당초 법인세 신고시 법인세를 환급한 후 경정결정을 하여 법인세를 다시 환급하는 경우 그 국세환급가산금의 기산일을 언제로 볼 것인지 여부

처분청은 2001. 12. 13. 청구인에게 이 사건 국세환급금을 지급하면서 법인세 신고ㆍ납부일의 다음 날부터 국세환급금 지급결정일까지의 기간에 대한 국세환급가산금을 지급하지 아니한 것은 부당하므로 이를 국세환급금에 가산하여 지급하여야 한다.

청구인은 2000사업연도의 법인세 기납부세액이 산출세액보다 초과하는 것으로 과세표준 및 세액신고를 하여 그 초과세액을 환급받은 후 2001. 9. 24. 당초 손금불산입하여 신고하였던 농림수산정책자금 대손보전기금에 출연한 22,601,317,090원을 손금산입하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 같은 해 12. 4. 이를 손금으로 인정하여 법인세 6,328,368,780원(이하이 사건 국세환급금이라 한다)을 환급하는 것으로 경정결정하여 같은 달 12. 이 사건 국세환급금 지급결정을 하면서 이와 같은 경우 위 경정결정일로부터 30일이 지난 다음 날부터 국세환급금 지급결정을 한 날까지 기간에 대한 국세환급가산금을 계산․지급하여야한다는 이유로 지급할 국세환급가산금(이하이 사건 국세환급가산금이라 한다)이 없는 것으로 결정한 다음, 같은 달 13. 청구인에게 이 사건 국세환급금을 지급하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 국세환급가산금을 지급하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 따르면 착오납부․이중납부 또는 세액 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 국세환급금을 지급하는 때에는 그 납부일 다음 날부터 국세환급금 지급결정하는 날까지 기간과 일정 이율(국세청장이 정하여 고시함)에 따라 계산한 국세환급가산금을 지급하도록 되어 있고, 청구인은 2000사업연도 법인세를 신고납부한 세액의 기초가 되는 과세표준을 산정할 때 손금산입하지 아니한 농림수산정책자금 대손보전기금에 출연한 금액은 손금산입하여야 한다는 사실을 알고 이를 손금산입하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 그 청구내용대로 법인세를 환급하는 것으로 경정결정하였다. 따라서, 처분청은 위 규정에 따라 “당초 법인세 신고납부일 다음 날부터 이 사건 국세환급금 지급결정일까지“ 기간의 국세환급가산금을 계산하여 지급하여야 할 것임에도 그 기산일을 같은 법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 “경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날”로 보아 지급할 국세환급가산금이 없다고 본 것은 부당하다.

• 가. 다툼 당초 법인세 기납부세액이 산출세액을 초과하는 것으로 신고하여 그 초과세액을 환급받았다가 과오납에 따른 경정결정으로 추가 세액을 환급받은 경우 그 국세환급 가산금 기산일을 신고납부일 다음 날로 볼 것인지 아니면, 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날로 볼 것인지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서 농림수산정책 자금대손보전규정(2000. 3. 1. 농림부 훈령 제1019호)에 따라 당해 년도에 농림수산정책자금 대손보전기금에 출연한 22,601,317,090원을 손금불산입하여 신고하였고, 당해 연도의 법인세 기납부세액인 원천납부세액이 산출세액을 초과한 환급세액을 653,111백만여 원으로 신고하였다.

(2) 청구인은 2001. 9. 3. 국세청으로부터 “위 대손보전기금에 출연한 금액은 각 사업연도 소득금액 계산시 이를 손금에 산입할 수 있다.”는 질의회신을 받고, 그에 따라 같은 해 9. 24. 처분청에 위 대손보전기금에 출연한 금액을 손금으로 인정하여 이미 납부한 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

(3) 처분청은 같은 해 12. 4. 위 경정청구 내용대로 위 대손보전기금에 출연한 금액을 손금으로 인정하여 법인세 6,328,368,780원을 환급하는 것으로 경정결정하여 같은 달 12. 이 사건 국세환급금 지급결정(국세환급가산금은 포함되지 아니하였음)을 하고, 같은 달 13. 이를 청구인에게 지급하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 국세기본법 제51조 제1항 의 규정에 따르면 세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하도록 되어 있다. (2) 국세기본법 제52조 의 규정에 따르면 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(국세환급가산금)을 국세환급금에 가산하여야 한다고 정하면서, 제1호의 규정에 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일☼로, 제6호의 규정에소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때라고 되어 있다.(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되었고, 부칙 제4항의 규정에 따라 이 법 시행 후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용함)

