대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 것을 알 수 없는 정당한 사유가 있었는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 목기공예품의 제조업체로서 1999. 10. 1.부터 2000. 9. 30.까지 사업년도분에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 법인세 29,867,060원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 위 사업년도에 청구인이 공장으로 사용하던 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇ리 ○○번지 외 1필지 토지 계 3,748㎡(이하 이 사건 토지라 한다) 및 동 지상건물 3,023.07㎡(이하 이 사건 건물이라 한다)를 ㅇㅇㅇㅇ공사에 양도하고서도 이를 신고하지 아니한 데 대하여 이 사건 토지의 양도시기를 등기접수일(2000. 7. 27.)로 하여 2002. 8. 1. 법인세 317,778,332원 및 특별부가세 110,727,469원 계 428,505,801원을 결정결의하고 428,505,800원을 부과하였다.(이하 이 사건 부과처분이라 한다)

• 가. 청구취지 이 사건 토지의 양도시기는 등기접수일이 아니라 잔금청산일로 하여야 하므로 이 사건 부동산의 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 이 사건 토지에 대하여 2000. 7. 20. 그 대금을 1,117,963,000원으로 보상합의가 이루어진 후 2000. 8. 1.자에 1,067,963,000원을 수령하고 2001. 10. 9. 나머지 50,000,000원을 수령하였으며, 이 사건 토지에 대한 대금청산 후인 2001. 10. 20.까지 그 지상 건물에서 제품제조활동을 계속하였으므로 대금청산일인 2001. 10. 9.을 이 사건 토지의 양도시기로 보아야 한다.

(2) 따라서 이 사건 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 다툼 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우 양도시기를 등기접수일로 하여야 하는지 대금청산일로 하여야 하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 목기공예품의 제조업체로 1999. 10. 1.부터 2000. 9. 30.까지 사업년도분에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 법인세 29,867,060원을 납부하였다. (2) 택지개발촉진법 제8조 와 같은 법 시행령 제18조의 규정에 의하여 ㅇㅇ도지사로부터 제1999-510호(2000. 1. 10.)로 개발계획 승인된 ㅇㅇㅇㅇ지구 조성사업 시행에 편입되는 이 사건 토지에 관하여 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사와 2000. 7. 25. 용지 매도 계약(이하 이 사건 계약이라 한다)을 체결하고 매매대금을 1,117,963,000원으로 하며 매매대금 중 50,000,000원은 지장물 이전 완료시까지 지급을 유예하기로 하였다.

(3) ㅇㅇㅇㅇ공사는 청구인으로부터 수령한 등기권리증 등을 ㅇㅇㅇㅇ법원 ㅇㅇ등기소에 제출하여 이 사건 토지에 대하여 2000. 7. 27. 자로 소유권이전등기를 경료한 후 같은 해 8. 1. 위 매매대금 중 지급유보액 50,000,000원을 제외한 나머지 1,067,963,000원을 청구인에게 지급하였으며 2001. 10. 9. 이 사건 토지에 소재하는 지장물이 이전 완료되자 위 지급 유보액 50,000,000원을 청구인에게 지급하였다.

(4) 처분청은 2002. 8. 1. 등기접수일인 2000. 7. 27. 이 사건 토지를 양도한 것으로 보고 이 사건 토지와 건물에 대한 양도차익을 632,479,984원으로 산정하여 법인세 317,778,332원(가산세 103,084,349원 포함)과 특별부가세 110,727,469원(가산세 39,573,478원 포함) 계 428,505,801원을 결정결의하고 428,505,800원을 부과하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정하기 전의 것, 이하 구 법인세법이라 한다) 제99조 제6항은 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 되어 있고 구 법인세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정하기 전의 것) 제140조 제5항에 따르면 소득세법시행령 제162조 의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여 이를 준용한다고 되어 있다.

(2) 구 소득세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정하기 전의 것, 이하 구 소득세법시행령이라 한다) 제162조 제1항에 따르면 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 되어 있고 그 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일이라고 되어 있다.

• 라. 판단 이 사건의 다툼은 이 사건 토지의 양도시기를 등기접수일과 대금청산일 중 어느 것으로 하여야 하는지와 청구인이 이 사건 토지의 양도에 대한 신고를 하지 않은 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 청구인은 이 사건 토지 상에 소재하는 지장물 철거 후 ㅇㅇㅇㅇ공사가 지급유예한 50,000,000원을 지급한 일자(2001. 10. 9.)를 대금청산일이라고 주장하고 있으나 이 사건 계약에 따르면 위 대금은 이 사건 토지상의 지장물 철거이행을 담보하기 위한 성격의 것이어서 이를 순수한 토지 매매대금이라고 보기 어렵다. 다음으로 이 사건 토지의 양도시기는 등기접수일이 아니고 대금청산일로 하여야 한다는 청구인 주장은 구 법인세법에서 준용되는 구 소득세법시행령 제162조 제1항 제2호 의 규정에 의하면 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우 부동산 양도시기는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 되어 있어서 받아들일 수 없다할 것이다. 마지막으로 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 ㅇㅇㅇㅇ공사에 보상금 수령을 위한 관련서류만을 제공하였고 ㅇㅇㅇㅇ공사가 이 서류에 의하여 청구인과 협의없이 임의로 이 사건 부동산 소유권을 이전한 것이라고 주장하고 있다. 그러나 보상금 수령을 위한 서류를 제출하면서 부동산 소유권 이전에 관한 모든 서류를 ㅇㅇㅇㅇ공사에 제출하였으므로 ㅇㅇㅇㅇ공사가 청구인과 협의없이 임의로 이 사건 부동산 소유권을 이전하였다는 주장을 받아들일 수 없다. 따라서 이 사건 토지의 양도에 대한 신고를 하지 않은 데 정당한 사유가 없다 할 것이어서 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지의 등기접수일을 양도시기로 보아 청구인에 대하여 법인세 및 특별부가세를 부과한 이 사건 부과처분에 아무런 잘못이 없고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.