세무서 직원이 성실신고경감세액을 공제하여 주어서 공제받은 것을 사후에 경감요건에 해당되지 아니한다고 하여 과세처분 할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 기계제조업을 영위하는 일반과세사업자로서 1999년도 제1기분 부가가치세로 납부세액 5,053,930원에서 장부를 기장하는 사업자로 하여 성실신고사업자 경감세액 471,299원을 차감한 4,582,631원을 신고ㆍ납부하였으나 처분청은 청구인이 소득세법 제160조 규정에 따른 장부를 비치ㆍ기장하지 아니하여 성실신고사업자 경감요건에 해당하지 않는다는 사유로 2001. 11. 6.자로 1999년 제1기분 부가가치세 666,880원(경감세액: 471,299원, 가산세 195,589원)을 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 처분청은 어려운 경제상황을 고려하여 영세사업자를 보호하고자 성실하게 신고한 사업자에게 부가가치세를 경감해 준다며 1999년도 제1기분 부가가치세 신고시 청구인에게 성실신고사업자납부세액공제신청서를 작성하여 일반과세자 부가가치세신고서와 함께 제출하게 한 다음 성실신고사업자 경감세액 471,299원을 공제하고서도 수년이 지난 후에 청구인이 장부를 비치ㆍ기장하지 않아 성실신고사업자 경감대상이 되지 않는다는 사유로 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼 세무서 직원이 성실신고경감세액을 공제하여 주어서 공제받은 것을 사후에 경감요건에 해당되지 아니한다고 하여 과세처분 할 수 있는 지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 국세청은 조세특례제한법 제125조 의 규정에 따라 소규모 개인사업자가 부가가치세 과세표준금액을 직전과세기간보다 일정기준율 이상 성실하게 신고하면 그에 따라 증가하는 부가가치세를 3년간에 걸쳐 경감해 주는 등 혜택을 부여하면서 그 대상사업자는 1999. 1. 1. 현재 6월이상 사업을 계속 영위하였고, 1998연간 매출액이 1억 5천만 원 미만인 개인 일반과세자, 간이과세자, 과세특례자로서 1999년 제1기 과세기간분에 대하여 소득세법에서 규정한 장부를 비치ㆍ기장하여야 하며 1999년 제1기 부가가치세 확정신고 과세표준금액을 1998년 제2기 과세표준금액 대비 업종별 성실신고 기준율을 곱한 금액보다 초과하여 신고한 사업자로 한정하였다.

(2) 처분청은 1999년 제1기 부가가치세 신고납부시 성실신고사업자에 해당하는 사업자에 한하여 성실신고사업자납부세액공제신청서를 작성하게 하여 일반과세자 부가가치세신고서와 함께 제출하도록 하였고 청구인은 이에 따라 위 신청서 및 성실신고사업자경감세액란에 471,299원으로 기재한 일반과세자 부가가치세신고서를 작성하여 제출하였다.

(3) 청구인의 1998년 연간 매출액은 58,842,000원이고, 제2기 매출액은 39,616,000원이며, 1999년도 제1기 매출액은 65,000,300원으로서 청구인의 업종인 제조업 성실신고기준율인 130% 보다 높은 164%에 해당되어 1999. 7. 25. 성실신고사업자 경감세액 471,299원을 차감한 4,582,631원을 신고ㆍ납부하였다.

(4) 청구인은 2000. 5. 31. 1999년도 종합소득세 신고납부시 소득세법 제160조 의 규정에 따른 장부를 비치ㆍ기장하지 않았다는 이유로 표준소득률에 의하여 추계로 소득금액을 계산하여 소득세를 신고, 납부하였다.

(5) 처분청은 2001. 10. 31. 성실신고사업자 경감세액공제 점검계획에 따라 청구인의 장부기장여부를 확인, 점검하고 청구인이 소득세법 제160조 에 규정된 장부를 비치ㆍ기장하지 않아 부가가치세 감경대상에 해당되지 않는다는 사유로 2001. 11. 6.자로 청구인에게 1999년 제1기분 부가가치세 666,880원(경감세액분 471,299원, 가산세 195,589)을 부과하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 조세특례제한법 제125조 제1항 은다음 각호의 요건을 갖춘 사업자가 1999년 제1기 과세기간분 또는 제2기 과세기간분에 대한 부가가치세확정신고시 업종별과세표준신장률 등을 고려하여 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 과세표준을 신고(이하 이 조에서 “성실신고”라 한다)하는 경우 제2항의 규정에 의하여 계산한 경감대상세액을 성실신고과세기간부터 3년간 각 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제한다. 다만, 사업장의 이전 또는 업종의 변경등으로서 대통령령이 정하는 사유로 성실신고에 해당하게 된 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하면서, 같은 항 제1호는 1998년 연간 공급가액(부가가치세법 제25조 제1항 의 규정에 의한 간이과세자 또는 과세특례자의 경우에는 공급대가를 말한다)이 1억 5천만 원 미만인 개인사업자로서 성실신고과세기간분에 대하여 소득세법 제160조 의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행한 자라고 규정하고 있다. (2) 소득세법 제160조 제1항 은사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증빙서류 등을 비치하고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 의하여 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 대통령령이 정하는 일정규모 미만의 사업자가 대통령령이 정하는 간편장부(이하 “간편장부”라 한다)를 비치하고 그 사업에 관한 거래사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항의 규정에 의한 장부를 비치ㆍ기장한 것으로 본다」라고 규정하고 있다. (3) 소득세법시행령 제208조 제5항 은법 제160조 제2항 및 제3항에서 “대통령령이 정하는 일정규모 미만의 사업자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다라고 규정하면서 같은 항 제2호는 직전 연도의 수입금액(결정 또는 경정에 의하여 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각목의 금액에 미달하는 사업자라고 규정하고 있으며 그 나목에서는 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기ㆍ가스 및 수도사업, 건설업, 소비자용품수리업, 운수ㆍ창고 및 통신업, 금융 및 보험업: 1억5천만원이라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 살피건대 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 성실신고사업자로 부가가치세 납부세액을 경감받기 위해서는 1998년 연간 공급가액이 1억5천만 원 미만인 개인사업자로서 성실신고과세기간분에 대하여 ‘ 소득세법 제160조 의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행한 자’이어야 하는 바 청구인이 위 소득세법에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 않았으므로 감경대상에 해당되지 않는다 하겠다. 청구인은 처분청이 1999년도 제1기분 부가가치세 신고납부시 성실신고사업자납부세액공제신청서를 작성, 제출하게 하고 공제를 해주었는데도 불구하고 추후 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 아니하였다 하여 성실신고사업자 경감세액분 471,299원 및 가산세 195,589원, 합계 666,880원을 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보기로 한다. 처분청이 사업자에게 성실신고사업자납부세액공제신청서를 작성하게 하고 경감세액을 기재하도록 한 것은 부가가치세를 납부하는 납세자에게 편의를 제공하는 단순한 사실행위에 불과한 것이며, 부가가치세는 신고납부세목으로서 전적으로 납세자 본인의 책임하에 적법하게 신고ㆍ납부하여야 할 책임이 있으므로 관련법규에 위배하여 공제받은 세액을 추가로 징수결정한 것에 대해 부당하다고 하는 청구인의 주장은 이유 없다 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인이 소득세법 제160조 의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 않아 성실신고사업자 납부세액경감대상에 해당되지 아니한다는 사유로 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고, 청구인의 주장은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.