비상장 주식을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

처분청이 청구인에 대하여 2002. 9. 2. 자로 한 법인세 1,716,044,770원을 취소하여야 한다.

청구인이 1999. 12. 22. 특수관계가 없는 제3자에게 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 ㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하 이 사건 주식발행회사라 한다)의 주식(비상장주식) 36,000주를 주당 18,000원에 양도한 것에 대하여 처분청은 양도가액을 정당시가로 보지 아니하고 상속세및증여세법에 의한 보충적 평가방법을 적용하여 평가한 주당 183,487원에서 30%를 차감한 금액(주당 128,440원)과 양도가액과의 차이를 비지정기부금으로 보아 익금산입하여 2002. 9. 2. 법인세 1,716,044,770원을 부과․고지하였다.(이하이 사건 부과처분이라 한다)

• 가. 청구취지 청구인이 보유주식을 양도한 것은 법령 개정으로 인하여 특수관계자 외의 자에게 협의가격으로 양도하면서 주무관청의 승인을 얻었으므로 이는 정당한 사유에 의한 주식의 양도에 해당하므로 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인이 출연받을 당시에는 소유지분에 대한 제한규정이 없었으나 1996. 12. 30. 개정된 상속세및증여세법 제49조 의 규정에 따라 2000년부터 내국법인의 주식 5% 초과 보유에 대하여 매년 가산세를 부과하게 되어 청구인이 소유하는 이 사건 주식발행회사 발행주식의 5%를 초과하는 주식 36,000주(총 발행주식의 15%)에 대하여 매년 평가금액의 5%에 상당하는 금액(약 330,000,000원)을 가산세로 10년간 부담하게 되었으므로 조세제도의 변경으로 인하여 불가피하게 보유주식을 처분하게 되었다.

(2) 청구인이 위 주식에 대하여 배당금 등 수익가치를 고려하여 특수관계가 없는 제3자의 매수 희망가액(주당 18,000원)으로 처분하는 것으로 문화관광부장관에게 승인을 받아 처분한 것은 정당한 사유에 의한 주식의 양도에 해당하므로 이를 비지정기부금으로 간주하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼 공익법인이 비상장 주식을 주무관청의 허가를 얻어 특수관계자 외의 자에게 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인의 성격 및 목적사업 수행내용 등은 다음과 같다. (가) 청구인은 1992. 12. 30. 이 사건 주식발행회사 대표이사 ㅇㅇㅇ가 이 사건 주식 48,000주(총 발행주식의 20%)와 현금, 기타 재산을 출연하여 국가의 문화예술 및 학문의 발전과 일반 공중의 사회문화교육에 기여함을 목적으로 설립한 비영리 공익 재단법인이다. (나) 청구인은 출연받은 재산의 운영수익으로 고유목적 사업을 수행하고 있다. (다) 청구인은 1992년 설립 이후 주무부처인 문화관광부에 등록한 미술품 수가1993년 156점이었으나 2001년 4,977점에 이르고 있다. (라) 청구인은 이 사건 주식 발행회사로부터 받은 기부금(1993년부터 2001년까지: 현금 28,310백 만 원, 미술품 6,279백 만 원 상당)으로 기본재산이 늘어났고, 이 사건 주식 발행회사의 배당금(1993년부터 2001년까지: 528백 만 원, 배당률 15%에서 100%)을 목적사업의 재원으로 사용하고 있다. (마) 청구인은 설립 이래 ㅇㅇㅇㅇ미술관, ㅇㅇ의ㅇㅇ 등을 비롯한 국내 유수의 박물관에 소장품을 대여하여 일반시민에게 문화유산 감상의 기회를 제공하였고 한국의 미를 선보이기 위하여 ㅇㅇ박물관의 한국관에 전시품을 대여하고 있다. (바) 청구인은 1999. 9. 10. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ 동 ○○번지를 소재지로 박물관및미술관진흥법 제6조 제1항 의 규정에 따라 ㅇㅇ박물관(제1종 전문박물관, 2002. 12월말 현재 62개 사립박물관 중 소장 유물 기준으로 14위)을 설립․등록하였다. (사) 청구인의 재단이사회는 2000. 10. 6. 제2의 박물관(공사예정금액: 126억 원)을 건립하기로 결정하고 문화관광부장관으로부터 2001. 4. 18. 위 박물관 신축을 위한 현금과 기본재산 승인을 받아 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 토지 3,302㎡와 건물 1,617.43㎡를 구입하여 박물관 시설로 등록하였다.

(2) 청구인이 이 사건 주식을 출연받을 당시에는 공익법인의 주식보유 한도기준이 설정되어 있지 않았으나 1996. 12. 30. 상속세및증여세법 제49조 제1항 의 개정으로 공익법인 등이 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 내국법인의 주식 등을 같은 조 같은 항 제1호의 규정된 기한(1999. 12. 31.까지)경과 후 보유하는 경우에는 그 보유기준을 초과하는 주식에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 해당하는 금액을 10년동안 가산세로 납부하는 것으로 되었다.

