자료상 혐의자와 실물거래가 있다고 주장할 뿐 금융거래자료를 제시하지 못하는 경우 그 거래를 인정할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다

• 가. 청구인은 철근콘크리트 공사업 등을 영위하는 법인으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 있는 청구외 (주) ㅇㅇ무역(대표이사 이ㅇㅇ, 1999. 2. 8. 상호를 (주) ㅇㅇ건축자재로 변경, 이하 ㅇㅇ무역이라 한다)으로부터 1998. 4. 30.부터 같은 해 12. 31.까지 1,459,285,486원(공급가액) 상당의 건축자재를 매입한 것으로 된 세금계산서 10매와 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 있는 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ(대표이사 박ㅇㅇ, 이하 ㅇㅇㅇㅇ이라 한다)으로부터 1999. 4. 30.부터 같은 해 10. 30.까지 507,373,070원(공급가액) 상당의 건축자재를 매입한 것으로 된 세금계산서 7매(이하 위 모두의 세금계산서를 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 각각 교부받아 매입세액을 공제하여 1998년 제1기부터 1999년 제2기까지 각 부가가치세를 신고하고 위 금액을 제조원가로 계상하여 법인소득금액을 계산한 후 1998사업연도(1998. 1. 1. ~ 1998. 12. 31.) 및 1999사업연도(1999. 1. 1. ~ 1999. 12. 31.)의 법인세를 신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 자료상으로부터 허위세금계산서를 수취한 혐의로 청구인에 대한 세무조사를 실시하고 청구인이 ㅇㅇ무역 및 ㅇㅇㅇㅇ으로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 허위로 수취하여 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 축소하여 신고 납부하였다고 보아 쟁점세금계산서의 공급가액 등을 익금산입하는 등으로 위 2개 사업연도의 법인세 과세표준을 다시 산정한 후 2002. 7. 1.자로 청구인에게 1998사업연도분 법인세 606,869,390원, 1999사업연도분 법인세 211,847,290원 합계 818,716,680원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 이 두건의 부과처분을 모아 이 사건 부과처분이라 한다)을 하는 한편 청구인이 그의 대표이사에게 위 익금산입액 중 1998사업연도에 1,605,214,034원, 1999사업연도에 558,110,377원 합계 2,163,324,411원에 상당하는 금액을 상여금으로 지급한 것으로 보아 같은 달 2. 청구인에게 소득세를 원천징수하여 납부하도록 소득금액변동사항을 통지(이하 이 사건 소득금액변동 통지처분이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 거래상대방인 위 ㅇㅇ무역 등이 자료상혐의로 세무조사를 받자 쟁점세금계산서가 사실과 다른 매입세금계산서로서 이미 매입세액을 공제받은 것은 잘못이라고 하며 2002. 2. 5. 1998년 제1기부터 1999년 제2기까지 부가가치세 142,124,960원을 수정신고 납부하였다.
• 라. 청구인은 2002. 7. 10. 위 쟁점세금계산서의 원재료를 실제로 매입하였다고 하며 위 수정신고 납부한 부가가치세 142,124,960원을 환급하여달라는 취지의 경정청구를 하였고 이에 대하여 처분청은 위 수정신고분은 법정신고 기한내에 과세표준신고서를 제출한 것이 아니어서 경정청구 대상이 아니다라는 이유로 같은 해 8. 29. 위 경정 청구를 거부하였다.

• 가. 청구의 취지 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동 통지처분을 취소하고 경정청구한 부가가치세를 환급하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구외 ㅇㅇㅇ가 실질적으로 경영하는 ㅇㅇ무역과 ㅇㅇㅇㅇ으로부터 유로폼 등의 건축자재를 실제로 매입하고 그 거래대금을 청구인이 발행한 약속어음으로 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받았는데도 이를 실물거래없이 발행한 허위의 세금계산서로 보아 이 사건 부과처분 및 소득금액변동 통지처분을 한 것과 그 거래금액에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하여 주지 아니하는 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 발행된 것인 지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 본점을 두고 1992. 6. 10. 설립된 법인으로서 철근콘크리트 공사업 등을 영위하고 있다.

2. 청구인은 청구인의 1998사업년도 결산서상 수입금액 20,763,882,813원에 대한 당기공사원가 20,101,847,631원으로 한 당기순이익 847,694원에 소득조정금액 941,814원(익금산입 1,707,145원, 손금산입 759,331원)을 가산한 1,795,508원을 과세표준으로 하여 산출한 법인세 287,281원을 1999. 3. 31. 자진신고납부하고, 1999사업년도 결산서상 수입금액 10,490,028,145원에 대한 당기공사원가 10,221,826,644원으로 한 당기순이익 8,611,240원에 소득조정금액 13,150,027원(익금산입 13,487,490원, 손금산입 697,463원)을 가산한 21,401,267원을 과세표준으로하여 산출한 법인세 3,424,202원을 2000. 3. 31. 자진신고 납부하였다.

