법인이 국가ㆍ지방자치단체에게 토지를 매각하고 관계법령에서 정한 계산서를 교부하지 아니한 경우 계산서미교부가산세를 부과할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1997. 1. 1.부터 2000. 12. 31.사이에 1,541건 81,968,971,537원 상당의 토지를 매각하고 그 중 28건 2,673,850,432원 상당의 토지거래분에 대하여만 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 교부하고, 나머지 1,513건 79,295,121,105원 상당의 토지거래분에 대하여는 계산서를 교부하지 아니한 데 대하여 같은 법 제76조 제9항의 규정에 따라 산출한 가산세(이하계산서미교부가산세라 한다) 792,951,190원을 2001. 11. 8. 부과고지(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유

1. 청구인이 토지 등 부동산을 매각하면 매수인은 등기소에 등기신청을 하고, 등기소에서는 등기신청서 부본과 함께 매매계약서 등을 관할 세무서에 송부하며, 관할 세무서에서는 이를 전산입력하여 과세자료로 활용하고 있는데도 법인세법 제121조 제1항 의 규정에서 요구하는 계산서교부의무를 이행하지 아니하였다는 사유로 계산서미교부가산세를 부과하는 것은 형식적인 법집행으로 부당하다.

2. 설사 청구인이 계산서교부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 국가․지방자치단체와의 거래에 관하여는 법인에게 별도의 협력의무를 지우지 않더라도 근거과세 확립에 차질이 없다고 보아 구 법인세법 제116조 와 같은 법 시행령 제158조 제1항에서 거래증빙자료 수취의무를 면제해 주고 있고, 토지 및 건축물을 매각하는 경우 계산서 대신 영수증을 발급할 수 있도록 2001. 12. 31. 위 계산서 등의 작성․교부에 관한 준용규정인 소득세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호) 제211조 제2항 제4호를 신설한 입법취지를 볼 때 처분청이 청구인에게 국가․지방자치단체의 수요에 따라 수용당하거나 매각한 토지에 대하여 계산서교부의무를 이행하지 아니하였다는 사유로 부과한 계산서미교부가산세 279,455,700원 만이라도 취소하여야 한다.

• 가. 다툼

(1) 구 법인세법 제121조 제1항 의 규정에서 요구하는 계산서교부와 제출의무를 이행하지 아니하였다는 사유로 계산서미교부가산세를 부과할 수 있는지 여부

(2) 국가․지방자치단체의 수요에 따라 수용당하거나 매각한 토지에 대하여 계산서교부와 제출의무를 이행하지 아니한 데 대하여 계산서미교부가산세를 부과할 수 있는지 여부

• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1997. 1. 1.부터 2000. 12. 31.사이에 1,541건 81,968,971,537원 상당의 토지를 매각하고 구 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 28건 2,673,850,432원 상당의 토지거래분에 대하여만 교부하였고, 1,513건 79,295,121,105원 상당의 토지거래분에 대하여는 교부하지 아니하였다.

(2) 청구인은 1997사업연도부터 2000사업연도까지 매년 3. 31.에 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서 위 매각토지들의 양도차익에 대한 특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 첨부하여 처분청에 제출하였다.

(3) 위 계산서를 교부하지 아니한 토지거래 1,513건 중 502건(토지매각금액: 27,945,570,010원)은 국가․지방자치단체에게 도로, 항만, 공공시설용지 등으로 수용당하거나 협의매각한 것이다.

(4) 처분청은 청구인이 1,513건 79,295,121,105원 상당의 토지거래분에 대한 계산서를 교부하지 아니한 데 대하여 같은 법 제76조 제9항의 규정에 따라 계산서미교부가산세 792,951,190원을 2001. 11. 8. 부과고지하였다.

• 다. 관계법령의 규정

(1) 구 법인세법 제121조 (2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제1항에는 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 제3항에는 제1항 등의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출․매입처별합계표(이하계산서합계표라 한다)를 매년 1. 31.까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 제4항에는 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성 교부하였거나 계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 계산서 등을 작성․교부하였거나 계산서합계표를 제출한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법 제76조 제9항 에는 납세지 또는 관할 세무서장은 법인이 법인세법 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 제3항의 규정에 의하여 계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하면서 계산서합계표를 제출하지 아니한 데 대한 가산세를 부과하는 경우 계산서미교부가산세를 부과할 수 없도록 규정하였다.

(3) 구 법인세법 제116조 제1항 및 제2항과 같은 법 시행령 제158조에는 법인은 국가 및 지방자치단체 등을 제외한 모든 법인과의 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 5년간 이를 보관하여야 한다고 규정하고 있다.

(4) 구 법인세법시행령(2001. 8. 14. 대통령령 제17338호로 개정되기 전의 것) 제164조 제1항에는 계산서의 작성․교부 등에 관한 소득세법시행령 제211조 내지 제212조의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성․교부에 관하여 이를 준용한다고 규정하고 있다.