(3) 청구인의 이 사건 주식의 처분과 관련한 주무부처 인․허가사항은 다음과 같다. (가) 청구인이 1999. 12. 21. 이 사건 주식을 처분하기 위하여 주식양도단가(주당 18,000원)와 주식양도대금(648,000,000원)을 포함한 “주식매각사유서”와 기본재산 처분으로 인한 “신․구 기본재산 대비표”등을 주무관청인 문화관광부장관에게 제출하여 같은 해 12. 29. 기본재산 처분 승인을 받았다. (나) 청구인은 이 사건 주식 처분에 따른 청구인의 기본재산 변경과 관련하여 2000. 1. 12. 문화관광부장관으로부터 민법 제42조 제2항, 제45조 제3항과 제46조의 규정에 의한 정관변경 승인을 받았다.

(4) 청구인이 이 사건 주식을 양도하기로 하면서 매수인을 선정하고 주식의 양도가격을 결정한 과정 등은 다음과 같다. (가) 이 사건 주식 발행회사는 농약제조판매회사로 청구인이 이 사건 주식을 양도하는 시점은 IMF 경제위기 상황에서 많은 부실기업이 도산함에 따라 인수와 합병이 빈번하였던 시기로서 국내외 기업 등으로부터 경영권 확보 등이 절실하였을 뿐 아니라 청구인이 비우호적인 매수인을 선정하는 경우 이 사건 주식발행회사로부터 기부금 중단 우려 등이 있었으므로 청구인은 이 사건 주식발행회사에 대하여 우호적인 매수인을 선정하고자 하였다. (나) 청구인의 재단이사회는 1999. 12. 22. 이 사건 주식의 매수인으로서 ㅇㅇㅇ 외 1인을 선정하였으며 같은 날 위 추천된 매수인에게 발행주식의 15%(36,000주)를 양도하였다. (ㅇㅇㅇ: 16,000주, 288백 만 원, ㅇㅇㅇ: 20,000주, 360백 만 원) (다) 이 사건 주식은 1995년도에 주당 22,200원에 거래(거래주식수: 790주)된 바 있으며 청구인이 이 사건 주식을 처분하기 위하여 매수인과 협의한 가격은 주당 18,000원이다.(이는 당시 상장기업인 동종업체의 주식거래가격을 고려한 것으로 1999년도 배당수익 주당 2,000원을 적정할인율로 자본화한 가치이다)

(5) 처분청은 1999. 12. 22. 청구인이 이 사건 주식 36,000주를 주당 18,000원에 양도한 것에 대하여 다음과 같이 처분하였다. (가) 이 사건 주식을 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법을 적용하여 1주당 순자산가치를 166,807원으로 평가한 후 최대주주의 지분에 대하여 평가한 가액의 100분의 10을 가산한 금액인 183,487원으로 평가하였다. (나) 처분청은 청구인이 처분하는 주식가격이 상속세및증여세법상의 평가금액에서 30%를 차감한 금액(주당 128,440원)보다 낮은 데 대하여 이를 “법인이 법인세법시행령의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 것에 해당”하는 것으로 인정하여 위 평가금액에서 30%를 차감한 금액과 양도가액과의 차액을 비지정기부금으로 보아 익금산입하여 2002. 9. 2. 법인세 1,716,044,770원을 부과․고지하였다.

(6) 청구인과 처분청은 이 사건 주식의 순자산가치(상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 의거 산출한 금액)의 산정에는 다툼이 없다

