중고이륜자동차가 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제할 수 있는지 여부

처분청은 2000. 1. 25.부터 같은 해 9. 30.까지 사이에 청구인이 환급신청한 의제매입세액 186,450,560원에 대해 환급거부액 128,887,720원과 환급하였다가 다시 부과한 73,625,980원(가산세 16,063,140원 포함) 계 202,513,700원을 취소하여야 한다.

청구인이 1999. 10. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 417,906,000원에 매입하여 수출하고 2000. 1. 25. 위 이륜자동차매입액 417,906,000원의 3/103에 상당하는 12,172,020원을 매입당시 부담한 것으로 의제되는 세액(이하 “의제매입세액”이라 한다)으로 보아 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급신청한 데 대하여 처분청은 2000. 1. 29. 청구인의 당초 신고내용을 그대로 인정하여 의제매입세액 12,172,020원을 매출세액에서 공제하여 환급하였다. 그러나 같은 해 8월 청구인이 의제매입세액 공제율이 10/110인데도 3/103으로 잘못 적용되었다는 이유로 위 이륜자동차매입액 417,906,000원의 10/110에 상당하는 의제매입세액 37,991,390원과 기환급 처리된 의제매입세액 12,172,020원과의 차액 25,819,370원을 매출세액에서 추가 공제하여 환급하여 주도록 경청청구한 데 대하여는 처분청에서 이를 처리하지 아니하고 내버려 두다가 같은 해 11월 중고 이륜자동차는 “자동차관리법상 중고자동차”에 해당되지 아니한다는 이유로 청구인이 추가 환급요청한 의제매입세액 25,819,370원의 환급을 거부하는 한편 당초 의제매입세액 12,172,020원의 환급결정을 취소하여 부가가치세 12,172,020원을 다시 부과함과 아울러 과세표준 과소신고를 이유로 가산세 1,217,200원을 부과하는 등 계 13,389,220원의 부가가치세를 부과, 고지하였다. 그리고 청구인이 2000. 1. 1.부터 같은 해 3. 31.까지 중고 이륜자동차 매입액 499,300,000원의 110분의 10에 상당하는 45,390,820원을 의제매입세액으로 매출세액에서 공제하여 같은 해 4. 25. 환급신청한 데 대하여 처분청은 같은 달 이를 그대로 인정하여 매출세액에서 공제하여 환급하였다가 같은 해 11월 위 중고 이륜자동차는 “자동차법관리법상 중고자동차”에 해당되지 아니한다는 이유로 당초 의제매입세액 45,390,820원의 환급결정을 취소하여 부가가치세 45,390,820원을 다시 부과함과 아울러 과세표준 과소신고를 이유로 가산세 4,539,110원을 부과하는 등 부가가치세 계 49,929,930원을 부과, 고지하였다. 또한 청구인이 2000. 4. 1.부터 같은 해 9. 30.까지 중고 이륜자동차 매입액 1,133,755,000원의 110분의 10에 상당하는 103,068,350원을 의제매입세액으로 매출세액에서 공제하여 같은 해 7. 25. 및 10. 25. 2회에 걸쳐 부가가치세를 환급신청한 데 대하여 처분청은 같은 해 11월 위 의제매입세액 103,068,350원의 환급을 거부하는 한편 청구인이 부당하게 의제매입세액을 환급신청하였다는 이유로 가산세 10,306,830원을 부과하는 등 총계 202,513,700원(환급거부액 128,887,720원 포함)의 부가가치세를 부과, 고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 재정경제부에서는 1998. 12. 31. 조세특례제한법시행령 제110조 제3항 에 규정하고 있던 재활용폐자원활용에 따른 매입세액공제대상 사업자의 범위를 개정하면서 그 제3항 제4호의 규정에 “ 대외무역법 제10조 의 규정에 의하여 신고한 무역업자(제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 경우에 한한다)”를 규정하였다. 그런데 구 자동차관리법(1995. 12. 29. 법률 제5104호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 자동차관리법”이라 한다) 제2조 제5호에 규정하고 있던 “중고자동차(이륜자동차를 제외한다)에 관한 정의”가 1995. 12. 29. 삭제되었고 자동차관리법 제3조 의 규정에 의하면 자동차의 종류를 승용자동차, 승합자동차, 화물자동차, 특수자동차 및 이륜자동차로 구분하고 있으므로 “자동차관리법상 중고자동차”라는 개념은 자동차관리법에서 규정하고 있는 모든 자동차의 중고품을 의미한다고 보아야 할 것이다. 따라서 조세특례제한법시행령 제110조 제4항 제8호 에 규정하고 있는 “자동차관리법상 중고자동차”의 범위에는 중고 이륜자동차도 포함되는 것으로 해석하는 것이 입법취지에 부합된다 할 것이다. 그러나 국세청에서는 2000. 1. 6. 국세청 예규(부가 46015-50호)로 중고 이륜자동차를 구입하여 수출하는 경우 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다고 유권해석을 하였다가 2000. 8. 29. 제4차 ○○위원회에서 중고 이륜자동차를 매입하여 수출하는 경우에도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있다고 유권해석을 변경․시행하면서 새로운 유권해석의 적용시기를 유권해석 변경일인 2000. 10. 1. 이후 최초로 공급받는 중고 이륜자동차부터 적용한다고 해석하여 처분청으로 하여금 청구인이 유권해석 변경 이전에 환급받은 중고 이륜자동차에 대한 의제매입세액을 부당하게 다시 부과하게 하였다. 한편, 처분청에서는 당초 청구인이 중고 이륜자동차 의제매입세액을 환급신청한 데 대하여 이를 그대로 인정하여 환급하였다가 국세청의 새로운 유권해석 등을 이유로 기환급세액을 추징함과 아울러 가산세를 부과하였다. 또한 청구인이 의제매입세액의 공제율이 10/110인데도 3/103으로 잘못 적용하였음을 이유로 경정청구한 데 대하여는 이를 거부하였다. 그리고 청구인이 새로이 중고 이륜자동차에 대한 의제매입세액을 환급신청한 데 대하여는 이를 거부함과 아울러 의제매입세액을 부당하게 환급신청하였음을 이유로 가산세를 부과하였다. 이러한 과세처분은 국세기본법 제18조 제1항 의 규정에 의한 과세형평의 원칙에 위반되는 등 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 중고 이륜자동차가 재활용 폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는 자산에 해당되는 지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 중고 이륜자동차를 수집하여 수출하는 무역업자이다.

