용도변경된 선박 잔존유에 대하여 비과세관행이 있다고 볼 것인지 여부

처분청이 2001. 7. 4.자로 청구인에 대하여 한 2000․2001년도 귀속 교통세 54,112,430원, 교육세 7,067,280원 등 합계 61,179,710원의 부과처분을 각 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 외항운항을 위하여 면세유를 공급받고 외항 항차 종료 후 내항선으로 자격변경한 후 수입․통관절차에 의하여 잔존 선박유를 반입하였다.
• 나. 청구인이 2000. 10. 5. ㅇㅇ세관장의 승인을 얻어 청구법인 “ㅇㅇㅇ”의 현자격 외국무역선을 내항선으로 변경하고 자격변경시 선박 잔존유 74,500ℓ를 보세구역 반출절차에 의하여 통관하는 등 2000. 10. 5.부터 2001. 5. 25.까지 21회에 걸쳐 선박 잔존유를 반입한 것에 대하여 2001. 7. 4. 용도변경(외항에서 내항)한 선박 잔존유에 포함된 경유 부분에 대한 교통세 54,112,430원(가산세 6,997,240원 포함), 교육세 7,067,280원 등 합계 61,179,710원을 부과․고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 선박 잔존유에 대하여 부과․고지한 교통세 등을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 외항선에서의 면세유 통관은 관세율표 번호의 품목분류에 따라 수십년동안 수백척의 선박들이 자격변경시(외항선에서 내항선) 적법하게 통관하였는데도, 국세청에서 새로운 해석에 의하여 선박 잔존유에 대하여 교통세를 과세하는 것은 소급과세이므로 이 사건 부과처분을 취소하여야 한다.

(2) 수입신고 시점의 물품의 성질과 수량에 따라 부과되는 선박 잔존유(MDO와 MFO)에 대하여 경유와 중유로 분리하여 과세하는 것은 타당하지 아니하므로 이 사건 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 다툼 용도변경된 선박 잔존유에 대하여 비과세관행이 있다고 볼 것인지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 선박에 공급하는 선박유의 성격은 다음과 같다. (가) 선박유 사용은 순수한 경유, 중유를 사용하지 않고 경유와 중유를 혼합한 혼합유를 사용하고 있으며 경유를 높은 비율로 혼합하면 MDO(Marine Diesel Oil)계열의 제품(이하 MDO라 한다)이라 하고, 중유를 높은 비율로 혼합하면 MFO(Marine Fuel Oil)계열의 제품(이하 MFO라 한다)이라 하고 있다. (나) 석유사업법은 휘발유․등유․경유․중유․윤활유 등을 석유제품이라 정의하고 있으며, 정유회사들은 완제품으로 MDO는 1종, MFO는 10종(경유비율 1.6%에서 38.3%)을 판매하고 있다.

(2) 이 사건 선박유의 공급과 잔존유 발생․통관과정은 다음과 같다. (가) 청구인은 외항항차를 위하여 정유회사에 MDO 또는 MFO를 주문하면 정유회사는 항만의 유류혼합(블렌딩)시설을 이용하여 청구인의 주문에 맞는 제품으로 경유와 중유를 혼합하여 선박유를 공급한다. (나) 청구인은 외항항차 종료후 적재한 선박유가 남을 경우 내항선으로 자격변경시 관세법에 따라 용도변경하고 2000. 10. 5.부터 2001. 5. 25. 까지 21회에 걸쳐서 통관하였다.

(3) 청구인은 1999. 8. 17. 외항항차후 남은 선박유에 대한 교통세 부과 대상여부에 관하여 관세청에 질의(동해해기 제21호)하여 경유(26.3%)와 중유(73.7%)를 혼합하여 생산된 제품(ㅇㅇ)인 질의물품은 관세율표번호 000.00.0000호에 분류되며 관세는 수입신고 시점의 물품의 질과 그 수량에 따라 부과되는 바 동 물품을 “경유”와 “중유”로 분리과세함은 타당하지 아니하고 따라서 “교통세” 부과대상에도 해당하지 아니합니다라고 하는 회신을 받았다.(1999. 10. 23. 관세청 통관 00000-0000)

(4) 청구인은 외항항차 종료후 남은 선박유 MFO에 대하여 관세법 별표 관세율표의 해석에 관한 통칙과 위 질의회신에 근거하여 위 선박유를 중유(HSK번호: 000.00.0000)로 분류하여 수입신고를 한 후 관세(5%)와 부가가치세(10%)를 납부하고 위 물품을 통관하였다.

(5) 교통세법이 시행된 1994. 1. 1. 이후부터 이 사건 부과처분 이전에 선박 잔존유를 용도변경한 것에 대하여 교통세를 과세한 사실은 없으며 이 사건 부과처분 이후에 동일한 유사사안에 대하여 과세한 사실도 없다.

