쌀겨를 면세로 공급받아 다시 제3자에게 전매하는 중간수집판매상의 공급단계에서 쌀겨의 공급에 관한 부가가치세가 면제되는지 여부

처분청이 2002. 1. 7. 청구인에게 부과한 부가가치세 1996년 2기분 1,134,100원, 1997년 1기분 4,753,100원, 1997년 2기분 9,266,940원, 1998년 1기분 6,917,880원, 1998년 2기분 9,557,290원, 1999년 1기분 7,620,870원, 1999년 2기분 11,379,180원 합계 50,629,360원의 처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 벼를 도정하는 과정에서 발생하는 쌀겨(미강)를 구입하여 제조․가공하지 아니하고 사료공장에 판매하면서 의제매입세액 공제를 하여 부가가치세를 신고한 데 대하여 쌀겨도매업은 부가가치세 의제매입세액 공제대상이 아니라고 보아 이미 공제받은 의제매입세액을 불공제하여 2002. 1. 7. 청구인에게 부가가치세 1996년 2기분 1,134,100원, 1997년 1기분 4,753,100원, 1997년 2기분 9,266,940원, 1998년 1기분 6,917,880원, 1998년 2기분 9,557,290원, 1999년 1기분 7,620,870원, 1999년 2기분 11,379,180원 합계 50,629,360원(가산세 포함)을 경정고지(이하이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 벼를 도정하는 과정에서 발생하는 쌀겨를 정미소에서 수집하여 배합사료공장에 납품하기 위하여 1996년에 사업자등록을 한 후 1996. 7. 24. 부가가치세 과세표준 신고당시 의제매입세액 공제대상이 제조업에서 모든 업종으로 확대되어 쌀겨를 제조․가공하지 않는 경우에도 의제매입세액공제가 가능하다는 처분청 직원의 의견에 따라 의제매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고 납부하여 왔으므로 이미 공제받은 의제매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과처분한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 쌀겨를 면세로 공급받아 다시 제3자에게 전매하는 중간수집판매상의 공급단계에서 쌀겨의 공급에 관한 부가가치세가 면제되는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1996. 5. 10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호를 사업장소재지로, 상호를 ㅇㅇ농산으로, 사료(쌀겨)도매업을 사업종류로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하였고, 2001. 3. 16. 면세사업자로 사업자등록을 변경하였다.

(2) 청구인은 이 사건 부과처분의 각 과세기간에 있어서 벼의 도정과정에서 발생된 쌀겨를 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리에 있는 ㅇㅇ산업, ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리에 있는 ㅇㅇ정미소 등으로부터 매입하여 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리에 있는 ㅇㅇ사료(주) ㅇㅇ공장, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에 있는 ㅇㅇㅇ축협배합사료공장 등에게 공급하여 왔다. ㅇㅇㅇ세무서 김ㅇㅇ이 작성한 검토조사서에 의하면 청구인이 매입한 쌀겨가 수입된 미곡에서 발생한 것인지에 대한 조사검토서에 의하면 청구인이 이 사건 부과처분의 각 과세기간에 위 ㅇㅇ정미소 등에서 매입한 쌀겨는 우리나라에서 생산된 벼의 도정과정에서 발생된 것이라고 하고 있다.

(3) 청구인은 이 사건 부과처분의 각 과세기간의 부가가치세 과세표준신고에 있어서 청구외 ㅇㅇ산업, ㅇㅇ정미소 등으로부터 매입한 쌀겨부분에 대하여 각 구입대금 중 1996년 2기분 1,031,003원, 1997년 1기분 4,320,996원, 1997년 2기분 8,424,491원, 1998년 1기분 6,288,990원, 1998년 2기분 8,688,453원, 1999년 1기분 4,921,454원, 1999년 2기분 7,812,689원 계 41,488,076원을 의제매입세액으로 계산하여 매출세액에서 공제한 후 각 기별 부가가치세 계 178,972,759원을 신고 납부하였다.

(4) 처분청은 청구인이 도정업자로부터 쌀겨를 매입하여 특별한 제조․가공없이 제조업체에 판매하는 것은 의제매입세액 공제대상이 아니라고 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제17조 제3항 에는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물․축산물․수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조․가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다고 규정되어 있고, 구 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것)제62조 제1항에는 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 면세농산물 등(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 같다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있으며, 같은 조 제2항에는 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다고 규정되어 있고, 구 부가가치세법시행규칙(2000. 3. 31. 재정경제부령 제133호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항에는 영 제62조 제1항에서 재정경제부령이 정하는 율이라 함은 103분의 3(음식점업의 경우에는 105분의 5)을 말한다고 규정되어 있다. (2) 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 에는 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물․축산물․수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물․축산물․수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있다.

(3) 구 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항에는 법 제12조 제1항 제1호에 규정하는 농산물․축산물․수산물․임산물은 원생산물 또는 원생산물의 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것으로 한다고 규정되어 있다.

• 라. 판단 청구인이 벼를 도정하는 과정에서 발생하는 쌀겨를 수집하여 제조․가공없이 사료공장 등에 판매하면서 의제매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 데 대하여 처분청은 청구인이 쌀겨를 제조․가공없이 그대로 판매한 것은 의제매입세액 공제대상이 아니라고 보아 이 사건 부과처분을 한 것이므로 먼저 쌀겨가 면세대상 농산물에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다. 쌀겨는 벼에서 쌀과 왕겨, 쌀겨로 분리되는 도정과정에서 발생된 재화로 식용에 공하지 아니하는 농산물에 해당되는 것이라고 할 것이고, 도정과정에서 어느 정도의 외형상의 변화를 가져오지만 위와 같은 정도의 가공은 전체로부터 개개의 구성물을 단순히 분리하는 정도에 지나지 아니한 것으로서 구 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항의 원생산물의 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공에 속하는 것으로 보아야 할 것이다. 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인이 정미소 등으로부터 수집한 쌀겨는 우리나라에서 생산된 벼에서 분리된 것으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 의 규정에 의한 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물로 그 자체가 독립된 부가가치세 면제대상 재화라 할 것이다. 따라서 청구인이 면세농산물인 쌀겨를 정미소 등에서 수집하여 제조․가공하지 아니하고 사료공장 등에 공급하는 경우에도 면세대상이라고 보아야 할 것이다. 비록 청구인이 과세사업자로 사업자등록을 하고 매출세액에서 쌀겨 매입액에 대하여 계산한 의제매입세액을 공제한 후 부가가치세를 신고 납부하여 왔다고 하더라도 이는 쌀겨를 과세재화로 오인한 데에서 비롯된 것이라고 할 것이며, 처분청은 쌀겨가 부가가치세 면제대상에 해당됨에도 청구인이 쌀겨 공급에 따른 매출세액을 신고한 것에 대하여는 시정하지 아니하고 청구인이 매입한 쌀겨를 제조․가공없이 그대로 판매하였다는 이유만으로 이미 공제하였던 의제매입세액을 추징하는 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못된 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.