환지 후 면적을 기준으로 토지 취득가액을 산정한 것이 정당한지 여부

처분청은 2000. 9. 1.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 35,659,340원의 부과처분에 관하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지의 취득가액을 종전면적인 428㎡에 의해 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 1975. 4. 8. 단독으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 답 428㎡(이하 “단독소유토지”라 한다)를, 1983. 3. 24. 청구외 ㅇㅇㅇ과 공동으로 같은 동 ㅇㅇ번지 답 664㎡(이하 “공유토지”라 한다)를 각 취득하였는데, 위 토지들(이하 위 단독소유토지와 공유토지의 청구인 지분을 합하여 “이 사건 토지들” 이라 한다)은 1980. 12. 20. 환지예정지로 지정고시되어 단독소유토지는 1989. 8. 16. 대지 279.9㎡로, 공유토지는 같은 달 22. 대지 426.7㎡로 각각 환지되었고, 1997. 1. 25. 이 사건 토지들을 양도한 후 각각의 부동산 양도에 대하여 부동산양도신고 또는 자산양도차익예정신고를 따로 하였다.
• 나. 처분청은 1991. 10. 1. 공유토지의 청구인 지분에 대하여 토지초과이득세 20,240,037원을 예정결정하자 청구인은 이를 1992. 4. 29. 완납하였으며, 1993. 11. 4. 토지초과이득세를 3,500,253원으로 결정하였고, 같은 날 이미 납부한 세액과의 차액 16,739,780원을 환급하기로 결정하였다.
• 다. 처분청은 이 사건 토지들의 양도차익을 합산하여 취득가액을 계 206,581,742원으로(단독소유토지는 환지 후의 토지면적으로, 공유토지는 환지 전의 토지면적으로 취득가액을 산정하였다), 양도가액을 계 448,026,380원으로 하여 필요경비 등을 차감하여 양도차익을 계 237,615,169원으로 산정한 후 토지초과이득세액이 20,240,037원이라고 보아 12,144,018원을 세액공제하여 2000. 7. 1.자로 양도소득세 10,648,290원을 납부하도록 부과․고지하는 처분을 하였고, 그후 공유토지의 취득가액을 환지 후의 토지면적으로 계산하여 계 170,571,941원으로, 양도차익을 계 273,882,441원으로 경정하고, 청구인이 납부한 토지초과이득세액이 3,500,253원임을 확인하여 2000. 9. 1.자로 양도소득세 25,011,150원을 추가로 납부하도록 부과․고지하는 처분(2000. 7. 1.자 부과처분은 같은 해 9. 1.자 처분이 그 세액을 증액하여 부과처분하여 소멸되어 후의 처분만 존재하므로 이하 세액이 35,659,340원으로 증액되어 고지된 2000. 9. 1.자 양도소득세 부과처분을 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 청구인이 이 사건 토지들을 양도한 날이 1997. 1. 25.이므로 당시 시행 중이던 구 소득세법시행규칙(1997. 4. 23. 총리령 제631호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 환지 전 토지면적을 기준으로 하여 취득가액을 산정하여야 함에도 1997. 4. 23. 개정되어 같은 날부터 시행되는 구 소득세법시행규칙(1997. 4. 23. 총리령 제631호로 개정되어 2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 개정되기 전의 것)의 규정에 따라 환지 후의 토지면적을 기준으로 취득가액을 산정한 것은 부당하며, 또한 처분청으로부터 1993년 11월경 6,739,780원을 토지초과이득세 환급세액으로 받았음에도 16,739,780원을 환급받았다 하여 양도소득세를 과다하게 산정하여 부과한 것은 부당하다.

• 가. 다툼

(1) 환지 후의 면적을 기준으로 토지의 취득가액을 산정한 것이 정당한지 여부.

(2) 환급받은 토지초과이득세액이 6,739,780원인지 여부.

• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1975. 4. 8. 단독으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 답 428㎡를, 1983. 3. 24. 청구외 ㅇㅇㅇ과 공동으로 같은 동 ㅇㅇ번지 답 664㎡를 각 취득하였는데, 위 토지들은 1980. 12. 20. 환지예정지로 지정고시되어 단독소유토지는 1989. 8. 16. 대지 279.9㎡로, 공유토지는 같은 달 22. 대지 426.7㎡로 각각 환지되었고, 청구인은 1993. 12. 15. 단독소유토지 위에 2층 상가건물 196.98㎡를 건축하였다.

(2) 처분청은 공유토지가 1990. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지의 토지초과이득세 과세기간동안 어느 용도로도 사용되지 않는 나지의 상태이므로 유휴토지이고, 위 과세기간에 급격한 지가의 상승이 있을 것이라고 보아 1991. 10. 1. 공유토지의 청구인 지분에 대한 토지초과이득세 20,240,037원을 예정결정하였고, 청구인은 같은 해 11. 30. 토지초과이득세 예정세액 10,000,000원을, 1992. 4. 29. 토지초과이득세 예정세액 10,640,030원 및 납기 후 가산금 532,000원을 각 납부하였다.