(6) 이 사건 부과처분을 한 경위는 다음과 같다. (가) ㅇㅇ세관과 ㅇㅇㅇㅇ국세청은 외항항차후 내항선으로 자격변경한 “ㅇㅇㅇ” 등 청구인 소유 선박 4척(ㅇㅇ호,ㅇㅇ호, ㅇㅇ호)의 자격변경시 잔존유 수량을 ㅇㅇㅇ세무서에 통보 하였다. (나) 처분청은 면세로 공급받은 후 남은 선박유 MFO 50,000ℓ의 경유비율(25.8%)을 곱하여 산출한 12,900ℓ에 대하여 ℓ당 155원의 교통세를 부과하는 방식으로 2000. 10. 5. 부터 2001. 5. 25.까지 외국무역선으로부터 내항선으로 자격변경후 21회의 수입신고에 걸쳐 통관한 선박 잔존유(MFO)에 포함된 경유 303,969ℓ(경유비율 4.75%에서 28.2%)에 대하여 교통세 54,112,430원(가산세 6,997,240원 포함)과 교육세 7,067,280원 합계 61,179,710원을 부과․고지하였다.

(7) 이 사건 부과처분과 관련한 관련기관의 처리경위를 보면 다음과 같다. (가) 2001. 6. 13. ㅇㅇㅇㅇ조합은 선박잔존유 교통세 부과에 관하여 국세청 법인납세국장에게 질의(ㅇㅇ조합 경영조사 1304-2371, 내용: 자격변경시 잔존유류에 대하여 관세법에 따라 적법하게 통관하여 왔으나 최근 새로운 해석에 의하여 잔존유류에 대한 분리과세 및 소급과세를 추진하는 것은 정부와 국민간의 조세제도에 대한 신뢰를 무너뜨리는 것이어서 선박의 자격변경시 잔존유류 과세부과에 관하여 질의함)를 하였고 2001. 8. 28. 선박의 자격변경시 잔존유에 대한 교통세 부과에 관한 의견조회가 ㅇㅇ상담센터에 접수되어 위 센터는 국세청 소비세과장에게 의견을 재조회하였다.(서삼 00000-00000) (나) 국세청장은 2001. 9. 7. 재정경제부장관에게 동 건과 관련하여 “선박의 자격변경시 잔존유에 대하여 적용하여야 할 법”이 조건부 면세 용도변경(교통세법 제15조 제2항과 같은 법 시행령 제23조 제1항)인지 무조건면세(교통세법 제16조 제2호)인지에 관하여 질의를 하였다.(국세청 소비 00000-000) (다) 재정경제부장관은 2002. 11. 1. 위 국세청장의 질의에 대하여 내항선박으로서 외국항행을 조건으로 면세유를 공급받은 선박이 외국항행후 국내에 입항하는 경우 당해 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 교통세법 제15조 제2항 및 동법시행령 제23조 제1항 제3호에서 정하고 있는 내항선박에 대한 면세유 공급조건인 외국항행이 종료된 것이므로 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 교통세가 과세되는 것으로 회신하였다.(소비 00000-000) (라) 해양수산부에서 재정경제부에 제출한 자료에 의하면 이 사건을 제외하고 2002. 1. 현재 선박 자격변경으로 인한 잔존유에 대한 부과 건은 없으며 분리․소급과세를 하는 경우 상당한 경제적 부담이 52개 해운회사에 돌아가는 것으로 추정하고 있다.(약 200억 원 정도의 과세를 추정하고 있음) (마) 국세청장은 2003. 1. 9. 이 사건 부과처분의 사무관할 주체가 관할세관장인지(교통세법상 조건부면세의 사후관리원칙, 업무의 실질성과 납세자의 편의성을 고려할 때 부과․징수권자는 관할세관장이 타당함) 관할세무서장인지(교통세는 관련세법이 내국세 해당세목으로 외국항행선박․원양어업선박․항공기 등에 사용하는 석유류를 조건부면세 승인신청 절차를 거쳐 승인을 받은 후에 용도를 변경하였거나 양도하였을 경우에 세관장도 당해 사실을 증명하는 자로 보아 국세청장에게 통지할 수 있으므로 관할세무서장이 타당함)에 관하여 재정경제부장관에게 질의를 하였으나 재정경제부장관은 2003. 6 현재 위 질의에 대하여 회신하지 못하고 있다.

• 다. 관계 규정

(1) 교통세법 제2조 제2항에서 교통세를 부과할 물품의 세목과 종류는 대통령령으로 정한다라고 하고 같은 법 시행령 제3조 제2호에서 경유 및 이와 유사한 대체유류를 과세물품으로 하면서 같은 법 시행령 제3조의2 제2호에서 경유인 경우에 리터당 155원의 탄력세율을 정하고 있다.

