매출매입처별계산서합계표 기재불성실가산세 해당 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 농산물 판매를 위탁받아 상장하여 도매하거나 이를 매수하여 도매하는 부가가치세 면세사업자로서 1999. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 농산물을 위탁받아 판매하고 교부한 계산서의 매출처별계산서합계표와 농산물을 매입하고 교부받은 계산서의 매입처별계산서합계표를 2000. 1. 31. 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 위 매출 및 매입처별계산서합계표와 거래상대방이 제출한 매출 및 매입처별계산서합계표를 거래처별로 상호 대사한 후 청구인이 매출처별계산서합계표 중 위탁판매의 매출금액 44,568,628,406원과 매입처별계산서합계표 중 매입금액 324,085,610원 합계 44,892,714,016원에 대하여 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액 등을 기재하지 아니한 것을 확인하고 매출 및 매입처별계산서합계표 기재불성실가산세의 부과대상이라고 보아 2001. 12. 6.자로 청구인에게 법인세에 대한 가산세 448,927,140원을 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분 중 매출처별계산서합계표 기재불성실과 관련된 가산세 445,686,280원을 감액하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 1999년도 귀속 매출처별 계산서합계표 등 제출시 농산물을 위탁받아 판매하고 거래 상대방에게 교부한 계산서분과 위탁자로부터 위탁판매수수료를 받고 위탁자에게 교부한 계산서분을 합한 전체 매출분에 대한 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)와 위 전체분에서 위탁판매수수료에 해당하는 부분만 따로 떼어내어 새로 작성한 매출처별계산서합계표(매출처수 255, 매출금액 1,498,102,591원), 매입처별계산서합계표(매입처수 208, 매입금액 21,682,014,875원), 매입처별세금계산서합계표(매입처수 22, 매입금액 138,648,752원) 모두를 2000. 1. 31. 처분청에 비치된 신고함에 투입함으로써 매출처별계산서합계표를 모두 적법하게 제출하였다. 그런데도 위 전체 매출분에 대한 매출처별계산서합계표를 처분청이 분실하고도 이를 제출하지 아니 하였다고 판단하여 청구인에게 가산세를 부과처분한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 1999년도 귀속 매출처별계산서합계표를 적법하게 제출하였는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1998. 2. 27. ㅇㅇ시장으로부터 ㅇㅇ시 농수산물도매시장법인으로 지정 받고 농산물 판매를 위탁받아 상장하여 도매하거나 이를 매수하여 도매하는 부가가치세 면세사업자이다.

(2) 처분청의 1999년도 귀속 계산서관계철 접수대장에는 청구인이 1999. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 매출처별계산서합계표(매출처수 255, 매출금액 1,498,102천 원), 매입처별계산서합계표(매입처수 208, 매입금액 21,682,014천 원), 매입처별세금계산서합계표(매입처수 22, 매입금액 138,648천 원)가 제출한 것으로 기재되어 있고, 또한 처분청에 위 서류가 보관되어 있다.

(3) 처분청은 위 매출 및 매입처별계산서합계표와 거래상대방이 제출한 매출 및 매입처별계산서합계표를 거래처별로 상호 대사한 후 청구인이 매출처별계산서합계표 중 위탁판매의 매출금액 44,568,628,406원과 매입처별계산서합계표 중 매입금액 324,085,610원 합계 44,892,714,016원이 위 합계표에 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액 등을 기재하지 아니한 것을 확인하고 2001. 12. 6. 이 사건 부과처분을 하였다.

(4) 이 사건 부과처분 중 매입처별계산서합계표에 매입금액 324,085,610원을 기재하지 아니한 부분에 대하여는 청구인이 잘못을 인정하여 다툼이 없고, 나머지 매출처별계산서합계표에 매출금액 44,568,628,406원을 기재하지 아니한 부분만 이건 심사청구로 다투고 있다.

(5) 청구인은 1998, 2000, 2001년도 귀속분 매출처별계산서합계표에 위탁판매분과 위탁판매수수료분의 구분없이 매출처별계산서합계표 1부를 매년 처분청에 제출하여 왔다.

