실지양도가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도차익을 산정함이 타당한지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 청구인의 형인 청구외 ㅇㅇㅇ과 공동소유인 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 509㎡ 및 건물 1,509.07㎡ 중 청구인의 지분(1/2지분)인 대지 254.5㎡와 건물 795.035㎡(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 1999. 3. 3. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 양도하고, 같은 해 3. 5. 양도가액 500,000,000원, 취득가액 471,500,000원을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 21,122,211원으로 산정하고 산출세액을 2,457,109원으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다.
• 나. 청구외 ○○지방국세청장은 2001. 6. 1.부터 같은 해 6. 20.까지 ㅇㅇ세무서에 대한 감사를 실시하고 이 사건 부동산의 양도가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니한다는 사유로 기준시가를 적용하여 양도가액은 754,550,320원, 취득가액은 242,937,615원으로 하여 양도차익을 498,926,289원으로 산정하고 양도소득세 152,596,180원을 부과하도록 2001. 7. 10. 처분청에 지시하였다.
• 다. 처분청은 위 지시에 따라 2001. 8. 3.자로 청구인에게 양도소득세 152,596,180원을 부과, 고지(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인은 청구인이 감정평가 의뢰한 감정기관에서 표준지로 선정한 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 토지는 이 사건 부동산과 인접하여 이 사건 부동산과 가장 유사한 토지이므로 그 토지를 표준지로 하여 평가한 가액을 양도가액으로 하여 신고한 것으로 그 양도가액은 정당하며,

(2) 이 사건 부동산의 임대에 따른 임대보증금은 청구인과 양수자간에 이 사건 부동산의 공사비를 정산하면서 상계하였는데도 처분청이 양도가액에 임대보증금이 반영되지 아니한 것으로 보아 양도가액을 부인한 것은 부당하고 청구인이 신고한 양도가액은 정당하다.

• 가. 다툼 청구인이 신고한 이 사건 부동산의 양도가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1999. 2. 9. 청구인의 형인 청구외 ㅇㅇㅇ과 이 사건 부동산의 매매계약(잔금일 같은 해 3. 3.)을 체결하고, 같은 해 3. 5. 양도가액 500,000,000원, 취득가액 471,500,000원을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 21,122,211원으로 산정하고 산출세액을 2,457,109원으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였다.

(2) 처분청은 2000. 6. 7.부터 같은 해 6. 20.까지 실지거래가액으로 신고한 청구인의 양도가액 및 취득가액이 적정한지 여부를 조사하고 청구인의 신고내용을 그대로 인정하였다.

(3) 청구외 ○○지방국세청장은 2001. 6. 1.부터 같은 해 6. 20.까지 ㅇㅇ세무서에 대한 감사를 실시하고 실지거래가액으로 신고한 청구인의 양도가액 500,000,000원이 (가) 청구외 ○○감정평가법인에서 잘못된 표준지(○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, 1999. 1. 1.기준 표준지가 ㎡당 1,700,000원)를 적용하여 감정평가한 것으로 부당하고, (나) 양도가액 500,000,000원의 수수내역도 양도당시의 임대보증금 117,000,000원이 일체 반영되지 않은 채 수수되는 등 실지거래가액으로 확인되지 아니한다는 사유로 기준시가를 적용하여 양도가액은 754,550,320원, 취득가액은 242,937,615원으로 하여 양도차익을 498,926,289원으로 산정하고 양도소득세 152,596,180원을 부과하도록 2001. 7. 10. 처분청에 지시하였다.

(4) 처분청은 위 지시에 따라 2001. 8. 3.자로 청구인에게 양도소득세 152,596,180원을 부과, 고지하였다.

