사실과 다른 세금계산서의 수정교부로 경정청구가능 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인(법인명이 당초에는 (주) ㅇㅇ유선방송이었으나 2001. 1. 26.자로 (주) ㅇㅇㅇㅇ유선방송으로 변경되었다가, 같은 해 8. 7.자로 ㅇㅇㅇㅇㅇ방송(주)로 변경되었다)은 유선방송서비스업을 영위하는 법인으로서 1999. 7. 1. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 청구외 (주) ㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하ㅇㅇ이라 한다)과 광케이블(HFC)망 구축공사(이하이 사건 공사라 한다)를 공사금액 927,107,654원(부가가치세포함)에 도급계약을 체결하여 시공하게 하였으나 계약기간만료 전에 공사가 중단되자 정산절차를 거쳐 공사금액을 605,407,660원(공급가액 550,370,600원, 부가가치세 55,037,060원)으로 확정한 후 ㅇㅇ로부터 2000. 1. 31.자 세금계산서(공급가액 250,000,000원)와 같은 해 2. 29.자 세금계산서(공급가액 300,370,600원) 등 2000년 제1기를 공급시기로 한 2매의 세금계산서(공급가액 계 550,370,600원, 세액 계 55,037,060원으로, 이 2매의 세금계산서를 합쳐 이하이 사건 당초세금계산서라 한다)를 교부받아 2000. 4. 25.자로 2000년 제1기 부가가치세 예정신고를 할 때 이 사건 당초세금계산서상 세액 55,037,060원을 매입세액공제받았다.
• 나. 처분청은 ㅇㅇ세무서장으로부터 ㅇㅇ이 청구인으로부터 도급받은 이 사건 공사를 1999년에 시행하여 공사대금을 지급받고도 매출누락하였다는 내용의 과세자료를 통보받아 2000. 11월 청구인에 대한 부가가치세 환급조사를 실시한 결과, 청구인이 ㅇㅇ로부터 이 사건 공사의 용역을 실제로는 1999년 제2기에 공급받고도 2000년 제1기 과세기간내의 일자를 공급시기로 하여 세금계산서를 교부받았으므로 이 사건 당초세금계산서는 공급시기가 상이한 사실과 다른 세금계산서로서 매입공제부인대상이라는 내용의 세무조사결과를 청구인에게 통지하였다.
• 다. 그러자 청구인은 청구인이 ㅇㅇ에 실제로 공사대금을 지급한 시기를 공급시기로 하여 ① 1999. 9. 30.자 세금계산서(공급가액 301,818,182원), 같은 해 12. 31.자 세금계산서(공급가액 184,545,454원) 등 1999년 제2기 과세기간을 공급시기로 한 2매의 세금계산서(공급가액 계 486,363,636원, 세액 계 48,636,363원으로, 이 2매의 세금계산서를 합쳐 이하이 사건 수정세금계산서라 한다), ② 2000. 3. 31.자 세금계산서 1매(공급가액 64,006,964원, 세액 6,400,696원) 등 총 3매의 수정세금계산서를 ㅇㅇ로부터 교부받아, 2000. 12. 7.자로 위 ①항 기재의 이 사건 수정세금계산서에 근거하여 그 세액 48,636,364원을 1999년 제2기에 매입세액공제하여 달라는 내용의 1999년 제2기 부가가치세 경정청구(이하이 사건 경정청구라 한다)를 하였다.
• 라. 처분청은 청구인이 1999. 8. 24. ㅇㅇ과 쌍방합의하에 이 사건 공사의 공사대금을 정산한 후 공사를 중단하였고 그 대금을 1999. 7. 5.부터 2000. 5. 30.사이에 지급하였으므로 공사용역의 실제공급시기와 다른 과세기간을 공급시기로 하여 수취한 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액공제를 부인하여 2001. 1. 4. 자로 청구인에게 2000년 제1기분 부가가치세 78,235,180원(가산세 23,198,120원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였고, 청구인의 위 1999년 제2기 부가가치세 경정청구에 대하여는 과세기간(작성일자)을 달리하는 수정세금계산서는 교부할 수 없는데도 청구인이 과세기간을 달리하는 이 사건 수정세금계산서를 ㅇㅇ로부터 교부받아 이에 따른 수정세금계산서합계표를 첨부하여 경정청구한 것은 이유 없다고 하여 2001. 2. 17.