학교 식당 등을 임대하고 받은 수입으로 전액 학생장학금을 지급한 것을 비영리법인의 고유목적사업준비금의 지출로 보아 법인의 손금에 포함하여야 하는지 여부 등

1. 처분청은 2001. 6. 1.자로 청구인에게 한 1996사업연도 귀속 법인세 4,311,630원, 1999사업연도 귀속 법인세 32,829,250원 등 계 37,140,880원의 법인세 부과처분을 취소하여야 한다.

2. 나머지 심사청구를 기각한다.

처분청은 비영리 학교법인인 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 소재 ㅇㅇ1대학(당초 ㅇㅇㅇㅇ대학이었다가 1998. 11. 20. ㅇㅇ1대학으로 변경되었다)을 운영하면서 위 대학 구내의 식당, 매점 및 자동판매기설치장소(이하이 사건 시설이라 한다)를 청구외 ㅇㅇㅇ 등에게 임대하여 1996년부터 2000년까지 임대료수입 계 147,654,899원을 받고서도 부가가치세 및 법인세 신고시 이를 누락하였다 하여 2001. 6. 1.자로 청구인에게 부가가치세 계 20,491,740원(1996년 제1기분 1,096,900원, 1996년 제2기분 1,784,560원, 1997년 제1기분 1,873,180원, 1997년 제2기분 1,873,200원, 1998년 제1기분 1,873,180원, 1998년 제2기분 1,752,530원, 1999년 제1기분 2,168,020원, 1999년 제2기분 2,247,810원, 2000년 제1기분 3,117,340원 및 2000년 제2기분 2,705,020원으로 이 10건의 부과처분을 합쳐 이하이 사건 부가가치세부과처분이라 한다)과 법인세 계 37,140,880원[1996사업연도(1995. 3. 1.부터 1996. 2. 29.까지)분 4,311,630원 및 1999사업연도(1998. 3. 1.부터 1999. 2. 28.까지)분 32,829,250원으로 이 2건의 부과처분을 합쳐 이하이 사건 법인세부과처분이라 한다]을 각 부과, 고지하는 처분을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부가가치세부과처분과 이 사건 법인세부과처분을 모두 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인이 운영하는 ㅇㅇ1대학 내의 식당 등은 교육용재산으로 등재된 학교의 필수적 교육용시설로서 청구인은 당해 시설들을 학생들의 복지차원에서 식당운영자 등에게 임대하고 그들로부터 장학금(시설사용계약서상 위 시설들의 사용대가로 임대료가 아닌 장학금을 기부받는 것으로 되어 있다)을 기부받아 그 장학금 전액을 학생들에게 대신 지급하였고 당해 장학금 수입에 대한 회계처리도 사립학교법시행령 제13조 제1항 제3호 의 규정 및 교육인적자원부의 질의회신내용에 따라 법인의 수익사업회계가 아닌 학교의 교비회계로 처리하였다. 따라서, 위 학교식당 등의 임대수입은 법인의 수익사업에 의하여 발생한 수입이 아니라 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역수입이라 할 것이고 부가가치세법 제12조 제1항 제5호 와 제3항 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의하면 교육용역과 그에 부수되는 용역의 공급은 부가가치세를 면제하도록 되어 있는데도 처분청에서 이를 부가가치세 과세대상으로 보는 것은 잘못이다.

(2) 또한, 청구인은 위 식당 등의 임차인으로부터 받은 장학금을 사립학교법의 규정 및 교육인적자원부의 회계처리지침에 따라 전액 교비회계의 수입으로 계상하여 교비회계의 예산․결산보고서 및 장부에 기재하여 처리하여 왔던 바, 조세특례제한법 제74조 제1항 과 국세청예규(법인 46012-4050, 1999. 11. 22. 등)에 따라 위 수입액이 모두 학교의 교비회계로 전출되었으므로 청구인의 소득금액은 없다고 보아야 할 뿐 아니라 학교의 교비회계로 전출된 후 장학금 등으로 모두 사용되었으므로 전액 비용으로 인정하여야 하는데도 처분청에서 청구인이 위 임대료수입을 소득금액에서 누락하였다고 하여 법인세를 부과하는 것은 잘못이라 할 것이다.

