부가가치세 관련 심사청구 부분은 청구기간 경과로 각하함이 타당하며, 처분청이 파이프 매입비용이 허위임을 전혀 입증하지 않고 그 입증책임을 청구인에게 돌린 후 거래관련 객관적인 금융자료 등을 제시하지 않았다하여 법인세를 부과처분한 것은 부당하며, 철근관련 매입비용은 거액으로 통상 대체입금방법으로 결제하는 관행 등에 비추어 장부 등에 기재사실만으로 구체적 사실이 입증되었다고 보기 어려움.
부가가치세 관련 심사청구 부분은 청구기간 경과로 각하함이 타당하며, 처분청이 파이프 매입비용이 허위임을 전혀 입증하지 않고 그 입증책임을 청구인에게 돌린 후 거래관련 객관적인 금융자료 등을 제시하지 않았다하여 법인세를 부과처분한 것은 부당하며, 철근관련 매입비용은 거액으로 통상 대체입금방법으로 결제하는 관행 등에 비추어 장부 등에 기재사실만으로 구체적 사실이 입증되었다고 보기 어려움.
1. 2001. 10. 5.자로 청구인에게 한 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 청구부분은 각하한다,
2. 2002. 2. 1.자로 청구인에게 한 이 사건 법인세 부과처분 중 피브이씨파이프 및 그 부속품 매입비용이 실지비용인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 7,691,420원의 부과처분 취소 여부를 결정하여야 한다.
3. 나머지 청구를 기각한다.
청구인(전, ㅇㅇ건설(주), ㅇㅇ건설(주))이 1998 및 1999사업연도에 철근 등 건축자재 매입비를 52,030,600원(부가가치세 포함)으로 하여 그 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제한 후 납부세액신고를 하였고 그 공급가액은 손금산입하여 법인세 과세표준․세액신고를 하였으나, 처분청은 이를 실물거래 없이 허위 세금계산서를 주고받은 것으로 보아 2001. 10. 5. 부가가치세 6,633,690원(가산세 1,903,640원 포함), 2002. 2. 1. 법인세 10,871,710원(가산세 3,303,630원 포함)을 부과․고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.
(1) 청구인은 1998. 11. 30. 및 같은 해 12. 30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 (주) ㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ)으로부터 철근 117.442톤을 35,526,205원에, 1999. 10. 15. 및 같은 달 30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ상사 대표 ㅇㅇㅇ로부터 피브이씨파이프를 16,504,400원에 매입한 것으로 하여 세금계산서를 교부받아 그 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하고 1998년 제2기분 및 1999년 제2기분 부가가치세 납부세액신고를 하였고, 그 공급가액은 1998사업연도 및 1999사업연도 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다.
(2) ㅇㅇㅇ세무서장은 (주) ㅇㅇ이 청구인에게 실제로 위 철근을 공급하지 아니하고 허위 세금계산서를 교부하였다는 사실을 확인하여 2000. 5. 31. 처분청에 과세 자료로 통보하였고, ㅇㅇ세무서장은 ㅇㅇ상사 대표 ㅇㅇㅇ가 1999사업연도 매출액 1,313백만여 원의 62% 상당에 해당하는 819백만여 원을 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부한 혐의로 ㅇㅇ지방검찰청 ㅇㅇ지청에 고발한 내용과 함께 위 고발내용에는 포함되지 아니하였으나 위 ㅇㅇㅇ가 청구인에게 피브이씨파이프를 실제 공급하지 아니하고 위장 또는 가공거래한 혐의가 있으므로 이를 확인하여 과세에 활용하도록 2001. 4월(날짜 모름) 처분청에 과세자료로 통보하였다.
(3) 처분청은 위 ㅇㅇㅇ세무서장 및 ㅇㅇ세무서장로부터 위 과세자료를 통보받고 2001. 9. 19. 청구인에게 위 과세자료에 관하여 소명하도록 안내하여 같은 해 9. 27. 및 10. 23. 청구인으로부터 소명자료를 제출받아 검토하였으나 청구인이 실제 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 금융자료 등을 제시하지 아니하였다는 이유로 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 주고받았다고 보아 같은 해 10. 5. 부가가치세 6,633,690원(1998년 제2기분 4,198,550원, 1999년 제2기분 2,435,140원), 2002. 2. 1. 법인세 10,871,710원(1998사업연도 3,180,290원, 1999사업연도 7,691,420원)을 부과․고지하였다.
(1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여 살펴본다 감사원법 제44조 제1항 및 국세기본법 제55조 제6항 의 규정에 따르면 이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있은 것을 안 날로부터 90일 이내에 심사의 청구를 하여야 한다고 되어 있으나, 청구인은 2001. 10. 12. 처분청으로부터 이 사건 부가가치세 납세고지서를 송달받아 그 처분이 있은 것을 안 날로부터 90일 이상 지난 2002. 2. 28.에서야 우리원에 이 사건 심사청구를 하였다.
