청구인이 토지소유자를 대신하여 납부한 종합토지세 상당을 손금산입하지 않는 것이 타당한지 여부

처분청이 청구인에 대하여 2001. 9. 3.자로 한 1996사업연도 법인세 25,810,318원, 1997사업연도 법인세 38,264,769원, 1999사업연도 법인세 43,795,165원, 2000사업연도 법인세 40,421,265원의 부과처분을 각 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 1994. 10월경 청구외 ㅇㅇㅇㅇ공사(이하 ‘ㅇㅇㅇㅇ공사’라 한다)가 청구외 사단법인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회(이하 ‘ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회’라 한다)로부터 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 면적 계 36,756㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대한 지상권을 설정받아 그 지상에 건축한 ‘○○체육관’을 임차․사용하였다.(ㅇㅇㅇㅇ공사는 1986. 12. 31. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회로부터 이 사건 토지에 대하여 존속기간을 60년간으로, 지료를 무상으로 하는 지상권을 취득하였다)
• 나. 1994. 12. 31. 지방세법의 개정으로 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 소유하고 청구인이 사용하는 이 사건 토지(당초 설정된 지상권설정계약이 1990. 12. 31. 변경되어 면적이 약간 축소되었다)에 대하여 1996사업년도부터 2000사업년도까지 5년간 종합토지세 합계 489,693,551원이 부과되자, 청구인에게 이를 대신납부(무상지원)하여 줄 것을 요청하였다. 이에 청구인은 이사회의결을 거쳐 이를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 지급한 후 그 상당액을 1996사업연도, 1997사업연도, 1999사업연도, 2000사업연도에 비용처리하고 세무조정시 손금산입하였다.(이 사건 토지에 종합토지세가 부과되기 시작한 이유는 청구인이 이 사건 토지를 ○○체육관 부속토지로 사용함으로서 더 이상 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 고유목적사업 등에 사용한 것에 해당하지 않기 때문이다)
• 다. 처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 종합토지세 상당을 지원한 것은 법률상․계약상 의무없이 이루어진 것이므로 이를 손금산입할 것이 아니라 접대비로 처리하여 접대비 법정한도를 초과한 부분은 손금불산입하여야 한다는 사유로 2001. 9. 3.자로 1996-1997사업연도, 1999-2000사업연도 각 법인세 합계 148,291,490원을 부과, 고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)하였다.(처분청은 청구인이 각 연도에 지원한 종합토지세는 모두 당해 법정접대비 한도를 초과하므로 전액 손금불산입하여 각 사업연도 법인세를 경정결정한 것이다)

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 부담한 종합토지세 상당은 이 사건 부속토지에 대한 임차료에 갈음한 것이므로 이를 접대비로 볼 것이 아니라 수익에 대응하는 비용으로 처리함이 타당하다. (1) 국세기본법 제15조 에 의하면 과세권자가 과세요건을 판단함에 있어서는 ‘거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있고, 이 경우 그 거래의 실질내용판단 기준은 ‘형식상 기록내용이나 거래명에 불구하고 상관례, 구체적 거증, 거래당시 정황 및 사회통념’ 등을 고려하여 판단하여야 한다. 한편, ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 모두 유사한 공익추구를 목적으로 하는 단체로서 상호 우호선린적 관계에서 이 사건 부속토지를 ○○체육관 부속토지로 사용하는데 합의하여 지료를 무상으로 하는 지상권설정계약을 체결하였다. 그 후 ㅇㅇㅇㅇ공사가 ○○체육관을 건립하여 청구인이 임대․사용하므로 종합토지세가 부과되었다. 이는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 더 이상 이 사건 토지를 고유목적사업에 이용하지 않기 때문이었는데 당초에는 예상치 못한 일이었다. 이에 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 청구인에게 종합토지세를 부담하여 줄 것을 요청하였고, ㅇㅇㅇㅇ공사와 청구인은 지상권설정계약이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회와의 상호신뢰를 바탕으로 약정된 사실, 청구인이 이 사건 부속토지를 수익적 목적으로 사용하고 있는 사실 등을 고려하여 청구인이 종합토지세를 부담한 것이 타당하다고 판단하였다. 이는 국세기본법상 실질과세의 원칙과 과세관행상 수익자부담의 원칙 등도 고려한 것이다.

