경정거부처분이 잘못되었다고 할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다

• 가. 청구인은 주택건설업을 영위하는 법인으로서 1998사업연도 중 수입금액 133,338,127,180원에 대하여 법인세부분은 과세표준금액이 산출되지 않는다 하여 38,579,077원을 환급신청하고 법인세특별부가세(이하 특별부가세라 한다)부분은 과세표준을 3,289,608,433원으로, 세액을 657,921,686원으로 하여 1999. 3. 31.자로 자진 신고하였다. 그 후 청구인은 위 특별부가세 과세표준을 산출할 때 분양한 상가건물의 건축원가 2,486,499,939원과 건설자금이자 805,060,498원 계 3,291,560,437원의 취득가액이 적게 반영되어 특별부가세를 많이 신고납부 하였다는 이유로 2000. 3. 31. 특별부가세 과세표준금액을 △ 1,952,004원으로 경정한 후 이미 납부하였던 위 세액을 환급하여줄 것을 청구(이하 이 사건 경정청구라 한다)하였다.
• 나. 처분청은 장기도급계약으로 상가신축 및 분양계약을 체결한 경우 당해연도에 총공사원가가 변동되었다 하더라도 전년도에 계상한 손익에 대하여는 세무조정을 하지 아니하도록 되어 있고 분양할 상가는 재고자산이므로 건설자금이자를 취득가액으로 계상할 수 없는 자산이며 또 청구인이 추가 발생하였다는 위 취득원가에 대한 명확한 증빙서류를 제시하지 않았다는 이유로 2000. 5. 30.자로 청구인의 이 사건 경정청구를 받아들일 수 없다고 통보(이하 이 사건 거부처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 거부처분을 취소하고 특별부가세를 경정하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 청구인은 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동에서 ‘ㅇㅇㅇㅇ’란 상가분양사업을 하기로 한 후 그 사업을 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ신탁(이하 위 ㅇㅇㅇㅇ신탁이라 한다)에 위탁하였는데 건물은 1998. 12. 8. 준공되었고 분양은 1999. 6월에 완료되었다. 그리하여 청구인은 1998사업연도 법인세를 신고하면서 특별부가세부분에서 양도가액은 분양금액으로 하고 취득가액은 위 ㅇㅇㅇㅇ신탁의 가정산금액을 기준으로 하여 세액을 산출하였다. 그 후 위 ㅇㅇㅇㅇ신탁으로부터 1999. 6. 30.자로 최종정산금액 158,252,994,641원을 통보받았는데 이 금액은 가정산금액보다 많아 이를 반영하여 취득금액을 다시 계산한 바 1998사업연도에는 취득금액 2,486,499,939원이 적게 산출되었고 또 사업용토지취득과 관련된 지급이자 805,060,498원은 건설자금이자(건설자금이자 부분은 2000. 12. 23.자로 당초제출한 심사청구의 내용에서 취하하였다)에 해당하는데도 이를 취득금액에 합산하지 아니한 사실을 발견하고 특별부가세 경정청구를 한 것이다. 그리고 특별부가세는 대법원판례와 감사원심사결정례에서 보는 바와 같이 토지 등의 자산의 양도차익에 대하여 개인의 양도소득세와 같은 취지에서 부과되는 조세로서 법인의 각 사업연도 소득에 대하여 부과되는 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세법의 일반규정 원리가 그대로 적용될 수 없는 것인데도 위 정산차액에 대하여는 처분청이 국세청예규에 따라 당해연도에 총공사원가가 변동되었다 하더라도 전년도에 계상한 손익은 세무조정할 수 없어 경정청구를 받아들일 수 없다고 하나 위 예규는 법인소득을 계산할 때 적용하는 것이지 양도소득계산시에는 적용할 수 없다 할 것이므로 위 정산차액은 취득가액에 합산하여 양도가액에서 공제되어야 한다.

