납부한 청산금으로 종전토지에 비하여 증가된 대지권과 건물 전체의 취득시기

처분청은 2001. 1. 2.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 13,417,610원의 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 1985. 5. 18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 43㎡ 및 위 지상건물 39.67㎡(이하 위 토지를 “종전 토지”라 하고, 위 지상건물을 “종전 건물”이라 하고, 위 둘을 합하여 “종전 부동산”이라 한다)를 취득한 후 종전 부동산이 재개발구역에 포함되자 종전 부동산과 청산금 36,317,698원을 납부하였고, 1990. 5. 25. 같은 동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ아파트 ㅇ동 ㅇ호(대지권은 28852.4분지 56.81㎡이며 건물은 118.43㎡, 이하 “이 사건 아파트”라고 한다)를 취득하여 1997. 2. 27. 양도하고, 같은 해 4. 30. 양도가액을 215,000,000원으로, 취득가액을 130,520,818원으로, 양도소득을 57,997,223원으로 하여 산정한 양도소득세 17,279,000원을 자진 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 위 취득가액을 과다하다고 보아 이 사건 아파트의 취득시기를 종전 부동산의 취득하였을 때로 하여 취득가액을 105,018,287원으로, 양도소득을 81,680,751원으로 경정하여 양도소득세를 30,696,610원으로 결정한 후 이미 납부한 세액을 차감하여 2001. 1. 2.자로 양도소득세 13,417,610원을 부과․고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)를 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 청구인은 종전 토지면적보다 증가된 이 사건 아파트 대지권 13.81㎡(이하 “증가된 대지권”이라 한다)를 증가된 대지권의 가액에 해당하는 청산금을 주고 이 사건 아파트의 준공일이나 청산금을 지급한 날에 새로이 취득하였다. 그리고, 소득세법시행령 제162조 제1항 에 의하면 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 같은 조항 제4호에서 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사실상의 사용일, 사용승인일 또는 사용검사필증 교부일로 하도록 규정하고 있고, 제3항에 의하면 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일로 한다고 규정하고 있어 이 사건 아파트의 건물은 전부에 대하여 준공일에 새로이 취득한 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 아파트의 대지권 중 종전 토지에 해당하는 부분의 취득시기는 종전 토지의 취득일로, 증가된 대지권과 이 사건 아파트 건물 전체의 취득시기는 아파트의 준공일이나 청산금을 지급한 날을 취득일로 하여야 하는데도 처분청이 법리를 오해하여 이 사건 아파트 대지권 전부를 종전 토지가 환지된 것으로 보아 종전 토지의 면적만으로 취득가액을, 이 사건 아파트 건물 중 일부만을 신규로 취득한 것으로 하여 종전 건물과 함께 취득가액을 산정하여 양도소득세를 부과한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 청구인이 납부한 청산금으로 이 사건 아파트 중 종전 토지에 비하여 증가된 대지권과 건물 전체를 새로이 취득하였다고 볼 수 있는지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1985. 5. 18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 43㎡와 위 지상건물 39.67㎡를 취득하였다.

(2) 청구인 소유의 종전 부동산을 포함한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 일대 28,838.32㎡는 1984. 11. 17. 주택개량재개발 ㅇㅇ 제7구역 제1지구로 지정되었고, 1987. 4. 17. ㅇㅇ 제7구역 제1지구 주택개량재개발조합(조합장 ㅇㅇㅇ, 이하 “재개발조합”이라 한다)이 설립되자, 청구인은 위 조합의 조합원이 되었다.

(3) ㅇㅇ시장이 1988. 11. 26. 재개발조합의 관리처분계획을 인가하자, 재개발조합은 종전 부동산의 가액을 14,093,102원(토지는 11,625,050원, 건물은 1,884,325원)으로 평가하여 청구인으로부터 종전 부동산과 청산금 36,317,698원을 징수하고 이 사건 아파트를 분양(대지권 56.81㎡와 건축시설 124.38㎡의 분양액은 50,410,800원으로 계산하여 종전 부동산가액의 차액인 36,317,698원을 청산금으로 징수)하였다.

(4) 청구인은 1990. 5. 25. 이 사건 아파트(도시재개발사업으로 인한 구획정리로 같은 해 12. 27. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 같은 동 ○○번지로 지번이 변경됨)가 준공되자 이를 취득하였다.

(5) ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장은 1990. 8. 30.자로 종전 토지의 ㎡당 개별공시지가를 840,000원으로, 국세청장은 같은 일자로 이 사건 아파트 대지권의 개별공시지가를 ㎡당 700,000원으로, 같은 해 9. 1.자로 이 사건 아파트의 기준시가를 197,000,000원으로 각각 고시하였고, 행자부 건물시가표준액 조견표에 의하면 이 사건 아파트의 1990년도 건물시가는 ㎡당 112,000원이다.

