버섯재배사로 이용된 토지가 양도소득세 감면대상 토지에 해당하는지 여부

심사청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1968. 11. 14. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 토지 869㎡(이하 ‘위 토지’라 한다)를 취득하여 1989년부터 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대하여 버섯재배사로 이용하도록 하다가 1995. 2. 3. 청구외 ㅇㅇㅇㅇ공사에 179,487,003원에 양도하였다.
• 나. 처분청은 위 토지가 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2000. 8. 2.자로 양도소득세 및 농어촌특별세 계 37,299,650원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 1968. 11. 14. 위 토지를 취득하여 소유하던 중, 1989년부터 위 ㅇㅇㅇ에게 임대하여 버섯재배사로 이용하도록 하다가 ㅇㅇㅇㅇ공사에 양도한 것인데 위 토지는 농지법 관련규정 등에 의하면 양도소득세 감면대상인 농지에 해당한다. (1) 농지법 제2조 제1호 와 같은 법 시행령 제2조 제3항에 의하면 버섯재배사로 이용되는 토지는 농지에 해당한다고 규정하고 있고, 소득세법 기본통칙 55-54....1에 의하면 농지에는 지방세법에 의한 농지세과세대상에서 제외한 농작물(예: 보리, 밀 등)을 생산하는 토지도 포함한다고 규정하고 있다.

(2) 또한 청구외 ㅇㅇ시 ㅇ구청은 청구인이 위 토지에 대한 1993년도 농지세납부증명발급을 요청하자 기록폐기로 발급이 불가하다고 하면서 대신 1993년도 종합토지세 과세내역서를 발급하여 주었는데 여기에는 당시 종합토지세를 부과하면서 위 토지를 농지로 분류한 바 있다. 따라서 청구인이 농지 소재지에서 거주하면서 21년간 직접 농사를 지어 온 토지를 조세감면규제법상 비과세 대상인 8년 자경농지로 인정하지 않고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

• 가. 다툼 버섯재배사로 이용된 토지가 양도소득세 감면대상 토지에 해당하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1968. 11. 14. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 전(田) 869㎡(이하 ‘위 토지’라 한다)를 취득(누구로부터 취득하였는지는 알 수 없다)하여 소유하다가 1989년부터 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대하여 표고버섯을 재배하는 버섯재배사로 이용하게 하던 중 1995. 2. 3. ㅇㅇㅇㅇ공사에 공용수용으로 179,487,003원에 양도하였다.(사업인가기관은 ㅇㅇ시이고, 사업인가일은 1994. 9. 14.이다)

(2) 처분청은 위 토지에 대하여 양도소득세를 아래와 같이 부과하였는데 그 경위는 다음과 같다. (가) 처분청은 청구인이 위 토지를 양도한 후 위 토지가 조세감면규제법상의 감면대상인 8년 자경농지에 해당한다는 사유로 1999. 9월(날짜 모름) 위 토지에 대한 양도소득세를 비과세 처리하였다. (나) 청구외 국세청은 위 토지에 대한 양도소득세 비과세 처리의 적정여부를 조사하던 중 위 토지의 임차인인 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇㅇㅇ공사로부터 농지보상금을 수령한 사실을 확인한 후 버섯은 농지세 과세대상이 아니므로 위 토지는 조세감면규제법상 감면대상에 해당하지 아니한다는 사유로 2000. 6. 1.자로 처분청에 대하여 양도소득세와 농어촌특별세를 징수결정하도록 시정요구하였다. (다) 이에 처분청은 2000. 8. 2.자로 청구인에 대하여 양도소득세 25,862,890원 및 농어촌특별세 11,436,760원 계 37,299,650원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

