지방공사가 택지조성공사 등을 대행하고 받은 금액이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1991. 4. 18. 청구외 ㅇㅇ시장(이하 ‘ㅇㅇ시장’이라 한다)과 도시개발사업대행계약을 체결한 후, 위 계약에 따라 1996. 1. 1.부터 1997. 12. 31.까지 택지개발 및 분양사업(이하 ‘이 사건 대행업무’라 한다)을 대행하고 대행업무 수행에 따른 대행사업비로 전도금 계 4,278,408,600원(이하 ‘이 사건 수입금액’이라 한다)을 받았으나 이에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 이 사건 수입금액이 부가가치세 과세대상인 용역의 대가에 해당하고 청구인은 부가가치세 면제대상인 정부업무대행단체 등에 해당하지 아니한다는 사유로 1998. 6. 17.자로 1996년 제1기분 부가가치세 92,848,110원, 제2기분 부가가치세 148,919,970원, 1997년 제1기분 부가가치세 115,651,720원, 제2기분 부가가치세148,209,980원, 계 505,629,780원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유

(1) 청구인이 ㅇㅇ시로부터 택지조성공사 및 분양업무와 관련하여 받은 운영경비는 업무대행의 대가인 위탁수수료가 아니다. 청구인은 지방공기업법 제49조 와 구 ㅇㅇ시ㅇㅇㅇㅇ공사설치조례(이하 ‘설치조례’라 한다)에 의하여 설립된 법인으로서 택지 및 주택의 개발과 공급, 공유수면매립 등 도시개발사업, 해외건설사업을 통하여 시민의 주거생활안정과 복지향상 및 지역사회발전에 기여함을 목적으로 하고 있다. 청구인은 ㅇㅇ시와 지방공기업법 제71조 및 위 설치조례 제19조에 의하여 택지개발 및 분양사업 대행계약을 체결하여 이 사건 대행업무를 시행하고, ㅇㅇ시 예산으로 편성되어 청구인에게 전도된 전도금을 수령하여 인건비, 관리비 등의 운영경비로 집행하였다. 지방공기업 관계법령 및 설치조례에 의하면 이 사건 대행업무로 인하여 발생한 수익 및 그 운영경비는 모두 ㅇㅇ시에 귀속함을 알 수 있다. 따라서 이 사건 수입금액은 업무대행을 위해 필요불가결한 실비변상적 경비이지 업무대행의 대가인 위탁수수료로 볼 수 없으므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다. 또한 청구인은 자체사업으로 국민주택규모이하의 아파트를 신축판매하고 있는데, 위 자체사업의 경우 조세감면규제법 제74조 제1항에 의하여 부가가치세가 면제되고 있을 뿐 아니라 택지를 개발하여 이를 공급하는 대행사업도 부가가치세법 제12조 제1항 제12호 에 의하여 부가가치세가 면제되고 있는데도 실비변상적 경비인 인건비․관리비 등의 운영경비만을 유독 부가가치세가 과세되는 용역의 공급으로 보는 것은 타당하지 못하다.