(3) 국세기본법기본통칙 6-0-28…52(경정 등의 청구로 발생한 환급가산금의 지급 기산일)에 따르면 국세기본법 제45조의2 제1항 및 제2항의 규정에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 관할 세무서장에게 결정 또는 경정을 청구하고, 그 청구에 따라 관할 세무서장이 같은 조 제3항의 규정에 의하여 결정 또는 경정하여 국세환급세액이 발생한 때에는 같은 법 제52조 제6호 단서규정에 따라 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과한 다음 날부터 국세환급가산금을 가산하여 지급하도록 되어 있다.(1995. 8. 14. 개정)

• 라. 판단 먼저, 국세환급가산금을 계산할 때 그 기산일을 정한 제52조의 규정을 살펴보면, 납부의 기초가 된 신고 또는 부과처분을 한 후 이를 취소 또는 경정결정하여 그 전부 또는 일부가 감소된 금액(이하과오납금이라 한다)에 대한 국세환급가산금의 기산일은 같은 조 제1호의 규정을 적용하여납부한 날의 다음 날로 보아야 할 것이고, 당초 적법하게 납부 또는 징수하였으나 각 개별 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 국가가 보유할 정당한 이유가 없어 환급하기로 한 금액(법인세의 경우 당해 사업 연도의 원천징수액, 중간예납세액 등 기납부세액이 총산출세액을 초과하는 금액을 말함)에 대한 국세환급가산금의 기산일은 같은 조 제6호의 규정을 적용하여그 신고한 날로부터 30일이 경과하는 날의 다음날로 보아야 할 것이다. 그러므로, 앞에서 인정한 사실과 같이 청구인이 당연히 손금산입하여야 할 농림수산 정책자금 대손보전기금에 출연한 금액을 손금에 산입하지 아니하고 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다가 처분청이 당초 신고한 과세표준 및 세액을 경정결정함으로써 발생한 이 사건 국세환급금은 당초부터 법률상 원인없이 납부한 과오납금에 해당한다 할 것이므로 이 사건 국세환급가산금의 기산일은 같은 조 제1호의 규정을 적용하여그 납부일 다음 날로 보아야 할 것이다. 이에 대하여 처분청의 주장을 보면, 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 따르면 환급세액을 잘못 신고함에 따른 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액 가산금의 기산일은그 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날로 되어 있고, 청구인은 당초 기납부세액인 원천징수액이 산출세액을 초과한 것으로 환급세액신고를 한 후 2001. 9. 24. 잘못 신고한 그 환급세액을 경정청구함에 따라 처분청이 같은 해 12. 4. 그 청구내용대로 경정결정하였으므로 이 사건 국세환급가산금의 기산일은 위 단서 규정 및 국세기본법기본통칙 6-0-28…52에 따라경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날로 보아야한다는 것이다. 살피건대, 청구인의 경우와 같이 기납부세액이 산출세액보다 초과하여 환급세액을 신고한 후 과오납을 이유로 경정청구를 하고 처분청의 경정결정에 따라 환급하는 경우 그 국세환급가산금은 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정을 적용하여경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날(이와 같은 경우 보통 경정결정일로부터 30일이내 국세환급금을 지급하므로 국세환급가산금을 지급하는 사례가 없음)부터 기산하여 지급하고, 기납부세액이 산출세액보다 미달하여 그 미달 세액을 신고․납부한 후 과오납을 이유로 경정청구를 하고 경정결정에 따라 환급하는 경우 그 국세환급가산금을 같은 조 제1호의 규정을 적용하여납부일의 다음 날부터 기산하여 지급하는 것은 납세자간 형평에 어긋난다 할 것이고, 국세환급가산금 지급에 있어 신고납부기한 전에 원천납부세액, 중간예납세액, 부가가치세 매입세액 등을 상대적으로 더 많이 납부하여 환급세액을 신고한 자가 신고시 세액을 납부한 자보다 오히려 불리하도록 국세환급가산금의 기산일을 위와 같이 서로 달리 보아야 할 아무런 이유가 없다 할 것이다. 따라서, 기납부세액이 산출세액에 미달하여 이를 신고․납부한 경우는 물론이고 이 사건 국세환급과 같이 기납부세액이 산출세액보다 초과하여 환급세액을 신고한 경우라 하더라도 신고 후 이를 취소 또는 경정결정하는 등 과오납으로 인하여 당초부터 법률상 원인없이 납부한 금액을 환급할 때는 국세기본법 제52조 제1호 의 규정을 우선 적용하여 국세환급가산금의 기산일을 신고․납부일의 다음 날로 보아야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 이 사건 국세환급가산금 기산일을법인세 신고․ 납부일의 다음 날로 하지 아니하고경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음 날로 하여 그 환급금을 지급한 것은 부당하다 할 것이어서 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.