(2) 청구인은 1999. 10. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 417,906,000원에 매입하여 수출하고 2000. 1. 25. 중고 이륜자동차 매입액 417,906,000원의 103분의 3에 상당하는 12,172,020원을 의제매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여 환급신청하였다. 이에 대하여 처분청은 2000. 1. 29. 청구인의 당초 신고내용을 그대로 인정하여 의제매입세액 12,172,020원을 매출세액에서 공제하여 환급하였다. 그러나 같은 해 8월 청구인이 의제매입세액 공제율이 10/110인데도 3/103으로 잘못 적용되었다는 이유로 위 이륜자동차매입액 417,906,000원의 10/110에 상당하는 의제매입세액 37,991,390원과 기환급 처리된 의제매입세액 12,172,020원과의 차액 25,819,370원을 매출세액에서 추가 공제하여 부가가치세를 환급하여 주도록 경정청구한 데 대하여는 처분청에서 처리하지 아니하고 내버려 두다가 같은 해 11월 중고 이륜자동차는 “자동차관리법상 중고자동차”에 해당되지 아니한다는 이유로 청구인이 추가 환급청구한 의제매입세액 25,819,370원의 환급을 거부하는 한편 당초 의제매입세액 12,172,020원의 환급결정을 취소하여 부가가치세 12,172,020원을 다시 부과함과 아울러 과세표준 과소신고를 이유로 가산세 1,217,200원을 부과하는 등 계 13,389,220원의 부가가치세를 부과, 고지하였다.

(3) 청구인은 2000. 1. 1.부터 같은 해 3. 31.까지 중고 이륜자동차 매입액 499,300,000원의 110분의 10에 상당하는 45,390,820원을 의제매입세액으로 매출세액에서 공제하여 같은 해 4. 25. 환급신청하였다. 이에 대하여 처분청은 같은 달 이를 그대로 인정하여 의제매입세액 45,390,820원을 매출세액에서 공제하여 환급하였다가 같은 해 11월 위 중고 이륜자동차는 “자동차관리법상 중고자동차”에 해당하지 아니한다는 이유로 당초 매출세액에서 공제하여 환급한 중고 이륜자동차 매입액에 대한 의제매입세액 45,390,820원의 환급결정을 취소하여 부가가치세 45,390,820원을 다시 부과함과 아울러 과세표준 과소신고를 이유로 가산세 4,539,110원을 부과하는 등 부가가치세 계 49,929,930원을 부과, 고지하였다.