(2) ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 체결한 지상권설정계약은 사정변경에 따라 변경될 수 있는 것인 바, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 종합토지세 부담을 요청하였고 이에 대하여 ㅇㅇㅇㅇ공사가 이를 수용한 것은 당초 지료 무상으로 체결한 지상권설정계약을 종합토지세 상당의 지료를 지급하기로 하는 내용으로 변경한 것이라고 볼 수 있다. 결국 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회간의 지상권설정계약 변경과ㅇㅇㅇㅇ공사의 요구에 따라 종합토지세를 지원한 것이어서 이를 법률상․계약상 의무없는 것이라 할 수 없으므로 지원한 종합토지세 상당을 손금산입처리한 것은 타당하다.

• 가. 다툼 청구인이 부담한 종합토지세 상당을 접대비로 볼 것인지, 아니면 수익에 대응하는 비용으로 볼 것인 지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 청구외 ㅇㅇㅇㅇ공사(사장: ㅇㅇㅇ)가 100% 투자하여 1989. 3. 31. 설립한 주식회사로서 방송시설관리사업 및 체육진흥관련사업 등을 목적으로 하고 있다.(청구인은 당초 상호가 ‘(주) ooo ㅇㅇㅇㅇ사업단’이었으나, 2001. 1. 1.자로 (주) ‘ooo 비즈니스’로 상호변경되었다)

(2) 이 사건 토지위에 ○○체육관이 건립․운영된 경위 및 지상권설정 내역을 살펴보면 다음과 같다.(ㅇㅇㅇㅇ공사는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회 소유의 이 사건토지에 지상권을 설정받아 지상에 ○○체육관을 건립하였고, 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사로부터 위 체육관을 임차하여 운영․수익하였다) (가) ㅇㅇㅇㅇ공사(당시 사장: ㅇㅇㅇ)와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회(당시 회장: ㅇㅇㅇ)가 1984. 12. 31.작성한 ‘다목적스포츠홀건립및운영에관한약정‘에 의하면 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 이 사건 토지상에 건립 중인 체육관 건립업무를 ㅇㅇㅇㅇ공사가 투자하여 승계․추진하고, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 ㅇㅇㅇㅇ공사에 이 사건 토지(행정구획변경 등으로 현재의 지번 및 면적에 약간의 차이가 있다)를 60년간 무상으로 하는 지상권을 설정하며, 두 기관은 ’운영협의회‘를 구성하여 다목적 스포츠홀의 사용 및 관리운영에 관한 제반 사안을 협의․조정하고, 위 약정서에 기재되지 아니한 사항에 관하여는 쌍방 합의와 성실로서 협의결정한다는 내용 등이 기재되어 있다. (나) ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 1986. 11. 8. 작성한 ‘○○체육관운영및사용에관한약정서’에 의하면 ‘다목적스포츠홀건립및운영에관한약정’에 의하여 ㅇㅇㅇㅇ공사가 ○○체육관의 운영권을 보유하되 이를 ○○사업단(청구인)에 위임관리하도록 하고, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 체육관 부대시설 중 매장을 식당으로 운영․수익한다는 내용 등이 기재되어 있다.(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 1989. 10월경 작성한 ‘○○체육관시설내도시가스시설사용인계요청서’ 등에 의하면 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 1986. 11. 8.부터 1989. 10월경까지 체육관 부대시설 중 식당을 임차료없이 운영․수익하였다) (다) ㅇㅇㅇㅇ공사는 1986. 11. 10. 위 약정에 따라 이 사건 토지에 ‘○○체육관’을 건립하였다.(○○체육관은 수영장, 선수휴게실, 실내골프연습장 등으로 구성되어 있다) (라) 등기부 등본 등에 의하면 1986. 12. 31. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 면적 계 36,756㎡에 지상권자를 ㅇㅇㅇㅇ공사로, 존속기간을 60년으로 하는 지상권이 설정되고, 1990. 12. 31. 위 지상권설정계약을 변경(법률적․형식적으로는 당초 설정된 지상권설정계약을 해지하고 다시 설정한 것임)하여 같은 동 ○○번지 외 2필지 면적 계 27,118.10㎡에 지상권자를 ㅇㅇㅇㅇ공사로, 존속기간을 56년간으로 하는 지상권이 설정(행정구역변경으로 지번이 변경되었고, ○○체육관운영에 불필요한 토지 일부를 제외한 것이다)되었다. 청구인이 ○○체육관을 사용하던 중 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 요청으로 다시 지상권설정계약이 변경되었는데, 1998. 4. 14. 같은 동 ○○번지 토지 중 일부인 계 555.5㎡에 대한 지상권이 소멸되고, 1998. 5. 15. 같은 동 ○○번지 면적 계 555.5㎡에 지상권이 설정되었다.(그러므로 최종적으로 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지 면적 계 27,118,10㎡에 지상권이 설정되었다)