(2) 가사, 이 사건 수입금액이 대가성있는 위탁수수료라 하더라도 부가가치세 관계법령상 청구인은 부가가치세면제대상인 정부업무대행단체등에 해당한다. 지방공기업법시행령 제53조 제2항 에 의하면 대행사업의 집행에 소요되는 인건비 및 부대경비는 위탁자인 지방자치단체가 부담하도록 규정하고 있고, 택지개발촉진법상 택지개발사업은 국가․지방자치단체․대한주택공사만이 사업시행자가 될 수 있도록 규정하고 있다. 즉, 청구인은 청구인의 고유업무가 아닌 ㅇㅇ시의 업무인 이 사건 업무를 대행한 것이므로 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 의 정부업무를 대행한 단체에 해당하여 부가가치세가 면제되어야 할 것이다. 또한 청구인은 택지개발과 공급을 통하여 시민의 주거생활안정과 복지향상 및 지역사회발전에 기여하는 공익을 목적으로 하는 단체로서 용역을 제공한 것이므로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하여 부가가치세가 면제되는 것이다. 이에 대하여 ○○고등법원판례(1998. 4. 29. 선고 97구23237호)는 청구인과 같이 지방공기업 관계법령에 의하여 설립된 지방공단이 지방자치단체로부터 용역을 위탁받아 시행하고 이에 따른 인건비․관리비 등의 운영경비를 지방자치단체로부터 지급받은 경우 위와같은 용역은 “공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역”으로 본다고 판시하고 있다. 그러므로 이 사건 수입금액이 부가가치세 과세대상인 위탁수수료에 해당하더라도 부가가치세 관계법령상 부가가치세 면제대상에 해당하므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼 지방공기업법에 의하여 설립된 공사가 택지조성공사 등을 대행하고 받은 금액이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관계 법령 등의 규정 (1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에서 부가가치세가 부과되는 거래의 한 형태로서 용역의 공급을 규정하고, 제3항에는제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다고 규정하고 있다. 또 같은 법 제2조 제1항의 규정에 의하면 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 제2항에 의하면 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인․법인(국가․지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단․재단 기타 단체를 포함한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제7조 제1항에는용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화․시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고 있다. 또한 같은 법 제13조 제1항의 규정에 의하면 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가를 부가가치세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제48조 제1항에 의하면 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제12조 제1항 에서는 그 제1호부터 제18호까지 부가가치세가 면제되는 용역을 규정하면서 (가) 그 제16호는종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고, 대통령령이 정하는 것으로서 같은 법 시행령 제37조 제1호는 주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호․기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역을 규정하고 있고, (나) 그 제17호(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것)에서국가․지방자치단체․지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고, 대통령령이 정하는 것으로서 같은 법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항은 제1호부터 제31호까지 별정우체국 등 단체를 규정하고 있으나 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 설립된 지방공사는 규정되어 있지 않다.(다만, 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단은 1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 부가가치세법시행령이 개정되어 제38조 제1항 제21의2호에 새로 규정되었다.) (3) 지방공기업법 제49조 제1항 의 규정에 의하면 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사를 설립할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 제71조에 의하면 지방공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담하도록 규정하고 있다.

(4) 구 지방공기업법시행령(1998. 5. 7. 대통령령 제12445호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항에 의하면 지방공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 할 때에는 위탁계약에 의하도록 되어 있고, 제2항에는공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다. 1.사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비, 2.사업의 집행에 소요되는 시설비․인건비 및 부대경비, 3.사업의 종료 후 결산 이전 또는 시설물 등의 인계 이전까지 사이에 시설물 등을 관리하는데 소요되는 경비, 4.사업의 대행에 따른 대행수수료, 5.기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비라고 규정하고 있고, 제4항에는공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다고 규정하고 있다. (5) 지방공기업법 제53조 에 제1항에 의하면 공사의 자본금은 지방자치단체가 전액을 현금 또는 현물로 출자하도록 규정하고 있고, 제2항은 공사의 운영을 위하여 필요한 경우에는 자본금의 2분의1을 초과하지 아니하는 범위 안에서 지방자치단체 외의 자로 하여금 출자하게 할 수 있도록 규정하고 있으며, 제3항에 의하면 제2항의 경우에는 공사의 자본금은 주식으로 분할․발행하고 이 경우 발행하는 주식의 종류, 1주의 금액, 주금의 납입시기 및 방법 등은 조례로 정하도록 규정하고 있다.

(6) ○○시도시개발공사설치조례(이하위 공사설치조례라 한다) 제4조 제2항에 의하면 공사의 자본금은 ○○시가 전액을 현금 또는 현물로 출자하되 공사의 운영을 위하여 필요한 경우에는 자본금의 49%를 초과하지 아니하는 범위내에서 광역시 이외의 자로 하여금 출자하게 할 수 있도록 규정하고 있다.

(7) ○○시도시개발공사설치조례 제26조 제1항에 의하면 공사는 매사업연도의 결산결과 이익이 생긴 때에는 이익결손금의 보전, 주주에 대한 이익배당, 사업준비금의 적립 순서로 처리하도록 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 지방공기업법 제49조 의 규정에 따라 택지개발 및 주택공급, 공유수면매립, 도시개발 등 사업을 통하여 ○○시민의 주거생활안정 및 복지향상, 지역사회발전에 기여함을 목적으로 자본금 전액을 ㅇㅇ시장으로부터 출자받고 행정자치부장관(구 내무부장관)의 설립인가를 받아 1991. 1. 25.자로 설립되었다.