자로 청구인에게 경정청구를 기각하는 처분(이하이 사건 경정청구거부처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 경정청구거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 1999. 7. 1. ㅇㅇ과 이 사건 공사 용역계약(계약기간은 1999. 7. 1.부터 2000. 3. 31.까지이고, 계약금액은 927,107,654원이다)을 체결하면서 대금지불조건은 별도 약정함이 없이 “협의후 결정”하기로 하였으나, 이 사건 공사가 완료되기 전인 2000. 2. 29. 공사용역계약을 해지하고 그에 따라 공사금액을 최종 정산한 결과 당시까지의 기성고를 기준으로 공사대금을 총 605,407,660원(공급가액 550,370,600원과 부가가치세 55,037,060원을 합한 금액이다)으로 확정하였다. 한편, 청구인은 이 사건 공사의 경우 부가가치세법시행령 제22조 제1항 의 규정에 따라 그 역무제공이 완료된 때(공사계약의 해지로 공사금액을 정산한 때)를 용역의 공급시기로 보아 비록 청구인이 공사금액을 정산확정하기 이전인 1999. 7. 5.부터 같은 해 12. 22.사이에 8회에 걸쳐 ㅇㅇ의 요청에 따라 선급금 계 535,000,000원을 지급하였지만 당해 과세기간에 세금계산서를 교부받거나 부가가치세 신고를 하지 아니하였고, 2000. 2. 29. 공사금액을 최종 정산하여 총 공사대금을 605,407,660원으로 확정한 후 총 공사대금에서 이미 지급한 대금 535,000,000원을 차감한 차액 70,407,660원을 같은 해 3. 31.자로 ㅇㅇ에 지급하면서 위 확정된 총 공사대금 605,407,660원에 대하여 ㅇㅇ로부터 이 사건 당초세금계산서를 교부받아 2000년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액공제를 하였다. 그런데, 처분청은 ㅇㅇ세무서장으로부터 ㅇㅇ이 1999년 청구인에 대한 매출을 누락하였다는 과세자료를 통보받아 청구인에 대하여 조사를 실시한 후 이 사건 공사의 경우 부가가치세법시행령 제22조 제2항 의 규정에 의한 완성도기준지급 또는 중간지급의 방법으로 용역을 공급한 것이어서 기성고의 지급시기에 따라 용역의 공급시기가 결정되는 것이므로 청구인이 1999년에 공사대금 중 일부인 535,000,000원을 지급하고 2000년 제1기에 교부받은 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액공제 부인대상이라는 내용의 세무조사결과통지를 청구인에게 하였고, 그에 따라 청구인은 이 사건 당초 세금계산서상 공사대금 계 605,407,660원 중 청구인이 1999년 제2기 과세기간내에 ㅇㅇ에 지급한 금액 계 535,000,000원(공급가액 486,363,636원, 세액 48,636,364원)에 대하여 ㅇㅇ로부터 이 사건 수정세금계산서를 교부받아 이 사건 경정청구를 하게 되었다. 따라서 청구인이 ㅇㅇ로부터 이 사건 공사의 용역을 공급받은 후 2000. 2. 29.자로 그 용역대가를 605,407,660원으로 정산 확정하여 그 중 535,000,000원은 1999년에, 나머지 70,407,660원은 2000년에 지급하였음이 ㅇㅇ의 장부 등에 의하여 확인되고 있고 처분청에서도 세무조사에 의하여 공사대금이 위와 같이 지급되었음을 확인하였으므로 위 거래가 가공거래가 아닌 실지거래였음은 분명하다 할 것이고 다만 용역의 공급시기에 따른 과세기간을 1999년 제2기로 할 것이냐 아니면 2000년 제1기로 할 것이냐 하는 것이 문제인 바, 용역의 공급시기를 언제로 볼 것인가는 별론으로 하더라도 처분청이 위 535,000,000원의 거래에 대하여 2000년 제1기의 거래임을 부인하면서 동시에 1999년 제2기의 거래로 인정하여 경정하여 달라는 경정청구에 대하여도 이를 부인하는 것은 실지거래 자체를 부인하는 것과 마찬가지이므로 처분청이 이 사건 공사를 완성도지급기준 또는 중간지급방법의 용역으로 보아 2000년 제1기의 거래임을 부인한다면 당연히 위 금액 535,000,000원이 기성고로 지급된 1999년 제2기의 매입세액공제대상으로 인정되어야 할 것인데도 이 사건 경정청구를 거부하는 것은 잘못이라 할 것이다.

