조직을 변경함에 따라 발생한 투자자산의 평가손실을 손금으로 인정할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999년 6월 청구외 ○○공제조합(이하 공제조합이라 한다)이 ○○보증(주)(이하 ○○보증이라 한다)로 전환됨에 따라 청구인이 보유하고 있던 공제조합 출자증권(취득가액 1,047,670,000원)을 ○○보증 주식(액면금액 260,925,000원)으로 수령하게 되자 ○○보증 주식의 취득가액을 260,925,000원으로, 공제조합 출자증권 취득가액과 ○○보증 주식 액면금액의 차액 786,745,000원을 투자자산처분손실로 회계처리하고 2000년 3월 이에 대한 세무조정없이 1999사업연도(1999. 3. 16.부터 1999. 12.31.까지) 법인세를 신고하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 2001년 7월 청구인의 1999사업연도 법인세 신고에 대하여 서면분석을 실시한 결과 청구인의 위 투자자산처분손실은 유가증권에 대한 평가손실로서 법인세법상 손금이 아니라는 사유로 손금불산입하고 법인세 295,610,350원을 부과하도록 2001. 7. 26. 처분청에 지시하였다.
• 다. 처분청은 위 지시에 따라 2001. 8. 1.자로 청구인에게 법인세 295,610,350원을 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 공제조합이 ○○보증으로 전환․설립됨에 따라 당초 보유하고 있던 공제조합 출자증권과 교환으로 ○○보증 주식을 취득하였는데, 공제조합이 ○○보증으로의 전환․설립은 조직변경이 아니라 공제조합에 대한 회계법인의 자산실사결과에 의해 순자산가액을 ○○보증에 현물출자하는 방식의 교환거래이므로 감소된 자산가액은 투자자산처분손실로 보아 손금으로 인정하여야 한다.

• 가. 다툼 공제조합이 ○○보증으로 전환됨에 따라 공제조합 출자증권을 ○○보증 주식으로 수령하는 경우 당초 공제조합 출자증권 취득가액과 ○○보증 주식 액면금액과의 차액을 손금으로 계상할 수 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1999년 6월 청구외 공제조합이 ○○보증으로 전환됨에 따라 청구인이 보유하고 있던 공제조합 출자증권(취득가액 1,047,670,000원)을 ○○보증 주식(액면금액 260,925,000원)으로 수령하고 ○○보증 주식의 취득가액을 260,925,000원으로, 공제조합 출자증권 취득가액과 ○○보증 주식 액면금액과의 차액 786,745,000원을 투자자산처분손실로 회계처리하였으며 2000년 3월 이에 대한 아무런 세무조정없이 1999사업연도 법인세를 신고하였다.

(2) ○○지방국세청장은 2001년 7월 청구인의 1999사업연도 법인세 신고에 대하여 서면분석을 실시하고 청구인의 위 (1)의 투자자산처분손실은 유가증권에 대한 평가손실로서 법인세법상 손금이 아니라는 사유로 손금불산입하고 법인세 295,610,350원을 부과하도록 2001. 7. 26. 처분청에 지시하였다.

(3) 처분청은 위 지시에 따라 2001. 8. 1.자로 청구인에게 법인세 295,610,350원을 부과, 고지하였다.

(4) ○○보증의 법인등기부등본 등에 의하면 주택건설촉진법(법률 제5908호) 부칙 제5조의 규정에 의하여 공제조합은 1999. 6. 1. 조합원총회에서 ○○보증으로 전환을 결의하고 같은 해 6. 2. 건설교통부장관의 인가를 받아 같은 해 6. 3. ○○보증 설립등기와 공제조합 해산등기를 하였다. 그리고 ○○보증의 법인등기부등본의 기타사항 난에는 “주택건설촉진법 부칙 제5조의 규정에 의하여 ○○공제조합이 ○○보증(주)로 조직변경”이라고 기재되어 있고, 공제조합의 법인등기부등본에는 “조직변경으로 ○○보증(주)를 설립하고 해산”이라고 기재되어 있다.

