2002. 11. 18. 위 (5)항의 경정청구에 대하여 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의한 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 경정을 청구하지 아니하였다는 이유로 이를 거부하였다.

(7) 청구인은 2002. 11. 28. 위 (6)항의 거부처분에 대하여 처분청에 이 사건 매매계약 해제는 후발적 사유에 해당하므로 이 사건 법인세 등의 과세표준과 세액을 경정하고 기신고․납부한 법인세 등을 환급하여 달라고 고충처리를 신청하였다.

(8) 처분청은 2002. 12. 30. 1996년 이후 귀속분에 대한 경정청구는 국세기본법시행령 제25조의2 제2호 에서 규정하는 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당한다고 보고 1996년 귀속 법인세 54,091,047원과 농어촌특별세 1,298,185원, 1997년 귀속 법인세 55,967,428원과 농어촌특별세 1,343,219원 및 1998년 귀속 법인세 52,530,582원은 환급결정하는 한편, 1995년 귀속 법인세 특별부가세 238,275,593원과 농어촌특별세 47,655,119원 계 285,930,712원에 대하여는 부과제척기간 만료로 인하여 환급결정이 불가하다고 보고 고충신청을 받아들이지 아니하였다.

• 다. 관계법령 (1) 국세기본법 제45조의2 제2항 은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때”에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다. (2) 국세기본법시행령 제25조의2 는 법 제45조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때"의 한 경우로 최초의 신고결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제된 때를 열거하고 있다.

(3) 구 법인세법기본통칙 7-4-1…59의5(2001. 11. 1. 102-0…1로 변경, 부동산 양도계약의 변경에 따른 특별부가세 취급)는 토지 등의 양도계약을 체결하고 영 제124조의 2 제13항의 규정에 의한 양도시기가 경과한 후 그 계약이 변경된 경우에는 그 변경된 내용에 따라 양도차익을 계산하며, 당초 양도일과 변경일이 사업연도를 달리하는 때 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 소멸됨으로써 소멸된 특별부가세는 당초 양도일이 속하는 사업연도의 신고분을 그 변경된 내용에 따라 경정한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 이 사건의 다툼은 매매계약해제로 인한 법인세 특별부가세 등의 경정청구를 부과제척기간내에 하여야 하는지 여부에 있다. 처분청은 국세청 질의회신(서삼 00000-11788, 2002. 10. 22.)에서 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 규정하고 있는 후발적 사유로 인한 경정 등의 청구는 같은 법 제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과제척기간내에 하여야 한다고 명시하고 있으므로 이 사건 1995년 귀속 법인세 특별부가세와 농어촌특별세는 부과제척기간이 만료되어 환급결정이 불가하다고 주장한다. 그러나 위 질의회신은 과세관청 내부의 지침으로서 법규적 효력을 가지는 것이 아닐 뿐 아니라 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 규정하고 있는 후발적 사유로 인한 경정청구를 부과제척기간내에 하여야 한다고 해석할 근거가 없고, 한편 위 질의회신이 인용한 다른 질의회신(법인 00000-526, 1998. 3. 3.)에 따르면 부과제척기간 만료로 경정청구가 불가능하다고 보는 경우 매매계약 해제에 따른 당초 양도차익에 대한 세무처리는 구 법인세법기본통칙 7-4-1…59의5 각 호의 규정에 의한다고 하였는데 위 통칙 제2항 제3호의 규정에 따르면 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 소멸됨으로써 소멸된 특별부가세는 당초 양도일이 속하는 사업연도의 신고분을 그 변경된 내용에 따라 경정한다고 규정하고 있다. 또한 국세기본법 제45조의2 제2항 은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 ‘대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때’에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있다고만 규정하고 있을 뿐 당해 국세부과제척기간 이내에 경정청구를 하여야 한다는 것은 어디에도 규정된 바가 없으며, 한편 같은 법 시행령 제25조의2는 위 ‘대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때’의 한 경우로 최초의 신고에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제된 때를 열거하고 있는데, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 1995년 귀속 법인세(특별부가세 포함)와 농어촌특별세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하였고, 그 후 위 법인세 특별부가세 등의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래인 이 사건 매매계약이 청구인의 해제권 행사에 의하여 해제되었으며, 이 사건 매매계약의 해제가 있은 날부터 2월 이내에 경정(환급)청구를 하였으므로 이 사건 1995년 귀속 법인세 특별부가세 등의 경정(환급)청구는 적법하다고 할 것이어서 이 사건 매매계약해제에 따른 법인세 특별부가세 등의 경정청구를 국세부과제척기간내에 하여야 한다는 처분청의 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 거부처분은 위법하며 따라서 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.