(5) 구 소득세법시행령(2001. 1. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제211조 제1항에는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급하는 자와 공급받는 자의 등록번호, 성명, 명칭, 공급가액, 작성연월일 등이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항에는 부가가치세법시행령 제79조의2 제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업, 부가가치세가 면제되는 사업, 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 한하여 계산서 대신 영수증을 교부할 수 있다고 규정하고 있다.

(6) 구 소득세법시행령 제212조 제1항 에는 사업자는 법 제78조의 규정에 의한 기한내에 재정경제부령이 정하는 계산서합계표를 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정된 소득세법시행령 제211조 제2항 제4호 에는 토지 및 건축물을 공급하는 경우도 영수증을 교부할 수 있도록 규정하였다. (7) 소득세법시행규칙 제100조 의 30에는 영 제211조에 규정하는 계산서는 별지 28호 서식 (1) 또는 (2)에 의한다고 규정하고 있고, 제100조의 31에는 영 제212조에 규정하는 계산서합계표는 별지 29호 서식 (1) 또는 (2)에 의한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 토지 등 부동산을 매각하면 매수인은 등기소에 등기신청을 하고, 등기소에서는 등기신청서 부본과 함께 매매계약서 등을 관할 세무서에 송부하며, 관할 세무서는 이를 전산입력하여 과세자료로 활용하고 있는데도 처분청이 법인세법 제121조 제1항 의 규정에서 요구하는 계산서교부의무를 이행하지 아니하였다는 사유로 청구인에게 계산서미교부가산세 792,951,190원을 부과하는 것은 형식적인 법집행으로 부당하다고 주장하면서 설사 청구인이 계산서교부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 국가․지방자치 단체와의 거래에 관하여는 법인에게 별도의 협력의무를 지우지 않더라도 근거과세 확립에 차질이 없다고 보아 법인세법 제116조 와 같은 법 시행령 제158조 제1항에서 거래증빙자료 수취의무를 면제해 주고 있고, 토지 및 건축물을 매각하는 경우 계산서 대신 영수증을 발급할 수 있도록 2001. 12. 31. 소득세법시행령 제211조 제2항 에 제4호를 신설한 입법취지를 볼 때 처분청이 청구인에게 국가․지방자치단체의 수요에 따라 수용당하거나 매각한 토지에 대하여 계산서교부와 제출의무를 이행하지 아니하였다는 사유로 부과한 계산서미교부가산세 279,455,700원 만이라도 취소하여야 한다고 주장한다. 먼저 첫번째 주장에 대하여 살펴보면, 법인이 토지를 매각한 경우 매입자에게 계산서를 교부하고, 납세지 관할 세무서장에게 계산서합계표를 제출하여야 할 의무가 있고, 동 의무를 하나라도 이행하지 아니한 경우 부가가치세법에 의한 세금계산서 또는 영수증을 작성 교부하고 계산서합계표를 제출하지 않은 이상 납세지 또는 관할 세무서장은 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 하는 것임은 위 관계 법령에서 보는 바와 같으며, 조세법률주의 원칙상 세법이 규정하는 과세요건에 관한 규정은 엄격하게 해석하여야 한다. 그런데 청구인은 위 인정사실에서 알 수 있는 바와 같이 1997. 1. 1.부터 2000. 12. 31.사이에 1,541건 81,968,971,537원 상당의 토지를 매각하고도 그 중 28건 2,673,850,432원 상당분만 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 교부하였고, 1,513건 79,295,121,105원 상당의 토지거래분에 대하여는 계산서를 교부하지 아니하였으며, 설사 청구인이 계산서합계표와 그 내용이 유사한특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 법인세 과세표준 및 세액신고서에 첨부하여 제출하였다 하더라도 그것은 계산서합계표 제출기한인 매 연도 1. 31.이 지난 3. 31.에야 각각 제출된 법인세 신고서의 명세서에 불과한 것이므로 처분청이 계산서미교부가산세를 부과한 것이 부당하다 할 수 없다 할 것이다. 다음으로 두번째 주장에 대하여 살펴보면 법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우 거래증빙자료의 수취 및 보관의무를 면제받는 것과 청구인이 국가․지방자치단체에 대해 토지 등을 매각하고 계산서를 교부할 의무를 부담하는 것은 별개 사항이고, 2001. 12. 31.까지는 구 법인세법에서 국가 또는 지방자치단체의 필요에 의해 토지 등을 수용당하거나 매각한 경우 계산서 교부의무를 면제하는 규정을 두고 있지 아니하므로 청구인은 국가 또는 지방자치단체의 필요에 의해 토지 등을 수용당하거나 매각한 경우라 하더라도 계산서를 교부할 의무가 있다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지 등을 매각하고도 계산서교부의무를 이행하지 아니한 청구인에게 계산서미교부가산세를 부과한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이어서 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.