감면신청기한을 도과한 감면신청이 가능한지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995. 5. 17. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 1필지의 토지 8,609.4㎡를 같은 동 ○○번지에 있는 ㅇㅇ동지역주택조합(조합장 ㅇㅇㅇ, 이하 “ㅇㅇ동지역주택조합”이라 한다)에 국민주택건설용지로 양도한 데 대하여 같은 해 8월(일자모름) 양도소득세 7,523,009,220원을 전액 자진 신고하였다. 그리고 구 조세감면규제법시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15796호로 개정되기 전) 제63조 제9항에 규정하고 있는 감면신청기한(과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날이나 과세표준 및 세액결정일)까지 토지매입자인 주택조합으로 하여금 감면신청을 하게 하지 않은 채 내버려두고 있다가 그 감면신청서 제출기일로부터 짧게는 3년 9월, 길게는 4년 11월이 지난 2001. 4월경 위 토지매입자인 ㅇㅇ동지역주택조합이 세액감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인으로부터 위 토지를 취득한 위 주택조합이 주택건설사업자에 해당되지 않을 뿐 아니라 법정기한을 도과하여 감면신청서를 제출하였다는 이유로 2001. 5. 31. 청구인의 양도소득세 감면신청을 거부하는 처분(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 이 사건 토지가 양도소득세 감면대상에 해당되는지 여부를 관할 세무서 및 본청 등 과세당국에 문의한 결과 “주택건설등록업자가 아닌 지역주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 토지는 감면대상에 해당되지 아니한다”고 되어있는 1995. 2. 6.자 국세청장의 질의회신을 제시하면서 양도소득세를 감면받을 수 없다는 답변을 받았다. 이러한 과세당국의 답변 등에 따라 청구인은 같은 해 6. 20. 양도소득세를 전액 신고․납부하고 이에 대한 양도소득세 감면신청을 하지 않았으나 대법원에서 1995. 11. 28. 및 같은 해 12. 28. 2회에 걸쳐 “주택조합도 주택건설등록업자의 범주에 포함하는 것이 옳다”고 판시한 사실을 최근에야 비로소 인지하고 토지매수자로 하여금 양도소득세 감면신청서를 제출케 한 것이므로 법정기한을 도과후 감면신청을 한 데 대하여 청구인에게 귀책사유가 없다. 따라서 청구인으로부터 위 토지를 취득한 주택조합이 주택건설등록업자에 해당되지 않을 뿐 아니라 양도소득세 감면신청기한 도과 등을 이유로 한 처분청의 양도소득세 감면신청거부는 부당하므로 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 과세관청의 답변을 신뢰한 나머지 법정기한을 도과한 후 양도소득세감면신청을 한 경우 신의성실원칙을 적용하여 양도소득세감면을 할 수 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1995. 5. 17. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 1필지의 토지 8,609.4㎡를 같은 동 ○○번지에 있는 ㅇㅇ동지역주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 데 대하여 같은 해 8월(일자모름) 자산양도차익 예정신고 및 자진납부를 하였다.

(2) 국세청장은 1995. 10. 16. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 제일46014-2690-1호로 주택조합이 주택건설등록업자와 국민주택규모 이하의 조합원용 주택을 건설하는 경우 당해 토지는 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호의 규정에 적용되지 아니한다고 질의회신을 하였다.

(3) 과세관청에서는 주택조합에게 국민주택건설용지로 토지를 양도한 경우 일관되게 양도소득세가 감면되지 아니한 것으로 처리하였으며 1997. 12. 13. 구 조세감면규제법 제66조를 개정하여 그동안 논란의 시비가 되었던(주택조합도 주택건설등록업자에 해당되는지 여부문제) 부분에 대하여 주택조합이 취득하는 토지는 조세지원의 당위성이 없으므로 주택조합의 경우 주택건설등록업자에 해당되지 아니하는 것으로 명문화하였다.

(4) 처분청은 1997. 8월(일자 모름) 자산양도차익 및 과세표준을 확정하여 부족징수결정세액 25,005,570원을 부과, 고지하였다.

(5) 위 (가)항의 ㅇㅇ동지역주택조합이 2001. 4월(일자 모름) 이 사건 토지에 대한 양도소득세 100,000,000원의 감면을 요구하는 내용의 세액감면신청서를 처분청에 제출하였다.

(6) 처분청은 2001. 5. 31. “주택조합은 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의한 주택건설등록업자에 해당되지 않을 뿐 아니라 구 조세감면규제법시행령 제63조 제9항의 규정에 따른 세액감면신청서를 기한내에 제출하지 않았다”는 이유로 이 사건 토지에 대한 양도소득세감면을 거부하였다.