(3) 처분청은 공유토지의 청구인 지분에 대한 토지초과이득이 7,000,506원이라고 보아 1993. 11. 4. 청구인의 토지초과이득세를 3,500,253원으로 결정하였고, 같은 날 이미 납부한 예정세액과의 차액 16,739,780원을 청구인에게 환급하기로 결정하였고 이를 청구인에게 통보하였다.

(4) 처분청은 1993년 11월 초(날짜 모름) 환급결정된 토지초과이득세액을 국고대리 은행인 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점으로 국고수표로 환급대상자 명부와 함께 발송하였고, ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점의 비온라인과목전표(출금용)에는 같은 달 12. 위 환급금 16,739,780원을 청구인에게 현금으로 지급한 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인은 1996. 12. 10. 단독소유토지를, 같은 달 14. 공유토지의 청구인 지분을 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매매하기로 계약을 체결하고 1997. 1. 23. 공유토지의 지분양도에 대하여 부동산양도신고를 먼저 하고 난 후 같은 달 25. 이 사건 토지들을 양도하였고, 같은 해 2. 10. 단독소유토지의 양도에 대하여 환지 후의 토지면적으로, 기준시가에 의하여 취득가액을 105,821,070원으로, 양도가액을 265,398,779원으로, 필요경비를 3,109,028원으로, 양도차익을 156,468,681원으로 하여 자산양도차익예정신고를 하였고, 같은 해 3. 24. 예정신고납부세액공제를 과다하게 하였다 하여 이를 감액하여 다시 자산양도차익예정수정신고를 하면서도 이 사건 토지들의 양도차익을 합산하지 않았다.

(6) 처분청은 청구인이 이 사건 토지들에 대한 자산양도차익신고시 양도차익을 합산하지 않았다 하여 기준시가에 의한 방법으로 취득가액을 계 206,581,742원으로(단독소유토지는 환지 후의 토지면적으로, 공유토지는 환지 전의 토지면적으로 취득가액을 산정하였다), 양도가액을 계 448,026,380원으로, 필요경비를 계 3,829,469원으로 하여 양도차익을 계 237,615,169원으로 산정하고 난 후의 산출세액 72,658,250원에서 청구인이 납부한 토지초과이득세액이 20,240,037원이라고 보아 이의 60%인 12,144,018원을 세액공제하는 등 총결정세액 56,070,012원에서 이미 납부한 45,421,720원을 공제하여 2000. 7. 1.자로 양도소득세 10,648,290원을 부과․고지하였다.

(7) 그 후 처분청은 공유토지의 취득가액을 환지 후의 토지면적으로 계산하여 계 170,571,941원으로, 양도차익을 계 273,882,441원으로 경정하고, 청구인이 납부한 토지초과이득세액이 3,500,253원임을 확인하여 산출세액 85,351,795원에서 2,100,151원을 토지초과이득세액공제를 하는 등 총결정세액을 81,081,165원으로 결정하고 이미 납부 또는 고지한 세액을 공제하여 2000. 9. 1.자로 양도소득세 25,011,150원을 추가로 납부하도록 부과․고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제94조는 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다고 규정하고, 제1호에서 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 규정하고 있다.

(2) 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 것) 부칙 제8조는 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(3) 구 소득세법(1995. 12. 29. 법률 5031호로 개정된 것) 부칙 제8조 제3항은 법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(4) 구 소득세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제167조 제1항은 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 “의제취득일”이라 한다) 현재의 취득가액은 다음 각호의 가액 중 많은 것으로 한다고 규정하고, 제1호에서 의제취득일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 의제취득일 현재의 기준시가)라고 규정하고 있다.

(5) 구 소득세법시행규칙(1997. 4. 23. 총리령 제631호로 개정되기 전의 것으로 이하 “양도시규칙”이라 한다) 제77조 제1항은 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 토지구획정리사업법 또는 농어촌정비법 등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1976년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1976년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다라고 규정하고, 제1호 나목은 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우의 취득가액은 종전 토지의 면적 × 취득당시의 단위당 기준시가에, 제2호 나목은 환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우의 취득가액은 환지예정면적 × 취득당시의 단위당 기준시가에 의하도록 규정하고 있다.

(6) 구 소득세법시행규칙(1997. 4. 23. 총리령 제631호로 개정되어 2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 개정되기 전의 것으로 이하 “개정규칙”이라 한다) 제77조 제1항 단서는 다만, 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다고 규정하고, 부칙 제1조 본문은 이 규칙은 공포한 날로부터 시행한다고 규정하고, 부칙 제5조에서 이 규칙 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

(7) 구 토지초과이득세법(1998년 12월 28일 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 제1항은 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고, 제2호는 토지초과이득세의 결정일부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60을 규정하고 있다.