(6) 청구인은 이 사건 아파트를 1997. 2. 27. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 양도한 후 같은 해 4. 30. 자산양도차익예정신고를 하면서 기준시가에 의하여 이 사건 아파트의 양도가액 215,000,000원에서 취득가액 130,520,818원(건물전체를 준공된 때 취득한 것으로, 대지권 중 종전 토지면적에 대하여는 종전 토지의 취득일에, 증가된 대지권 13.81㎡에 대하여는 건물이 준공된 때 취득한 것으로 하여 계산)과 필요경비 등을 차감한 57,997,223원을 양도소득으로 산정하여 양도소득세 17,279,000원을 자진 신고․납부하였다.

(7) ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청은 2001년(날짜 모름) 주택개량재개발 ㅇㅇ 제7구역 제1구역의 다음과 같은 사업내용을 실은 ㅇㅇ주택재개발 백서(부제 주택재개발의 경험과 과제)를 발간하였다. (가) 주택개량재개발사업은 토지면적 28,838.32㎡를 대상으로 이루어졌으며, 사업결과 아파트 566가구 및 상가, 부대시설 등 건물연면적 64,675㎡를 건설하였다. (나) 위 주택개량재개발사업을 위하여 투자된 비용은 공사비 14,460,000,000원을 포함하여 총 17,340,000,000원이다. (다) 재개발조합은 주택(아파트)분양으로 23,411,000,000원을, 상가분양으로 669,000,000원을 조성하는 등 총사업비 24,161,000,000원을 조성하였다.

(8) 처분청은 청구인이 이 사건 아파트의 취득가액을 과다산정하여 신고․납부하였다고 보아 이 사건 아파트 대지권은 종전 토지가 환지된 것으로 보아 종전 토지의 기준시가에 의하고, 건물은 종전 건물의 기준시가와 청산금으로 취득한 것으로 본 건물 일부(건물면적 중 92.353㎡, 이는 청산금 36,317,698원을 1990년 ㅇㅇ시장이 고시한 아파트 평당 표준건축비 1,300,000원으로 나눈 것)의 기준시가에 의하여 이 사건 아파트의 취득가액을 105,018,287원으로, 양도소득을 81,680,751원으로 경정하여 결정세액을 30,696,610원으로 한 후 이미 납부한 세액을 차감하여 2001. 1. 2.자로 양도소득세 13,417,610원을 부과․고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

(9) 한편, 처분청의 취득가액 계산 산식과 계산례는 다음과 같다. (가) 취득가액 계산 산식(1995. 1. 3.자 국세청 계산사례) 취득가액 = 국세청장이 당해자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × (종전 토지․건물의 취득당시 기준시가＋청산금으로 새로이 취득하게 되는 건물부분의 완공당시 기준시가) 최초고시당시 토지․건물의 취득당시 기준시가 (나) 계산례 105,018,287원 = 197,000,000원 × 361,402원×43㎡ ＋ 55,000원×39.67㎡ ＋ 119,000원×92.353㎡ 700,000원×56.81㎡ ＋ 119,000원×118.43㎡

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제94조는 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다고 규정하고, 제1호에서 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 규정하고 있다. (2) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(3) 구 소득세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 정한 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 제4호에서 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하였거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 얻지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다고 규정하고, 제3항은 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일로 한다고 규정하고 있다.

(4) 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다고 규정하고, 제1호 다목에서 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 공동주택 또는 특수용도의 건물로서 대통령령이 정하는 지역안에 소재하는 주택 또는 건물의 경우에는 가목 및 나목의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액을 규정하고 있다.

(5) 구 소득세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제164조 제8항은 제4항의 규정에 의하여 국세청장이 지정한 지역에 있는 자산으로서 취득당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액 / 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액(취득당시의 가액과 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 가액이 동일한 경우에는 제7항의 규정을 준용한다)고 규정하고 있다.

(6) 구 소득세법시행규칙(1997. 4. 23. 총리령 제631호로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항은 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 토지구획정리사업법 또는 농어촌정비법 등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1976년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1976년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다라고 규정하고, 제1호 나목은 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우의 취득가액은 종전 토지의 면적 × 취득당시의 단위당 기준시가에 의하도록 규정하고 있다.

(7) 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제42조 제3항은 시행자는 건축시설의 적정규모의 확보를 위하여 특히 필요한 때에는 과소 또는 광대한 토지나 건축물에 대하여 이를 증가하거나 감소하여 관리처분계획을 정할 수 있다고 규정하고 있다.