(3) 청구인이 ‘○○체육관’을 임차․운영한 경위를 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구인이 작성한 1999. 5. 28.자 ‘○○체육관운영협의회결과보고서’에 의하면 ○○체육관의 사업계획수립, 예․결산, 임원의 임면 등 운영권은 ㅇㅇㅇㅇ공사가 보유하고, 그 이외의 운영에 관한 사항은 ‘○○체육관운영협의회’에서 보유한다는 내용이 기재되어 있다.(청구인의 정관 등에 의하면 청구인의 이사는 발행주식의 과반수에 해당하는 주식을 가진 주주가 출석하여 그 의결권의 과반수로 선임하도록 되어 있고, 관례상 이사 5명 중 3명은 ㅇㅇㅇㅇ공사 관련 주무국장이 선임되었다) (나) 청구인은 1994. 10월경 ㅇㅇㅇㅇ공사로부터 ○○체육관을 임차․운영하였다.(임차인인 청구인과 임대인인 ㅇㅇㅇㅇ공사가 작성한 임대차계약서에 의하면, 임대료는 임대인의 기준에 의하여 산정하고, 또한 임대인은 냉․온방, 수도, 전화 등 시설물을 제공하되 시설사용에 따른 제반경비는 사용량에 따라 임차인이 부담한다는 내용이 기재되어 있다)

(4) 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 부과된 종합토지세를 대신납부한 내역 및 경위는 다음과 같다. (가) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 1996. 10. 17.자로 작성한 ‘○○체육관부지종합토지세납부의뢰서’(1996. 10. 19. ㅇㅇㅇㅇ공사 수신)에 의하면 관계법령의 개정에 의하여 ○○체육관 부지는 “ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 토지”에 해당하여 비과세 대상에서 제외된 결과 종합토지세가 부과되었으므로 사용자 부담원칙에 근거하여 ㅇㅇㅇㅇ공사측(ㅇㅇㅇㅇ공사 및 청구인)이 이를 대신 납부하여 달라는 내용이 기재되어 있다.(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 종합토지세가 부과된 것은 지방세관계법령의 개정에 의한 것이 아니라 청구인이 이 사건 토지를 ○○체육관 부지로 사용함으로써 더 이상 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 직접사용목적 또는 고유목적사업에 제공된 토지로 볼 수 없기 때문으로 보인다) (나) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 1996. 11. 1.자로 작성한 ‘○○체육관부지종토세납부에따른 협조서’(1996. 11. 1. 청구인 수신)에 의하면 지방세관계법령에 의하여 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 고유목적사업이외의 수익사업에 제공된 토지로서 ○○체육관 부지에 부과된 종합토지세를 사용자부담원칙에 의하여 청구인이 부담하여 달라는 내용 등이 기재되어 있다.(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회는 청구인에게 위와같은 요청을 1996-2000년도까지 매년도에 하였다) (다) 청구외 ㅇㅇㅇ(청구인의 감사)이 1996. 11. 19.자로 작성한 서면이사회의사록에 의하면 제115차 청구인 이사회에 부의된 ○○체육관 사용부지 종합토지세 지원의 건은 공사(ㅇㅇㅇㅇ공사)와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회간에 체결되어 있는 지상권설정계약에는 영향을 미치지 않으며, 정례성이 아니라는 조건으로 의결한다고 기재되어 있다.(청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 매년도 종합토지세 지원요청에 대하여 제128차, 제137차 이사회에 등을 통하여 이를 수용하기로 하는 의결을 하였다) (라) ㅇㅇㅇㅇ공사가 1999. 6. 18. 청구인에게 보낸 ‘○○체육관운영협의회결과에따른회신’에 의하면 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 청구인에게 요구한 ‘98년도 종합토지세를 청구인이 수용한 것은 문제가 없으므로 이를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 회신하라는 내용이 기재되어 있다. (마) 청구인 작성의 정산및대체결재서, 은행입금영수증 등에 의하면 청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에게 종합토지세에 대한 지원으로 1996년도에 55,780,251원, 1997년도에 88,547,080원, 1999년도에 116,847,880원, 2000년도에 141,713,220원을 각 입금한 사실이 기재되어 있다.(청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 같은 이유로 1998년도에 86,805,120원을 지급하였으나 이를 당해연도에 비용처리하지 아니하고 차년도 전기손익수정손실로 처리하여 세무상 손금산입하지 않아 1998 사업연도 법인세는 경정결정되지 않았다)