(4) 청구인이 2000. 4. 1.부터 같은 해 9. 30.까지 중고 이륜자동차 매입액 1,133,755,000원의 110분의 10에 상당하는 103,068,350원을 의제매입세액으로 매출세액에서 공제하여 같은 해 7. 25. 및 10. 25. 2회에 걸쳐 부가가치세를 환급신청하였다. 이에 대하여 처분청은 같은 해 11월 위 의제매입세액 103,068,350원의 환급을 거부하는 한편 청구인이 중고 이륜자동차에 대한 의제매입세액을 부당하게 환급신청하였다는 이유로 가산세 10,306,830원을 부과, 고지하였다.

• 다. 관계법령의 규정 (1) 조세특례제한법 제108조 제1항의 규정에 의하면 재활용 폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가․지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용 폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 되어 있고 그 제2항의 규정에 의하면 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용 폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 되어 있다. (2) 조세특례제한법시행령 제110조 제1항 의 규정에 의하면 법 제108조 제1항에서“기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자 및 과세특례자를 말한다고 되어 있고 그 2항의 규정에 의하면 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용 폐자원 및 중고품(이하 이조에서 “재활용 폐자원 등”이라 한다)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 되어 있다. 그리고 같은 법 시행령 제3항의 규정에 의하면 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다고 되어 있고 그 4호에는 대외무역법 제10조 의 규정에 의하여 신고한 무역업자(제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 경우에 한한다)로 되어 있다. 또한 같은 법 시행령 제4항의 규정에 의하면 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용 폐자원 등의 범위는 다음과 같다고 되어 있고 그 8호에는 “자동차관리법에 의한 중고자동차”라고 되어 있다.

(3) 구 자동차관리법 제2조 의 규정에 의하면 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다고 되어 있고 그 1호에 “자동차”라 함은 원동기에 의하여 육상에서 이동할 목적으로 제작한 용구 또는 이에 견인되어 육상을 이동할 목적으로 제작한 용구(이하 “피견인자동차”라 한다)를 말한다고 되어 있으며 그 5호에 ”중고자동차“라 함은 자동차(이륜자동차를 제외한다)의 제작․조립 또는 수입을 한 자로부터 법률행위 또는 법률의 규정에 의하여 자동차를 취득한 때로부터 사실상 그 성능을 유지할 수 없을 때까지의 자동차를 말한다고 되어 있다.(1995. 12. 29. 법률 제5104호로 개정된 자동차관리법의 전문에는 구 자동차관리법 제2조 제5호 에 규정된 ”중고자동차“의 정의가 삭제되었다) (4) 자동차관리법 제2조 의 규정에 의하면 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다고 되어 있고 그 1호의 규정에 의하면 “자동차”라 함은 원동기에 의하여 육상에서 이동할 목적으로 제작한 용구 또는 이에 견인되어 육상을 이동할 목적으로 제작한 용구(이하 “피견인자동차”라 한다)를 말한다고 되어 있다. (5) 자동차관리법 제3조 의 규정에 의하면 자동차는 자동차의 크기․구조, 원동기의 종류, 총배기량 또는 정격출력 등 건설교통부령이 정하는 구분기준에 의하여 승용자동차․승합자동차․화물자동차․특수자동차 및 이륜자동차로 구분한다고 되어 있다.

(6) 2000. 1. 6. 부가 46015-50호로 국세청장은 이륜자동차가 “자동차관리법상 중고자동차”에 해당되지 아니한다는 이유로 간이과세자 등으로부터 이를 구입하여 수출하는 경우 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다고 유권해석을 하였다

(7) 2000. 8. 29. 제4차 ○○위원회에서 “중고 이륜자동차“도 ”자동차관리법상 중고자동차“로 보아야 한다는 이유로 이를 매입하여 수출하는 경우에도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있다고 유권해석을 변경하면서 새로운 유권해석은 그 해석 변경일인 2000. 10. 1. 이후 최초로 중고 이륜자동차를 공급받는 분부터 적용한다고 규정하였다.