(3) 청구외 ㅇㅇ세무서장은 2001. 1월경 쟁점세금계산서의 거래상대방중 하나인 청구외 ㅇㅇ무역에 대하여 자료상혐의로 조사를 하고 ㅇㅇ무역이 1998. 4. 1.부터 1998. 12. 31.까지 청구인 등 4개 업체에게 실물거래 없이 공급가액 2,005,963,000원인 세금계산서 18매(청구인분 1,459,285,486원, 10매)를 교부한 사실을 확인하고 ㅇㅇ무역을 자료상으로 확정한 후 ㅇㅇ무역과 그 실질 행위를 한 ㅇㅇㅇ를 조세범처벌법위반으로 ㅇㅇ경찰서에 2001. 6. 30. 고발하고, 같은 해 7. 14. ㅇㅇ무역과 거래한 업체의 관할세무서인 처분청 등에 과세자료를 통보하였다.

(4) 또한 처분청은 위 (3)항의 통보내용을 확인함과 동시에 2001. 9월경 ㅇㅇㅇㅇ에 대하여 자료상혐의로 조사를 하고 ㅇㅇㅇㅇ가 1999. 4. 1.부터 1999. 12. 31.까지 청구인 등 8개 업체에 대하여 실물거래 없이 공급가액 1,437,594,000원으로 된 세금계산서 70매(청구인분 507,373,070원, 7매)를 교부한 사실을 확인하고 ㅇㅇㅇㅇ를 자료상으로 확정한 후 ㅇㅇㅇㅇ와 그 실질 행위를 한 ㅇㅇㅇ를 조세범처벌법위반으로 ㅇㅇ경찰서에 2002. 2. 15. 고발하였다.

(5) 청구외 ㅇㅇ무역은 1995. 11. 21. 정밀기계 무역업 등을 사업목적으로 설립된 법인으로서 1998. 8. 20. 건축자재 판매업을 추가하였고, 청구외 윤ㅇㅇ이 위 법인을 경영하고 있던 중 1998. 3월경 청구외 ㅇㅇㅇ가 위 윤ㅇㅇ으로부터 위 법인을 아무런 대가없이 그 회사 명의를 이용하기 위하여 인수한 후 ㅇㅇ무역 명의로 세금계산서를 발행한 사실이 확인되고, 위 ㅇㅇㅇㅇ는 원목, 철강제조 및 판매업 등을 목적으로 설립한 법인으로서 위 ㅇㅇㅇ가 1999. 3. 17. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇㅇㅇ아파트 ㅇ동 ㅇ호에 사는 청구외 박ㅇㅇ의 명의를 빌려 그녀를 ㅇㅇㅇㅇ의 대표이사로 등기하였고 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇㅇㅇ 명의로 세금계산서를 발행한 사실이 처분청에 의하여 확인되었다.

(6) 처분청은 위 (3)항과 같이 청구외 ㅇㅇ세무서장으로부터 과세자료를 통보받고 청구인에 대한 세무조사를 하여 청구인이 건축자재를 실제로 매입하지 않고 자료상으로 확정된 위 ㅇㅇ무역과 ㅇㅇㅇㅇ으로부터 1998. 4. 30.부터 1999. 10. 30.까지 쟁점세금계산서(공급가액 1,966,658,556원)를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실을 확인하고 청구인이 당초 신고한 1998사업연도 소득금액에 위 쟁점세금계산서중 1998년도 매입액(부가가치세 포함) 1,605,214,034원을 추가로 익금산입하는 등으로 1998사업연도 법인세 606,869,390원을, 1999사업연도 소득금액에 위 쟁점세금계산서중 1999년도 매입액(부가가치세 포함) 558,110,337원을 추가로 익금산입하는 등으로 1999사업연도 법인세 211,847,295원을 2002. 7. 1. 청구인에게 각각 부과고지하고, 1998사업연도에 익금산입한 1,605,214,034원과 1999사업연도에 익금산입한 558,110,377원 합계 2,163,324,411원에 상당하는 금액을 당시 대표이사인 청구외 김ㅇㅇ에게 상여금으로 지급한 것으로 보아 같은 달 2. 청구인에게 소득세를 원천징수하여 납부하도록 소득금액변동사항을 통지하였다.

(7) 청구인은 쟁점세금계산서를 발행한 위 ㅇㅇ무역과 ㅇㅇㅇㅇ가 자료상혐의로 세무조사를 받게되자 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제한 후 부가가치세를 다시 산출하여 1998년 제1기 부가가치세 28,400,400원, 1998년 제2기 부가가치세 61,016,250원, 1999년 제1기 부가가치세 27,526,030원, 1999년 제2기 부가가치세 25,182,280원 합계 142,124,960원을 2002. 2. 5.자로 수정신고하고 같은 날 이를 추가납부하였다.

(8) 그 후 청구인은 건축자재를 실제로 매입하고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하며 처분청에 2002. 7. 10. 수정신고 납부한 부가가치세를 환급하여달라는 취지의 경정청구를 하자 처분청은 같은 해 8. 29. 이 사건 거부행위를 하였다.