(5) 한편, 이 사건 부동산 양도와 관련하여 청구인이 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 1999. 2. 9. 100,000,000원, 같은 해 2. 25. 100,000,000원, 같은 해 3. 3. 200,000,000원, 계 400,000,000원을 수령한 사실이 금융기관 자료에 의하여 확인되고, 나머지 100,000,000원은 청구인이 같은 해 2. 24. 현금으로 수령하여 이 중 70,000,000원을 같은 날 금융기관 차입금 상환에 사용하였다고 주장한다.

(6) 청구인이 1999. 4. 9. ㅇㅇ세무서장에게 제출한 부가가치세 신고서 등에 의하면 1999. 2. 28. 기준으로 이 사건 부동산에 임대보증금 58,500,000원(117,000,000원의 1/2)이 있는 것으로 되어 있다.

(7) 청구인이 1999. 3. 5. 처분청에 이 사건 부동산 양도에 따른 자산양도차익예정신고를 하면서 제출한 1999. 2. 9.자 부동산매매계약서에 따르면 특약사항없이 이 사건 부동산의 매매가액이 500,000,000원인 것으로 기재되어 있다.

(8) 청구인이 2001. 9. 4. 이 건 심사청구시 제출한 1999. 2. 9.자 부동산매매계약서에 따르면 이 사건 부동산의 매매가액은 500,000,000원이며, 특약사항으로 ‘임대보증금은 매도자의 양도가액에 포함하여 99.6.말까지 정리’라고 기재되어 있고, 함께 제출한 임대보증금 정산서(작성일자 모름)에 따르면 임대보증금 58,500,000원은 청구인이 1988년 9월에 이 사건 부동산의 증축공사를 하면서 공유지분을 초과하여 부담한 공사비 53,500,000원을 공제하고 차액 5,000,000원을 1999년 6월 중 정산하며, 청구외 ㅇㅇㅇ이 같은 해 6. 20. 그 차액 5,000,000원을 수령한 것으로 기재되어 있다.

(9) 청구외 ㅇㅇ감정평가법인은 청구인으로부터 청구인과 청구외 ㅇㅇㅇ 공동소유의 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 509㎡와 건물 1,509.07㎡를 감정평가 의뢰받아 1999. 2. 12. 같은 해 2. 10.자를 기준으로 토지 814,400,000원(㎡당 단가 1,600,000원), 건물 176,961,000원, 계 991,361,000원으로 감정평가하였으며, 2001. 8. 21. 청구인에게 위 토지는 같은 시 같은 구 같은 동 ○○번지을 표준지로 하여 표준지의 1998. 1. 1.기준 개별공시지가 ㎡당 1,900,000원에 1998. 1. 1.부터 평가기준일인 1999. 2. 10.까지의 토지가격 변동분(18.52% 하락) 및 개별요인(1.03)을 감안하여 ㎡당 1,600,000원[1,900,000원×(1-18.52%)×1.03]으로 평가하였다고 토지가격산출근거를 회신하였다.

(10) ㅇㅇ구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의2의 규정에 의하여 결정․공시한 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 ○○번지의 1990년도부터 2001년도까지 ㎡당 개별공시지가는 다음과 같다. (금액: 원, %) 기준연도 ㅇㅇ동 496-6(A) ㅇㅇ동 493-3(B) 차액 (C=A-B) 차액비율 (C/B) 비고 [(493-3)×1.03] 1990 1,800,000 1,200,000 600,000 50 1,236,000 1991 2,230,000 1,600,000 630,000 39 1,648,000 1992 2,880,000 1,600,000 1,280,000 80 1,648,000 1993 2,190,000 1,500,000 690,000 46 1,545,000 1994 2,090,000 1,400,000 690,000 49 1,442,000 1995 2,090,000 1,400,000 690,000 49 1,442,000 1996 2,280,000 1,500,000 780,000 52 1,545,000 1997 2,400,000 1,700,000 700,000 41 1,751,000 1998 2,490,000 1,900,000 590,000 31 1,957,000 1999 2,200,000 1,700,000 500,000 29 1,751,000 2000 2,250,000 1,750,000 500,000 28 1,802,500 2001 2,300,000 1,750,000 550,000 31 1,802,500