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 법인세법 제24조 제1항 의 규정에 의하면 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지․문화․예술․종교․자선․학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다 고 되어 있고 같은 법 시행령 제35조의 규정에 의하면 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다고 되어 있고 그 제2호에서 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다고 되어 있다. (2) 상속세및증여세법 시행령 제63조 제1항 (1999. 12. 31. 대통령령 제16660호로 개정되기 전의 것)의 규정에는 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다고 되어 있고, 그 제1호에 주식 및 출자지분의 평가가 규정되어 있으며 다목에서 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다고 되어 있다. (3) 민법 제45조 제3항 과 제42조 제2항의 규정에 의하면 “재단법인의 정관의 변경은 주무관청의 허가를 얻지 아니하면 효력이 없고” 같은 법 제43조와 제40조의 규정에 의하면 “자산에 관한 규정”은 재단법인 정관의 필요적 기재사항이다.
• 라. 판단 위에서 본 바와 같이 이 사건의 다툼은 청구인이 이 사건 주식을 처분하면서 양도한 가격이 법인세법시행령 제35조 제2호 에서 규정하고 있는 “법인이 법인세법 제87조 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 데” 해당하는지 여부라 할 것이므로 이 사건 주식의 처분경위, 매수인선정 및 양도가격결정 과정 등에 대하여 차례로 살펴본다. 먼저, 이 사건 주식을 처분하게된 사유와 그 경위 등에 관하여 살펴보면, 인정사실 (2)에서와 같이 1996. 12. 30. 상속세및증여세법의 개정에 따라 청구인은 내국법인의 총 발행주식의 5%를 초과하는 주식을 보유하게 되어 이 사건 주식을 계속하여 보유하게 되면 매년 초과보유주식 시가의 100분의5에 해당하는 금액을 가산세로 납부하게 되어 청구인의 기본재산이 계속하여 감소하는 특수한 사정이 있었고 만약 청구인이 출연된 내국법인의 주식을 처분하지 아니하는 경우 기본재산의 50%까지 가산세를 부담하여야 하므로 청구인이 공익을 위하여 비영리 사업을 할 수 있는 기본재산이 현저하게 감소하게 되므로 청구인은 이 사건 주식을 처분하지 않을 수 없는 부득이한 상황에서 처분한 것임을 알 수 있다. 다음으로, 이 사건 매수인선정과 양도가격 결정과정에 관하여 살펴보면, 청구인이 처분하고자 하는 이 사건 주식은 비상장주식으로서 거래시세가 형성되어 있지 아니할뿐더러 불특정 다수인 사이에서 자유로운 거래가 되지 않고 있다. 더욱이 청구인은 인정사실 (1)의 (라)에서 본 바와 같이 이 사건 주식발행회사의 기부금과 배당금에 의존하여 사실상 청구인의 목적사업을 수행하고 있는 상황에서 이 사건 주식발행회사 지분의 15%에 해당하는 막대한 물량의 주식을 특정인이 인수할 경우 자칫 이 사건 주식발행회사의 경영권 확보에 지장을 가져오게 되고 이로 인하여 기부금 등 수입금의 감소를 초래할 위험 등이 있어 청구인은 비록 이 사건 주식을 불가피하게 양도하더라도 이 사건 주식발행회사에게 우호적인 매수자를 선정하여 청구인의 목적사업 수행을 원활히 하고자 하는 의도가 있었음을 엿볼 수 있다 할 것이다. 이와 같은 상황에서 이 사건 주식의 처분가격은 매수인과 협의에 의하여 결정할 수 밖에 없었던 것으로 청구인과 매수인은 이 사건 주식의 과거거래가격(1995년 주당 22,200원 당시 순자산가치 120,000원), 상장기업인 동종업체의 주식거래가격 등을 고려하여 이 사건 주식의 처분가격을 주당 18,000원으로 결정(이는 1999년도의 이 사건 주식발행회사의 주당 배당금 2,000원의 현금흐름이 매년 있다고 보고 이를 적정수익율로 할인하여 자본화한 가치임)하였음을 알 수 있다. 즉, 이 사건 주식거래가 불특정 다수인을 대상으로 한 일반적인 거래가 아니고 매수인이 특정된 거래인 이상 이 사건 주식을 반드시 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법(이사건 주식의 경우 순자산가치법)에 의하여 산정한 금액 기준으로 거래되어야 할 것으로 기대할 수는 없는 것이라 할 것이다. 끝으로, 이 사건 주식처분에 따른 행정관청의 승인과정에 대하여 살펴보면, 인정사실 (3)의 (가) 및 (나)에서와 같이 청구인의 이 사건 주식의 처분은 기본재산의 변경에 관한 것으로 주무관청인 문화관광부장관의 허가를 받아야 할 사항으로서 청구인은 주무관청의 허가를 신청하면서 이 사건 주식양도가격, 양도수량이 포함된 주식매각사유서를 제출하였고 주무관청인 문화관광부 장관은 이 사건 주식의 처분이 청구인의 목적사업의 원활한 수행을 위하여 불가피한 조치로서 승인한 것이어서 행정관청의 심사가 있은 것으로 보아야 할 것이다. 이상에서 살펴본 바와 같이 청구인이 이 사건 주식을 정상가격보다 낮은 가격으로 거래할 수 밖에 없었던 것은 IMF 경제위기 상황에서 거래시세가 형성되어 있지 아니한 비상장주식을 청구인이 불가피하게 일시에 특정한 매수인에게 처분하면서 발생한 것으로 이 사건 주식거래를 일반적인 거래와 달리 보아야 할 거래의 특수성이 있었다는 점, 문화활동 등을 지속할 목적으로 경영권을 방어하기 위한 우호적인 매수자와 거래하기를 희망한 점, 이 사건 주식 처분에 대한 주무관청의 허가가 있었다는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 특수관계자외의 자에게 기부목적으로 이 사건 주식을 거래하였다고 보기는 어렵다. 따라서 처분청이 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 의한 순자산가치를 이 사건 주식의 시가로 본다 하더라도 청구인이 이 사건 주식을 위 평가금액에서 30%를 차감한 금액인 정상가액보다 낮은 가액으로 처분한 데는 정당한 사유가 있었다고 보아야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 주식의 처분에 대하여 상속세및증여세법상의 평가금액을 시가로 보고 위 평가금액에서 30% 차감한 금액인 정상가액보다 낮은 가액으로 거래한 데에 정당한 사유가 없는 것으로 보아 위 평가금액에서 30%를 차감한 금액과 이 사건 주식의 양도가액과의 차액을 법인세법 소정의 비지정기부금으로 간주하여 법인세를 부과한 이 사건 부과처분은 잘못된 것이라 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.