(2) 이 사건 법인세 부과처분에 관하여 살펴본다 살피건대, 과세처분의 적법성이나 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나, 사실관계에 관한 장부 등 입증자료는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란하거나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 입증책임을 돌리는 것이 합리적인 경우가 있다할 것이다. 따라서, 과세관청이 납세의무자가 신고한 어느 비용을 실지비용이 아니라고 보아 부과처분 할 경우 과세관청은 그 신고한 비용이 허위임을 상당한 정도로 입증하여야 할 것이고, 그 다음 납세의무자가 그 비용을 실지비용이라고 주장한다면 그러한 비용이 실제로 지급되었다는 구체적 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다할 것이다. 먼저, 처분청은 1999. 10. 15. 및 같은 달 30. 청구인이 ㅇㅇ상사 대표 ㅇㅇㅇ로부터 피브이씨파이프를 15,004,000원(부가가치세 제외)에 공급받고 그 대금을 지급한 사실이 객관적으로 입증되지 아니하므로 실지비용이 아니라고 보아 이를 손금부인하고 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 정당하다고 주장한다. 위에서 인정한 사실과 같이 ㅇㅇ세무서장이 “ㅇㅇ상사 대표 ㅇㅇㅇ가 1999사업연도매출액의 62%에 이르는 부분을 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부하였다”는 혐의로 고발한 내용에 위 피브이씨파이프는 포함되지 아니하였고 ㅇㅇ세무서장은 위 피브이씨파이프 실물거래가 있었는지 여부도 확인․조사하지 아니하고 가공 또는 위장거래 혐의가 있다는 내용만 처분청에 통보하였으므로 청구인이 위와 같이 허위 세금계산서를 교부한 자료상인 위 ㅇㅇㅇ로부터 위 피브이씨파이프를 매입하였다 하더라도 처분청은 그 매입비용이 허위임을 상당한 정도로 입증한 경우 비로소 이 사건 법인세 부과처분을 할 수 있다할 것이다. 따라서, 처분청이 위 피브이씨파이프 매입비용이 허위라는 것을 전혀 입증하지 아니하고 그 입증책임을 청구인에게 돌린 다음 청구인이 거래사실을 객관적으로 확인할 수 있는 금융자료 등을 제시하지 아니하였다 하여 바로 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 부당하다 할 것이다. 한편, 청구인은 1998. 11. 30. 및 같은 해 12. 30. (주) ㅇㅇ으로부터 철근을 실제 공급받았고 그 대금 32,296,550원(부가가치세 제외)도 지급한 사실이 세금계산서, 예금통장, 현금출납장 및 (주) ㅇㅇ의 거래사실 확인서(2000. 9. 27. 작성) 등에 의하여 입증되었다고 주장한다. 그러나, 위 (주) ㅇㅇ이 2000. 5월(날짜 모름) ㅇㅇㅇ세무서장에게 “위 철근은 실제로 ㅇㅇ철강(사업자등록번호: 000-00-00000)에 판매하고 그 매출세금계산서는 청구인에게 교부하였다.”고 확인하고서도 그 후 특별한 사정변경도 없이 같은 해 9. 27. 처분청에 “위 철근은 청구인에게 실제 판매하였다.”고 번복하고 있어 이를 믿기 어렵다할 것이고, 청구인은 1998. 11. 30. 및 12. 29. 예금 33,997,400원 및 54,997,400원을 각각 인출하여 같은 해 11. 30. 및 12. 30. 위 철근매입대금 10,559,670원 및 24,966,530을 각각 현금 지급한 것으로 현금출납장에 기록되어 있으나 이와 같이 많은 금액을 결제할 경우 통상 대체입금 방법으로 결제하고 있는 관행 등에 비추어 위 예금통장 및 현금출납장에 그 대금을 지급한 것으로 기록되어 있다는 것만으로 실물 거래 및 그 대금결제가 이루어졌다는 구체적 사실이 입증되었다고 보기에는 부족하다할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다할 것이다.
그렇다면 이 사건 심사청구 중 이 사건 부가가세 부과처분에 관한 심사청구는 제척기간이 경과한 후에 이루어진 것이어서 각하사유에 해당되고, 이 사건 법인세 부과 처분 중 1999사업연도의 경우 자재비용이 허위임을 입증하지 아니하고 이를 손금부인하여 부과처분한 것은 부당한 것이어서 이 부분에 관한 심사청구는 이유 있고 나머지 부분은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.