관할구청에 미등록한 임대사업자가 임대한 주택도 건설임대주택으로 볼 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 2002. 3. 4. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 197.1㎡와 그 지상 건물(다가구주택) 430.69㎡(이하 대지와 지상건물을이 사건 주택이라 한다)를 양도하고 같은 달 14. 양도소득세(양도소득세액 20,238,160원)가 100분의 100 감면되는 건설임대주택을 양도한 것으로 하여 양도소득과세표준예정신고를 하고 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세 4,047,630원만을 신고납부한데 대하여 이 사건 주택의 임대기간이 5년 이상 10년 미만에 해당하나 임대주택법에 의한 건설임대주택이 아니라는 이유로 양도소득세가 100분의 50만 감면되는 임대주택으로 보아 양도소득세 8,095,260원과 주민세 1,011,900원 계 9,107,160원을 2002. 10. 8. 부과․고지한 후 2002. 10. 24. 양도차익 계산을 다시 하여 그 중 양도소득세 1,232,160원과 주민세 123,210원 계1,355,370원을 감액결정(이하 감액분을 제외한 부과징수를이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인이 관할세무서에 주택임대사업자로 등록하고 다가구주택을 5년 이상 임대한 후 양도하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 의 단서 규정에 따라 임대주택법에 의한 건설임대주택의 양도로 보아 양도소득세를 100분의 100 감면하여야 하는데도 이를 100분의 50만 감면한 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼 관할구청에 임대사업자로 등록하지 아니하고 임대한 주택도 임대주택법에 의한 건설임대주택으로 보아 이를 양도시 양도소득세 100분의 100을 감면할 수 있는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1982. 1. 18. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 197.1㎡를 취득하고 1996. 11. 19. 그 지상에 다가구주택(7가구) 430.69㎡를 신축하여 관할구청에 임대주택법에 의한 임대사업자 등록을 하지 않고 관할세무서인 ㅇㅇ세무서에만 1996. 12. 1. 임대사업자 등록을 한 후 임대사업을 하다가 2002. 3. 4. 이를 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매도하였다.

(2) 청구인은 2002. 3. 14. 이 사건 주택을 매도하고 기준시가로 계산한 양도소득세과세표준 88,717,113원에 대한 산출세액 20,238,160원에 대하여 5년 이상 임대한 임대주택법에 의한 건설임대주택으로 보아 조세특례제한법 제97조 제1항 의 단서 규정을 적용하여 양도소득세는 100분의 100 감면되는 것으로 보고 농어촌특별세법 제3조 제1호 에 따라 양도소득세 감면에 따른 농어촌특별세 4,047,630원만을 신고납부하였다.

(3) 처분청은 이 사건 주택을 5년 이상 임대한 임대주택으로 보아 조세특례제한법 제97조 제1항 분문의 100분의 50 감면 규정을 적용하여 양도소득세 8,095,260원(과다 납부한 농어촌특별세 2,023,816원을 양도소득세 기납부세액으로 보고 차감)과 주민세 1,011,900원 계 9,107,160원을 2002. 10. 8. 부과․고지한 후 청구인이 위 토지에 대하여 납부한 토지초과이득세 9,779,116원을 이 사건 주택 취득시 필요 경비로 추가 인정하고 양도차익을 다시 계산하여 양도소득세 1,232,160원 주민세 123,210원을 2002. 10. 24. 감액결정하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 조세특례제한법 제97조 제1항 에는 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동 법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다 라고 규정하면서 제1호에 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택, 제2호에 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택을 각각 열거하고 있다. (2) 조세특례제한법시행령 제97조 제1항 에는 법 제97조 제1항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다 라고, 제4항에는 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다 라고 각각 규정하고 있다.

(3) 구 임대주택법(2002. 12. 26. 법률 제6833호로 개정되기 전의 것) 제2조에는 이법에서 사용하는 용어를 정의하면서 제1호에 "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택으로 구분하고 제2호에 "건설임대주택"이라 함은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택과 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제33조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택 중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택을 말하며, 제4호에 "임대사업자"라 함은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사나 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다), 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다 라고 각각 열거하고 있다.

(4) 구 임대 주택법 제6조 제1항 에는 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다 라고 규정하고 있다.

(5) 임대 주택법시행령 제7조 제1항 에는 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록을 하고자 하는 자는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 등록신청서를 시장 군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다 라고, 제2항에는 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항의 등록신청서를 접수한 때에는 신청인이 제6조제2항의 등록기준에 적합한지 여부를 확인하고 적합한 요건을 갖추었다고 인정하는 경우에는 임대사업자등록부에 이를 등재하고, 등록증을 신청인에게 교부하여야 한다 라고 각각 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령에서와 같이 조세특례제한법 제97조 제1항 에는 5년 이상 임대한 임대주택을 양도한 경우 양도소득세를 100분의 50 감면하는 것으로 규정하면서 다만, 5년 이상 임대한 임대주택법에 의한 건설임대주택과 매입임대주택 및 10년 이상 임대한 임대주택을 양도하는 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 구 임대 주택법 제2조 및 제6조에는 관할시장ㆍ군수 또는 구청장에게 임대사업을 하기 위하여 등록을 마친 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 등은 임대건설주택으로 정의하고 있음을 알 수 있다. 청구인의 경우 위 인정사실에서 보는 바와 같이 1996. 11. 19. 다가구주택(7가구)을 신축하여 5년 4월간 임대사업을 하여오다 양도한 사실이 인정되나 같은 해 12. 1. 관할세무서에 임대사업을 하는 것으로 사업자 등록만 하였을 뿐 관할구청장에게 임대주택법상 임대사업자로 등록한 사실이 없음을 알 수 있다. 그러므로 청구인은 임대주택법에 의한 임대사업자가 아니며 임대사업법에 의한 임대사업자가 아닌 청구인이 임대한 이 사건 주택 또한 임대주택법에 의한 건설임대주택이라 볼수 없다 할 것이다. 따라서 이 사건 주택을 임대주택법에 의한 건설임대주택으로 보아 양도소득세 100분의 100을 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 조세특례제한법상 양도소득세 감면 관련 규정에 대한 법리를 오해한 것으로 받아들일 수 없다할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 주택 양도에 대하여 양도소득세 100분의 50을 감면한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.