공병이 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례 적용대상인지 여부

처분청은 2002. 12. 1.자로 청구인에게 부과한 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지의 부가가치세 합계 85,579,090원의 각 처분중 2001년 2기와 2002년 1기에 일반과세자로부터 매입한 51,071,196원에 상당하는 공병매입금액에 따른 매입세액공제를 부인한 부분을 제외한 나머지 처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지의 부가가치세를 각각 신고시 폐자원수집상으로부터 공병을 매입한 후 이를 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례규정의 대상이 되는 폐유리로 보아 매입세액을 공제한 데 대하여 공병은 폐유리에 해당되지 않는다는 사유로 위 매입세액공제를 부인한 후 2000년 제2기 22,595,110원, 2001년 제1기 17,989,330원, 2001년 제2기 23,607,020원, 2002년 제1기 21,387,630원 계 85,579,090원을 2002. 12. 1.자로 부과고지하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다).

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 에서 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례의 적용대상으로 열거된 폐유리에는 재활용제품의 활용촉진을 장려하려는 위 특례규정의 취지에 비추어 단순히 깨진 유리병만을 의미하는 것이 아니고 재사용되는 공병도 해당한다고 보아야 함에도 처분청이 공병은 위 적용대상인 폐유리에 포함되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 공병이 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상에 포함되는지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 폐유리세척시설을 보유하고 폐자원수집상으로부터 폐유리공병을 매입하여 재사용이 가능하도록 세척한 후 제약회사 및 식품회사에 납품하고 파손된 공병은 재생유리 제조업체에 납품하는 재생재료 수집 및 판매업을 운영하고 있다.

(2) 청구인은 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지 폐자원수집상으로부터 공병을 매입한 후 이를 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례규정의 대상이 되는 폐유리로 보아 매입세액을 공제하여 2001. 1. 25. 매출세액 51,648,425원, 매입세액 39,696,279원으로 하여 2000년 제2기 부가가치세 11,952,146원을 신고ㆍ납부하였고, 2001. 7. 25. 매출세액 59,945,418원, 매입세액 41,327,870원으로 하여 2001년 제1기 부가가치세 18,617,548원을 신고ㆍ납부하였으며, 2002. 1. 25. 매출세액 68,340,254, 매입세액 44,464,029원으로 하고 가산세 517,235원을 포함하여 2001년 제2기 부가가치세 24,393,460원을 신고ㆍ납부하였고, 2002. 7. 25. 매출세액 70,900,823원, 매입세액 43,660,630원으로 하여 2002년 제1기 부가가치세 27,240,193원을 신고ㆍ납부하였다.

(3) 청구인은 부가가치세 과세사업자인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ자원 대표 ㅇㅇㅇ으로부터 2001. 7. 31.부터 2002. 6. 30.까지 11회에 걸쳐 세금계산서를 교부받지 않고 공병 (18,081,816원 상당)을 매입하고 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나 처분청에서 2002. 4. 30. 위 공병매입금액 중 매입금액 4,694,000원(2001. 11. 30. 및 12. 31. 매입분)에 따른 매입세액공제를 부인하고 청구인에게 부가가치세를 추가로 부과하고 나머지 매입금액(13,387,816원)에 따른 매입세액은 이 건 처분시 매입세액공제를 부인하고 청구인에게 부가가치세를 추가로 부과하였다.

(4) 청구인은 미등록사업자인 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇㅇ으로부터 2001. 7. 31.부터 2002. 6. 30.까지 12회에 걸쳐 세금계산서를 교부받지 않고 공병(37,683,380원 상당)을 매입하고 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나 처분청에서 2002. 12. 1. 위 공병매입금액에 따른 매입세액공제를 부인하고 청구인에게 부가가치세를 추가로 부과하였다. 그리고 위 ㅇㅇㅇ이 청구인에게 공병공급을 시작한 2001. 7. 31.부터 같은 해 12. 31.까지 공병공급금액이 30,097,988원에 달하므로 부가가치세법 제25조 의 규정에 따라 위 ㅇㅇㅇ은 2001. 7. 31.부터 일반과세자로 인정된다.

(5) 청구인이 공병을 매입한 사업자 중 위 (3)항과 (4)항의 공병수집업자를 제외한 나머지 공병수집업자는 간이과세자에 해당된다.