(2) 교통세법 제2조 제4항에서 과세물품의 판정은 그 명칭 여하에 불구하고 당해 물품의 형태․용도․성질 기타 중요한 특성에 의한다고 되어 있고 같은 법 제5항에서 과세물품이 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 구분된 2이상의 물품에 해당하는 경우에는 당해 물품의 특성에 따라 이를 판정하고, 그 특성이 명확하지 아니한 경우에는 주된 용도에 따라 판정하며, 특성과 주된 용도가 명확하지 아니한 경우에는 높은 세율이 적용되는 물품으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 교통세법 제3조에서 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교통세를 납부할 의무가 있다고 하고 그 제2호에서 제2조 제1항의 규정에 의한 물품을 관세법에 의한 보세구역으로부터 반출하는 자를 정하고 있다.

(4) 교통세법 제15조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 물품에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장 또는 세관장의 승인을 얻은 경우에는 교통세를 면제한다고 조건부면세를 규정하면서 그 제3호에서 의료용․의약품제조용․농약제조용 또는 석유화학공업용 원료로 사용하는 것과 외국항행선박․원양어업선박 또는 항공기에 사용하는 것을 정하고 있다.

(5) 교통세법 제16조에서 다음 각호의 1에 해당하는 물품에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장 또는 세관장의 승인을 얻은 경우에는 교통세를 면제한다고 규정하면서 그 제2호에서 외국무역선 또는 원양어업선박이 세관장의 승인을 얻어 내국무역선이 된 경우에 선박에 적재된 것으로서 그 선박 안에서 사용할 것으로 인정되는 연료 중 관세가 부과되지 아니한 것을 들고 있다.

(6) 교통세법시행령 제22조에서 법 제15조 제1항 각호 또는 제16조 각호의 규정에 의하여 면세를 받고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 신청서를 당해 물품을 반출할 때에(수입물품인 경우에는 그 수입신고시부터 수입면허 전까지) 관할세무서장 또는 세관장에게 제출하여 그 승인을 얻어야 한다고 규정하면서 다음 각호에서 1. 신청인의 주소․성명․명칭․주민등록번호 또는 사업자등록번호 2. 반출장소 3. 품명․수량․규격․단가․가격 및 세액 4. 반입장소 5. 반입자의 주소․성명 및 명칭 6. 반출예정연월일 7. 반입증명서 또는 선(기)적증명서 제출기한 8. 신청사유 9. 기타 참고사항을 정하고 있다.

(7) 교통세법시행령 제23조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법 제15조 제2항의 규정에 의하여 당해 반입자로부터 교통세를 징수한다고 하면서 그 제3호에서 법 제15조 제1항 제3호 중 외국항행선박 및 원양어업선박에 사용하는 석유류에 있어서는 제17조 제2항 단서의 규정에 의한 선적허가서 또는 반입보고서를 제출한 후 그 용도를 변경하거나 양도한 때를 정하고 있다.

(8) 교통세법 제24조에 의하면보세구역으로부터 반출하거나 보세공장으로 반입한 물품의 부과징수에 관한 사무는 보세구역의 관할세관장이 처리한다고 되어 있다. (9) 국세기본법 제18조 제3항 은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 관세법 제5조 제2항 은이 법의 해석이나 관세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. (10) 관세법 제144조 의 규정에 의하면 외국무역선 또는 외국무역기를 내항선 또는 내항기로 전환하거나, 내항선 또는 내항기를 외국무역선 또는 외국무역기로 전환하고자 하는 때에는 선장 또는 기장은 세관장의 승인을 얻어야 한다고 되어 있다. (11) 관세법 별표 관세율표의 해석에 관한 통칙 제2호에서 제1호에 의하여 분류하기 어려운 물품으로 혼합물 또는 복합물을 들고 있으며 제3호에서 이 통칙 제2호의 나 또는 기타 다른 이유로 동일한 물품이 둘 이상의 호에 분류되는 것으로 볼 수 있는 경우의 품목분류는 다음의 규정하는 바에 따른다 고 하면서 그 나호에서 혼합물, 서로 다른 재료로 구성되거나 서로 다른 구성요소로 제조된 복합물과 소매용으로 하기 위하여 세트로 된 물품으로서 가의 규정에 따라 분류할 수 없는 것은 가능한 한 이들 물품에 본질적인 특성을 부여하는 재료 또는 구성요소로 구성된 것으로 취급하여 분류한다고 하고 다호에서 가 또는 나의 규정에 따라 분류할 수 없는 물품은 동일하게 분류가 가능한 호 중에서 그 순서상 최종 호에 분류한다고 규정하고 있다. (12) 교육세법 제5조 제1항 제3호 에서 교통세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 특별소비세액의 100분의 15를 교육세의 과세표준과 세율로 정하고 있다.