(6) 청구인과 같은 ㅇㅇ시농수산물도매시장 안의 농산물 도매시장법인인 ㅇㅇ청과물(주)와 ㅇㅇ원예농업협동조합의 1998, 1999, 2000, 2001년도 귀속분 매출처별계산서합계표 제출 형태는 위탁판매분과 위탁판매수수료분의 구분없이 매출처별계산서합계표 1부를 매년 처분청에 제출하고 있다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 법인세법 제76조 (2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제9항에서 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다고 규정하고, 제1호에서 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우, 제2호에서 제121조 제3항의 규정에 의하여 매출․매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한 내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우라고 열거하고 있다. (2) 법인세법시행령 제120조 제10항 에서 법 제76조 제9항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항"이라 함은 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액을 말한다. 다만, 제출된 매출․ 매입처별계산서합계표의 기재사항이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부한 또는 교부받은 계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제76조 제9항 제2호에 규정하는 사실과 다르게 기재된 매출․매입처별계산서합계표로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (3) 법인세법 제121조 제1항 에서 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서 등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항에서 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물․축산물․수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 제3항에서 법인은 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출․매입처별합계표(이하 "매출․매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (4) 법인세법시행령 제164조 제3항 에서 법 제121조 제3항에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 매년 1월 31일을 말한다고 규정하고 있고, 제4항에서 법인은 재정경제부령이 정하는 매출․매입처별계산서합계표를 제3항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(5) 구 국세기본법 제85조의4 (1999. 8. 31. 법률 제5993호로 개정되기 전의 것)에서 납세자 또는 세법에 의하여 과세자료를 제출할 의무가 있는 자(이하 "납세자 등"이라 한다)로부터 과세표준신고서․과세표준수정신고서 또는 과세표준신고․과세표준수정신고와 관련된 서류 및 기타 대통령령이 정하는 서류를 제출받는 경우에는 세무공무원은 납세자 등에게 접수증을 교부하여야 한다. 다만, 우편신고 등 대통령령으로 정하는 경우에는 접수증을 교부하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. (6) 국세기본법시행령 제65조의8 제2항 에서 법 제85조의4 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고, 제1호에서 납세자가 과세표준신고서 등의 서류를 우편이나 모사전송으로 제출하는 경우, 제2호에서 납세자가 과세표준신고서 등의 서류를 세무공무원을 경유하지 아니하고 지정된 신고함에 직접 투입하는 경우라고 열거하고 있다.