(2) 청구인은 1991. 4. 18. ㅇㅇ시장과 택지개발 및 분양에 관한 사업을 대행하는 계약을 체결한 후, 1996. 1. 1.부터 1997. 12. 31.까지 ○○지구 외 3개 지역에 대한 택지조성공사 및 택지분양 사업을 시행하였다.

(3) 청구인은 ㅇㅇ시장으로부터 위 대행사업에 따른 인건비, 간접관리비 등 운영경비로 1996년 제1기에 785,637,910원, 제2기에 1,260,092,090원, 1997년 제1기에 978,591,560원, 제2기에 1,254,087,040원 계 4,278,408,600원을 수령하여 이를 집행하였다.(ㅇㅇ시는 위 위탁사무에 대한 경비를 ㅇㅇ시 택지조성특별회계로 예산편성하여 이를 지급하였다)

(4) 그런데 청구인은 부가가치세를 신고하면서 이 사건 수입금액에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

(5) 그러자 처분청은 부가가치세가 면세되는 “정부업무를 대행하는 단체”는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 의 위임을 받아 같은 법 시행령 제38조 제1항에 열거되어 있는데 여기에는 청구인과 같은 지방공사는 열거되어 있지 아니하다는 이유로 이 사건 수입금액을 부가가치세 과세대상인 용역의 공급가액으로 보아 부가가치세 과세표준을 3,889,462,361원(이 사건 수입금액 4,278,408,600원/1.1)으로 산출하여 1998. 6. 17.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단 청구인은 ㅇㅇ시와 택지조성공사 등에 관한 위탁계약을 체결하고 이를 대행한 후 대행업무 수행에 따른 사업비로 수령한 이 사건 수입금액은 실비변상적 비용이지 대가성있는 위탁수수료가 아니므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하고, 가사, 대가성있는 위탁수수료에 해당하더라도 부가가치세 관계법령상 청구인은 정부업무대행단체 등에 해당하여 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 위 관계법령에서 본 바와 같이 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있고, 부가가치세의 과세표준은 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하도록 규정되어 있는데, 청구인은 ㅇㅇ시와 체결한 위탁계약에 따라 1996. 1. 1.부터 1997. 12. 31.까지 용역을 공급한 후 ㅇㅇ시 예산 전도자금으로 이 사건 수입금액을 지급받은 것이므로 위 수입금이 실비변상적 비용이라 하더라도 이는 청구인 제공의 용역과 경제적․실질적 대가관계에 있으므로 이 사건 수입금액은 부가가치세 과세대상이라 할 것이다. 한편, 청구인이 부가가치세 관계법령상 부가가치세 면제대상에 해당하는지를 살펴보면 첫째, 구 부가가치세법시행령 제38조 제1항 은 구 같은 법 제12조 제1항 제17호에서 규정한 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체”를 열거하고 있는데 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사는 농수산물도매시장사업을 수행하기 위한 지방공사만 열거되었을 뿐 청구인은 이에 포함되어 있지 않을 뿐만 아니라 그 후 1997. 12. 31.자로 위 법령이 개정되면서 “지방공기업법에 의하여 설립된 지방공단”이 새로 포함되었으나 같은 법에 의하여 설립된 청구인과 같은 지방공사는 여전히 포함되지 않아 청구인을 부가가치세 면제대상인 정부업무대행단체로 볼 수 없다 할 것이다. 둘째, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 는 “종교․자선․학술․구호․기타 공익을 목적으로 하는 단체”(이하 “위 공익법인”이라 한다)가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는데, 청구인은 그 설치조례 및 정관에 의하여 ㅇㅇ시의 출자외에 민간출자가 가능하고 출자자에 대한 이익배당이 가능하여 같은 공기업법에 의하여 설립된 지방공단과는 다른 점, 위 공익법인의 의미를 명확히 한 부가가치세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호는 위 공익법인을 “상속세법및 증여세법시행령 제12조 에 규정된 사업을 하는 단체”로 규정하고 있는데 이에 청구인과 같은 지방공사는 포함되어 있지 않은 점 등에 비추어 보면 청구인을 부가가치세 면제대상 공익법인에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다. 따라서 ㅇㅇ시의 위탁을 받아 그 사무를 대행하고 받은 이 사건 수입금액에 부가가치세를 부과한 원처분에 달리 잘못이 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 수입금액을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.