(5) ○○보증은 자본금(3,250,000,000,000원)의 26%상당액(848,014,000,000원)만 공제조합에 출자한 조합원에게 ○○보증 주식을 배정하고 그 차액(2,401,986,000,000원)을 감자차익으로 계상하였으며, ○○보증의 1999사업연도에 대한 외부회계감사법인인 ㅇㅇ회계법인의 감사의견은 적정의견이었다.

(6) ○○보증은 1999사업연도 결산시 정관(1999. 6. 2. 건설교통부장관인가) 부칙 제7조의 규정에 따라 공제조합의 사업기간을 포함하여 그 사업연도를 1999. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.로 하여 결산을 하고, 2000년 3월 법인세를 신고하였다.

(7) 행정자치부장관은 1999. 4. 19. 주택건설촉진법에 의하여 설립된 ○○보증이 공제조합의 모든 재산과 권리․의무를 포괄 승계하는 경우 승계받은 재산 등이 취득세 과세대상인지 여부에 대한 건설교통부장관의 질의에 대하여 소유권의 이전으로 볼 수 없어 취득세 과세대상이 아니라고 회신(세정 13430-461)하였다.

(8) 증권감독원(현, 금융감독원)장은 1998. 11. 26. 주택건설촉진법에 의하여 공제조합이 ○○보증으로 전환됨에 따라 공제조합의 조합원이 공제조합의 출자증권 대신 ○○보증의 주식을 교부받는 경우 그 주식의 취득가액을 얼마로 계상하여야 하는지에 대한 공제조합 이사장의 질의에 대하여 당초 보유하고 있던 공제조합 출자증권의 장부가액으로 계상하여야 한다고 회신(기일 6460-890)하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 법인세법에 관한 사항 (가) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2항은 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다라고 규정하고 있다. (나) 구 같은 법 제22조는 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다라고 규정하고 있다. (다) 구 같은 법 제42조 제1항은 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하면서 그 제3호는 재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가라고 규정하고 있으며, 제2항은 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조는 법 제42조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 자산 및 부채”라 함은 다음 각호의 것을 말한다라고 규정하면서 그 제2호는 다음 각목의 1에 해당하는 유가증권 가목 주식 등 나목 채권이라고 규정하고 있다. 또한 구 같은 법 시행령 제75조 제1항은 제73조 제2호의 규정에 의한 유가증권의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법 중 법인이 납세지 관할 세무서장에게 신고한 방법에 의한다. 제1호 개별법(채권의 경우에 한한다) 제2호 총평균법 제3호 이동평균법이라고 규정하고 있고, 제2항은 제74조 제3항 내지 제6항의 규정은 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조 제4항 중 “선입선출법”은 “총평균법”으로, 동조 제6항 중 ”재고자산평가조정명세서“는 ”유가증권평가조정명세서“로 본다라고 규정하고 있다. (라) 구 같은 법 제78조는 내국법인이 상법의 규정에 의하여 조직변경하는 경우와 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다라고 규정하고 있다. (마) 법인세법기본통칙 1-3-5…5는 상법․기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다라고 규정하고 있다.