• 다. 관계법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 4. 10. 법률 제5534호로 개정되기 전, 이하 “구 조세감면규제법”이라 한다) 제66조 제1항의 규정에 의하면 내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다고 되어있고 그 1호의 규정에 의하면 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지라고 되어있다. 그리고 같은 법 제66조 제4항의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 되어있다.

(2) 구 주택건설촉진법 제6조(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전)의 규정에 의하면 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 주택건설사업 또는 대지조성사업을 영위하고자 하는 자는 건설부장관에게 등록하여야 하고 다만 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 한국토지공사 및 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로하여 설립된 지방공사와 제44조의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주체는 그러하지 아니하다고 되어 있다.

(3) 구 조세감면규제법시행령 제63조 제9항(1998. 5. 16. 대통령령 제15796호로 개정되기 전, 이하 “구 조세감면규제법시행령”이라 한다)의 규정에 의하면 구 조세감면규제법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한 내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 되어 있고 다만, 그 기한 내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다고 되어있다.

• 라. 판단 관계법령에서 본 바와 같이 내국인이 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자에게 국민주택건설용지를 양도하고 그 주택건설사업자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날이나 과세표준 및 세액결정일 이내에 양도자의 주소지 관할세무서에 세액감면신청서를 제출한 경우에 한하여 양도소득세를 감면하도록 되어 있음을 알 수 있다. 이러한 법령의 입법취지는 주택건설등록업자가 취득하는 국민주택건설용지의 가격을 낮추어 서민주택의 공급을 원활히 하는 데 있다 할 것이다. 그런데 위 인정사실에서 본 바와 같이 국세청장은 조합주택이 주택건설등록업자와 국민주택규모의 조합원 주택을 건설하는 당해 토지는 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 유권해석을 하였고, 이러한 태도를 일관되게 유지하였다. 따라서 청구인의 경우 처분청의 과세처분에 대하여 다투기 위해서는 법정기한내에 감면신청서를 처분청에 제출하였어야 하고 그 감면신청이 처분청으로부터 받아들여지지 않은 때에는 심사청구를 제기하는 등 불복절차를 밟았어야 한다. 그런데도 청구인은 1995. 5. 17. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 1필지의 토지 8,609.4㎡를 같은 동 ○○번지에 있는 ㅇㅇ동지역주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 데 대하여 같은 해 8월 양도소득세를 전액 자진신고한 채 내버려두다가 대법원에서 주택조합에 양도한 토지도 감면대상에 해당된다고 판시(1995. 11. 28. 95누9419 외 다수)한 사실을 알고 청구인이 이 사건 토지를 양도한 날이 속하는 과세표준신고기한인 1996. 5. 31.부터 4년 11월, 이 사건 토지의 과세표준 및 세액결정일인 1997. 8월부터 3년 9월이 지난 2000. 4월경에 위 주택조합으로 하여금 세액감면신청을 하게 하였다. 이에 대하여 처분청은 이 사건 토지를 청구인으로부터 매수한 위 주택조합이 주택건설등록업자에 해당되지 않을 뿐 아니라 법정기한까지 감면신청서를 제출하지 않았음을 이유로 위 주택조합의 감면신청을 받아들이지 않았다. 살피건대, 과세관청에서는 주택조합에게 국민주택건설용지를 양도하였다 하더라도 이는 양도소득세 감면요건에 해당되지 아니한다고 일관된 입장을 유지하여 왔으므로 당초의 공적견해를 변경하여 청구인에게 불이익을 가져온 것이 아니어서 신의성실원칙을 위배하였다고 할 수 없다 할 것이다. 가사 이러한 과세관청의 태도가 잘못되었다고 하더라도 관계법령에 규정된 감면신청기한내에 감면신청을 하고 과세관청에서 받아들여지지 않을 경우에는 이에 대한 불복절차를 밟았어야 할 것이다. 따라서 청구인으로부터 이 사건 토지를 매입한 주택조합의 감면신청에 대해 감면신청기한이 도과되었음을 이유로 받아들이지 않은 처분청의 이 사건 거부처분은 적법하다 할 것이다.

그렇다면 청구인으로부터 국민주택건설용지로 이 사건 토지를 매입한 ㅇㅇ동 지역주택조합이 구 조세감면규제법시행령 제63조 제9항에 규정된 감면신청기한을 도과하여 세액감면신청을 하였다는 이유로 세액감면을 거부한 이 사건 거부처분은 정당하므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.