• 가. 다툼

(1) 청구인이 학교식당 등을 임대하고 받은 장학금을 부가가치세 면세대상인 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역의 공급으로 볼 수 있는지 여부

(2) 임대하고 받은 위 장학금을 고유목적사업에 직접 지출한 경우 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금산입할 수 있는지 여부

• 나. 관계법령의 규정

(1) 부가가치세 과세 및 면세에 관한 규정 (가) 부가가치세법 제1조 제1항 은부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다. 제1호 재화 또는 용역의 공급. 제2호 재화의 수입이라고 규정하고 있고, 제3항은 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다라고 규정하고 있으며, 제4항은주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법시행령 제2조 제1항 은 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그밖의 행위로 한다고 규정하면서 그 제6호는 부동산 및 임대업. 다만, 전․답․과수원․목장용지․임야 또는 염전임대업을 제외한다고 규정하고 있고, 제3조는 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 제1호 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역. 제2호 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역. 제3호 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역. 제4호 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화라고 규정하고 있다. (나) 부가가치세법 제12조 제1항 은다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하면서 그 제5호는교육용역으로서 대통령령이 정하는 것으로 규정하고 있고, 제3항은제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법시행령 제30조 는법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교․학원․강습소․훈련원․교습소 기타 비영리단체 및 청소년기본법에 의한 청소년수련시설에서 학생․수강생․훈련생․교습생 또는 청강생에게 지식․기술 등을 가르치는 것으로 한다고 규정하고 있다. (다) 부가가치세법 제13조 제1항 은재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.라고 규정하면서 그 제1호는 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가라고 규정하고, 제5항은 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법시행령 제48조 제1항 은 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다라고 규정하고 있다.

(2) 법인세 부과제척기간에 관한 규정 구 국세기본법(1996. 12. 30. 법률 제5189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서 그 제1호는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년간으로, 그 제2호는 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간으로, 그 제3호는 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하고 있고, 제3항은 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있다. 또한 구 국세기본법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항은 법 제26조의2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다고 규정하면서 그 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납․예정신고․예정결정기간에 대한 신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다라고 규정하고 있다.

(3) 법인의 손익에 관한 규정 (가) 구 법인세법 제12조의2 제1항 은비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 제1호 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제16호의 규정에 의한 이자소득금액. 제2호 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금. 제3호 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액. 제4호 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액이라고 규정하고 있으며, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금으로서 그 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다라고 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법시행령 제17조 제1항 은법 제12조의2 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제12조의2 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 제2항은법 제12조의2 제1항 및 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다고 규정하고 있으며, 제3항은법 제12조의2 제1항 및 제2항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업 외의 사업을 말한다고 규정하고 있다. (나) 그리고 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정되어 1999. 1. 1.부터 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되기 전의 것) 제61조 제3항의 규정은 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 법인세법 제12조의2 의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제6호 및 제7호의 경우에는 당해 사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 비영리학교법인으로서 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 소재 ㅇㅇ1대학을 운영하고 있다.

(2) 청구인은 청구외 ㅇㅇㅇ 등과 이 사건 시설에 대하여 매점․식당 임대차계약서와 자동판매기설치운영계약서를 작성하고 청구외 ㅇㅇㅇ 등으로부터 1995년부터 2000년까지 임대보증금으로 170,000,000원, 장학금으로 155,700,000원, 전기․수도세로 9,300,000원을 수령하였으며, 이 중 장학금 155,700,000원은 청구인이 운영하는 ㅇㅇ1대학의 교비회계 수입으로 회계처리하였고, 이에 대하여 부가가치세 및 법인세 신고시 이를 포함하여 신고하지 아니하였다.

(3) 처분청은 청구인이 수령한 위 임대보증금 170,000,000원, 장학금 155,700,000원, 전기․수도세 9,300,000원에 대하여 1995년부터 2000년까지 부가가치세 및 법인세 신고시 이를 누락하였다 하여 임대료 상당액을 147,654,899원으로 산정하고 2001. 6. 1.자로 청구인에게 부가가치세 계 20,491,740원과 법인세 계 37,140,880원을 각 부과, 고지하는 처분을 하였다.