(2) 주택건설촉진법에 관한 사항 (가) 구 주택건설촉진법(1999. 2. 8. 법률 제5908호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제47조의6 제1항은 등록업자는 상호 협동조직을 통한 신용도를 높이고 자율적인 경제활동을 도모하기 위하여 주택사업에 관한 의무이행에 필요한 각종 보증 및 자금의 융자 등을 행하는 주택사업공제조합(이하 “조합”이라 한다)을 설립할 수 있다라고 규정하고 있다. (나) 구 같은 법 제47조의8 제1항은 조합의 출자금은 조합원이 출자한 총출자좌의 액면총액으로 한다라고 규정하고 있고, 제6항은 조합원의 책임은 그 출자지분액 한도로 한다라고 규정하고 있다. (다) 주택촉진건설법 제47조의6 제1항은 주택건설에 대한 각종 보증을 행함으로써 주택분양계약자를 보호하고, 주택건설을 촉진하여 국민의 주거복지향상과 균형있는 국민경제의 발전에 기여하기 위하여 대한주택보증주식회사를 둔다라고 규정하고 있으며, 제3항은 회사는 정관을 제정하거나 변경하고자 할 경우 건설교통부장관의 인가를 받아야 한다라고 규정하고 있다. (라) 주택건설촉진법 부칙(1999. 2. 8. 법률 제5908호, 이하 같다) 제5조 제1항은 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 주택사업공제조합은 이 법의 개정에 불구하고 회사가 설립되는 날까지 존속한다라고 규정하고 있고, 제2항은 이 법 시행당시 조합이 회사의 정관 및 기타 필요한 사항을 정하여 총회의 결의로써 회사로의 전환을 결의한 후 건설교통부장관의 인가를 받은 경우 조합은 회사의 설립과 동시에 회사로 전환된 것으로 본다라고 규정하고 있으며, 제3항은 제2항의 규정에 의하여 조합이 회사로 전환되는 경우 조합은 민법중 사단법인에 관한 규정에 의한 해산 및 청산의 절차를 거치지 아니하고 회사로의 전환과 동시에 해산되며, 회사는 회사의 설립등기와 동시에 조합의 해산등기를 하여야 한다라고 규정하고 있다. (마) 같은 법 부칙 제6조 제1항은 회사 설립당시의 조합에 속하는 모든 재산과 권리․의무는 회사가 이를 포괄승계하며, 재산에 대한 등기부 및 기타 공부상의 조합의 명의는 회사의 명의로 본다라고 규정하고 있고, 제2항은 회사의 설립전 조합에 대하여 행하여지거나 행하여진 것으로 간주되는 인가, 승인, 명령, 처분 및 기타의 행위는 회사에 대하여 행하여진 것으로 보며, 조합이 법령의 규정에 의하여 행한 법률행위를 포함하여 조합으로서 행한 일체의 행위는 회사가 행한 것으로 본다라고 규정하고 있다. (바) 같은 법 부칙 제7조는 부칙 제5조의 규정에 의하여 조합이 회사로 전환되는 경우 조합의 순재산액 및 출자자는 회사의 자본금 및 주주로 보며, 조합의 출자증권을 목적으로 하는 질권 등 제권리는 당해 출자증권과 상환으로 교부되는 회사의 주식위에 존속하는 것으로 본다. 다만, 이 경우 상법 제342조 의 규정은 이를 적용하지 아니한다라고 규정하고 있다. (사) 같은 법 부칙 제8조는 부칙 제7조의 규정에 의한 조합의 순재산액은 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인이 이 법 시행일 이전 6월이내에 행한 조합의 재산상태에 대한 실사결과에 의하여 산출하여야 한다라고 규정하고 있다. (아) 같은 법 부칙 제9조 제1항은 회사 설립당시의 조합의 임원은 회사의 임원으로 본다. 이 경우 그 임기는 조합임원으로서의 잔여임기에 한한다라고 규정하고 있고, 제2항은 회사 설립당시의 조합의 직원은 회사의 직원으로 임명된 것으로 본다라고 규정하고 있다. (자) 같은 법 부칙 제10조는 이 법 시행당시 다른 법령에서 조합을 인용한 경우에는 회사를 인용한 것으로 본다라고 규정하고 있다.