• 가. 다툼 실지거래가 있던 과세기간이 경과한 이후 다른 과세기간에 세금계산서를 교부받아 매입세액공제신고를 하였다가 실지거래가 있던 과세기간에 맞게 수정세금계산서를 교부받아 경정청구를 하는 경우 당해 경정청구를 받아들일 수 있는지 여부
• 나. 관계법령의 규정

(1) 국세의 결정 또는 경정청구에 관한 규정 (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 은과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하면서 그 제1호는과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때라고, 그 제2호는과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때라고 각 규정하고 있다. (나) 국세기본법 제45조의2 제3항 은제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. (다) 한편, 부가가치세법령에서는 부가가치세 결정 또는 경정청구에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하다.

(2) 부가가치세 과세대상인 용역의 공급시기에 관한 규정 부가가치세법 제9조 제2항 은용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법시행령 제22조 는법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다고 규정하면서 그 제1호는통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때로, 그 제2호는완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 각 규정하고 있다.

(3) 세금계산서 또는 수정세금계산서의 교부에 관한 규정 (가) 부가가치세법 제16조 제1항 은납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 제1호 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭. 제2호 공급받는 자의 등록번호. 제3호 공급가액과 부가가치세액. 제4호 작성연월일. 제5호 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항이라고 규정하고 있다. (나) 부가가치세법시행령 제59조 는법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인(법인명이 당초에는 (주) ㅇㅇ유선방송이었으나 2001. 1. 26.자로 (주) ㅇㅇㅇㅇ유선방송으로 변경되었다가, 같은 해 8. 7.자로 ㅇㅇㅇㅇㅇ방송(주)로 변경되었다)은 유선방송서비스업을 영위하는 법인으로서 1999. 7. 1.ㅇㅇ유선방송 HFC망 구축을 위한 이 사건 공사를 ㅇㅇ에 도급하는 계약을 체결하였는데, 그 물품공급 및 설치 계약서에 따르면 계약기간은 1999. 7. 1.부터 2000. 3. 31.까지 9개월로 되어 있고, 계약금액은 927,107,654원(공급가액 842,825,140원, 부가가치세 84,282,514원)으로, 대금지불조건은 “협의후 결정”한다고 되어 있다.