• 라. 판단 첫째 다툼에 대하여 본다. 부가가치세법시행령 제3조 의 규정에 따르면 부수용역은 당해 대가가 주된 거래인 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 용역, 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 용역, 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 용역 등을 말하는 것으로서 교육용역을 공급하는 자가 학생에게 직접 공급하는 음식물은 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역이라 할 것이다. 그러나 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인은 청구인이 직접 학생에게 음식물을 공급한 것이 아니라 청구외 ㅇㅇㅇ 등과 이 사건 시설에 대하여 임대차계약 및 운영계약을 체결하고, 이를 임차한 청구외 ㅇㅇㅇ 등이 자신의 책임하에 학생에게 음식물을 공급한 것이므로 이러한 임대용역은 청구인이 주된 거래라고 주장하는 교육용역과는 무관한 독립적인 용역의 공급으로 부가가치세법 제1조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 규정되어 있는 부가가치세 과세대상인 임대용역으로서 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 또한 청구인은 이 사건 시설을 임대하고 임대료를 수령한 것이 아니라 장학금을 기부 받았다고 하나 청구인이 임대용역을 제공하면서 장학금을 기부 받는 것이므로 청구인의 임대용역제공과 장학금 기부간에는 부가가치세법 제13조 제1항 및 부가가치세법시행령 제48조 제1항 에 규정되어 있는 대가관계가 존재한다고 보아야 할 것이고 기부 받은 장학금을 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 정당하다 할 것이다. 둘째 다툼에 대하여 본다. 먼저 1996사업연도(1995. 3. 1.부터 1996. 2. 29.까지)의 법인세 부과처분에 대하여 살펴보면 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 1996사업연도의 법인세과세표준과 세액에 대한 신고기한은 1996. 5. 29.까지이고 부과제척기간은 1996. 5. 30.부터 2001. 5. 29.까지 이어서 처분청이 2001. 6. 1. 청구인에게 고지한 1996사업연도 귀속 법인세는 부과제척기간이 경과하였으므로 이를 취소하여야 할 것이다. 다음으로 1999사업연도(1998. 3. 1.부터 1999. 2. 28.까지)의 법인세 부과처분에 대하여 살펴보면 구 법인세법 제12조의2 의 규정에 따르면 고유목적사업준비금은 비영리법인이 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액을 당해 사업연도에 고유목적사업 등에 지출하지 아니하고 앞으로 지출할 것으로 하여 손금으로 계상하면 손금으로 계상한 사업연도에 손금에 산입하고 나중에 지출한 사업연도에는 손금에 산입하지 아니하는 것이다. 그러므로 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액을 당해 사업연도에 고유목적사업 등에 직접 지출하는 경우에는 당해 사업연도에 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보아 지출한 사업연도의 손금에 산입하여야 할 것이다. 따라서 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인은 청구외 ㅇㅇㅇ 등으로부터 이 사건 시설 임대에 따른 임대보증금과 장학금을 수령하여 수령한 장학금을 청구인이 운영하는 ㅇㅇ1대학에 지출(ㅇㅇ1대학의 교비회계 수입으로 회계처리)하고 법인세신고시 위 임대료수입을 누락하여 신고하였으나 당해 사업연도에 그 임대료수입을 고유목적사업에 지출하였으므로 청구인의 소득금액은 없다고 보아야 하는데도 처분청에서 청구인이 위 임대료수입을 누락하였다 하여 법인세를 부과한 것은 잘못된 처분이라 할 것이므로 이 사건 법인세부과처분은 취소되어야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인이 이 사건 시설에 대하여 임대한 것을 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역에 해당되지 않는 것으로 보아 이 사건 부가가치세부과처분을 한 것은 정당하다 할 것이나, 부과제척기간이 경과한 이후에 부과하거나 이 사건 시설 임대료수입을 고유목적사업에 지출하여 소득금액이 없는데도 처분청에서 청구인이 임대료수입을 누락하였다 하여 한 이 사건 법인세부과처분은 잘못이라 할 것이어서 이런 점에서 이 사건 심사청구는 일부 이유 있고 나머지는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.