• 가. 다툼 명확한 증빙제시도 없이 취득원가가 부족 반영되었다고 경정청구를 한 후 다른 주장을 하면서 경정거부처분이 잘못되었다고 할 수 있는지 여부
• 나. 관계 법령 (1) 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 신고한 과세표준과 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 되어 있고, 제3항에서는 위 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다라고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제6047호로 전면 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지․건물․부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 「토지 등이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」고 규정하고, 그 제3항은제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다규정하고, 그 제1호에취득가액이라고 규정하고 있고, 구 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것) 제124조의2 제2항은법 제59조의2 제3항에서 ”취득가액“이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 제외하고 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1990. 10. 10. 청구외 (주) ㅇㅇ상사로부터 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 공장용지 6,117.4㎡ 등 17필지의 토지 계 38,978.35㎡ 중 24,332.66㎡(73,606/117,909지분이고 이하 위 ①토지라 한다)와 건물 16동 계 16,902.65㎡ 중 10,551.68㎡(319,187/511,303지분)를 매입하는 부동산매매계약(매매대금은 계 16,507,260,000원인데 그 중 청구인지분에 대한 매매대금은 토지 9,598,543,960원과 건물 706,297,004원 계 10,304,840,964원이다)을 체결(나머지 지분은 청구외 (주) ㅇㅇ종합건설이 매입한 것이다)하였다. 그리고 청구인은 1992. 7. 30.까지 위 토지대금을 지급하고 그 취득원가를 계 11,623,755,188원(토지대금, 연체이자, 소개료, 취득세, 등록세, 등기비, 감정평가비와 건물철거비 등을 합한 금액이다)으로 산출하였다.

(2) 또 청구인은 1994. 4. 15. 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 토지 1,194.7㎡(이하 위 ②토지라 한다)와 공장 492.56㎡ 외 건물 2동을 매입하는 부동산매매계약(매매대금 1,500,000,000원)을 체결하였다. 그리고 청구인은 1994. 12. 14.까지 위 토지대금을 지급하고 그 취득원가를 계 1,753,974,787원(토지대금, 연체이자, 소개료, 취득세, 등록세, 등기비, 감정평가비 등을 합한 금액이다)으로 산출하였다.

(3) 그 후 청구인은 1995. 7. 10.까지 발생한 비용 1,008,641,150원과 위 ①토지 및 위 ②토지의 취득가액을 합한 계 14,386,371,125원을 토지의 취득원가로 하였다.

(4) 청구인은 위 ①토지와 위 ②토지에 ‘ㅇㅇㅇㅇ’란 상가분양사업을 하기로 하고 그 사업을 수행하기 위하여 1997. 6. 23.자로 위 ㅇㅇㅇㅇ신탁과 분양형 토지신탁계약을 체결한 후 건물은 1998. 12. 10. 사용승인되었고 분양은 1999. 6월에 완료되었다.

(5) 청구인의 법인세신고현황은 다음과 같다. (가) 1997사업연도에는 매출액을 26,856,368,506원(위 상가분 16,906,000,000원), 매출원가를 25,425,360,791원(위 상가분 15,384,000,000원)으로 하여 산출한 각 사업연도소득금액이 △183,503,393원으로 산출된다 하여 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다. (나) 1998사업연도에는 매출액을 134,658,827,479원(위 상가분 132,394,212,985원), 매출원가를 127,420,235,633원(위 상가분 125,863,683,330원)으로 하여 산출한 각 사업연도소득금액이 7,956,351,873원으로 산출되나 이 금액은 차감할 이월결손금 20,133,746,109원보다 적으므로 법인세과세표준이 없는 것으로 산출된다하여 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다. (다) 1999사업연도에는 매출액을 18,640,222,607원(위 상가분 17,397,340,809원), 매출원가를 18,176,326,290원(위 상가분 17,005,311,311원)으로 하여 산출한 각 사업연도소득금액이 △6,826,457,342원으로 산출된다 하여 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다.