• 라. 판단 살피건대, 위 관계법령에서 본 바와 같이 구 자동차관리법 제2조 제5호 (중고자동차의 정의)의 규정에 의하면 중고 이륜자동차는 중고자동차에 해당되지 아니하는 것으로 되어 있었으나 1995. 12. 29. 법률 제5104호로 자동차관리법 전문을 개정하면서 구 자동차관리법 제2조 제5호 에 규정되어 있던 “중고자동차의 정의“가 삭제되었다. 그리고 자동차관리법 제2조 제1호 의 규정에 의하면 “자동차”라 함은 원동기에 의하여 육상에서 이동할 목적으로 제작한 용구 또는 이에 견인되어 육상을 이동할 목적으로 제작한 피견인자동차라고 되어 있고 같은 법 제3조 제1항의 규정에 의하면 자동차는 자동차의 크기․구조, 원동기의 종류, 총 배기량 또는 정격출력 등 건설교통부령이 정하는 구분기준에 의하여 승용자동차․승합자동차․화물자동차․특수자동차 및 이륜자동차로 구분한다고 되어 있다. 한편, 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조의 규정에 의하면 대외무역법 제10조 의 규정에 의한 무역업자가 간이과세자 등으로부터 중고자동차를 구입하여 수출하는 경우에 부가가치세를 부담한 것으로 의제하여 그 세액을 납부할 세액에서 공제하도록 되어 있다. 이러한 법령의 규정을 종합하여 보면 “자동차관리법상 중고자동차”라는 개념은 자동차관리법에서 규정하고 있는 모든 자동차의 중고품을 의미한다고 보아야 할 것이므로 무역업자가 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 구입하여 수출하는 경우에도 그 이륜자동차 매입액에 대한 의제매입세액을 납부할 세액에서 공제하여 환급하도록 되어 있음을 알 수 있다. 그런데 인정사실에서 본 바와 같이 처분청은 청구인이 1999. 10. 1.부터 2000. 3. 31.까지 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 구입하여 수출하고 그 의제매입세액을 납부할 세액에서 공제하여 환급신청한 데 대하여 이를 그대로 인정하여 환급하였으나 2000. 1. 6. 국세청 예규(부가 46015-50호)로 무역업자가 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 구입하여 수출하는 경우에는 중고 이륜자동차가 중고자동차에 해당되지 아니한다는 이유로 의제매입세액을 납부할 세액에서 공제하지 아니하는 것으로 유권해석을 하였다가 2000. 8. 29. 제4차 ○○위원회에서 중고 이륜자동차도 중고자동차에 해당되는 것으로 보아 그 이륜자동차 매입액에 대한 의제매입세액을 납부할 세액에서 공제하도록 유권해석을 변경함과 아울러 변경된 유권해석의 적용시기를 그 해석 변경일인 2000. 10. 1. 이후 새로이 취득하는 중고 이륜자동차부터 적용하도록 같은 해 10. 10. 지시하자 처분청은 당초 의제매입세액의 환급결정을 취소하고 이를 다시 부과하였다. 그리고 처분청은 청구인이 2000. 8월 의제매입세액의 공제율이 과소적용되었음을 이유로 그 의제매입세액을 추가 환급하여 주도록 경정청구한 데 대하여 이를 거부하였다. 또한 처분청은 청구인이 2000. 4. 1.부터 같은 해 9. 30.까지 간이과세자 등으로부터 중고 이륜자동차를 구입하여 수출하고 부가가치세를 부담한 것으로 의제하여 그 의제매입세액의 환급을 신청한 데 대하여 이를 거부하는 한편 중고 이륜자동차의 구입․수출에 따른 의제매입세액을 부당하게 환급신청하였다는 이유로 가산세를 부과하는 등 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다. 그러나 자동차관리법에 자동차의 정의와 자동차의 종류를 규정하면서 이륜자동차를 자동차의 종류에 포함시킨 점과 조세특례제한법 제108조 가 세제면에서 폐자원이나 중고품의 재활용을 지원하기 위한 규정임을 감안할 때 조특법 시행령에서 “자동차관리법에 의한 중고자동차”의 범위에 중고 이륜자동차도 당연히 포함된다고 보아야 할 것이다. 따라서 유권해석 변경 이전에 구입하여 수출한 중고 이륜자동차가 “자동차관리법상의 중고자동차”에 해당되지 아니하는 것으로 보아 기 환급된 의제매입세액을 추징하거나 새로이 그 의제매입세액을 환급신청한 데 대하여 이를 거부함과 아울러 가산세를 부과하는 등 이 사건 부과처분이 위법하다는 청구주장은 이유 있다할 것이다.

그렇다면 처분청에서 청구인이 간이과세자 등으로부터 구입하여 수출한 중고 이륜자동차가 중고자동차에 해당되지 아니한다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.