부가가치세 신고납부업무를 대행한 회사의 부당한 매입세액공제의 납세의무자의 책임

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 청구외 ㅇㅇㅇㅇ중기(주) 및 (주) ㅇㅇ건설기계 등으로부터 실물거래없이 가공세금계산서를 교부받아 부당하게 매입세액공제를 받았다는 사유로 청구인에게 1999사업연도 제2기분 부가가치세 4,009,970원(가산금 200,490원 제외), 2000사업연도 제1기분 부가가치세 6,115,720원(가산금 305,780원 제외), 2001사업연도 제1기분 부가가치세 3,571,970원(가산금 178,590원 제외), 2001사업연도 제2기분 부가가치세 2,666,600원(가산금 133,330원 제외)을 각 2002. 11. 1.자로 경정하여 부과고지하였다.(이하 “이 사건 각 부과처분” 이라 한다).

• 가. 청구취지 이 사건 각 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 소유하고 있는 중기를 지입한 회사가 지입차주인 청구인의 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하기로 하였는데 지입회사를 실질적으로 운영하는 청구외 ㅇㅇㅇ와 청구외 ㅇㅇㅇ가 청구인의 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하면서 청구인의 승낙없이 임의로 가공매입세금계산서를 수취하여 부당하게 매입세액공제를 받았다. 따라서 청구인은 이러한 사실을 알지 못하였고 알지 못한 것에 대하여 과실이 없으므로 처분청이 부당하게 매입세액공제를 받았다는 사유로 청구인에게 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하는 회사의 부당한 매입세액공제에 대하여 부가가치세 납세의무자의 책임 유무
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 굴삭기[○○00사0000 (이후 ○○00아0000로 변경), 형식: ○○, 규격: 28.300톤 차대일련번호: ○○, 년식:1997년]를 취득하여 1997. 11. 20. 청구인 명의로 신규등록한 후 같은 날 위 굴삭기를 ㅇㅇㅇㅇ(주)에 지입하였다.

(2) 청구인은 지입회사 명의로 건설기계대여업을 영위하는 지입차주로서 사업개시 당시 일반과세자로 사업자등록을 하고 건설기계대여업을 운영하였다.

(3) 청구인은 지입회사를 1999. 3. 16. ㅇㅇㅇㅇ통운(주)로, 1999. 5. 19. ㅇㅇㅇㅇ중기(주)로, 2000. 8. 17. ㅇㅇㅇㅇ중기(주)로 각 변경하였다.

(4) 청구인은 2000. 1. 25. 1999사업연도 제2기 부가가치세를 신고하면서 매출세액 7,169,900원, 매입세액 5,148,713원으로 하여 납부세액 2,021,187원을 신고하였고, 2000. 7. 25. 2000사업연도 제1기 부가가치세를 신고하면서 매출세액 5,622,500원, 매입세액 5,033,162원으로 하여 납부세액 589,338원을 신고하였으며, 2001. 7. 25. 2001사업연도 제1기 부가가치세를 신고하면서 매출세액 4,109,500원, 매입세액 3,628,034원으로 하여 납부세액 481,466원을 신고하였고, 2002. 1. 25. 2001사업연도 제2기 부가가치세를 신고하면서 매출세액 3,546,000원, 매입세액 2,243,490원으로 하여 납부세액 1,302,510원을 신고하였다.

(5) ㅇㅇ지방국세청장은 2002. 3. 18.부터 같은 해 5. 27.까지 청구외 ㅇㅇㅇㅇ중기(주) 등 15개 법인에 대한 특별세무조사를 한 결과 아래와 같은 사실을 확인하였다. (가) 청구외 ㅇㅇㅇ는 1998. 2. 5. ㅇㅇㅇㅇ통운(주)를 설립한 이후 ㅇㅇㅇㅇ통운(주)를 포함하여 자료상인 15개 중기관련법인의 명의로 개업과 폐업을 반복하면서 실물거래없는 가공세금계산서 120,884,202,000원을 발행하였을 뿐만 아니라 가공세금계산서 70,841,518,000원을 수수하였고, (나) 청구인은 1999사업연도 제2기에 자료상인 ㅇㅇㅇㅇ중기(주)로부터 가공세금계산서 3건(공급가액 계 23,512,000원)을, 2000사업연도 제1기에 위 (주) ㅇㅇ건설기계 및 ㅇㅇㅇㅇ기계(주)로부터 가공세금계산서 계 6건(공급가액 계 37,880,000원)을, 2001사업연도 제1기에 자료상인 (주) ㅇㅇ중기, ㅇㅇㅇㅇ중기(주) 및 ㅇㅇㅇㅇ중기(주)로부터 가공세금계산서 계 5건(공급가액 계 24,944,000원)을, 2001사업연도 제2기에 자료상인 (주) ㅇㅇ중기로부터 가공세금계산서 계 3건(공급가액 계 19,900,000원)을 각 수수하여 매입세액공제를 받았다.

(6) 이에 따라 처분청은 청구인이 청구외 ㅇㅇㅇㅇ중기(주) 및 (주) ㅇㅇ건설기계 등으로부터 실물거래없이 가공세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제받았다는 사유로 청구인에게 1999사업연도 제2기분 부가가치세 4,009,970원(가산금 200,490원 제외), 2000사업연도 제1기분 부가가치세 6,115,720원(가산금 305,780원 제외), 2001사업연도 제1기분 부가가치세 3,571,970원(가산금 178,590원 제외), 2001사업연도 제2기분 부가가치세 2,666,600원(가산금 133,330원 제외)을 각 2002. 11. 1.자로 경정하여 추가로 부과고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제19조 제1항 은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제19조 제2항 은 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 제21조 제1항 은 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다라고 규정하면서 같은 항 제2호에 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 청구인은 청구인이 소속되어 있는 지입회사가 지입차주인 청구인의 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하면서 청구인의 승낙없이 임의로 가공세금계산서를 수취하여 부당하게 매입세액공제를 받았으므로 처분청이 부당하게 매입세액공제를 받았다는 사유로 청구인에게 이 사건 각 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 청구인이 소속되어 있는 지입회사에서 청구인의 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하기로 한 사실을 입증할 만한 증거가 없을 뿐만 아니라 지입회사가 위 업무를 대행하였다고 하더라도 부가가치세는 신고납부세목으로서 전적으로 납세의무자 본인의 책임하에 적법하게 신고ㆍ납부하여야 할 책임이 있다 할 것이다. 따라서 청구인이 일반과세자로 사업자등록을 하여 사업을 영위한 이상 부가가치세를 신고납부하여야 할 책임은 전적으로 청구인에게 있다고 할 것이어서 지입회사가 청구인의 부가가치세 신고ㆍ납부업무를 대행하면서 부당하게 매입세액공제를 받은 사실에 대하여 비록 청구인이 알지 못하였다 하더라도 이에 대한 책임이 없다고 할 수는 없으므로 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 처분청이 청구인이 부가가치세를 신고하면서 가공매입세금계산서를 근거로 부당하게 매입세액공제를 받았다는 사유로 이 사건 각 부과처분을 한 것은 정당하고, 청구인의 주장은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.