• 다. 관계 법령의 규정 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정 되기 전의 것) 제96조는 양도금액은 다음 각호의 금액으로 한다라고 규정하면서 그 제1호는 제94조 제1호․제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다라고 규정하고 있다. 또한 구 소득세법시행령(1999. 12. 31. 대통통령 제16664호로 개정 되기 전의 것) 제166조 제4항은 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제3호는 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우라고 규정하고 있고, 제5항은 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.라고 규정하며 그 제2호는 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.
• 라. 판단 위 관계법령을 종합하면 양도자가 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하고 그 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되는 경우에는 그 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하나 그 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하도록 하고 있다. 위 인정사실에서 본바와 같이 청구인은 1999. 3. 5. 처분청에 이 사건 부동산 양도에 따른 자산양도차익예정신고를 하면서 특약사항없이 양도가액이 500,000,000원으로 되어 있는 부동산매매계약서를 제출하였다가, 2001. 9. 4. 이 건 심사청구시에는 ‘임대보증금은 매도자의 양도가액에 포함하여 99.6.말까지 정리’라는 특약사항이 기재되어 있는 부동산매매계약서를 제출한 것으로 보아 이 사건 부동산의 임대보증금이 양도가액에 포함되어 있는 지가 불분명하여 부동산 중개인의 중개도 없이 형제간에 체결된 이 사건 부동산 매매계약서의 양도가액은 신빙성이 없는 것으로 판단된다. 또한 청구인은 이 사건 부동산의 임대보증금 58,500,000원과 관련하여 1988년 9월에 이 사건 부동산의 증축공사를 하면서 이 사건 부동산 매수자인 청구외 ㅇㅇㅇ이 자금사정이 어려워 청구인이 공유지분을 초과하여 부담한 공사비 53,500,000원과 상계하고 그 차액 5,000,000원을 청구외 ㅇㅇㅇ이 1999. 6. 20. 수령한 것으로 기재되어 있는 임대보증금 정산서(작성일자 모름)를 제출하였는데 이는 1988년 9월에 청구인이 추가 부담한 공사비 53,500,000원을 이 사건 부동산을 매입하는 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 1999년 6월 이 사건 임대보증금과 상계할 때까지 변제받지 못했다는 것으로 이러한 청구인의 주장은 신빙성이 없는 것으로 판단된다. 그리고 이 사건 부동산의 감정가액에 대하여 살펴보면 청구외 ㅇㅇ감정평가법인은 1999. 2. 10.자를 기준으로 이 사건 부동산의 토지를 평가하면서 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지를 표준지로 하여 표준지의 1998. 1. 1.기준 개별공시지가인 ㎡당 1,900,000원에 1998. 1. 1.부터 평가기준일인 1999. 2. 10.까지의 토지가격 변동분(18.52% 하락) 및 개별요인(1.03)을 감안하여 ㎡당 1,600,000원[1,900,000원×(1-18.52%)×1.03]으로 평가하였는데 위 인정사실에서 본바와 같이 처음으로 개별공시지가를 결정․공시한 1990년도부터 2001년도까지 이 사건 부동산(토지)의 개별공시지가가 청구외 ㅇㅇ감정평가법인이 표준지로 정한 토지의 개별공시지가보다 매년 적게는 28%상당 많게는 80%상당 높은데도 청구외 ㅇㅇ감정평가법인이 이 사건 부동산(토지)의 개별공시지가를 임의로 정한 표준지의 개별공시지가보다 3%상당 높은 것으로 평가한 것으로 보아 감정가액은 적정하지 않은 것으로 판단된다. 따라서 청구인이 신고한 이 사건 부동산 양도가액을 실지거래가액으로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 부동산의 실지거래가액이 불분명하다고 보아 기준시가를 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.