(6) 청구인의 위 상가분양에 대한 특별부가세신고현황은 다음과 같다. (가) 1997사업연도에는 특별부가세를 신고하지 아니하였다. (나)1998사업연도에는 양도가액을 16,123,861,257원으로 하고 취득가액을 12,834,252,824원으로 한 후 과세표준을 3,289,608,433원으로 하여 산출한 특별부가세 659,921,686원을 납부할 세액으로 신고하였다. (다)1999사업연도에는 양도가액을 150,424,699,928원으로 하고 취득가액을 142,932,241,878원으로 한 후 과세표준이 △18,210,893원으로 산출된다 하여 납부할 세액이 없는 것으로 신고하였다.

(7) 그 후 청구인은 위 1998사업연도 특별부가세 과세표준을 산출할 때 분양한 상가건물의 건축원가 2,486,499,939원과 건설자금이자 805,060,498원 계 3,291,560,437원의 취득가액이 적게 합산되었다고 하면서 특별부가세 과세표준금액을 △ 1,952,004원으로 경정한 후 법인세 특별부가세 657,921,686원을 환급하여 달라는 내용으로 2000. 3. 31. 국세기본법 제45조의2 규정의 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서를 처분청에 제출하였다.

(8) 처분청은 위 경정청구에 대하여 추가로 발생하였다는 취득원가에 대한 명확한 증빙자료를 제시하지 못하였을 뿐 아니라 장기도급계약으로 상가신축 및 분양계약을 체결한 경우 당해연도에 총공사원가가 변동되었다 하더라도 전년도에 계상한 손익에 대하여는 세무조정을 하지 아니하도록 되어 있으며 건설자금이자는 사업용고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자를 말하는 것으로서 재고자산의 건설에 사용된 차입금에 대한 지급이자는 구 법인세법시행령 제124조의2 제2항 에서 규정하는 취득가액에 포함되는 건설자금이자의 범위에 포함되지 않는다는 이유로 이 사건 거부처분을 하였다.

(9) 이에 대하여 청구인은 이 건 심사청구를 하면서 당초 건축원가 2,486,499,939원과 건설자금이자 805,060,498원 계 3,291,560,437원이 취득가액에 적게 반영되었다고 경정청구를 하였다가 건설자금이자부분에 대하여는 2000. 12. 23. 청구를 취하하였으나 건축원가부분에 대하여는 1998사업연도에 신고한 특별부가세의 산출근거인 취득가액 12,834,252,824원이 가정산금액을 기준으로 산출한 것인데 최종 정산결과 총 취득가액이 158,252,994,641원으로 확정됨에 따라 이를 감안하면 위 사업연도의 취득가액은 15,320,752,763원으로 산출되므로 2,486,499,939원을 더 많이 신고하였다고 하면서도 그 증빙자료를 제시하지 못하였다. 그런데 총 취득가액 158,252,994,641원은 토지매입과 그 부대원가 14,386,371,125원, 건축공사도급금액 139,017,699,866원과 신탁보수수수료 등 건축공사 부대비용 4,848,923,650원의 합계액으로서 그 중 건축공사도급금액은 1997. 7. 10.자로 공사도급계약을 하면서 체결한 계약금액과 같은 금액이므로 건축공사비는 추가로 증가하지 아니하였다.