• 라. 판단 이 사건의 다툼은 청구인이 2000. 1. 31.까지 1999년도 귀속 위탁판매분과 위탁판매수수료분을 합한 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)를 위탁판매수수료분과는 별도로 제출하였는지 여부에 있다. 법인세법상의 매출처별계산서합계표 기재불성실가산세는 납세의무자가 법령에서 정한 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 것을 과세요건으로 한다할 것이고 그 과세요건의 성립여부에 대한 입증책임은 과세관청에 있다할 것이다. 살피건대, 이 사건 부과처분의 경위를 보면 처분청은 청구인이 제출한 매출 및 매입처별계산서합계표와 거래상대방이 제출한 매출 및 매입처별계산서합계표를 거래처별로 상호 대사한 결과 청구인이 매출처별계산서합계표에 기재하여야 할 거래금액 중 44,568,628,406원의 거래분에 대하여는 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액 등을 기재누락한 사실을 확인하고 이 사건 부과처분을 하였으므로 이건 과세요건은 충족되었다고 보아야 할 것이다. 다만, 청구인은 1999년도 귀속 위탁판매분과 위탁판매수수료분을 합한 전체분 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)와는 별도로 위탁판매수수료분 매출처별계산서합계표(매출처수 255, 매출금액 1,498,102,591원)를 각각 2000. 1. 31. 처분청에 비치된 신고함에 투입하는 방법으로 제출하였는데도 위 전체분 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)를 처분청이 분실하고 이를 청구인이 제출하지 아니 하였다고 판단하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장하고 있으나 청구인이 전체분 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)와 위탁판매수수료분 매출처별계산서합계표(매출처수 255, 매출금액 1,498,102,591원)를 각각 1부씩 제출하였다는 증거를 제시하지 못하고 있고 처분청도 위 매출처별계산서합계표를 각각 1부씩 받아 그 중 전체분 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)를 분실하였는지 여부에 대하여 입증하지 못하고 있다. 그러나 청구인이 전체분 매출처별계산서합계표(매출처수 320, 매출금액 46,678,020,901원)와 위탁판매수수료분 매출처별계산서합계표(매출처수 255, 매출금액 1,498,102,591원)를 각각 제출하였다는 주장에 대하여 그 정황을 살펴보면 청구인은 ㅇㅇ시 농수산물도매시장법인으로 지정 받은 부가가치세 면세사업자로서 매 사업연도에 재화나 용역을 공급하거나 농수산물을 위탁받아 판매하고 교부한 계산서의 매출처별계산서합계표를 처분청에 제출하면 되고 위탁판매분과 위탁판매수수료분을 합한 매출처별계산서합계표와 그 중 위탁판매수수료분만 따로 떼어낸 매출처별계산서합계표를 각각 제출할 의무나 필요성이 없었을 뿐만 아니라 오히려 이를 각각 제출시 중복제출로 인한 업무의 혼란만 초래하게 되는 점, 청구인이 처분청에 제출한 매출처별계산서합계표 제출현황을 보면 1998, 2000, 2001년도 귀속분은 위탁판매분과 위탁판매수수료분을 합한 매출처별계산서합계표만 처분청에 제출하여 왔을 뿐 위탁판매 수수료분을 구분하여 별도로 제출하였던 적은 없으면서 청구인이 1999년도 귀속분만 전체 매출처별계산서합계표와 위탁수수료분에 대한 매출처별계산서합계표를 각각 제출하였다고 주장하여 위 제출현황과 차이가 발생하고 있는 점, 청구인과 같은 ㅇㅇ시농수산물도매시장 안의 농산물 도매시장법인인 ㅇㅇ청과물(주)와 ㅇㅇ원예농업협동조합의 1998, 1999, 2000, 2001년도 귀속분의 매출처별계산서합계표 제출 형태를 보면 위탁판매분과 위탁판매수수료분의 구분없이 이를 합한 매출처별계산서합계표만 매년 처분청에 제출하고 있는 것으로 보아 청구인만 1999년도 귀속분만 전체 매출처별계산서합계표와 위탁수수료분에 대한 매출처별계산서합계표를 각각 제출하였다고 보기에는 그 사유가 부족한 점 등을 감안할 때 청구인이 주장하는 1999년도 귀속분에 대하여만 위탁판매분과 위탁수수료분을 합한 매출처별계산서합계표와 위탁판매수수료분에 대한 매출처별계산서합계표를 각각 별도로 제출하였다는 것은 그 사유를 인정하기 어렵다 할 것이다. 또한 청구인은 2000. 1. 31.자로 처분청에 제출한 전체 매출처별계산서합계표와 위탁수수료분에 대한 매출처별계산서합계표를 각각 제출하였고 동 매출처별계산서합계표를 가지고 처분청이 2000. 6월 초에 청구인에 대한 업무분석을 하였는데도 이를 제출하지 아니하였다고 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다는 주장도 하고 있으므로 이에 대하여도 살펴본다. 법인세 조사업무를 담당하였던 ㅇㅇ계장 ㅇㅇㅇ(현, ㅇㅇ지방국세청 ㅇㅇ과 근무)의 진술에 의하면 2000. 4. 17.자로 신임 ㅇㅇ세무서장(ㅇㅇㅇ)이 부임하여 관내 ㅇㅇ시 농수산물도매시장내 법인들에 대한 현황파악을 위해 그 무렵 처분청의 서류보관창고에서 청구인의 1999귀속 매출처별계산서합계표 등을 찾아보았으나 찾지 못하여 청구인의 기장신고 대리인인 청구외 윤ㅇㅇ 세무사에게 연락하여 동 세무사로부터 별도로 1999귀속 매출처별계산서합계표 등을 제출받아 매출총액 등의 현황파악을 하고 동 서류를 돌려준 사실은 있으나 청구인이 이미 제출하여 처분청에 보관하고 있는 매출처별계산서합계표를 활용한 것은 아니고 또한 그 당시 청구인에 대한 세무조사 목적이 아니라 단지 농수산물도매시장 법인에 대한 현황파악 목적이었다고 진술하고 있고, 위 윤ㅇㅇ 세무사도 위 황ㅇㅇ의 서류제출요구에 따라 1997, 1998, 1999귀속 매출처별계산서합계표와 매입처별계산서합계표 등을 제출하였다가 2000. 6. 28. 동 서류를 돌려 받았다고 진술하고 있는 점을 감안할 때 청구인의 위 주장 또한 믿기 어렵다할 것이다. 따라서 청구인이 2000. 1. 31.까지 1999귀속 위탁판매분을 포함한 매출처별계산서합계표를 처분청에 제출하였다고 인정하기 어려워 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 이 사건 부과처분 중 청구인이 매출처별계산서합계표를 제출하면서 위탁판매분에 대한 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액 등을 기재하지 아니하였음을 이유로 한 가산세 부과처분은 정당하다고 할 것이고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.