(9) 청구인은 쟁점세금계산서를 수취하고 ㅇㅇ무역에게 지급금액 계 1,605,207,000원을 1998. 8. 19.부터 1999. 4. 23.까지 각각 지급일로 하는 약속어음 28매를 발행한 것으로 되어 있고, ㅇㅇㅇㅇ에게 지급금액 계 558,109,900원을 1999. 8. 25.부터 2000. 2. 27.까지 각각 지급일로 하는 약속어음 11매를 발행한 것으로 되어 있다.

(10) 청구인의 전 대표이사 김ㅇㅇ은 위와 같이 쟁점세금계산서의 공급가액과 부가가치세에 상당하는 금액을 지급금액으로 하는 약속어음을 발행하였고 그 약속어음에 위 ㅇㅇ무역 또는 ㅇㅇㅇㅇ의 명판 및 인감을 날인한 후에 이를 본인과 그의 처 이ㅇㅇ, 장모 송ㅇㅇ, 동생 김ㅇㅇ, 형 김ㅇㅇ, 처 이모 박ㅇㅇ 등 친인척으로부터 할인받아 현금으로 수령하였다고 주장하고 있으나 위 할인된 돈이 위 ㅇㅇ무역 또는 ㅇㅇㅇㅇ이나 ㅇㅇㅇ 등에게 지급되었는지 여부를 확인할 수 있는 금융자료 등 입증자료를 제시하지 아니하고 있다.

(11) 위 ㅇㅇㅇ는 위 (3)항의 조세범처벌법위반으로 기소되어 2003. 2. 11. ○○지방법원(사건번호 ㅇㅇ고단ㅇㅇ)에서 유죄판결을 받고 항소하여 재판결과 2003. 7. 23. ○○지방법원(사건번호 ㅇㅇ노ㅇㅇ)에서ㅇㅇㅇ가 청구인 등에게 철자재 및 합판을 공급한 적이 없음에도 공급한 것처럼 허위 내용의 세금계산서를 교부하였다는 범죄사실이 인정되어 유죄판결을 받았다.

• 다. 관계법령의 규정 (1) 부가가치세법 제17조 제1항 에는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항에는 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 그 제1의2호에 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재 사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액이라고 열거하고 있다. (2) 부가가치세법 제21조 제1항 에는 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다고 규정하고 그 제2호에 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때라고 열거하고 있다.

(3) 구 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 그 제1호에 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때라고 열거하고 있다. (4) 법인세법 제66조 제2항 제1호 에는 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있다. (5) 법인세법 제67조 에는 제66조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다고 규정하고 있다. (6) 법인세법시행령 제106조 제1항 제1호 에는 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 처분하되 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있으며 그 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 하고 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 처분하도록 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 인정사실에서 본바와 같이 쟁점세금계산서를 교부한 ㅇㅇ무역과 ㅇㅇㅇㅇ가 자료상으로 고발된 점, ㅇㅇ무역 대리 박ㅇㅇ의 진술에 의하면 ㅇㅇ무역은 그 영업의 내용이 일회용 라이터와 판촉물을 중국에서 수입하여 국내 판매회사에 납품을 하였을 뿐 1997. 10.부터 1998. 10.까지 구입하여 판매한 제품에는 건축자재는 전혀 없었다고 진술한 점, 법원으로부터 위 세금계산서를 발행한 ㅇㅇㅇ가 실물거래 없이 허위로 쟁점세금계산서 등을 발행한 죄로 유죄판결을 받은 점, 청구외 ㅇㅇㅇ는 덤핑 건축자재의 경우 아무런 거래내역을 남기지 않기 위하여 현금 거래를 하는 것이라고 주장하면서도 건축자재를 거래한 쟁점세금계산서만큼은 꼬박꼬박 발행하면서 거래하였다는 상반된 주장을 하고 있는 것으로서 이는 믿기 어려운 점, 청구인이 건축자재대금으로 지급한 지급금액 2,163,324,411원인 약속어음 39매를 청구인의 대표이사 및 대표이사의 친인척 등으로부터 전부 할인받았다는 것은 납득하기 어렵고 그 매매대금이 매도인에게 지급된 사실이 금융자료 등에 의하여 확인되지 아니하는 점, 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 그 교부자인 ㅇㅇ무역과 ㅇㅇㅇㅇ에 대한 세무조사가 실시되자 쟁점세금계산서로 이미 매입세액을 공제받은 것은 잘못이라고 보아 2002. 2. 5. 1998년 제1기부터 1999년 제2기까지 부가가치세 142,124,960원을 수정신고․납부하였던 점 등을 종합하여보면 청구인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 허위로 교부받았다고 볼 수 밖에 없다할 것이다. 따라서 이 사건 부과처분 및 이 사건 소득금액변동 통지처분이 위법하고 쟁점세금계산서의 거래금액에 대한 매입세액을 공제하여주지 아니하는 것은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다할 것이다.

그렇다면 처분청이 쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 세금계산서를 수취하였다고 보아 한 이 사건 부과처분 및 소득금액변동 통지처분과 부가가치세 매입세액을 공제하여주지 아니한 것은 정당하고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.