(3) 상법에 관한 사항 (가) 상법 제242조 제1항 은 합명회사는 총사원의 동의로 일부사원을 유한책임사원으로 하거나 유한책임사원을 새로 가입시켜서 합자회사로 변경할 수 있다라고 규정하고 있다. (나) 상법 제243조 는 합명회사를 합자회사로 변경한 때에는 본점소재지에서는 2주간내, 지점소재지에서는 3주간내에 합명회사에 있어서는 해산등기, 합자회사에 있어서는 설립등기를 하여야 한다라고 규정하고 있다. (다) 제286조 제1항은 합자회사는 사원전원의 동의로 그 조직을 합명회사로 변경하여 계속할 수 있다라고 규정하고 있고, 제2항은 유한책임사원전원이 퇴사한 경우에도 무한책임사원은 그 전원의 동의로 합명회사로 변경하여 계속할 수 있다라고 규정하고 있으며, 제3항은 전2항의 경우에는 본점소재지에서는 2주간내, 지점소재지에서는 3주간내에 합자회사에 있어서는 해산등기를, 합명회사에 있어서는 설립등기를 하여야 한다라고 규정하고 있다. (라) 제604조 제1항은 주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 이를 유한회사로 할 수 있다. 그러나 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있고, 제2항은 전항의 조직변경의 경우에는 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본의 총액으로 하지 못한다라고 규정하고 있으며, 제3항은 제1항의 결의에 있어서는 정관 기타 조직변경에 필요한 사항을 정하여야 한다라고 규정하고 있다. (마) 제606조는 주식회사가 제604조의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 때에는 본점소재지에서는 2주간, 지점소재지에서는 3주간내에 주식회사에 있어서는 해산등기, 유한회사에 있어서는 제549조제2항에 정하는 등기를 하여야 한다라고 규정하고 있다. (바) 제607조 제1항은 유한회사는 총사원의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여야 이를 주식회사로 할 수 있다라고 규정하고 있고, 제2항은 전항의 경우에는 조직변경시에 발행하는 주식의 발행가액의 총액은 회사에 현존하는 순재산액을 초과하지 못한다라고 규정하고 있으며, 제3항은 제1항의 조직변경은 법원의 인가를 얻지 아니하면 그 효력이 없다라고 규정하고 있다.

(4) 주택사업공제조합 정관에 관한 사항 (가) 주택사업공제조합 정관(1998. 6. 18. 건설교통부장관의 변경인가를 받은 것으로 1999. 6. 2. 대한주택보증주식회사 정관으로 대체되기 전의 것, 이하 같다) 제11조는 조합원은 그 출자지분액을 한도로 하여 공제조합의 채무를 변제할 책임이 있다라고 규정하고 있다. (나) 같은 정관 제26조 제1항은 조합원은 출자1좌마다 하나의 의결권을 가지며, 의결권은 보유좌수에 따라 대의원을 통하여 행사한다라고 규정하고 있다. (다) 같은 정관 제72조는 공재조합의 재산에 대한 조합원의 지분은 출자액에 의하여 이를 계산한다라고 규정하고 있다. (라) 같은 정관 제73조 제3항은 이익금의 배당은 제2항의 규정에 의한 사업준비금을 공제하고 잔여가 있을 때에는 총회의 의결을 거쳐 출자금에 비례하여 행하되, 그 율은 연 20% 이내로 한다라고 규정하고 있다.

(5) 대한주택보증주식회사 정관에 관한 사항 (가) 대한주택보증주식회사 정관 부칙(1999. 6. 2. 건설교통부장관의 인가를 받은 것, 이하 같다) 제1조는 이 정관은 주택건설촉진법에 의하여 조합(이하 "조합"이라 한다)이 회사로 전환하여 설립된 날부터 시행한다라고 규정하고 있다. (나) 같은 정관 부칙 제2조 제1항은 회사 설립당시의 조합에 속하는 모든 재산과 권리․의무는 회사가 이를 포괄 승계한다라고 규정하고 있고, 제2항은 조합의 정관에 의하여 행하여진 모든 행위는 이 정관에 의하여 행하여진 것으로 보며, 관계법령 또는 이 정관에 의하여 주주총회의 결의를 얻도록 한 사항은 그 결의를 얻은 것으로 본다라고 규정하고 있다. (다) 같은 정관 부칙 제3조 제1항은 이 회사의 설립일 현재 시행중인 조합의 규정은 이를 회사의 규정으로 본다라고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 규정에 의한 회사의 규정 중 관계법령 및 이 정관에 저촉되는 조항은 그 부분에 한하여 효력이 발생하지 아니한다라고 규정하고 있으며, 제3항은 사장은 이 회사의 설립후 1월이내에 제1항의 규정에 의한 회사의 규정을 정비․보완하여야 한다라고 규정하고 있다. (라) 같은 정관 부칙 제4조 제1항은 이 회사의 설립당시 조합의 이사장, 이사(전무이사를 포함한다) 및 감사는 각각 회사의 사장, 상임이사 및 감사로 본다라고 규정하고 있다. (마) 같은 정관 부칙 제7조 제1항은 회사는 조합의 사업을 승계하여 그에 연속하여 사업을 영위한다라고 규정하고 있고, 제2항은 회사의 제7기 사업연도는 1999연도중 조합으로서의 사업기간을 포함한다라고 규정하고 있다.