(8) 구 도시재개발법 제53조 제1항 본문은 대지 또는 건축시설을 분양받을 자가 재개발사업의 시행 전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 재개발사업의 완료후에 관리처분계획에 의하여 분양받은 대지 또는 건축시설의 가격에 차액이 있을 때에는 시행자는 분양처분의 고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액을 징수하거나 지급하여야 한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인은 종전 부동산이 재개발되자 종전 부동산과 청산금을 납부하고 이 사건 아파트를 취득하였으며 이 사건 아파트의 대지권은 종전 토지에 비하여 그 면적이 13.81㎡ 증가한 점이 인정되는 한편, 청구인은 청산금을 납부하고 종전 토지와는 별도로 증가한 대지권과 이 사건 아파트 건물 전체를 신규로 취득한 것으로 본 반면 처분청은 이 사건 아파트 대지권이 종전 토지가 환지된 것으로 보아 증가된 대지권을 청구인이 새로이 취득한 것으로 인정하지 않으며 이 사건 아파트 건물 중 종전 건물면적에 해당하는 부분은 종전 건물로 보고, 청산금으로는 이 사건 아파트 건물 중 일부만을 취득한 것으로 본 점을 알 수 있다. 그러므로 먼저 청구인이 증가한 대지권을 청산금을 납부하고 새로이 취득할 수 있는지를 살펴보고 취득할 수 있다면 그 취득시기에 대하여 보기로 한다. 재개발사업이 완료된 후의 토지는 종전 토지에 비하여 단위면적당 그 가치가 상승하는 것이 일반적이라 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 재개발사업 후 환지된 토지는 종전 토지에 비하여 그 면적이 줄어든다 할 것이고, 종전 토지의 소유자가 토지를 제공하는 한편 청산금을 추가로 부담하였을 경우에는 청산금에 해당하는 환지된 토지를 새로이 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 구 도시재개발법은 재개발주택조합이 필요한 경우에는 종전 토지보다 늘어난 토지에 상당하는 청산금을 징수하고 새로운 토지를 조합원에게 부여할 수 있도록 규정하고 있으며, 또한 처분청은 청산금을 이 사건 아파트의 ㎡당 건축비로 나누어 청산금으로 취득한 건물면적을 계산하고 있는 점 등에 비추어 보면 청산금으로 취득한 건물면적이 분양받은 아파트의 건물면적보다 큰 경우에는 청산금으로 건물만이 아닌 토지를 취득한 것으로 보아야 할 것이고, 그 취득시기는 구 소득세법시행령 제162조 제1항 의 규정에 의하여 청산금을 완납한 날 또는 건물이 준공되어 대지권을 취득하였다고 볼 수 있는 때에 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 아파트의 ㎡당 건축비는 최소 223,579원(공사비 14,460,000,000원/건축연면적 64,675㎡)으로, 최대 268,109원(총투자비 17,340,000,000원/건축연면적 64,675㎡)으로 볼 수 있어 청구인이 청산금으로 취득할 수 있는 건물면적은 최소 135.46㎡(청산금 36,317,698원/268,109원)에서 최대 162.44㎡(청산금 36,317,698원/223,579원)이 된다할 것이어서 청산금 36,317,698원이 건물을 취득하는 대가로 충당되었다고만 볼 수 없어 적어도 실제 취득한 118.43㎡를 초과하는 17.03㎡의 가액에 상당하는 청산금으로는 이 사건 아파트의 대지권의 일부를 취득하였다고 보아야 할 것이므로 종전 토지의 면적보다 늘어난 13.81㎡의 대지권은 종전 토지가 환지된 것이 아니라 청구인이 청산금을 납부하고 건물이 준공되어 대지권에 대한 소유권이 인정되는 때에 새로이 취득한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 이어서 이 사건 아파트 건물의 취득여부과 그 취득시기에 대하여 보기로 한다. 구 도시재개발법에 의한 분양처분으로 인하여 재개발조합의 조합원이 취득한 재개발아파트의 건물에 대하여 토지와 달리 토지구획정리사업법에서 건축시설을 환지로 보는 규정이 없고, 자산의 취득시기에 관한 구 소득세법시행령 제162조 제3항 이 토지구획정리법 기타 환지처분으로 인하여 취득한 토지에 관하여만 그 취득시기를 환지 전의 토지의 취득일로 본다고 규정하고 있을 뿐 건물에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 원칙규정인 같은 조 제1항 제4호에 의하여 사용검사필증교부일이나 사실상 사용한 날을 그 취득시기로 보아야 할 것이다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 아파트는 1990. 5. 25. 준공된 점이 인정되므로 청구인은 이날부터 사용하였다고 보아야 할 것이므로 이 사건 아파트 전체에 대하여 이 사건 아파트를 사용한 날 처음으로 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 증가된 대지권과 이 사건 아파트 건물 전체의 취득시기는 종전 부동산을 취득한 때가 아닌 이 사건 아파트가 준공된 날 새로이 취득한 것을 보아야 할 것이므로 이 사건 아파트의 취득가액은 종전 토지와 증가된 대지권의 취득시기에 따라 그때의 기준시가를 곱하여 대지권의 가액을 산정하고, 이에 이 사건 아파트 건물 전체의 가액을 더하는 방법에 의하여 산정하여야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 아파트의 대지권 전부를 종전 토지가 환지된 것으로 보고, 건물의 일부를 종전 부동산을 취득한 때 취득한 것으로 보아 이를 종전 부동산의 취득당시 기준시가에 의하여 이 사건 아파트의 취득가액을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.