(6) 처분청은 2002. 12. 1. 청구인이 매입한 공병은 폐유리에 해당되지 않는다는 사유로 위 (2)항의 매입세액공제를 부인한 후 2000년 제2기 부가가치세 22,595,110원, 2001년 제1기 17,989,330원, 2001년 제2기 23,607,020원, 2002년 제1기 21,387,630원 계 85,579,090원을 추가로 각 부과고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 조세특례제한법 제108조 제1항 은재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가․지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있다. (2) 조세특례제한법시행령 제110조 제1항 은법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은법 제108조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 "재활용폐자원 등"이라 한다)의 취득가액에 110분의 10(108분의 8로 2001. 12. 31.개정)을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. (3) 조세특례제한법시행령 제110조 제3항 은법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다라고 규정하면서, 같은 항 제1호에폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자라고, 같은 항 제5호에는기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자라고 규정하고 있다. (4) 조세특례제한법시행규칙 제50조 제1항 은영 제110조 제3항 제5호에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다라고 규정하고 있다. (5) 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 은법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다라고 규정하면서 그 제3호에폐유리라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 이 건 다툼은 첫째, 공병이 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 의 재활용폐자원의 하나인 “폐유리”에 해당되는지 여부와 둘째, 청구인의 공병 매입거래가 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 “재활용폐자재 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례” 적용대상거래에 해당되는지 여부에 관한 것으로 차례로 살펴보기로 한다.

(1) 첫째 다툼에 관하여 본다. 처분청은 조세감면의 특례규정을 해석함에 있어서는 원칙적으로 관계문언에 충실하게 해석하여야 하고 이를 임의로 확장 또는 유추해석해서는 아니된다고 할 것인데 위 관계법령에서 공병을 재활용폐자원 등으로 열거한 바 없고, 공병은 그 자체로 재사용이 가능하므로 공병을 폐유리로 볼 수 없다고 주장한다. 살피건대, 관계법령에서 본 바와 같이 조세특례제한법 제108조 에서 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자가 부가가치세 간이과세자 등으로부터 재활용폐자원 등을 취득하여 이를 공급하는 경우에 매입세액을 공제하는 취지가 재활용폐자원 등의 재활용도를 높여 자원배분의 효율성을 기하고 환경보호기업을 세제상 지원하는 데 있음에 비추어볼 때, 위 법에서 말하는 “폐유리”라 함은 깨어진 유리조각에 국한하지 않고 재사용이 가능한 공병(빈 유리병)도 포함되는 것으로 보아야함이 상당하다 할 것으로 이 사건 청구인 등과 같이 폐기물수집상으로부터 공병을 매입하여 재사용이 가능하도록 세척 등을 한 후 음료업체 등 공병재사용업체에 납품하여 재활용이 이루어지고 있는 공병은 위 법 소정의 재활용폐자원 등에 해당된다고 보아야 할 것이다.

(2) 둘째 다툼에 관하여 본다. 관계법령에서 본 바와 같이 공병이 재활용폐자원인 폐유리에 해당되는 것으로 보더라도 일반과세자로부터 공병을 매입하는 경우에는 세금계산서를 수취한 경우에 한하여, 간이과세자 등으로부터 공병을 매입하는 경우에는 세금계산서 수취 여부와 관계없이 매입세액 공제가 가능하도록 하고 있음을 알 수 있다. 따라서 청구인이 이 건 부가가치세를 경정한 과세기간 중에 공병을 매입한 사업자들 중 인정사실 (3)의 ㅇㅇㅇ과 인정사실 (4)의 ㅇㅇㅇ은 일반과세자이므로 위 사람들로부터 세금계산서를 수취하지 않고 매입한 공병매입금액에 따른 매입세액공제를 부인하는 것은 타당하다 할 것이나, 위 2명의 사업자를 제외한 나머지 사업자들은 간이과세자에 해당되므로 이들로부터 매입한 공병대금은 조세특례제한법 제108조 에 규정하는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례대상에 해당된다 할 것이다. 그런데도 처분청에서 공병이 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 의 재활용폐자원에 해당되지 아니한다는 사유로 위 2명의 일반과세자를 제외한 나머지 간이과세자들로부터 매입한 공병매입금액에 대하여도 조세특례제한법 제108조 에 규정하는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례대상이 아니라고 보아 부가가치세를 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 공병이 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 에서 규정하는 재활용폐자원인 폐유리에 해당되지 않는 것으로 본 것은 잘못이고 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지 매입세액공제와 관련하여 이 사건 부과처분을 한 것 중 간이과세자로부터 공병을 매입한 금액에 대하여 매입세액공제를 부인한 부분은 위법한 것으로 청구인의 주장은 일부 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다ㄴ.