(5) 처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 종합토지세를 대신납부한 것은 법률상 의무없이 이루어진 것으로 이는 수익에 대응하는 비용이 아닌 접대비에 해당한다는 사유로 1996년도에 55,780,251원, 1997년도에 88,547,080원, 1999년도에 116,847,880원, 2000년도에 141,713,220원을 각 사업연도의 손금으로 인정하지 않고 2001. 9. 3.자로 1996사업연도 법인세 25,810,318원, 1997사업연도 법인세 38,264,769원, 1999 사업연도 법인세 43,795,165원, 2000사업연도 40,421,265원 합계 148,291,518원을 부과하였다.(청구인은 당초 종합토지세 지원금액을 손금산입한 후 각 사업연도 법인세를 신고․납부하였으나, 처분청은 이를 접대비로 보았고, 모두 각 사업연도의 법정 접대비 금원을 초과한 것으로 확인되자 전액 손금불산입하여 당초 부과한 법인세를 경정결정한 것이다)

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 법인세법(1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것) (가) 제9조 제1항에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제3항은 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다. (나) 제18조의2 제1항에 의하면 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 “2천400백만원에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액”, “당해 사업연도종료일 현재의 자기자본에 100분의 1을 곱하여 산출한 금액”, “당해 사업연도의 수입금액에 법정 비율을 곱하여 산출한 금액”의 합계액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정된 것) (가) 제25조 제1항에 의하면 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 “1천200만원에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액”, “당해 사업연도의 수입금액에 법정 적용율을 곱하여 산출한 금액”을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다. (나) 제25조 제4항에 의하면 제1항에 있어서 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비․사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령을 종합하여 보면 내국법인의 사업연도 소득은 익금총액에서 손금총액을 공제한 금액으로 하는데, “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액 등을 의미함을 알 수 있다. 또한, “접대비”라 함은 접대비 및 교제비․사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말하는데, 접대비는 법인세관계법령에서 규정한 한도를 초과한 부분은 손금으로 산입하지 못함을 알 수 있다. 위 인정사실을 종합하여 보면 청구인은 이 사건 토지상에 소재한 ○○체육관을 임차․사용(ㅇㅇㅇㅇ공사가 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회로부터 이 사건 토지를 60년간 무상사용하는 지상권을 설정받은 후, ‘○○체육관’을 건축하여 이를 청구인에게 임대․사용하도록 한 것이다)하던 중, 위 토지에 대하여 부과된 1996-1997년도, 1999-2000년도 종합토지세를 대신납부하고 이를 수익에 대응하는 비용으로 보아 각 사업연도 사업소득에 손금산입하였음을 알 수 있다. 한편, 처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 종합토지세를 대신납부한 것은 법률상 의무없이 이루어진 것으로 이는 비용이 아닌 접대비에 해당한다고 판단하여 청구인이 당초 신고납부한 각 사업연도 법인세를 경정결정하였으나, 이에 대하여 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사가 종합토지세를 청구인이 부담하여 달라는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 요청을 수용하자 그에 따라 청구인이 종합토지세를 부담한 것이므로 이를 수익에 대응하는 비용으로 처리함이 타당하다고 주장한다.