(10) 그 후 청구인은 2000. 12. 23.자로 보정신청을 하였는데 그 내용을 보면 다음과 같다. (가) 당초신고한 취득가액 12,834,252,824원(①)은 총 건축면적에 대한 분양면적을 기준으로 산출(가정산 취득가액 157,781,668,946원×분양면적 8,898.8㎡/총 건축면적 109,400.02㎡=12,834,252,824원, 이와 같은 계산방법을 이하분양면적기준이라 한다)한 것이고 위 가정산 취득가액을 최종 정산액 158,252,994,641원으로 하여 산출하면 그 취득가액은 12,872,591,327원(②)이 되며 그 차액 38,338,503원(②-①)은 1992. 6. 30.부터 1999. 6. 10.까지 발생한 공사투입액 471,325,695원을 반영하지 아니한 때문이라는 것이다. 그리고 위 공사투입액 471,325,695원의 명세서를 첨부하였는 바, 이는 감정평가 및 용역비, 등기비용 등으로서 그 중 1995년도 이전분 414,333,165원은 이미 토지의 취득원가에 합산된 것을 또다시 추가 발생한 공사투입액이라고 주장하고 있어 신빙할 수 없는 주장이다. (나) 분양가액을 기준으로 신고하여야 할 것을 위 (가)항과 같이 분양면적을 기준으로 신고한 것은 담당 실무자의 착오에 의한 것으로서 분양예정가액을 기준으로 하면 취득가액이 15,320,752,763원(총 취득가액 158,252,994,641원×분양가액 16,123,861,257원/총 분양예정가액 166,548,561,185원=15,320,752,763원, 이와 같은 계산방법을 이하분양가액기준이라 한다)이 되므로 이 금액을 취득가액으로 하여야 한다는 것이다. 건축물의 가액(취득원가)은 건축면적에 비례하는 것으로 볼 수는 있으나 분양가액을 기준으로 산출하여야 한다는 주장은 타당성이 적을 뿐만 아니라 이 건 심사청구의 대상인 경정청구의 내용에도 없었던 새로운 주장이다. 설사 분양가액을 기준으로 취득가액을 산출한다고 하더라도 총 분양예정가액은 1997년도부터 1999년도까지의 청구인 결산서상 분양수입금액인 166,697,553,794원보다 많아야 타당할 것임에도 오히려 148,992,609원이 적은 166,548,561,185원으로 축소 계상한 것을 볼 때 1998년도 분양가액이 차지하는 비율이 높아져 그 취득가액이 과다하게 배분 산정된 것으로 보여지므로 청구인이 분양가액기준으로 산출, 제시한 취득가액은 그 신빙성이 없다 할 것이다.

• 라. 판단 청구인은 1998사업연도에는 가정산 취득원가를 기초로 특별부가세 취득가액을 산출하였으나 1999사업연도에 최종 정산한 결과 취득원가가 증가되었으므로 그 차액 2,486,499,939원을 취득가액에 합산하여 1998사업연도에 신고한 특별부가세를 경정하여야 한다고 주장한다. 그러나 위 인정사실에 따르면 위 분양상가건물은 1998. 12. 10. 공사가 완료되어 사용승인이 되었고 건축공사비도 당초 계약금액과 같아 추가 공사비가 발생한 사실이 없을 뿐 아니라 2000. 12. 23. 당원에 제출한 보정신청서를 보면 취득가액 산출방법을 당초의 분양면적기준에서 분양가액기준으로 산출한 결과 취득가액이 증가되었다는 것으로서 이는 당초 경정청구 및 이 건 심사청구 때의 추가 취득원가의 발생으로 취득가액이 증가되었다는 주장과 서로 다를 뿐 아니라 분양가액은 같은 면적이라도 각 층별․ 상가 위치별로 차이가 많은데도 분양이 되지 아니한 것을 포함한 총 분양예정가액을 과소 계상한 후 실제분양된 가액이 차지하는 비율에 의하여 분양된 상가건물의 취득가액을 산정함으로써 타당성을 결여한 사실을 알 수 있다. 따라서 청구인이 취득가액을 임의로 불합리하게 산정하고 명확한 근거도 제시하지 못하면서 추가 취득원가의 발생을 이유로 경정청구를 한 데 대하여 처분청이 사실조사를 실시하여 법인세를 과세하는 문제는 별론으로 하고 이 건 경정청구의 증거가 없다는 이유로 경정을 거부한 원처분에 아무런 잘못이 없다 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 증거가 없어 추가 취득원가를 인정할 수 없다고 보아서 한 이 사건 경정거부처분은 정당하고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.