농지대토로 인한 비과세 요건

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997. 6. 19. ㅇㅇㅇ ㅇㅇ택지개발지구 내의 토지인 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 7필지 답 7,450㎡를 ㅇㅇㅇ시에 양도(협의수용)하고 같은 해 8. 29. 양도토지 중 같은 동 ○○번지 외 5필지 답 3,465㎡에 대하여는 8년 자경농지로 인한 양도소득세 감면 신청을, 나머지 양도토지인 같은 동 ○○번지 외 1필지 답 3,985㎡(이하 쟁점토지라 한다)에 대하여는 농지대토로 인한 양도소득세 비과세 신청을 한 것에 대하여 2001. 1. 31. 및 2. 23. 각각 감면 및 비과세 결정을 하였다.
• 나. ㅇㅇㅇ세무서장은 위 쟁점토지에 대하여 당초 농지대토에 의한 비과세 결정하였으나 이러한 농지대토 비과세는 자경하던 농지를 양도하는 경우에만 해당되는 것이고, 쟁점토지는 1992. 8. 14.부터 수용시까지 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합에 임대한 사실이 있어 비과세결정을 취소하고 임대전 8년 자경농지에 해당하는 것으로 정정하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 따라 양도소득세 감면 종합한도를 초과하는 부분에 대하여 2001. 8. 4. 청구인에게 1997 귀속 양도소득세 65,876,020원(가산세 25,472,130원 포함)을 부과ㆍ고지(이하이 사건 부과처분이라 한다.)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 1960년도부터 현재까지 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지에 거주하면서 농사만 지어온 농업인으로 1992. 8. 14. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합과 쟁점토지를 화훼직판장 부지로 사용하는 임대차계약(임대보증금: 30,000천원, 사용기간: 60개월)을 체결하고 임대하였다. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합은 쟁점토지에 하우스를 설치하고 직판장내 일부를 동 ㅇㅇㅇㅇ조합의 작목반원에게 분양하고, 작목반원은 직접 자기 생산물을 재배하여 판매하던 중 1997. 6. 19. 쟁점토지가 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ택지개발사업의 시행으로 ㅇㅇㅇ시에 수용되었으며, 청구인은 1997. 5. 20. 같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지외 1필지 답 5,713㎡를 자경할 목적의 농지 대토로 취득하였다. 즉 쟁점토지는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합에 임대하였으나 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합 화훼 작목반원으로 다른 조합원과 함께 영농에 종사하고 있으므로, 이 사건 토지에 대하여 농지대토에 의한 비과세가 아니라 자경농지에 의한 감면 적용으로 양도소득세를 부과한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 토지가 농지대토 비과세 요건에 해당되는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1997. 6. 19. ㅇㅇㅇ ㅇㅇ택지개발지구 내의 토지인 같은 동 ○○번지 외 7필지(답 7,450㎡)를 ㅇㅇㅇ시에 양도하고 같은 해 8. 29. 양도토지 중 같은 동 ○○번지 5필지(답 3,465㎡)에 대하여는 8년 자경농지로 인한 양도소득세 감면 신청을, 나머지 양도토지인 같은 동 ○○번지외 1필지(답 3,985㎡)에 대하여는 농지대토로 인한 비과세 신청을 하였다.

(2) ㅇㅇㅇ세무서장은 위 청구인의 양도소득세 감면 및 비과세신청에 대하여 2001. 1. 30. 및 같은 해 2. 23. 각각 감면 및 비과세결정을 하였다가 과세전 적부심사사무처리규정에 의하여 2001. 7. 9. 감사결과 과세예고를 청구인에게 통지한 후 2001. 8. 4. 농지대토로 인한 비과세결정은 자경하던 농지를 양도한 경우에만 적용되는 것인 바 청구인의 양도토지는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합에 임대되었으로 농지대토로 인한 비과세결정을 취소하고 동 토지를 임대전 8년 이상 자경한 사실은 인정하여 양도소득세 감면결정을 하고 340,403,894원의 양도소득세 산출세액에서 양도소득세 감면종합한도인 300,000,000원을 차감한 양도소득세 65,876,024원(가산세 25,472,130원 포함)을 부과ㆍ고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정되기 전의 것) 제55조 제1항은 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것으로 하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정되기 전의 것) 제119조 제2항에 따르면자경농지에 대한 양도소득세 감면에 대하여 감면할 양도소득세액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다라고 규정하고 있다.

(3) 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정하기 전의 것) 제89조 제4호에 따르면 대통령령이 정한 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생한 소득을 비과세양도소득으로 하는 것으로 되어 있고 소득세법시행령 제153조 제2항 에서 법 제89조 제4호에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 경우를 말하는 것으로1. 종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 2.새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우를 규정하고 있다. (4) 소득세법 기본통칙 89-1 제1항의 규정에 의하면 농지의 대토라 함은 자경농민이 경작상 필요에 의하여 경작하던 농지를 양도하고 그에 상응하는 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다라고 하고 같은 통칙 제2항에서농지법에 의한 위탁경영, 대리경작 또는 임대차하는 농지를 대토하는 경우에는 농지의 대토로 보지 아니한다라고 되어 있다. (5) 소득세법 제114조 의 제1항 규정에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세의 과세표준과 세액을 제100조의 규정에 의한 거주자의 신고에 의하여 결정한다고 되어 있고 제2항의 규정에서납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다고 되어 있다.

• 라. 판단 이 건 청구인이 양도한 토지가 관계 법령에서 규정하는 농지의 대토요건에 해당하는 지 여부가 이 건 심사청구의 쟁점인 바 농지대토는 소득세법 기본통칙에 의하여 양도당시 자경농지이어야 하나 양도물건은 1992. 8. 25.부터 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ동 ○○번지에 있는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합에 화훼 재배 및 직판장 부지로 임대되었음이 전세계약서 등에 의하여 확인되므로 자경농지라고 보기 어렵다. 청구인은 쟁점토지가 타용도로 사용된 것이 아니라 화훼 경작용으로 사용된 것이고 청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합의 화훼 작목반 반원으로 종사하였음으로 주장하고 있으나 청구인의 주장은 위탁경영, 대리경영, 또는 임대차경영을 농지대토에서 제외하고 있는 관계법령을 배척하여 임대차경영이 아니라는 것을 입증한다고 보기 어렵다. 살피건대, 위 청구인의 양도토지에 대하여 양도소득세 비과세 결정을 하였다가 양도토지가 청구인이 양도당시 자경한 농지가 아니라는 사실을 확인하여 양도소득세 비과세결정을 취소하고 양도소득세 감면요건 해당여부를 검토한 후 양도소득세를 부과처분한 과세관청의 행위에 관계법령을 잘못 해석한 위법이 있다고 보기 어렵다.

그렇다면 처분청이 양도소득세 비과세 결정을 취소하고 양도소득세 감면 여부를 검토하여 이 사건 부과 처분한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.