(8) 토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호) 부칙 제2조는 이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 토지들을 같은 과세기간 내인 1997. 1. 25. 모두 양도하였으므로 그 양도차익을 합산한 금액을 기준으로 하여 양도소득세를 납부할 의무가 있다 할 것이다. 그러나 이에 대하여 청구인은 단독소유토지를 양도할 당시 시행중인 양도시규칙 제77조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 환지 전 면적을 기준으로 취득가액을 산정하여야 한다고 주장하므로 살피건대, 처분청은 양도시규칙 제1항 단서 1976년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1976년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다는 규정 중 토지의 취득일과 토지의 환지예정지 지정일인 1976. 12. 31.을 상위법이 개정되어 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지의 의제취득시기를 1985. 1. 1.로 보도록 의제하고 있고, 의제취득시기규정이 1997. 1. 1.부터 시행되자 양도시규칙이 규정한 토지의 취득시기와 환지예정지 지정일인 1976. 12. 31.을 모두 1984. 12. 31.로 해석하여 같은 항 제2호를 적용하여 환지 후의 토지면적을 기준으로 하여 단독소유토지의 취득가액을 산정하였다. 그러나 환지로 인하여 토지면적이 변경된 경우 소득세법과 소득세법시행령에는 그 취득가액을 산정하기 위한 토지면적에 대한 규정이 없으므로 이는 소득세법시행규칙에 의하여야 할 것이고, 양도시규칙에 따르면 ① 양도자가 환지예정지로 지정된 지구내의 토지를 취득하였거나, ② 토지의 취득시기와 그 토지가 환지예정지로 지정된 날이 모두 1976. 12. 31. 이전인 경우에만 환지 후 토지면적에 의하여 취득가액을 산정할 수 있고, 그러하지 않은 경우에는 종전토지면적에 의하여 취득가액을 산정하여야 한다고 규정하고 있다. 그러므로 처분청이 양도시규칙 제77조 제1항 단서 중 “1976. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지”라는 문구를 토지의 의제취득의 시기만을 규정하고 있는 상위법에 의거하여 “1984. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지”라고 해석(단독소유토지의 경우 취득가액을 환지 후의 토지면적으로 봄)하기 위하여는 토지의 취득시기와는 별개의 요건인 토지의 환지예정지로 지정된 날의 요건까지 충족하여야 하나, 상위법령에서 토지의 환지예정일로 지정된 날에 관하여는 아무런 규정이 없음에도 마치 환지예정지로 지정된 날까지 규정하고 있는 것처럼 해석한 것은 조세부과의 요건에 관하여는 법문대로 엄격하게 해석을 요하는 엄격해석의 원칙에 반하여 조세법률주의에 위반되고, 처분청이 위와 같이 양도시규칙 단서를 해석하여 환지 후의 토지면적에 의하여 단독소유토지의 취득가액을 산정한 것은 이를 양도한 1997. 1. 25. 후인 같은 해 4. 23. 개정된 개정규칙 단서를 적용한 것이 되므로 이는 소급과세금지의 원칙에 위반되는 것이라 할 수 있으므로 이는 조세법률주의에 반하여 허용될 수 없다 할 것이다. 또한 청구인은 토지초과이득세액 6,739,780원을 환급받았음에도 16,739,780원을 환급받았다 하여 양도소득세를 과다하게 산정한 것은 부당하다고 주장하므로 살피건대, 위 인정사실에 의하면 처분청이 공유토지의 청구인의 지분에 대하여 부과한 토지초과이득세액의 최종 결정세액은 3,500,253원이고, 청구인이 납부한 예정세액과의 차액인 16,739,780원을 환급하기로 결의하여 당시 국고대리 은행인 청구외 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점에 이를 국고수표로 발송하여 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점이 청구인에게 공유토지에 대한 토지초과이득세 환급금으로 16,739,780원을 지급하였고 달리 청구인의 주장을 뒷받침할 아무런 자료가 없으므로 토지초과이득세액공제는 최종 결정된 3,500,253원을 기준으로 산정함이 타당하고, 달리 공제할 미지급토지초과이득환급세액이 없다 할 것이므로 청구인의 위 주장은 이유 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 한 이 사건 부과처분 중 단독소유토지의 취득가액을 환지 후의 토지면적에 의하여 산정한 것은 개정규칙을 적용한 것으로 소급과세금지의 원칙과 과세요건 엄격해석의 원칙에 반하여 조세법률주의에 위반한 것으로 잘못이라 할 것이므로 그 취득가액은 단독소유토지의 양도 당시 시행중인 양도시규칙의 규정에 의하여 환지 전의 토지면적에 의하여 산정하여야 할 것이다.

그렇다면 이 사건 부과처분 중 처분청이 단독소유토지의 취득가액을 환지 후의 토지면적에 의하여 산정한 잘못은 이 사건 부과처분을 전면 취소할 만한 사유라고 보기는 어려우나 처분청으로 하여금 단독소유토지의 취득가액을 종전토지면적에 의하여 다시 산정하여 과세표준과 세액을 경정하도록 할 사유가 되는 것임은 명백하므로 이 사건 심사청구는 일부만 이유 있다고 인정하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.