• 라. 판단 회사의 조직변경은 회사가 그 인격의 동일성을 유지하면서 법률상의 조직을 변경하여 다른 종류의 회사로 되는 것을 말하는 것으로 이는 법적 형태의 변경에 따라 권리․의무의 승계에 수반된 불편을 구제할 수 있도록 하기 위한 제도이다. 상법에서 인적회사(합명회사와 합자회사)와 물적회사(유한회사와 주식회사)는 사원의 책임과 내부조직이 전혀 달라 이들 상호간에 동일성을 유지하는데 무리가 있기 때문에 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 인적회사 상호간과 물적회사 상호간에만 조직변경을 인정하고 있다. 이러한 조직변경은 변경의 전후에도 법인의 권리 및 의무 등의 법률상의 실질관계가 계속되어 경제적으로는 동일하나 법률상 형태만 다른 회사이기 때문에 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 법인세법에서는 변경전후의 회사를 하나의 회사로 보아 조직변경전의 회사에 대하여 해산등기를 하는 경우에도 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니하며 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도를 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 하고 있다. 따라서 먼저 공제조합이 ○○보증으로 전환된 것이 조직변경에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 이 건은 상법상의 조직변경은 아니나 상법상 조직변경의 기본개념은 유지되어야 할 것인바, 상법상 조직변경은 조직변경전과 후의 법적 성격이 유사하여야 하고, 인적․물적 요소에 있어 동일성이 유지되어야 함으로 전환 전후 공제조합과 ○○보증간에 동일성이 유지되었는지를 검토하여 조직변경 해당여부를 판단하여야 한다. 첫째, 조직변경전과 후의 법적 성격이 유사한지 여부를 검토하면 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 구 주택건설촉진법 제47조의8 제6항과 공제조합 정관 제11조에 조합원은 그 출자 지분액을 한도로 공제조합의 채무를 변제할 책임이 있다라고 조합원의 유한책임을 규정하고 있고, 공제조합 정관 제26조 제1항에 출자 1좌마다 하나의 의결권을 가진다고 조합원의 의결권을 규정하고 있으며, 공제조합 정관 제73조 제3항에 출자금에 비례하여 이익금을 배당한다라고 이익분배에 대하여 규정하고 있는 것으로 보아 공제조합은 출자자의 유한책임 등을 특징으로 하는 물적회사의 성격을 가지고 있다고 볼 수 있고, ○○보증은 주식회사로 역시 물적회사이어서 조직변경전과 후의 법적 성격이 유사하다 할 것이다. 둘째, 조직변경전과 후의 인적 요소에 있어 동일성이 유지되는지를 검토하면 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 주택건설촉진법 부칙 제7조에 공제조합이 ○○보증으로 전환되는 경우 공제조합의 순재산액 및 출자자는 ○○보증의 자본금 및 주주로 보며, 공제조합의 출자증권을 목적으로 하는 질권 등 제권리는 당해 출자증권과 상환으로 교부되는 ○○보증의 주식위에 존속하는 것으로 본다라고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제9조와 ○○보증 정관 부칙 제4조에 ○○보증 설립당시 공제조합의 임원은 ○○보증의 임원으로 보며 ○○보증 설립당시 공제조합의 직원은 ○○보증의 직원으로 임명된 것으로 본다라고 규정하고 있는 것으로 보아 조직변경전과 후의 인적 요소에 있어서도 동일성이 유지된다고 할 것이다. 