• 라. 판단 이 사건은 선박의 자격변경(외항선에서 내항선으로 변경)에 따라 용도변경한 선박잔존유에 대하여 교통세를 부과하는 것이 국세기본법 제18조 제3항 에서 규정하는 소급과세금지 규정에 저촉되는지 여부에 관한 것으로 이 사건의 쟁점은 용도변경한 선박잔존유에 대하여 비과세관행의 성립여부라 할 것이다. 청구인은 위 선박잔존유는 수입신고로 통관하였고 관계규정(11)에서와 같은 관세청 품목분류에 따라 중유로 신고하였을 뿐 아니라 관세청 회신에 근거[경유(26.3%)와 중유(73.7%)를 혼합하여 생산된 제품(ㅇㅇ)인 질의물품은 관세율표번호 000.00.0000호에 분류되며 관세는 수입신고 시점의 물품의 질과 그 수량에 따라 부과되는 바 동 물품을 “경유”와 “중유”로 분리과세함은 타당하지 아니하고 따라서 “교통세” 부과대상에도 해당하지 아니합니다]하여 통관하였으므로 위 선박잔존유에 대하여 과세하는 것은 소급과세에 해당한다고 주장한다. 이에 대하여 처분청은 위 선박 잔존유는 당초 조건부면세에 해당되는 선용품으로 적재된 것이고 외항항차가 종료된 후 용도변경된 것이므로 위 선박잔존유를 반입하는 자에 대하여 교통세법 제15조 제2항의 규정에 따라 교통세를 징수하여야 한다고 주장한다. 살피건대 국세기본법 제18조 제3항 의 규정이 정하는 신의측 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니 하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다 할 것이다. 그런데 관계법령과 인정사실에서 본 바와 같이 교통세 과세대상은 교통세법 제2조에서 “경유 및 이와 유사한 대체유류”를 정하고 있으며 같은 법 제3조에서 “교통세 과세대상 물품을 관세법에 의한 보세구역으로부터 반출하는 자”를 교통세 납세의무자에 포함하고 있으며 같은 법 시행령 제23조 제1항은 “조건부 면세물품의 반입자”에 대하여 교통세를 징수하도록 되어 있으나 1994. 1. 1. 이후부터 이 사건 부과처분 이전에 선박잔존유를 용도변경한 것에 대하여 과세한 사실은 없으며 이 사건 부과처분 이후에 동일한 유사사안에 대하여 과세한 사실도 없다. 또한 청구인은 인정사실(3)과 같이 관세청으로부터 이 사건 선박 잔존유는 중유로 분류되고 교통세 납부대상이 아니라는 회신을 믿고 이에 따라 계속하여 같은 방법으로 이 사건 선박 잔존유를 반입하였고 국세청장은 이 사건 부과처분 이후에 이 사건 부과처분의 사무관할이 국세청인지 관세청인지에 대하여 재정경제부장관에게 질의하여 2003. 6. 현재까지 사무관할이 누구인지에 관하여 회신을 받지 못하고 있다. 이상에서 살펴본 바와 같이 이 사건 잔존유의 통관에 있어서 관세청장의 회신을 얻은 사항은 과세관청(관세청이 이 사건 부과처분의 사무관할 기관인지 불분명하지만 청구인의 입장에서 관세청이 이 사건 부과처분의 권한있는 기관으로 보는데 대하여 잘못이 있다 할 수 없다)이 이 사건 잔존유에 대하여 과세할 수 없음을 명시적으로 표시한 특별한 사정이라 할 것이고, 청구인이 이와 같은 회신을 믿고 계속하여 같은 방법으로 선박잔존유를 반입한 점, 교통세법이 시행된 이후 이 사건 잔존유에 대하여 교통세를 부과하고 있지 않는 것이 장기간에 걸쳐 일어난 객관적인 사실인 점을 종합하여 볼 때 이 사건 선박잔존유의 반입시 교통세를 납부하지 아니하는 비과세관행이 성립되었다할 것이다. 따라서 이 사건 교통세 부과가 교통세법에 규정되어 있을지라도 “이 사건 부과처분은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에 새로운 해석에 의하여 과세한 것” 이어서 경유와 중유를 분리하여 과세한 이 사건 처분이 타당한 것인지 살펴볼 필요도 없이 이 사건 부과처분은 국세기본법 제18조 제3항 의 소급과세 금지규정에 위반된다 할 것이다.

그렇다면 처분청에서 청구인이 선박자격변경 후 수입통관한 잔존유에 대하여 교통세 등을 부과처분한 것은 부당하다 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.