(2) 그러나, 이 사건 공사가 계약기간이 끝나기 전에 중단됨에 따라 청구인과 ㅇㅇ은 1999. 8. 24.자로 1차 정산을 하였고, 그 후 광접속함 설치 및 시험가동 등 마무리공사를 2000. 2. 20.까지 완료한 후 2000. 2. 29. 최종 정산절차를 거쳐 이 사건 공사의 총 공사대금을 확정하였으며, 또한 청구인은 이 사건 공사의 공사대금을 1999. 7. 5.부터 2000. 6. 15.까지 수차에 걸쳐 ㅇㅇ에 지급하였는데, 이 사건 공사의 공사대금 정산내역 및 청구인이 ㅇㅇ에 실제 지급한 공사대금의 지급내역은 다음과 같다. (가) 청구인이 1999. 8. 24. ㅇㅇ과 합의한 중간정산 내역서에 의하면, 전체공사금액은 605,605,660원으로 그 내역은 ① 광케이블비 328,714,100원, ② 소요장비 및 광잡자재비 21,165,500원, ③ 공사관련 잡자재비 49,569,600원, ④ 공사관련 노무비 151,101,400원 및 ⑤ 부가가치세 55,055,060원으로 되어 있고, 위 공사관련 노무비 중 광접속 인건비(광접속함 설치, 광접속 및 시험을 위한 노무비 계 43,192,000원)는 접속공사를 마무리한 후 재정산한다고 되어 있다. (나) 청구인과 ㅇㅇ의 2000. 2. 29.자 최종정산 내역서에 의하면 최종정산한 총 공사대금은 605,407,660원으로(청구인의 이 사건 공사 관련 거래처원장에 따르면 지급된 공사대금을 선급금계정으로 관리하다가 2000. 2. 29.자로 외상매입금계정으로 변경하였는데 위 날짜의 공사대금은 선급금 기지급액 계 575,000,000원과 미지급 잔액 30,407,660원 계 605,407,660원으로 되어 있고, ㅇㅇ의 이 사건 공사 관련 거래처원장에 따르면 마찬가지로 지급받은 공사대금을 선수금계정으로 관리하다가 2000. 2. 29.자로 미수금계정으로 변경하였는데 위 날짜의 공사대금은 선수금 계 575,000,000원과 미수금잔액 30,407,660원 계 605,407,660원으로 되어 있어 이 사건 공사는 2000. 2. 29.자로 총 공사대금 605,407,660원에 최종 정산하였음이 확인된다), 그 내역은 ① 광케이블비 328,714,100원, ② 소요장비 및 광잡자재비 21,165,500원, ③ 공사관련 잡자재비 49,569,600원, ④ 공사관련 노무비 150,921,400원 및 ⑤ 부가가치세 55,037,060원으로 되어 있다. (다) 청구인과 ㅇㅇ의 이 사건 공사 관련 거래처원장의 각 기재내용에 의하면 청구인이 이 사건 공사와 관련하여 ㅇㅇ에 실제로 지급한 물품대금 및 공사대금은 ① 1999년의 경우 1999. 7. 5.부터 같은 해 12. 22.까지 사이에 10회에 걸쳐 공사대금 계 535,000,000원을 지급하였고, ② 2000년의 경우 2000. 1. 27.부터 같은 해 6. 15.까지 사이에 6회에 걸쳐 공사대금 계 68,000,000원을 지급하는 등 공사대금으로 총 603,000,000원이 지급된 것으로 되어 있다. (위 최종정산금액 605,407,660원과 실지급액 603,000,000원과의 차액 2,407,660원은 2001. 11. 20. 현재까지 미지급잔액으로 남아 있다)

(3) 청구인은 2000. 2. 29. 이 사건 공사에 대한 최종 정산을 하면서 청구인이 지급한 위 공사대금 계 605,407,660원에 대하여 ㅇㅇ로부터 2000년 제1기를 공급시기로 하는 이 사건 당초세금계산서를 교부받아 2000. 4. 25. 처분청에 2000년 제1기 부가가치세 예정신고를 할 때 이 사건 당초세금계산서상 세액 계 55,037,060원을 매입세액공제하는 것으로 신고하였다.

(4) 한편, ㅇㅇ세무서장은 2000. 4. 18.부터 같은 해 4. 28.까지 ㅇㅇ에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과 ㅇㅇ이 청구인에 대한 1999년 매출분 550,370,600원을 법인세 신고시 누락(2000년 제1기 세금계산서를 발행함)하였음을 확인하여 2000. 7. 10.자로 청구인의 사업자등록지 관할세무서장인 처분청에 과세자료통보하였다.