셋째, 조직변경전과 후의 물적 요소에 있어 동일성이 유지되는지를 검토하면 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 주택건설촉진법 부칙 제6조와 ○○보증 정관 부칙 제2조에 ○○보증 설립당시의 공제조합에 속하는 모든 재산과 권리․의무는 ○○보증이 이를 포괄승계하며, 재산에 대한 등기부 및 기타 공부상의 공제조합의 명의는 ○○보증의 명의로 보고, ○○보증의 설립전 공제조합에 대하여 행하여지거나 행하여진 것으로 간주되는 인가, 승인, 명령, 처분 및 기타의 행위는 ○○보증에 대하여 행하여진 것으로 보며, 공제조합이 법령의 규정에 의하여 행한 법률행위를 포함하여 공제조합으로서 행한 일체의 행위는 ○○보증이 행한 것으로 본다라고 규정하고 있는 것으로 보아 조직변경전과 후의 물적 요소에 있어서도 동일성이 유지된다고 할 것이다. 마지막으로 조직변경은 변경전의 회사와 변경후의 회사가 동일인이어서 조직변경시 변경전의 회사는 해산이나 청산의 절차를 거치지 아니하고 그 이외의 경우에는 반드시 해산 및 청산절차를 거쳐야 하는데 주택건설촉진법 부칙 제5조에는 조합이 회사로 전환되는 경우 조합은 민법중 사단법인에 관한 규정에 의한 해산 및 청산의 절차를 거치지 아니하고 회사로의 전환과 동시에 해산한다라고 규정하고 있다. 따라서 공제조합의 ○○보증으로의 전환은 전환전과 후의 법적 성격이 유사하고, 인적․물적 요소에 있어 동일성이 유지되므로 조직변경에 해당된다 할 것이다. 이에 따라 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 ○○보증 법인등기부등본의 기타사항 난에도 “주택건설촉진법 부칙 제5조의 규정에 의하여 주택사업공제조합이 ○○(주)로 조직변경”이라고 기재되고, 공제조합의 법인등기부등본에 “조직변경으로 ○○보증(주)를 설립하고 해산”이라고 기재된 것으로 판단된다. 그리고 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 행정자치부장관이 ○○보증이 공제조합의 모든 재산과 권리․의무를 포괄 승계하는 경우 소유권의 이전으로 볼 수 없어 취득세 과세대상이 아니라고 회신한 것과 증권감독원장이 공제조합의 조합원이 공제조합의 출자증권 대신 ○○보증의 주식을 교부받는 경우 그 주식의 취득가액을 당초 보유하고 있던 공제조합 출자증권의 장부가액으로 계상하여야 한다라고 회신한 것도 공제조합의 ○○보증으로의 전환을 조직변경으로 보아 이와 같이 회신한 것으로 판단된다. 또한 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 대한주택보증이 1999사업연도 결산시 공제조합의 사업기간을 포함하여 그 사업연도를 1999. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.로 하여 결산을 하고, 법인세를 신고한 것도 공제조합의 ○○보증으로의 전환을 조직변경으로 보아 결산을 하고 법인세를 신고한 것으로 판단된다. 그러므로 공제조합과 ○○보증은 법인세법상 각각 별개의 두 개의 회사가 아니라 동일한 회사이어서 공제조합이 ○○보증으로 전환되어 청구인이 ○○보증 주식을 수령하고 당초 공제조합 출자증권 취득가액과 ○○보증 주식 액면금액과의 차액을 투자자산처분손실로 계상한 것은 평가손실을 계상한 것이라 할 것이고 이는 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 법인세법상 손금으로 인정될 수 없다 하겠다. 따라서 공제조합의 ○○보증으로의 전환․설립은 조직변경이 아니라 공제조합에 대한 회계법인의 자산실사결과에 의해 순자산가액을 ○○보증에 현물출자하는 방식의 교환거래이므로 투자자산처분손실은 손금으로 인정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다.

그렇다면 청구인이 보유하고 있던 공제조합 출자증권을 ○○보증 주식으로 수령하면서 출자증권 취득가액과 주식 액면금액과의 차액을 투자자산처분손실로 계상한 것에 대해 처분청이 이를 유가증권에 대한 평가손실로 보아 법인세법상 손금이 아니라는 사유로 손금불산입한 것은 정당하다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.