(3) 청구인은 위 토지가 양도소득세 감면대상인 농지에 해당한다고 주장하면서 다음과 같은 증거를 제출하였는데 이를 살펴보면 다음과 같다. (가) ㅇㅇ시 ㅇ구청의 전산자료인 1993년도 종합토지세 과세내역서에 의하면 위 ㅇ구청은 위 토지를 자경농지로 분류 입력한 후 1993년도 귀속 종합토지세를 부과하였다고 기재되어 있다. 그러나, 종합토지세와 농지세는 별개의 세목으로서 농지에 농작물을 경작하지 않은 경우 종합토지세는 부과할 수 있지만 농지세는 부과할 수 없으며, 한편 청구인은 위 토지 취득 후 1989년까지 사이에 직접 농작물을 경작하였다는 증거를 제시한 바 없다. (나) ㅇㅇ시 ㅇ구청의 농지세과세여부조회회신(문서번호: 세무00000-0000)에 의하면 1990. 1. 1.부터 1995. 2. 3.까지 위 토지에 대하여 농지세가 부과된 사실이 없다고 기재되어 있다. (다) 청구인은 소득세법 기본통칙을 근거로 지방세 관계법령에 규정되어 있지 않은 토지도 농지세과세대상이 될 수 있다고 주장하나, 농지세는 농지에서 농작물을 재배하거나 농작물을 재배하게 함으로 인하여 얻은 농지소득에 대하여 과세하는 것인데 버섯재배로 인한 소득으로 농지세를 납부하였다는 사실을 입증할 만한 증빙서류를 제출하지 못하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전면개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있다.

(2) 같은 법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항은 법 제55조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 양도일 현재 특별시․광역시 또는 시에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 1년이 지난 농지와 환지처분 이전에 농지 외의 토지로서 환지예정지의 지정이 있는 경우의 그 환지예정지 지정일부터 1년이 지난 농지를 제외한 것을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 같은 법 시행규칙(1996. 3. 9. 총리령 제551호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제2항에 의하면 영 제54조 제1항의 규정에 의한 토지에의 해당여부는 등기부등본 또는 토지대장등본에 의하거나 세무서장의 조사에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것과 주민등록등본․농지세납세증명서 기타 시․구․읍․면․동의 장이 발급하는 증명서 또는 세무서장의 조사에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지이어야 한다고 규정하고 있다. (4) 지방세법 제197조 제1호 에 의하면 농지세에서 사용하는 “농지”는 지적공부상의 지목에 불구하고 벼와 특수작물(이하 “농작물”이라 한다)을 재배하는 토지와 기타 대통령령이 정하는 토지라고 규정하고 있고, 제4호는특수작물이란 과수․인삼․연초․소채․묘목 기타 대통령령이 정하는 작물이라고 규정하고 있다.

(5) 구 지방세법시행령 제148조 제1항 (1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 법 제197조 제4호에서 “기타 대통령령이 정하는 작물”이라 함은 약용작물․다류․화훼류․참깨․들깨․땅콩․호프 기타 내무부령이 정하는 작물을 말한다고 규정하고 있고, 제2항은 법 제197조 제4호에서 “소채”라 함은 화본과, 토란과, 백합과, 마과, 생강과, 명아주과, 십자화과, 아욱과, 산형화과, 가지과, 박과, 국화과, 도라지과, 장미과, 기타 내무부령이 정하는 소채류를 말한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령을 종합하면 토지 소유자가 농지소재지에 거주하면서 8년 이상 자경한 농지 중 지방세 과세대상인 농지를 양도한 경우 양도소득세를 감면하도록 되어 있다. 그리고 위 인정사실에 의하면 청구인은 위 토지를 1968. 11. 14. 취득하여 소유하던 중, 1989년부터 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대하여 버섯재배사로 이용하게 하다가 1995. 2. 3. ㅇㅇㅇㅇ공사에 양도하였음을 알 수 있다. 청구인은 버섯재배사로 이용된 토지도 농지법상 농지로 인정되므로 위 토지도 조세감면규제법상 감면대상인 농지로 보아야 한다고 주장하나, 조세감면 관계법령상 양도소득세 감면대상 토지에 해당하기 위해서는 양도자가 8년 이상 자경하고 양도당시 농지세 과세대상이 된 농지이어야 하는데 버섯재배사로 이용된 위 토지가 농지법상 농지에 해당하는지는 별론으로 하더라도 버섯은 지방세 관계법령에 농지세 과세대상 작물로 열거되어 있지 아니하여 농지세 과세대상이 아닌 점, 1989년 청구외 ㅇㅇㅇ에게 위 토지를 임대하기 이전에 위 토지에 대하여 농지세가 과세되었다는 사실을 입증할 증거가 제시되지 못한 점, 1989년부터 1995. 2. 3. 양도할 때까지 버섯재배사로 이용된 기간에 청구인이 위 토지에 대한 농지세를 납부한 사실이 없는 점 등을 종합하여 보면 위 토지가 양도소득세 감면대상인 농지에 해당한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

그렇다면 청구인이 양도한 토지는 양도소득세 감면대상 농지에 해당하지 않는다고 보아 양도소득세 등을 과세한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.