(5) 처분청은 위 과세자료통보 내용에 따라 2000. 11. 24.부터 같은 해 11. 27.까지 청구인에 대한 부가가치세 환급자 현지확인조사를 실시하여 청구인이 1999. 8. 24. 이 사건 공사의 공사대금을 정산[이 때 처분청에서는 위 (2)-(가)항 기재의 1999. 8. 24.자 중간정산 내역서의 내용을 최종적인 정산내역으로 판단하였다]한 후 공사를 중단하였고 청구인이 1999. 7. 5.부터 2000. 5. 30까지 사이에 15회에 걸쳐 공사대금으로 계 600,000,000원[이 때 처분청이 확인한 지급액은 1999년 10회 계 535,000,000원 및 2000년 5회 계 65,000,000원 등 계 600,000,000원으로 위 (2)-(다)항 기재의 총 지급액 605,407,660원과 차이가 나는 것은 조사당시 확인과정에서 2000. 6. 15.자 지급액 3,000,000원과 미지급잔액 2,407,660원 등 계 5,407,660원이 제외되었기 때문이다]을 지급한 것이 확인되므로 청구인이 2000년 제1기에 공사용역을 공급받은 것으로 하여 교부받은 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 그 공급가액 계 550,370,600원에 대한 매입세액 55,037,060원은 매입세액불공제 대상이라는 내용의 세무조사결과를 청구인에게 통지하였다.

(6) 그러자 청구인은 이 사건 당초세금계산서상 공급대가 계 605,407,660원(공급가액 계 550,370,600원, 세액 계 55,037,060원) 상당액에 대하여 위 (2)-(다)항 기재의 청구인이 ㅇㅇ에 실제 공사대금을 지급한 시기를 공급시기로 하여 1999년 제2기를 공급시기로 한 이 사건 수정세금계산서(공급가액 계 486,363,636원, 세액 계 48,636,364원)와 2000. 3. 31.자 세금계산서(공급가액 64,006,964원, 부가가치세액 6,400,696원) 등 3매의 수정세금계산서를 교부받아 2000. 12. 7.자로 1999년에 실제 공급이 있었던 이 사건 수정세금계산서상 세액 48,636,364원을 1999년 제2기 과세기간에 매입세액공제하여 달라는 내용의 이 사건 경정청구를 하였다.

(7) 처분청은 위 부가가치세 환급자 현지조사의 결과에 따라 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액공제를 부인하여 2001. 1. 4.자로 이 사건 부과처분을 하였고, 이 사건 경정청구에 대하여는 과세기간(작성일자)을 달리하는 수정세금계산서는 교부할 수 없으므로 청구인이 과세기간을 달리하는 이 사건 수정세금계산서를 교부받아 이에 따른 수정세금계산서합계표를 첨부하여 경정청구한 것은 이유 없다고 하여 2001. 2. 17.자로 청구인에게 이 사건 경정청구거부처분을 하였다.

