3. 우리 원의 판단
- 가. 다툼 같은 법인의 다른 사업장 명의로 잘못 교부된 세금계산서를 과세기간 종료 후 실지거래가 있었던 사업장 명의로 다시 교부받아 매입세액을 추가 공제하는 것으로 경정청구 할 수 있는지 여부.
- 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
(1) 2002. 11. 15. 청구인은 이 사건 공급자와 이 사건 ㅇㅇ사업장의 난방설비 보수공사를 2002. 11. 15.부터 같은 해 12. 14.까지 계약금액 283,140, 000원(공급가액: 257,400,000원, 부가가치세:25,740,000원)에 계약하여 약정일에 준공하고 공사대금은 2002. 12. 31. 지급하였다.
(2) 2002. 12. 14. 이 사건 공급자가 위(1)항의 거래와 관련하여 세금계산서를 발행하면서 공급받는 자를 이 사건 ○○사업장으로 기재하였고, 청구인은 위 세금계산서를 이 사건 ○○사업장 관할인 ㅇㅇ세무서에 2002년 제2기 부가가치세확정신고 시 매입금액 및 매입세액 공제내역에 포함하여 신고하였다.
(3) 2003. 2. 6. ㅇㅇ세무서장은 청구인이 이 사건 공급자가 실제 거래내용과 달리 이 사건 ○○사업장에 공급한 것처럼 잘못 발행한 세금계산서을 첨부하여 신고한 것을 발견하고 해당 매입세액공제를 부인하여 2002년도 2기분 부가가치세 환급세액을 경정(감액)하였다.
(4) 청구인은 2003. 2. 6. 이후(일자미상) 이 사건 공급자로부터 세금계산서를 다시 발급 받아 2003. 2. 25.이 사건 사업장의 2002년 제2기 부가가치세 매입세액 공제금액에 포함시켜 달라는 경정청구를 하였으나 처분청은 그 세금계산서가 경정결정 이후에 교부된 수정세금계산서이므로 경정청구 한 매입세액은 공제 받을 수 없는 것이라고 2003. 4. 16. 청구인에게 통보하였다.
- 다. 관계 법령 및 규정 (1) 부가가치세법 제3조 제1항 에는 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음과 같다 라고 하면서 제1기:1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기:7월 1일부터 12월 31일까지로 규정하고 있고, 제4조 제1항에는 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다 라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제9조 제2항 에는 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다 라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 제16조 제1항 에는 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제59조에는 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정 사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것으로 규정하고 있다. (4) 부가가치세법 제17조 제2항 에는 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 그 제1호의2에 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액, 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다 라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제2항에는 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다 라고 규정하면서 그 제3호에 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우로 정하고 있다. (5) 국세기본법 제45조의2 제1항 에는 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 하면서 그 제2호에 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때로 정하고있다.
- 라. 판단 이건 다툼은 거래사실과 달리 타 사업장을 공급받는 자로 하여 교부된 세금계산서의 매입세액을 그 사업장 관할세무서장에게 부가가치세신고시 매입세액에 포함시켰다가 이를 부인(경정) 당한 후 실 거래 사업장을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 재교부 받아 경정청구기간 안에 관할세무서장에게 경정 청구한 경우 실제 거래 사업장의 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부에 있다 할 것이므로 이에 대하여 살펴본다. 위 관계법령을 종합하여 보면 세금계산서는 재화나 용역을 공급하는 때에 교부하는 것으로 규정하고 있고, 이미 교부된 세금계산서에 한하여 기재내용에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 그 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 또한, 세금계산서를 교부받지 아니하거나 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였을 경우에는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우는 예외로 매입세액을 공제할 수 있도록 되어 있다. 그런데 이 사건의 경우 위 인정사실에서와 같이 이 사건 용역의 거래와 무관한 이 사건 ○○사업장을 공급받는 자로 세금계산서를 교부받아 그 사업장의 매입세액으로 부가가치세를 신고하였다가 부인(경정)당하자 이 사건 ㅇㅇ사업장에서는 이 사건 용역을 공급받은 2002. 12. 14. 또는 그 과세기간이 속하는 2002. 12. 31.까지도 세금계산서를 교부받지 아니 하였다가 2003. 2. 6.이후에 이 사건 공급자로부터 세금계산서를 다시 교부받아 처분청에 2002년도 제2기 부가가치세를 경정(환급)청구 한 것임을 알 수 있다. 살피건대 부가가치세는 사업장별 과세를 원칙으로 하는 것으로서 청구인은 이 사건 용역을 공급받을 시기에 이 사건 ㅇㅇ사업장을 공급받는 자로 된 세금계산서를 교부받은 사실이 없고, 그 공급시기가 속하는 과세기간의 종료시점(2002. 12. 31.)까지도 세금계산서를 교부받지 아니하다가 그 과세기간이 지난 2003. 2. 6.이후(일자미상) 공급일자를 2002. 12. 14.로 소급한 세금계산서를 새로이 교부받은 이상 그 세금계산서는 매입세액을 공제 받을 수 있는 세금계산서가 아니라 할 것이고, 수정세금계산서는 이미 교부받은 세금계산서의 기재사항에 착오 또는 오류사항이 있는 경우에 한하는 것이나 이 사건 ㅇㅇ사업장을 공급받는 자로 하여 새로이 교부받은 세금계산서는 당초의 세금계산서와 공급받는 자를 달리하여 교부받은 것으로서 기재사항의 착오에 의한 것이라고 보기 어려우므로 이를 수정세금계산서라고 볼 수도 없다 할 것이다. 한편 청구인은 부가가치세법령의 규정상 경정결정이 있기 전까지는 수정세금계산서를 교부받을 수 있고 이 사건 ㅇㅇ사업장은 사업장단위로 판단한다면 경정결정을 받은 사실이 없으므로 이 사건 ㅇㅇ사업장이 교부받은 세금계산서를 수정세금계산서로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나 위에서 살펴본 바와 같은 사유만으로 이를 수정세금계산서라고 인정할 수 없는 한 청구인의 주장은 더 이상 살펴볼 필요도 없다 할 것이다. 따라서 새로이 교부받은 세금계산서를 수정세금계산서로 보아 그 매입세액을 이 사건 ㅇㅇ사업장의 매입세액으로 인정하여 2002년 제2기 부가가치세를 경정(환급)하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.