(청구주장에 ㅇㅇㅇㅇ공사가 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 요청을 수용한 것은 당초 지료 무상으로 체결된 지상권설정계약을 변경하여 종합토지세 상당의 지료를 지급하기로 한것이라는 내용이 함축되어 있다) 살피건대, ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 작성한 지상권설정계약서를 보면 이 사건 토지에 부과된 제세공과금은 지상권설정자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회가 부담하기로 한다는 내용이 기재되어 있으므로 이를 형식적․문언적으로 해석하면 청구인이 종합토지세 상당을 지원한 것은 일응 법률상 의무없이 이루어진 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 한편, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회 작성의 ○○체육관종합토지세납부의뢰문서, 청구인 이사회회의록, ㅇㅇㅇㅇ공사 작성의 ○○체육관운영협의회결과에따른회신 등에 의하면 청구인이 ○○체육관을 임차․사용함으로써 이 사건 토지에 종합토지세가 부과된 점, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회와 ㅇㅇㅇㅇ공사 모두 지상권설정당시에는 위와같은 사실을 예상치 못하였음을 자인하고 있는 점(1990. 12. 31. 작성된 지상권설정계약서에 모든 ‘제세공과금’은 지상권설정자가 부담하도록 한다고 기재되어 있으나 ‘제세공과금’에 이 건 종합토지세가 포함된 것이라고 여겨지지는 않는다), 종합토지세 부담문제에 대하여 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회와 ㅇㅇㅇㅇ공사는 수차례 협의를 한 결과 ㅇㅇㅇㅇ공사는 청구인이 종합토지세를 부담하는 것을 수용한 점 등이 인정된다. 이에 비추어 보면 ㅇㅇㅇㅇ공사가 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 종합토지세부담요청을 수용한 것은 당초 설정한 지료 무상의 지상권설정계약을 종합토지세 상당 금액을 지료로서 지급하기로 그 내용을 변경한 것으로 볼 수 있다.(법률상으로는 당초 설정된 지상권설정계약을 말소하고 다시 지료 유상의 지상권설정계약을 체결한 것이다. 또한 청구인이 종합토지세를 직접 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 지급하였으나, 이는 법률적으로 ㅇㅇㅇㅇ공사가 청구인에게 ○○체육관 임대차계약에 기하여 종합토지세 상당의 인상된 임차료를 요구․지급받아 이를 지상권 지료로서 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에 지급한 것으로 본다) 이는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회와 ㅇㅇㅇㅇ공사가 당초 지상권설정계약을 체결한 것은 경제적․법률적 이해관계에 따른 것이라기 보다는 이 사건 토지를 공익목적에 부합하게 사용하려는 공익적․상호선린적 관계에서 체결된 점, 또한 같은 차원에서 지상권설정계약내용이 상호 양해에 따라 2차례 변경된 사실이 있는 점, 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사의 자회사(100%출자)로서 청구인 이사 5명 중 3명이 ㅇㅇㅇㅇ공사 주무국장이 겸임하고 있어 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사의 의사에 사실상 구속되는 점 등 관련정황에 의하여도 뒷받침 된다 할 것이다. 가사, 지상권설정계약이 변경된 것으로 볼 수 없다 하더라도, 즉, ㅇㅇㅇㅇ공사가 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회의 요청을 상호우호적 관계유지(지상권설정계약이 변경되는 것 등으로 인한 법률상 의무에 기한 것이 아닌 것을 의미)를 위하여 수용하였더라도, ㅇㅇㅇㅇ공사가 청구인에게 종합토지세를 지급하도록 한 것은 그 상당만큼 ○○체육관 임차료 인상을 요구(임대차 계약서를 보면 ㅇㅇㅇㅇ공사가 임의로 임대료를 조정할 수 있다는 내용이 기재되어 있다) 한 것이고 이를 청구인이 수용한 것으로, 결국 청구인이 종합토지세를 지급한 것은 ㅇㅇㅇㅇ공사와의 임대차계약에 기한 것임을 인정할 수 있다. 따라서 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ공사와 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회간의 변경된 지상권설정계약에 의하여, 또는 ㅇㅇㅇㅇ공사의 종합토지세 상당만큼의 임차료 인상요구에 의하여 종합토지세를 지급한 것인 바, 이를 두고 법률상 의무없이 종합토지세를 지급한 것이라고 볼 수 없어 청구주장은 받아들이는 것이 타당하다.

그렇다면 청구인이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회에게 종합토지세 상당을 지급한 후 이를 결산에 반영하고 세무조정시 손금산입한 것은 정당하여 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.