• 라. 판단 부가가치세 경정청구에 관한 법규정을 보면 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 과세사업자가 신고한 과세표준 및 세액이 부가가치세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나 신고한 환급세액이 부가가치세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때는 국세기본법의 규정에 따라 당해 과세표준 및 세액의 법정신고기한 경과후 1년 이내에 관계증빙서류를 갖추어 관할세무서장에게 그 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있도록 되어 있다. 또한, 부가가치세는 그 성격이 거래관계에서 창출되는 부가가치를 최종소비자에게 전가시키기 위하여 매 거래단계별로 부과하는 것으로 세부담의 전가와 과세자료의 근거를 정확히 하기 위하여 세금계산서의 발행교부라는 수단을 사용하고 있고, 따라서 부가가치세법의 규정에 따라 적법하게 발행교부된 세금계산서에 의거하여 거래징수 및 환급신고(매입세액공제신고)가 이루어져야 함은 물론 위 국세기본법상 경정청구를 할 때에도 역시 적법하게 발행교부된 세금계산서에 의거하여야 한다고 할 것인 바, 부가가치세법상 세금계산서 및 수정세금계산서의 발행교부에 관한 규정을 보면 세금계산서는 공급을 하는 자가 실지거래가 이루어진 “공급시기”를 “작성일자”로 하여 공급을 받는 자에게 “발행교부”하도록 되어 있어 원칙적으로 교부시기와 공급시기 및 작성일자가 상호일치하여야 하므로 세금계산서의 교부시기와 공급시기 및 작성일자가 불일치하는 경우에는 당해 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것이고(이 때 부가가치세는 과세기간을 특정하여 납세 및 징수가 이루어진다는 점을 감안하면 가사 세금계산서의 작성일자 및 교부시기가 공급시기와 다르더라도 같은 과세기간내에 있다면 적법한 세금계산서임을 부인하기는 어렵다 할 것이나, 세금계산서의 작성일자 및 교부시기가 속한 과세기간이 공급시기가 속한 과세기간을 달리하는 경우에는 이를 적법한 세금계산서로 볼 수 없다 할 것이다), 세금계산서를 교부한 이후에 당해 세금계산서의 기재사항에 착오나 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 따라 수정세금계산서를 발행교부할 수 있도록 하고 있으나 이 경우 수정세금계산서라는 것은 재화나 용역의 공급시기에 적법하게 작성교부된 세금계산서에 대하여 그 착오기재내용 등을 수정하기 위한 것이므로 거래 당시 세금계산서를 교부하지 않았다든지, 적법하게 작성교부된 세금계산서가 아닌 경우에는 그에 대한 수정세금계산서를 교부할 수 없다 할 것이다. 살피건대, 위 인정사실에 따르면 이 사건 공사는 중간지급조건부 용역으로서 부가가치세법상 이 사건 공사의 공급시기는 대가지급시기이므로 청구인이 ㅇㅇ에 1999년 제2기에 지급한 대금 계 535,000,000원에 대한 공급시기(실제거래시기)는 1999년 제2기 과세기간에 속한 날인데도 청구인이 2000년 제1기의 과세기간에 속한 날을 공급시기로 하여 작성한 이 사건 당초세금계산서를 ㅇㅇ로부터 교부받아 2000년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액공제신고를 하였다가 ㅇㅇ세무서장의 ㅇㅇ에 대한 세무조사시 위 1999년도 지급분 535,000,000원에 상당하는 용역의 공급시기가 1999년 제2기임에도 ㅇㅇ이 법인세 신고를 할 때 매출누락하였음을 확인하여 처분청이 그 사실을 과세자료통보받아 청구인에게 통지하자 청구인은 2000. 12월에 ㅇㅇ로부터 공급시기를 1999년 제2기의 과세기간에 속한 날로 하여 작성된 이 사건 수정세금계산서를 교부받아 2000. 12. 7.자로 이 사건 경정청구를 하였음이 인정된다. 그러나, 위 관계법령의 규정에서 본 바와 같이 1999년 제2기 과세기간에 이 사건 공사의 용역공급이 실제 있었다고 하더라도 그 과세기간이 경과한 2000. 12월에 와서 1999년 제2기 과세기간내의 일자를 공급시기 및 작성일자로 한 세금계산서(즉, 교부시기와 공급시기 및 작성일자가 상호 불일치하는 세금계산서)를 발행교부할 수 없는 점, 수정세금계산서는 적법하게 발행교부된 세금계산서에 대하여 교부하는 것이나 이 사건 수정세금계산서의 기초가 되는 이 사건 당초세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 이를 근거로 하여 발행교부된 이 사건 수정세금계산서 역시 적법한 세금계산서로 볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 공급시기를 변경하여 교부받은 이 사건 수정세금계산서에 의하여 경정청구를 한 것은 이유 없다고 한 처분청의 판단에는 달리 잘못이 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 거래일자를 달리하는 수정세금계산서는 교부할 수 없다고 보아서 한 이 사건 경정청구거부처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.